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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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 카테고리: 전체 > Omics
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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Q. 생물 조직에서 mitochondrial activity assay가 어떤 것이 있을까요...?
 조직에서 미토콘드리아 활성 측정을 하고싶은데요,cell에서는 MTT assay 같은 것을 이용해 독성/미토콘드리아 활성 측정을 하는데조직의 미토콘드리아 활성측정은 어떻게 하는지 찾고있는데 쉽지 않네요 ㅠㅠ도움주세요 ㅠㅠㅠ
회원작성글 실험잘하고싶다  |  2017.09.25
Q. peptide 분자량 측정 관련해서 문의사항이 있습니다!
 안녕하세요 식품을 전공하고 있는 석사 신입생입니다.다름이 아니라 같은 실험실에 있는 외국인 학생이 콜라겐 가수분해물의 분자량을 측정하고 싶어서 maldi-tof장비를 사용하고 싶어하는데 교내 공동실험관에는 장비가 없어서 타 학교나 분석센터 위주로 알아보는데 학교마다 장비도 다르고 전처리 방법이나 말씀해주시는게 달라서 어떻게 해야할지 잘 모르겠네요...고수분들의 도움이 필요합니다!!첨부파일에 있는대로 실험진행하고 결과를 만들고 싶은데 저렇게 전처리하면 되는건가요??혹시 관련된 자료나 사이트 있다면 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 볼음도  |  2017.09.18
Q. 국내에서 telomere와 telomerase 활성도 측정 가능한 분석 업체가 있을까요??
 아시는 정보 있으시면 댓글 부탁드립니다 ㅠㅠ
회원작성글 이탱  |  2017.09.07
Q. 프로테오믹스 단백질 ID 후 pathway 예측 프로그램
 프로테오믹스분석을 처음 하게 된 학생입니다.업체를 통해서 단백질까지 동정이 끝났는데,pathway 예측을 해야할꺼 같은데, 인터넷으로 돌아다니는 괜찮은 무료 프로그램이 있을까요??아니면 저렴하고 괜찮은 프로그램이 있으면 추천좀 부탁드릴께요. 업체에 의뢰하긴 너무 비싸고 ㅠㅠ 당장 구매하기도 어렵네요. 부탁좀 드리겠습니다.
회원작성글 연구초보  |  2017.08.31
Q. Anion hplc 고수님들 제발 도와주세오..
안녕하세요 약 2달 전부터 hplc 로 단백질 분석을 하고 있는 학생입니다. 지금 쓰는 column은 weak anion exchange컬럼이며 Salt gradient와 ph gradient로 두가지 잡고 ph 그라디언트가 더 분리능이 좋아서 하고있습니다.. 단백질의 변성으로 pi가 변한걸 보고 싶은데 버퍼 최적조건을 찾기가 너무 어렵습니다ㅜㅜㅜ 논문 따라한것도 몇가지 되는데 그마저도 비슷하게 안나오고 제가 원하는 단백질만 따로 완전 순수하게 분리한것이 아니라 여러 단백질이 섞여있는데... 예를 들어 pi가 6~7 정도 단백질을 보려 해서 그라디언트를 8정도부터 5까지 내리는데 단백질이 안붙는거 같습니다. 이런문제는 전처리를 안해서의 문제로도 생길수 있는 부분인가요??ㅜㅜ 너무 답답합니다 2d로 분명 변성 단백질을 확인한부분인데 원하는 단백질의 변성정도가 확인이 안됩니다. 샘플 전처리 문젠지 자체 문젠지.. 모르겠습니다ㅜㅜ 조언좀 주시면 감사하1니다ㅜㅜㅜ
회원작성글 armtto17  |  2017.08.10
Q. Homozygous Dominance에서 allele 한쪽은 억제되나요?
안녕하세요! 유전학을 처음 접하는 생물학 전공 학부생입니다. (너무나 기초적인 질문이어서 부끄럽지만..) 공동우성 등의 특이한 경우(?)가 아니라면, Homozygous 우성(Ex. AA)과 Heterozygous 우성(Ex. Aa)의 phenotype은 같다고 알고 있습니다. 그런데 분자적 수준에서 생각해보면, 조금 의문이 듭니다. allele A의 단백질 product를 α라고 하고 allele a의 gene product를 β라고 하면 AA의 경우는 전사-번역을 거쳐서 (2 x α)만큼의 protein이 나올 것이고, Aa의 경우는 (α + β)만큼의 protein이 나올 것입니다. β의 경우 phenotype에 기여하는 바가 없다고 가정하면, AA는 Aa에 비교해서 2배의 α를 생산하니까, 더욱 ‘강력한’ phenotype이 나와야 하는 것 아닌가요? (예컨대 2배의 초파리 날개 크기, 2배 진한 눈 색깔 등등..) AA와 Aa의 phenotype이 같은 이유는 gene product의 양이 같아서 아닌가요? 혹시 AA에서 한쪽 allele을 억제하는 분자적 메커니즘이 있는지 궁금합니다. 만약 있다면 관련한 자료를 소개해주시면 더더욱 감사드리겠습니다. 감사합니다, 좋은 하루 되세요!
회원작성글 학서  |  2017.08.03
Q. Sequence정보로부터 gene ID mapping...
 안녕하세요Gene에 대한 정보가 잘알려지지 않은 플라나리아와 같은 종을 RNA sequencing했습니다.GeneID가 entrez나 ensembl과 같은 major한 ID로 mapping이 안되는데, fasta파일이나 gtf 또는 RNA seq expression data로 특정 다른 한 종으로gene ortholog mapping을 할 수 있는 tool이나 web service에 대해 알려주시면 감사하겠습니다.Blast 등을 시도해봤는데, 여러 종으로 mapping되거나, 전체 fasta파일을 input으로 집어넣기 쉽지 않더라구요..부탁 드립니다.
회원작성글 sshhjj  |  2017.07.29
Q. 384 well qPCR기계 어디 있는지 아시는분~
 포항공대 내에 혹시384 well plate로 qPCR가능한 장비어디 있는지 아시는 분 좀 알려주시면 감사하겠습니다~
회원작성글 진윤  |  2017.07.27
Q. posttranslational modification된 protein을 profiling하려고 합니다.
 안녕하세요ㅎㅎ posttranslational modification된 protein을 profiling하려고 합니다.protein은 곰팡이에서 추출했고, modification 된 protein을 enrichment한 solution type의 샘플을 가지고 있습니다. 분석기관을 찾고 있는데, trypsin을 이용한 digestion, LC-MS/MS, database search까지 해줄 수 있는 분석기관이었으면 합니다.견적을 받아보고 싶은데, 혹시 분석기관 잘 아시는 곳 있으시면 알려주세요~ 부탁드려요~
회원작성글 ggongrang  |  2017.06.23
Q. 단백질3차구조 관련 문의드립니다.
 안녕하세요. 석사과정을 공부하는 학생입니다.저는 박테리아에서 특정 유전자를 클로닝하고 대장균에서 발현, 정제하여 그 특성을 알아보는 실험을 하고있습니다.최근 이 단백질의 구조에 대해 궁금증을 가졌고, 아미노산서열로 구조를 예측하여 구조적인 측면에서 해석을 하고있습니다. 하지만 제가 연구하는 단백질은 기존에 구조가 밝혀진 단백질과는 서열 유사도가 낮아서 결론적으로 예측이아닌 단백질의 3차구조를 밝히고싶습니다.하지만 구조를 밝히는 실험에 대해선 전혀 모르기 때문에 공부를 하였고 지금도 논문과 구글검색을통해 공부를 하고있지만 혼자하기에는 너무 어렵습니다.단백질을 고순도로 정제하는 과정부터 NMR 또는 X-ray를 통해 얻어진 데이터를 3차구조로 해석하는데까지 많은 도움이 필요합니다. 제가 단백질 구조를 밝히는데 도움이 될만한 정보나 많은 조언 부탁드립니다.그리고 단백질 구조를 밝히고 해석까지 해주는 업체가 있다면 알려주시면 감사하겠습니다.긴글 읽어주셔서 감사드립니다.
회원작성글 JWJ  |  2017.05.28
Q. PTM이 일어난 특정 protein분리...
 안녕하세요.proteomics쪽 연구는 시작한지 짧지는 않은데HPLC쪽은 처음이라ㅜㅜ 버벅거려서 질문드리겠습니다..만약 A란 protein이 PTM이 일어나서원래 A protein의 등전점이 5였는데 4~6정도로 변화가 일어났습니다.이 모든 A protein를 HPLC로 분리하고 싶은데ion exchange column으로 분리가 가능한 것인가요?...기초적인 질문 드려 죄송합니다.. 검색해보고있긴한데 지금 너무 급해서ㅜㅜㅜ
회원작성글 armtto17  |  2017.04.20
Q. phylogenetic tree 첨부파일
 제가 계통수를 MEGA7 프로그램을 돌려서 만들려고 하는데요.blast 돌린후 %sim이 70,80,90 인것으로 데이터값을 넣었는데 Approval Rate 값이 100이 나오네요 ...뭐가 잘못된걸까요..bootstrap 1000 으로 돌렸습니다.
회원작성글 피스파머  |  2017.03.31
Q. [Proteomics] cancer study
여러 DB(CPTAC/PRIDE)에서 다양한 project(여러 암종/여러 labeling 방법/global, phosph등등)들의 최대한 많은 데이터를 모아 연구하려 합니다.각 project의 sample마다 기준을 잡을(foldchange의 개념처럼) peptide들을 찾고 있는데, 암종 간의 expression variation이 적고 일반적인 protein을 찾은 뒤, 그 protein의 peptide들이 여러 데이터들에 있는지 확인하려 합니다.이 때 사용할 protein이나 peptide 등에 대해 알고 계신바에 대해 듣고 싶습니다.감사합니다.
회원작성글 sbm  |  2017.03.23
Q. [Proteomics] CPTAC DB
 CPTAC DB에서 여러 project의 peptide data를 받아서 각 project의 condition마다 labeling하려합니다.이를 위해 Reference peptide를 condition마다 잡아야하는데 관련 일을 해보신분 계신가요?
회원작성글 sbm  |  2017.03.22
Q. [proteomics]Mass spectrometry 실험 및 분석
 Mass spectrometry에 대해 공부하고 싶습니다.proteomics분야에 대해 아는게 거의 없고이론 공부와 기기에 대해 배운 뒤 분석을 익힐 예정입니다.현재 실험실의 기기는 thermo easynLC-QExactive입니다.논문이든 책이든 웹페이지든 도움이 될만한 source를 추천해주시면 감사하겠습니다.또 처음 Mass를 공부하실때의 방법을 알려주세요감사합니다.
회원작성글 sbm  |  2017.03.10
Q. RNA-seq DEG 하는데, 실험군에서 소량의 다른 생물의 RNA가 존재한다면?
안녕하세요.. de novo RNA-seq으로 eukaryote 1종에 대한 DEG실험을 진행하려고 합니다.그런데 실험 설계상, 실험군에서는 대조군과 같이 타겟으로하는 본 eukaryote 1종 이외에, 아주 소량의 또다른 eukaryote 1종의 RNA (세포는 100% 분해되고나서 1-2일이 지나 물속에 염기서열이 존재할 것으로 예상)가 존재할 것으로 예상되는데요.이 경우에, RNA-sequncing 후, assembly를 할때.. 소량이라도 영향을 줄 수 있을까요? 예를 들면, Illumina  assembly할때 잘못될 가능성이라던지.. 궁금합니다.감사합니다!
shjang  |  2017.02.14
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