[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
신테카바이오
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
BioLab 장재봉 교수
전체보기 안전점검 LABox
 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
카테고리 전체보기펼치기
질문/투표/프로토콜 등록
Q. 형질전환에서 insert 유무에 따른 colony 개수 차이 질문
안녕하세요? 분자생물학 실험을 공부하다가 결과 해석에 궁금한 점이 생겨 질문드립니다. 형질전환체에서 insert 유무에 따라 colony 형성능에 차이가 있나요? 다시 말해, 1. background control: self-ligated plasmid가 도입된 형질전환체 2. positive control: insert가 있는 recombinant plasmid가 도입된 형질전환체 1번과 2번 사이의 colony 형성능에 차이가 있나요? 관련 내용을 찾으니 blue/white screening만 나오더라고요 ㅠㅠ 특정 primer 처리로 PCR 하거나 제한효소 처리 후 PCR 하는 경우가 아니고서는 단순한 증식 관점에서는 insert의 존재가 크게 유의미한 거 같지는 않습니다. 그래서 왜 background control보다 positive control일 때 더 많은 colony가 형성되는지 궁금합니다. insert가 DNA로서 그 자체의 증식능(?)을 발휘해서 insert가 있는 형질전환체가 더 많은 colony를 형성하는 건가요? 3일 내내 고민하고 찾아도 답이 안 나옵니다... 도와주세요 선배님들... 읽어 주셔서 감사합니다!
회원작성글 킷캣트레비  |  2022.12.27
Q. DNA purification 농도..
안녕하세요, dna purification실험 관련해서 질문드립니다.      qiagen dna purification kit 사용해서 dna purification을 했습니다. (elution시 모든 샘플에서 동일하게 50ul of EB 사용했고요)   nanodrop을 사용해서 0.001 wt% dna solution의 concentration을 측정했습니다.  concentration측정시 base는 purification할때 사용한 elution buffer로 잡았고요,  purification전 dna concentration측정했을 때는 약 12ng/ul (1.67 260/280), purification 후 dna concentration은 약 21ng/ul(1.72 260/280)가 나왔습니다..;     이런 결과가 한 번이 아니라 여러 번 반복적으로 나왔는데요.. 위의 결과 외에도,    concentration of 0.01 wt% dna solution: purification 전: 102.7ng/ul (1.81 260/280), purification 후: 107.5ng.ul (1.90 260/280) 와 같은 결과가 나와서 당황스럽네요.    nanodrop이 고장났나(?) 싶어서 qubit으로도 재확인해보았는데요,    qubit으로 측정시 purification 후의 0.001 wt% dna concentration은 20ng/ul (1.81 260/280), 0.01 wt% dna concentration은 95ng/ul (1.90 260/280)으로, 각각 purification 전의 농도(12ng/ul (1.67 260/280), 102.7ng/ul (1.81 260/280))보다 여전히 높거나, 약간 낮은 수준입니다.   이전에 purification 실험을 진행했을 때는 purification전의 농도가 purified solution보다 제법 높았던 것 같은데..  혹시 실험과정에서 제가 어떤 실수를 한 건지, 혹은 다른 이유가 있는지..  알려주시면 정말 감사하겠습니다..!   두서없이 긴 질문글, 끝까지 읽어주셔서 감사합니다.       
회원작성글 기라델리  |  2022.12.26
Q. 10X TBE Buffer 침전
10X TBE Buffer  가루가 많이 침전되어 있어요. 겨울에는 실험실 온도가 낮아서 그렇다고 40-50도시 물중탕 좀 하면 녹는다는 답변에 그렇게 해봤는데 침전물이 너무 많아서 안녹더라구요. 일단 일부를 덜어서 동일 양만큼의 물을 1:1로 넣어 2.5x 되게  희석해서 50c에 넣어두고 가끔씩 흔들어 주었는데 조금 녹긴했지만 여전히 결정이 많네요. 버려야 될까요? 더 희석해서 녹여보면 될까요?    
회원작성글 BBlue  |  2022.12.26
Q. empty vector 이렇게 만들어도 될까요???
저희가 가진 vector가 pENTR이라는 vector인데 하나가 pENTR Flag A(protein)이고, pENTR empty vector인데 empty vector를 다 써버려서(transformation 시도했지만 안나옴..) 사기전에 만들어보려는데 Flag A를 잘라버리면 empty vector로 사용할 수 있는 건가요??
회원작성글 수끼리  |  2022.12.26
Q. 시약 구매
실험을 좀 해보고싶은것들이 생겨서 시약좀 알아보는데  개인이 구매를 못하는 겁니까?
회원작성글 래핀  |  2022.12.25
Q. 유전자 cloning 과정 중 콜로니 PCR 관련 질문드립니다
클로닝 연습 중인데요...   페트리디시에 키운 균들을 가지고, 콜로니 PCR을 내일 할 예정인데 이것을 하는 이유가 단지 'PCR 산물로 전기영동하고 밴드가 잘 떴는지 확인하기 위해서'인가요? 전기영동 끝나고나면 PCR tube에 있던 내용물 다 버려도 되는건가요?   페트리디시에 키운 균들로부터 플라스미드 추출 바로 하면 되는건가요?
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.22
Q. Probe 관련 질문입니다.
저희가 probe 주문에 있어 오류가 발생하여,,,  3' quencher / 5' probe 로 제작이 되었습니다.   혹시 이런 경우 반응이 정상적으로 이루어 질까요?
회원작성글 아각니시  |  2022.12.22
Q. 전기영동 시 DNA band, RNA band가 1개, 2개인 부분에 대해 질문드립니다.
안녕하세요.. 초짜 연구원입니다.   DNA, RNA 추출해서 잘되었는지 확인하는과정으로 전기영동할때, 1개, 2개의 밴드가 나와야 잘된거다 라는 부분은 이해하였고 전기영동 시 DNA가 total DNA 느낌이라 1개 band RNA는 18S, 28S 해서 2개, 5S까지 해서 3개의 band가 보통 정상이다라는 부분은 이해하였으나   왜 DNA 추출되는 길이가 다르고 할텐데 1개의 밴드로 보이는지 18S, 28S RNA가 추출된 길이가 여러가지 일텐데 어떻게 딱 2개의 밴드로 보이는지 궁금합니다. 추출할때는 온전한 길이의 18S, 28S RNA가 많아서 각각 1개의 밴드를 형성하는 건지 어떻게 찾아보거나 이해해야하는지 궁금합니다.
회원작성글 흰털누누  |  2022.12.22
Q. 버퍼 희석때 수돗물 사용하면
agarose gel run(단순 target size확인때), SDS gel run후 쿠마시염색후 target band확인 하려구할때. 런닝버퍼 스탁10x 를 희석해서 쓸때 증류수로 희석하는데, 수도물로 적정농도로 1X,0.5x 희석해서 사용하면 안되나요?
회원작성글 BBlue  |  2022.12.21
Q. 유전자 knockin/knockout 으로 동반되는 세포내 변화를 보려할때 stable cell line 제작은 pool 로 해도 괜찮을까요?
유전자 ki/ko을 통하여 동반되는 세포내 변화들을 살펴보려하는게 목적인데요. Crispr/cas9 으로 유전자 조작하여 stable cell line 을 만들어주는 회사를 찾았습니다. 그런데 100% clone 을 만드는 경우와 약 70-80%efficiency 를 가진 pool 을 만드는 방법 2가지가 있다고 합니다. 당연히 100% clone 을 가지고 있는게 유리하겠지만 가격 면에서 2배이상 차이가 나서 고민스럽습니다. Pool 로 만들어진걸로 실헝 해도 해당 유전자 발현 여부로 가지고 RNA sequencing 이나 whole exome sequencing, proteomics 분석까지 문제 없이 할수 있을까요 ㅠ. 많은 고견 부탁드립니다..
회원작성글 alucion  |  2022.12.21
Q. kanamycin 내성 균주 배양 관련 질문
kanamycin 내성인 vector pET28a를 BL21에 transformation시키고 kanamycin 배지에 접종시켰는데,, control 로 ampicillin 내성인 pUC19를 같이 transformation시켰는데 kanamycin 배지에 접종했는데 둘다 집락이 형성되어 증식하였습니다. 이러면 혹시 항생제의 활성이 떨어진것일까요?
회원작성글 예뿌니  |  2022.12.21
Q. 크옷님 답변 이제서야 봤습니다 ㅠ Primer 디자인 질문한 사람입니다
https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=exp_qna&id=792278   클로닝 목적으로 Primer 디자인하고 있는 것이 맞습니다. 서열 종류는 mRNA입니다 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_008297029.1?report=genbank 이거 보고 있습니다       감사합니다!
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.20
Q. biallelic mutation sequence 확인 방법
CRISPR-Cas9 을 통해 frame shift knockout 후 selection 과정을 거쳐 knockout single cell line 을 획득했는데요, 이 cell 의 genomic DNA 를 sanger sequencing 할 경우 Cas9 target site 에서 서로 다른 두 signal 이 중첩되어 나타납니다. 저는 해당 sequencing 결과를 보고 homologous chromosomes 에서 Cas9 에 의해 서로 다른 indel mutation, 그러니까 bialleleic mutation 이 나타난 것이라 추측했습니다.  이 경우 각 allele 의 sequence 를 각각 따로 확인하는 방법이 있을까요?
회원작성글 움가  |  2022.12.19
Q. T-Cloning 하는데 암피실린에 내성이 있는 균이면 어떻게 하나요?
안녕하세요.   T vector로 plasmid를 만들고 있는데, 보통 제작된 plasmid는  dh5a에 넣고, 이를 제가 넣고 싶은 다른 균에다가 삽입을 하려고 하는데요.   그 균이 ampicillin의 내성을 가지고 있는것 같습니다.   이렇게 될 경우 나중에 select하기가 쉽지 않을것 같은데 이럴경우엔 보통 어떻게 하나요? ㅠㅠ T vector중에 ampiciline과 다른 항생제까지 내성유전자가 있는 벡터가 있는지.. 아니면 그냥 균이 많이 자라도 그중에서 선택하는지 궁금합니다.
회원작성글 압타머11  |  2022.12.19
Q. 재조합 유전자 발현 첨부파일
ocean pout 은 차가운 물에 사는 해수어 입니다. 그 해수어의 anti freeze protein (AFP) promoter를 이용하고 저온에서 성장이 잘 되게끔 연어의 성장호르몬의 cDNA를 삽입하여 재조합 DNA를 형성한 그림입니다. 제가 궁금한 것은 뒤쪽 39 region이라는게 어떤 의미를 갖는 것이지 알 수 있을까요?
회원작성글 수산생명의학과  |  2022.12.18
Q. DNA library 관련
안녕하세요. DNA library 관련해서 여쭤보고싶은게 있습니다. cDNA library를 만들 때 restriction site 때문에 마지막 단계에 linker를 달아줘야 하는 것으로 알고있는데,  혹시 linker를 달아줄 필요가 없는 경우도 있나요? 예를 들어 restriction site를 굳이 추가 안해줘도 기존의 것으로 해도 지장이 없는 경우가,, 알려주시면 감사하겠습니다.  
회원작성글 킹구원  |  2022.12.17
Q. Primer를 처음 디자인해보려합니다... 여러가지 질문드립니다!
질문이 좀 이상하게 느껴지셔도 양해부탁드려요. Primer 디자인 처음해보는 미천한 학부생인지라... ㅠㅠ 실행을 위해 판단을 잘하고 있는것인지도 모르겠어요    파일로 건네받은 염기서열(2009bp)을 이용하여 Primer를 디자인 연습하라는 과제를 받았습니다.     그래서 NCBI에 접속해서 이 염기서열의 CDS 부분을 찾아내서 복사했습니다. CDS 부분이 지금 94bp ~ 884bp 이 구간이거든요?    여기서 질문드립니다   1) CDS 구간 가지고 Primer를 설계하는게 맞나요?(제 생각이 잘못되었다면 지적해주세요.)  2) 제가 처음에 건네받은 염기서열(2009bp)의 크기와, Product size는 어떤 관계가 있나요? 염기서열이 길수록, Product size가 길게 나온다거나... 3) 2009bp면 Primer를 여러번 나눠서 짜야한다 는 말을 들었는데 이것이 무슨 말일까요?    4) 이상적인 Product size는 보통 어느정도 크기인가요? 그리고 그것을 이상적인 Product size를 보려면 어떤 조치를 취해야 할까요   읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.17
Q. NCBI에서 Primer를 처음 디자인해보는데 너무 막히고 있습니다. 도와주세요 첨부파일
    NCBI에서 Primer 디자인을 처음 도전해보는 초보 대학생입니다.  처음해보는 작업인지라 진도를 나갈때마다 바로바로 다음 단계에서 막혀버리고 마네요.   궁금한 거 질문드리겠습니다.   질문1)    Variant 1과, Variant 2 서열을 넣고 Blast 버튼을 눌렀더니 스샷처럼 두 부분으로 나뉘어 나옵니다. 왜 59 to 384랑 1 to 63으로 나누어져 나오는 것인가요? 이것이 의미하는 바가 뭔가요? 정말 너무 궁금합니다.   질문2)   스샷의 위쪽 부분을 보면 Query는 309로 시작을 하는데 Sbjct는 59로 시작을 합니다.  왜 각각 시작하는 번호가 다른건가요? 그리고 이것이 59 to 384와 관련이 있는건가요?   질문3)  Score 595 bits(322)는 뭐라고 해석을 해야할까요? Score와 Bits가 각각 무엇을 의미하는지 알아듣기 쉽게 설명해주셨으면 합니다.   질문4)  Variant 1, Variant 2, Variant3 이 3개의 공통부분서열을 찾아내는 이유가 뭘까요?          
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.16
Q. 초보 대학생 질문드립니다 Primer가 떨어진다고 하는데 첨부파일
첫 줄을 보면 '주형가닥에 붙은 프라이머가 떨어지게 되는데' 라고 적혀있는데 프라이머가 왜 떨어지나요? Annealing은 결합해야되는 단계 아닌가요
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.15
Q. LA PCR은 왜 염기를 더 길게해야하나요?(이것 외에 질문 2개 더)
질문1) -------------------------------------------------------------------------------- 2. Primer 설계상의 주의점 (1) Primer의 길이 Primer의 길이는 15~30 염기가 적당하고 20~25 염기가 바람직하다. 이 크기의 primer는 주형 DNA와 특이적으로 annealing하는데 충분하다. 단지 LA PCR (long and accurate PCR)의 경우는 30 염기 이상의 primer가 보다 효과적이다. -------------------------------------------------------------------------------- 어떤 설명서에 이렇게 적혀있는데   왜 LA PCR이라는걸 할 때에는 염기를 더 길게하는게 효과적인가요?           질문2) GC 혹은 AT-rich가 되지 않도록 한다   에서 -rich는 무엇을 설명하려고 붙인건가요?     질문3) Double strand DNA가 single strand DNA로 되는 온도변화에 있어서 그 중간값을 Tm (melting temperature)이라고 한다.   라고 되어있는데, 제가 이해한 것이 맞는지 봐주세요. 60도에서 단일가닥으로 분리된다고 한다면 Tm값은 30인건가요? 근데 1/3지점도 아니고 2/3 지점도 아니고 하필 중간값으로 정했나요? 이유가 있나요?   초보 대학생인데 궁금한게 많습니다.
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.15
이전  01 02 03 04 5 06 07 08 09 10  다음
실험 회원 등급이란?
실험Q&A 회원등급안내
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
필코리아테크놀로지 광고