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웹진 Vol.24, No.10 (2022년 10월) 발간
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 카테고리: 전체 > Cell Biology > Cell Cycle
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. cell의 성장곡선을 이용해 virus 양 측정을 할 때 어떤 식으로 결과그래프를 그려야할까요? 첨부파일
cho-k1 cell에 virus를 감염시켜 virus의 증가량을 보는 실험을 진행중입니다.감염시키지 않은 cho-k1 = control감염시킨 cho-k1부유배양으로 배양했고 이 두가지의 성장곡선을 측정하면서 cell이 들어있는 배지(sample)를 취해 보관하였습니다.성장곡선이 끝난 후 매일 보관했던 sample들을 virus가 얼마나 있는지 알기 위해 virus primer와 probe로 pcr 돌렸더니control은 당연히 ct값이 뜨지 않았고,감염시켰던 cell의 sample은 감염시킨 첫날과 둘째날에 virus의 양이 증가됨을 볼 수 있었고 그 다음날부터는 증가된 양이 유지가 되는 것을 볼 수 있었습니다.문제는 이 pcr 결과로 그래프를 만들어야하는데엑셀을 이용해 성장곡선을 그렸던 그래프에 virus standard curve 그렸던 걸로 임의의 값을 내어 virus가 얼마나 증가했는지 그래프를 그려야 합니다. (titer를 모르는 virus라 임의의 값으로 내려고 합니다.)그래서 standard로 구한 y=-2.431x+49.378 식에 y값에 ct값을 넣고 나온 x값을 임의의 값이라 지정하여 그래프를 그렸습니다.standard가 로그값으로 되어있는 것 같아 엑셀 그래프 축에도 로그 값을 취하여 그렸습니다.그런데 control의 ct값을 같은 방법으로 그렸더니 0으로 나올 줄 알았던 그래프가 꽤 높은 값으로 나와 이 방법 자체가 틀린 방법이라 생각이 듭니다.이런 상황에서 어떤 방법을 이용하여 그래프를 그려야 할까요?
회원작성글 삑뽁  |  2019.01.22
Q. cell cycle 문제입니다... 첨부파일
안녕하세요. 저는 cell cycle은 진행하고 있는 대학원생 입니다.그런데 제가 cell cycle을 처음 진행하는데 도와줄 선배도 없고 어렵네요 ㅠㅠ-sample 준비과정-cell을 트립신으로 harvest 하여 EtOH 로 fixation 하여 PI staining 하였습니다.RNase A는 50 ug/ml 로 처리하였으며 PI 또한 50 ug/ml로  30분간 4도씨, in dark에서 incubation 하였습니다. 하지만 남들처럼 픽이 뜨지 않네요.. 사진 첨부하였으니 한번 봐주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 미남  |  2019.01.11
Q. cell proliferation은 증가하는데 cell cycle arrest가 될 수 있나요..?
두 가지 암세포에서 어떤 유전자를 knockdown 시킨 후CCK-8 array와 FACS를 수행하였습니다. 그 결과 CCK-8 값은 증가하였으나cell cycle이 G0/G1 arrest 된 것을 확인하였습니다. 통계적으로도 유의한데이런 현상이 가능한가요..? G0/G1 arrest는 cell division이 일어나지 않고 멈춰있다는건데이상태에서 proliferation이 증가한다... migration 과 invasion도 눈에 띄게 증가하였습니다. 논문을 아무리 검색해도 두 양상이 반대로 가는 경우는 찾을수가 없어서요.. ㅠ 어떻게 해석해야 하며 무엇을 더 확인해봐야 할까요.. 여러 조언 부탁드립니다.
회원작성글 sysy123  |  2019.01.03
Q. cell cycle G2/M phase arrest protocol
안녕하세요.cell cycle 실험을 하려고 하는 학생입니다.jurkat이나 thp-1 같은 면역세포를 사용 중입니다.실험할 때 여러개의 세포들이 분열을 시작하는 시점부터 관찰을 하기 위해서cell cycle을 동기화 시키려고 합니다.nocodazole이 이를 가능하게 하는 약물인 것으로 알고 있는데,pbs로 1번 washing을 하니 세포가 죽는 것 같았습니다. 3번은 washing을 해야하는지 궁금합니다.washing은 centrifuge 없이 세포를 바닥에 부착시킨 상태에서 그대로 진행합니다.centrifuge를 이용한 washing을 해야하는지도 궁금합니다.아니면 세포에 더 안전한 다른 약물들이 있는지 궁금합니다.
회원작성글 쌀치킨  |  2018.12.18
Q. cell cycle G2/M phase arrest protocol
안녕하세요.cell cycle 실험을 하려고 하는 학생입니다.jurkat이나 thp-1 같은 면역세포를 사용 중입니다.실험할 때 여러개의 세포들이 분열을 시작하는 시점부터 관찰을 하기 위해서cell cycle을 동기화 시키려고 합니다.nocodazole이 이를 가능하게 하는 약물인 것으로 알고 있는데,pbs로 1번 washing을 하니 세포가 죽는 것 같았습니다. 3번은 washing을 해야하는지 궁금합니다.washing은 centrifuge 없이 세포를 바닥에 부착시킨 상태에서 그대로 진행합니다.centrifuge를 이용한 washing을 해야하는지도 궁금합니다.아니면 세포에 더 안전한 다른 약물들이 있는지 궁금합니다.
회원작성글 쌀치킨  |  2018.12.10
Q. BrdU assay trouble shooting. BrdU positive signal의 세기 첨부파일
cell cycle을 보려고 HeLa cell에서 BrdU incorporation 실험을 하고 있습니다.BD에서 kit를 사서 진행하고 있는데, 실험 결과가 참고한 논문과 다르게 나와서 애를 먹고 있습니다.FACS를 찍으면 BrdU positive 범위가 10^2~10^5까지 범위가 나와야하는데 너무 좁게 나타납니다.첨부파일로 올렸는데 처음 사진은 논문에서 발췌를 했습니다.HeLa cell이고 BrdU labelling을 15시간 했습니다.두번째 사진은 제가 한 실험인데 HeLa cell에서 starvation을 진행한 뒤, BrdU labelling을 마찬가지로 15시간 진행한 실험입니다.세번째 사진은 labelling시간을 줄여서 7시간만 진행한 실험입니다.제가 알기론 BrdU실험을 진행하면 cell이 phase별로 구별되는 것으로 알고있는데 실험결과가 그렇지가 않습니다. 어떻게 해야 trouble shooting이 될까요? 
회원작성글 끼윱  |  2018.11.15
Q. FACS 데이터분석 관련 질문
tumor에 항암제를 처리하여 FACS를 했는데 수치가 apoptosis도 증가하고 S기 상태도 같이 증가하는 형태로 나왔는데 왜 그런지를 모르겠어서 질문 올립니다.plus> 그리고 항암제 처리 안한 control은 G2기가 현저하게 낮은데 항암제 처리한건 다 G2기&M기 peak가 점점 증가한 형태로 나왔습니다.왜 이럴까요?미흡하지만 답변해주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 dreamjw021..  |  2018.11.09
Q. MicroRNA product size 어떻게 알 수 있나요? 첨부파일
Female Mouse의 특정 Micro RNA (mmu) 를 Primer로 하여 PCR 후 전기영동으로 발현 확인하고 있습니다. 다른 논문을 찾아보아도 다 RT-PCR로 실험을 진행하였고 PCR은 없었습니다. 사이즈를 알아야 PCR을 확인할 수 있는데 사이즈 확인법을 가르쳐 주세요.질문은 아래에서 있는 두 가지 입니다. -micro RNA는 bp가 짧아 size 를 구하는 방법도 일반적인 RNA와 다르다고 하는데 어떻게 microRNA Size를 알 수 있나요? - posivite로 beta-catin로 하고 전기영동 후 b-actin은 제대로 나왔는데, Micro RNA는 그림처럼 멀티밴드양상이거나 아예 나오지 않았습니다. 어떤 문제가 있는 걸까요?조건은 Tem: 5ulF.W: 1ulB.W: 1ul10*reacrion buffer: 2uldNTP: 0.5ulMgCl2: 0.3ulN-Taq: 0.3ulSDW: 9.9total: 20ul
회원작성글 epark8  |  2018.10.30
Q. FACS로 cell sorting을 하려고 하는데요.
안녕하세요.FACS로 cell sorting을 하려고 하는데요.혹시 수도권 주위에서 해 서비스 해주는 곳이 있나요?저는 인천에 있는데, 여기 주위에는 FACS로 cell sorting 하는 곳이 없어서요.미리 감사드립니다.꾸벅
회원작성글 joon9657  |  2018.10.04
Q. FACS 분석시간
pi staing을 하여 facs로 cell cycle을 분석하려고 합니다.기기마다 다르겠지만, 대략적으로 sample 하나당 operating time이 어느정도 되는지 알고 싶습니다.
회원작성글 song2busut  |  2018.09.28
Q. 충북에서 cell을 TEM 찍을 수 있는 곳 있을까요?
TEM을 알아보고있는데 충북 지역 가까이서 의뢰 받는 곳 있나요?? 
회원작성글 우엉네  |  2018.09.09
Q. FACS 그래프 해석
Inhibitory effects of kaempferol on Th17 lineage differentiation and inflammatory cytokine production were analyzed using mouse splenocytes. The inhibitory effects of kaempferol on Th17-polarized T-cell differentiation (a)S3 Kaempferol inhibits Th17 cell differentiation in vitro and in vivo. (a)Flow cytometry analysis of the inhibitory effects of kaempferol on the Th17 cell-polarizing condition. Data are representative diagrams obtained from three independent experiments, and the values are represented in Figure 5a.논문내용입니다.FACS 그래프에서 Y축 SSC-H의 의미를 잘 모르겠습니다. granularity라는 의미라고 찾았는데제가 이 논문에서 해석이 잘 적용안되는것같습니다. SSC가 side scatter이라는 것도 찾았는데해석자체가 잘안되네요.. 답변 부탁드리겠습니다 ㅠ
회원작성글 마가라즈  |  2018.09.08
Q. PI staining-FACS 관련 질문 첨부파일
안녕하세요제가 요즘 PI staining-FACS로 cell cycle assay를 진행하는 중인데 Vero cell에 Etoposide(20uM/24hrs)를 처리하여 apoptosis를 유도하고 FACS를 진행했습니다.이 데이터에서 n (x-250 부근) 과 2n(x-500)을 볼 때 G2/M arrest가 잘 유도된 것으로 보이는데,G2/M arrest 만으로 apoptosis가 induce 되었다고 볼 수(주장할 수) 있나요?또 논문들을 보면 n과 2n을 각각 x축 200,400에 맞춘 경우가 많은데 그 이유를 아시는 분 계신가요?마지막으로 앞쪽에 보면 (x축 0부근) 약 5%정도 cell이 찍혔는데 이 peak를 apoptotic cell이라고 해석하는게 맞나요?처음 해보는 실험이라 논문 계속 찾고는 있지만 쉽게 풀리지 않아서 질문 드립니다.감사합니다.
회원작성글 mvl0970  |  2018.08.22
Q. cosegregation에 대해 설명 부탁드립니다.
논문을 읽던 도중 cosegregation of template DNA라는 부분이 해석이 안되서 질문을 올립니다.어떤 현상인지 설명부탁드립니다.추가로 cross-section도 모호한데... 설명이 가능할까요?
회원작성글 돈먹는꼬마  |  2018.06.15
Q. 도와주세요 ㅠㅠ FACS로 cell cycle analysis 할때 셋팅 질문입니다
안녕하세요 FACS 때문에 힘들어하고있는 원생입니다 ㅠㅠ 건물에 FACS가 있긴한데 제대로 사용법을 아는사람이 없어서 .. 유튜브와 구글링으로 엄청 열심히 공부하고 시뮬레이션해서 더듬더듬 팩스를 찍고 있는데요 cell cycle analysis 를 위해 에탄올로 고정하고 PI 염색 후 FACS를 찍는데,FACS 장비는 BD FACScalibur를 사용하고 있습니다.1. annexinV/PI 나 아니면 다른 항체를 붙여서 염색을 할때는 보통 isotype 이나 염색 하지않은 세포로 처음에 조건을 잡잖아요?이전에 다른분이 cell cycle analysis를 하는걸 옆에서 본적이 있는데 염색하지않은 세포로 FSC, SSC dot plot에서 gating을 하고 조건을 잡아야한다고 알려주셨는데 이게 너무도 당연한거라 그런지, 아니면 cell cycle 분석시에는 염색하지않은 세포로 조건을 잡는게 아니라 control 군을 염색한 걸로 조건을 잡으면 되어서 그런지 이런 내용이 언급되어있는 자료를 찾지를 못해서요 ㅠㅠ 2. 그리고 histogram을 볼 때에는 FL-2를 log가 아닌 linear로 해놓고 확인해야 하는게 맞나요? 3. FSC-SSC dot plot 에서 gating을 하고 FL2-W, FL2-A dot plot에서 doublet을 제거해야한다고 하는데, doublet 제거도 gating 해서 하는게 맞나요 ??4. 2N과 4N이 각각 가로축의 200과 400에 오게 하려면 FL2의 voltage를 조절하고 FL2-A와  FL2-W의 amp gain을 조절하라고 하는거 같은데 .. 제가 이해한 바가 맞을까요 ㅠㅠ 여기서 조절한다면 대충 어느정도의 수치까지 올리거나 내려보시나요? 계속 찍어보면서 확인하는수밖에 없나요 ?5. 제가 시약은 BD사의 PI/RNase staining buffer를 쓰고 있는데 매뉴얼에 보면 10^6 개 cell 당 500uL의 염색약을 첨가하라고 하는데, cell을 에탄올로 고정하고 워싱하는 과정에서 세포가 상당히 많이 소실되는것 같습니다. up and down을 할때 뭉쳐진 펠렛이 잘 안풀어지는거 같기도하구요 .. 보통 석션기를 사용하시는지, 아니면 피펫으로 따시는지, 아니면 그냥 튜브를 뒤집어서 액체를 버리는정도로만 하시는지? 궁금합니다. 질문이 너무 많네요 ㅠㅠ 브릭에있는 질문들 전부다 읽어봤는데도 잘 모르겠고 이해안되는 부분만 추린건데도 ..  관련 실험을 많이 해보신분을 도움을 간곡히 청합니다.미리 감사드립니다. !! 
회원작성글 매리골드  |  2018.05.16
Q. clear zone 실험 방법을 알려주세요
고등학교에서 관제연구로 B.cinerea(잿빛 곰팡이 병원균)을 가지고 마늘에 대해 항균효과가 나타나는지에 대해서 실험할껍니다. 항균효과를 관찰하는 것은 clear zone 실험을 할껀데요. 실험방법을 자세히좀 알려주세요,   실험 진행 상황: 마늘 추출물을 농축 후 동결 건조 하여 분말로 가지고있음                   PDB배지를 가지고있음                   b.cinerea를 가지고 있음.
회원작성글 원~~~!!  |  2018.03.24
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