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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. 실험용 해외식물 수입
안녕하세요. Senegalia senegal 로 실험을 기획하고 있는 학부생입니다. 교수님께서 해당 식물(묘목 형태) 수입처를 알아오라고 하셨는데, 구글은커녕 네이버, 다음에도 묘목 형태로 파는 연구소를 찾지 못했습니다. 어떻게 해야할지 조언 부탁드립니다.
회원작성글 jaehunjeon..  |  09.21
Q. PD-10을 이용한 buffer exchange 관련 첨부파일
안녕하세요. PD-10을 이용한 buffer exchange 관련해서 질문이 있습니다. 제가 protein을 주로 다루지 않고 화학분야라 처음해봐서 어려움이 많네요 ㅠㅠ 제가 할 것은 His tag protein의 조성이 실험에 영향을 주어 Buffer exchange를 하려고 합니다. 이때, PD-10 column이 제 실험에 적합할 것 같아 사용하려고 합니다. - Storage condition : 25 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl, 125 Mm imidazole, 50% Glycerol (v/v) - Exchange 후 condition : PBS   질문 : 1) Glycerol 50% (v/v)이 viscosity하여 column하는데에 영향을 줄 것 같아 dilutio해서 진행하려고 하는데 어느 정도 %로 할지 궁금합니다. 서치해보니 5~10% glycerol 정도는 PD-10 으로 가능할 것 같은데 기준 같은 것이 있을까요? 잘 분리되는지 여부는 small scale로 test를 해봐야 아는 걸까요?   2) Gravity protocol 에서 elution 단계에서 3.5 mL를 받는다고 적혀있는데 보통 하나의 test tube에 전부 받는지, 아니면 조금씩 (약 0.5 mL) 씩 나눠 받는지 궁금합니다. 또한, 3.5 mL 를 받고 나서 추가적으로 더 elution buffer를 넣어서 collection하진 않을까요? Protein이 다 나오지 않았을 수 도 있으니까요.   프로토콜 첨부하겠습니다. 도움주시면 감사하겠습니다. ㅠㅠ
회원작성글 감자랑나랑  |  09.21
Q. 제한효소 사용시 buffer 넣어야 할 양 나와있는 표 보는법이 알고싶습니다!! 첨부파일
안녕하세요 다름이 아니라 제한효소로 dna를 자를때 넣어야하는 buffer 양이 나온 표를 해석하기가 힘들어 질문 드립니다 ㅜㅜ 제가 쓰는 제한효소는 EcoRl와 BamHI라 두개가 만나는 점인 1xK만큼 buffer를 넣어야 한다는데 그래서 이게 총 얼마를 넣어야 한다는 것인지 궁금합니다. total 용액의 부피는 20ul입니다!!
회원작성글 리코타치즈샐러드  |  09.21
Q. primer 주문
안녕하세요 선생님들   선생님들은 primer주문시 직접 디자인 하시나요 아니면 타 논문에 올라와 있는 primer를 보고 따라 주문 하시나요? 처음 주문 할려고 하는데 무엇이 더 좋은지 모르겠네요   알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 zo-1이 나오지..  |  09.21
Q. PCR 에 대해 궁금한 부분이 있어 질문드립니다.
안녕하세요.  PCR 실험을 하다가 막히는 부분이 있어 질문드립니다. Auto water, E-buffer, dNTP, E-Taq, primer, DNA template 을 만들고 조건에 맞춰 PCR을 진행했고 Control을 걸기 위해 DNA template 대신 오토 DW를 넣어주었는데  (uto water, E-buffer, dNTP, E-Taq, primer, DNA template 대신 DW)   (마커, sample1, sample2, sample3, water 순서입니다.) 원하는 크기의 band가 뜨던데, 당연한건지 궁금해서 질문드립니다. 그리고 이렇게 control을 거는게 맞는건지 궁금합니다. 바쁘신데 제 글을 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 실험알못  |  09.21
Q. 핵, 세포질 분리 시 lysis buffer가 세포막에만 특이적으로 반응하나요?
4.8. Preparation of Cytosolic and Nuclear Extracts  Cells were treated and harvested as described above, lysed with hypotonic lysis buffer [25 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulphonic acid (HEPES; pH 7.5), 5 mM EDTA, 5 mM MgCl2, and 5 mM dithiothreitol (DTT)], and incubated for 15 min on ice. NP-40 (2.5%) was added and the cells were lysed for an additional 10 min. Nuclei were collected by centrifugation at 7500× g for 15 min at 4 ◦C. The supernatant was collected as the cytosolic fraction. Nuclear proteins were resuspended extraction buffer (10 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA, and 0.2 mM DTT) and incubated for 20 min at 4 ◦C. Extracts were centrifuged at 16,000× g for 10 min, and protein levels were determined using a BCA protein assay kit (Pierce; Thermo Fisher Scientific, Inc.) according to the manufacturer’s instructions. Both fractions were then used for Western blot analysis.   라고 나와있는데, 이처럼 세포질 내의 단백질을 추출하고, 핵 내의 단백질을 따로 따로 추출할 때, 이 때 사용되는 lysis buffer에 의해 핵막은 붕괴가 안 되는걸까요? 어떻게 선택적으로 같은 '인지질'에 영향을 주는 buffer 임에도 불구하고 핵막에 손상을 주지 않고 핵 내의 단백질을 얻을 수 있는지 원리가 궁금합니다!   좀 쉽게 상세히 설명해주시면 감사하겠습니다! 부탁드립니다!!
회원작성글 콜록콜록  |  09.21
Q. 고등학교 화학/생명과학 동아리 실험주제 질문입니다
안녕하세요 화학,생명과학분야로 활동하는 환경동아리에 속한 고등학교 2학년 학생입니다. 혹시 장기적으로 3개월정도 진행할 화학이나 생명과학 쪽의 실험주제가 있을까요? 예산은 25만원정도 사용가능하고 실험장소는 있습니다
회원작성글 화학 생명 학생  |  09.21
Q. WB/ 1,2차 antibody
안녕하세요  WB 1차 2차 안티바디에 대해 아직 정확한 개념이 잡히지 않아서 글을 남기게 되었습니다. WB를 actin으로 단백질을 확인하고자 합니다.   1차 안티바디와 2차 안티바디를 사용하려고 하는데 이렇게 사용을 하면 되는지 확인부탁드립니다.   1차 안티바디는 rabbit 이며, 2차안티바디는 HRP rabbit입니다.   윗선배가 없는 상황이라 너무 기초적인부분을 올려서 죄송합니다. 이전 교수님께서 설명해주시기로는 HRP가 발광을 한다고 하셨던걸로 기억을 합니다. 그래서 2차 안티바디는 HRP가 적혀있는걸 사용해야 dectetion을 했을 때 band가 나온다고 하신걸로 기억합니다.    1차 안티바디     2차 안티바디
회원작성글 AD석사생  |  09.21
Q. 원자량 측정 실험 과정 유의사항 관련해 의문이 있습니다.
엄청난 실험 초보 대학생입니다. 비열 측정을 위해 물을 넣은 비커에 금속을 넣고 끓였습니다. 이 과정 이후 금속을 꺼내 옮기는 과정에서 금속이 비커의 벽면과 바닿에 닿았습니다.  실험 주의사항에 금속이 다른 곳에 닿으면 안되다고 되어있는데, 당시에는 특별히 육안으로 보이는 변화는 없어서 실험을 그냥 진행하였습니다. 그러나 실험이 끝나고 보니 실험 결과값이 예측값과 크게 달랐습니다. 실험 과정에서는 금속을 옮기는 과정 외에는 특별히 문제가 되는 부분이 없었습니다. 혹시나 금속이 비커에 닿는 과정에서 오차가 발생하였는지 싶어 질문하게 되었습니다. 실험 과정에서 금속이 비커의 벽면이나 바닥에 닿으면 안되는 이유가 무엇인가요? 그리고 이 과정이 실험 결과값에 영향을 줄 수 있을까요? 도와주세요ㅠ 감사합니다.
회원작성글 풀썬  |  09.21
Q. powder 형태 추출물 용매 녹일 때, 유화제 사용 가능 여부
안녕하세요, 현재 powder 형태의 기능성 물질을 받아서 박테리아에 대한 항균작용 및 human cell 처리했을때에 대한 실험을 진행하려고 하는데요.   powder 형태의 기능성 물질이 1g/1ml 정도로 DMSO에는 녹는데 1000배 희석을 위해서 액체배지, D.W., DEPC, PBS를 사용하면 조금있다가 기능성 물질이 석출되버리고, 에탄올로 녹여봐도 안녹고, 심지어 DMSO로 희석을 해버리면 석출이 되버립니다... ㅠ   그래서 지금 고민중인게 DMSO로 1g/1ml 정도까지는 녹으니까 거기에 유화제를 일정량 넣고 D.W 등으로 1000배 희석을 해서 항균작용 실험부터 bacteria에 처리 및 human cell 처리 등을 진행하려고 하는데 이렇게 진행해도 괜찮을까요...?   아니라면 다른 희석방법이 없을까요
회원작성글 촉새  |  09.21
Q. 난소암 마우스, 면역항암제 동물실험 시작하려합니다. 어떻게 준비해야 하나요 ㅠ
동물실험을 한번도 안해본 사람입니다. 제가 딴 과제의 연구의 동물실험을 수행해야 하는데 경험이 없어서 고민입니다. 우리나라에서 난소암 마우스 실험이나 면역항암제 동물실험 많이 하시는 학자는 어느 분이실까요? 관련 학회도 마땅히 없고, 어떤 책을 살펴 보아야 도움이 될지도 모르겠습니다. 어떻게 해야 연구계획을 잘 짤수 있을까요. 출판된 논문들만 계속 찾아보는것만으로는 한계가 있는듯 합니다 ㅠㅠ    
회원작성글 alucion  |  09.21
Q. 효소 저해활성 관련 질문드립니다
안녕하세요. 효소저해활성 및 kinetic 분석을 하다가 궁금한 것이 있어 질문드립니다. 전 현재 phytochemical을 이용해 alpha-glucosidase에 대한 저해 연구를 하고 있습니다. 대다수의 chemical은 저해율이 50~70%인 농도부터 4구간 정도 반수희석을 하면 저해율이 직선적 또는 곡선적인 모습이 나옵니다. 그런데 일부 화합물은 농도에 따라 서서히 오르는 것이 아니라 일정 농도에서부터 저해율이 빠르게 증가합니다.  예를 들면, A화합물: 10mM(5%), 20mM(20%), 40mM(50%), 80mM(60%) 이게 일반적인데, B화합물: 10mM(0%), 20mM(10%), 40mM(99%), 80mM(99%) 이렇게 나오는 화합물이 있습니다. 이유가 뭘까요?
회원작성글 연구직렬  |  09.21
Q. 세포 normalize 방법 (2)
이전 글에 추가 질문입니다.. A와 B라는 세포는 종류가 다릅니다 citrate synthase assay kit을 이용해 비교하려고 하는데 세포 5,000 개 당 citrate를 얼마나 생성했는지 확인하려고 합니다. 여기서 A와 B의 갯수가 동일하다는 normalize가 고민입니다. WST 시약으로 하기엔, A와 B의 mitochondrial dyhydrogenase가 동일하다고 보기 어려운데.. 좋은 방법 있을까요?   세포 5,000 을 counting은 설득력이 떨어지는 것 같아서..
회원작성글 모자  |  09.21
Q. 코로나 항원 항체(급해요!!) 첨부파일
코로나 항체검사 실험을 해보려고 하는데요 코로나 바이러스 항체와 환자의 항원이 필요한데 인터넷에서 구매하는 법 없나요?? 코로나항원검사키트 그거 말구욘,,,, lgG lgM 항체 구하는법이랑 탐지시약 (enzyme-linked SARS-CoV-2 Antigen) 구하는법 아는분 있으면 답변 부탁드립니다 진짜 급해서요ㅠㅜㅠㅜㅠㅜ
회원작성글 leeseo  |  09.21
Q. Ni-NTA regeneration 이해가 안 가네요..
안녕하세요? 나름 Histag purification 고인물이라고 자처했는데,,, 아주 기초적인 부분에서 질문이 있어 남겨봅니다. 제 질문은 아래와 같습니다.   Elution 후 Ni와 결합한 Imidazole을 어떻게 제거하는가? PBS만으로 왜 제거 되는가?   저는 보통 Elution 후에 아예 Ni를 없애버리고, recharging 하는 방식을 썼었는데, 이게 Elution 후에 그냥 PBS로 washing만 하고 (Ni 유지), 다시 써도 되더라구요;;; 그렇다면 PBS washing이 Ni와 결합한 Imidazole을 고효율로 씻어내렸다는건데… 그게 가능한가요? Imidazole과 competition하는 내 histagged 단백질은, PBS washing에 끄떡없는데 말이죠? 혹시 소중한 지식 있으시면 나눔 부탁드립니다.   *참고) resin capacity는 거의 60 mg 이었고, 그거 다 잡고 PBS washing 후 flowthrough 30 mg정도 또 잡음. 그 외에도 엄청 많이 사용하는데 계속 됨;;
회원작성글 암세포  |  09.21
Q. 파라핀 블록 섹셔닝할때 구멍 첨부파일
안녕하세요 폐암세포주를 마우스에 피하로 주입해 얻은 종양을 고정 후 업체에 맡겨 파라핀블록 제작까지 하였습니다. 제가 마이크로톰으로 섹셔닝해보니 사진과 같이 종양조직이 있는 부분만 말리면서 구멍이납니다. 사진에서 구멍나있는 부분이 블럭에서 종양이 embedding되어있는 부분입니다. 두께도 5um~15um까지 다양하게 해보았는데, 모두 같은현상이 나타나네요. 무엇이 문제인지 답변 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 jeongjjang..  |  09.21
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