안녕하세요 southern blot은 지금까지 결과가 나오기까지 문제없이 잘 수행해 왔었습니다하지만 restriction enzyme을 바꾼 이후로는 (같은 종류이지만 회사가 다름, 6년정도 보관되고 있던것) 밴드가 전혀 나오지 않고 있습니다처음엔 enzyme의 문제라고 생각했었지만 restriction emzyme의 문제라면, 제 생각에는 DNA marker band만은 제대로 나오고 원하는 밴드가 나오지 않을 것이라고 생각되는데, DNA marker도 전혀 나오지 않았습니다.그리고 restriction  후 전기영동으로 확인해 보았을때도 제대로 smear된 밴드를 확인했습니다.또한 실험실의 다른 사람이 같은 enzyme을 가지고 probe를 제작하였는데 문제가 없었지만, 그 사람은 아직 prehybridization 전 단계이므로 아직 결과는 확인해보지 않은 상태입니다. 만약 enzyme의 문제가 아니라면, 어떤 단계에 문제가 있을까요?marker도 나오지 않는 경우라면 detection방법의 문제라고 생각했는데, 마찬가지로 이전에 쓰던 detection reagent(amarsham)는 문제가 없었기 때문에 어떤 단계에서 잘못된건지 잘 모르겠습니다.답변 부탁드리겠습니다.

제가 많이 초보 입니다. 말그대로 southern blot을 하려고 하는데,mouse에서 gDNA를 뽑았습니다. gDNA를 효소 처리하여 agarose gel에 run 하려 하는데,1) gel %는 얼마 정도 하면 되는지요? 0.7% 정도면 될까여? 제가 보려하는 band는 약 10kb 입니다.2) 그렇다면, gel은 얼만큼 큰 gel을 써야하나요? 보통 실험실에서 쓰는 Mupid 를 써도 되나여?    크기가 큰 band를 인식해야 하니 혹시, 큰 gel을 써야하는건가요?? 어느 정도 길이가 적당한지요?너무 무식한 질문이어도..답좀 부탁 드려요..ㅠ.ㅠ

작은 논문을 내보려는데, 빨리 내려고 하고 있습니다.IF가 낮은 저널들이라 좀 그렇지만... 어디가 좋을 지 어디가 더 빠를 지 모르겠네요.IF는 FEBS가 1점 더 높더라구요..그러니 조건이 비슷하면 FEBS가 더 좋지 않을까 생각도 하고 있는데,의견 듣고 싶습니다 (게시판에 안 맞는 글이기도 하지만..딱히 쓸 곳이 없어서..)어디서든 revision이 안 오길 바라고 있습니다. 둘 다 comm 저널이라 제발...하고 있는데사실 급해서 리비전 하라는 거 안 하고, 이 저널들에 내려구요...조언 부탁합니다.

제가 replication mechanism을 예측..하려고 하는데요... RCR type인지.. theta type인지..제가 가지고 있는 plamsid와 유사한 plasmid가 NCBI에 등재되지 않아서 논문을 참고할 수는 없을 것 같아요... 어떻게 mechanism을 예측할 수 있죠?? mechanism 예측 후에 S1 nuclease 처리하여 southern blot 실시 예정이구요..

southern blot 할 때 gDNA를 뽑는 과정에서10% lauroylsarcosine이 들어가던데요이것의 역 lauroylsarcosine할이 무엇인가요?

제목 그대로 ..지금까지 저널에서든 어디서든 lipopolysaccharide 분해 효소가 밝혀진 게 있나요 ?? 있다면 어떤 건지 .. (혹은 그걸 다룬 논문 제목이라던가요 !) 일반 lipase로는 LPS분해가 안 될 것 같은데 .. 맞나요 ?? :)

국내에 southern blot 분석 의뢰 하는곳 있나요???

안녕하세요..아주 기초적인 질문은 아닐까 걱정이 됩니다.Southern blotting을 이용해서 ES 세포를 genotyping 했어요..다행히 원하는 positive를 얻었는데, 그런데 positive(2n)는 왜 두개의 밴드가 되어 지는지요? 하나(n)는 target이 된 allele이고 나머지 하나(n)는 wild type이구요,,두개의 allele에 동시에 target이 되는 경우는 없나요? 잘 모르지만, target되는 확률이 낮아서 그런 건가요?답변 주시면 고맙겠습니다.

southern후 stripping해서 냉장보관 (4)보관 하고있습니다.다시..실험을 해보라고하는데..뭘 어찌해야될지  모르겠습니다.어떤step부터인가요?pre-하이브리 부터인가요?? 도움부탁드려요

 RAT 실험을 하려고 합니다.femur 쪽에 infarction(경색)을 만드려고 하는데... 만드는 방법 없나요?약품을 이용하든, 봉합을 이용해서든. 알려주세요.빨리 만들어지는 쪽으로.그리고 RAT iv는 어려운가요? 가능한가요? 가능하다면.어느 쪽에 해야 하는지 적절한 방법을 알려주세요..주의사항도마지막으로 rosebengal과 빛을 이용해서 경색을 만들 수 있다는데. 자세히 아시는 분  알려주시면 감사하겠습니다.

특정 유전자가 transfection 된 세포에서 genomic DNA를 뽑아 southern blot 혹은 dot blot으로 특정유전자의 copy number를 알아보는 실험을 진행하고 싶습니다transfection 하지 않은 세포를 (-) control로 사용하였습니다근데 대조군과의 intensity가 차이가 없고 제대로 probe가 붙은 것인지도 알수가 없습니다그래서 denaturation condition을 바꿔볼까 하는데요저는 genomic DNA를 heat 65도 또는 95도로 처리하여 denaturation을 하였는데혹시 다른방법으로 하는 방법이 있을까요?가령 제한효소로 일부 자른다거나 아님 DNase처리를 하여 random하게 짤라준다면 Probe가 붙기에 훨씬 적합하지 않을까요?근데 DNAse처리하면 제가 보고자 하는 유전자도 모두 잘라버릴꺼 같기도하고모가 문제인지 몰라서 하나하나 단계별로 집어보고 있는데 조언 부탁드립니다

제가 Southern blot으로 5'에  TEG를 링커로 바이오틴이 레이블링이 되어있는 DNA를 membrane에 transfer 하려구 합니다.근데 제가 전기영동 과정에서 암페어를 300mA로 하였더니 볼트도 그정도로 나오구요30분을 냉장에서 하였는데 다하고 나니 버퍼가 뜨듯하더라구요그래서 링커인 TEG가 깨지는 것이 아닌가요??BLOT을 하고나면 밴드가 보이지 않습니다 ㅠㅠ왜그럴까여??혹시 제가 하는 실험을 하고 계신분은 조언 부탁드립니다!

biotin이 labling 되어있는 DNA를 Southern blo하는 방벙인데요 제가 현재 native gel을 사용하고 잇는데요어떤건 blot이 되고 안되고 그래서,,, protocol상의 문제인거 같습니다.아무리 찾아봐도 일반 DNA 를 blot하는건 많은데 biotin이 labling 되어있는 DNA방법은 없더라구요,,,,,저두 처음 하는거라,,,,궁금합니다 PAGE도 native를 써도 되는지,,, 그리고 실험과정에서 문제가 될만 한 것이 뭔지두요,,,,,답변 부탁드립니다!!protocol이 있음 더 좋구요!!

southern시, biotin과 결합된 target DNA를 detection하기 위해 phototope-Star Detection kit를 사용합니다.이때, streptavidin 6μl를 첨가한 blocking buffer 6ml에 membrane을 shaking하다 보면처음에는 용액이 투명했는데 3분~5분 사이에 갑자기 용액이 하얗게 변하면서걸쭉해지는 현상이 나타납니다.. 후에 blocking solution에 biotinylated alkaline phosphates에 넣고 membrane을 shaking하는 과정에서도 그렇구요..후에 develop을 해보니 큰 문제는 없었던것 같은데요..저런 현상이 원래 일어나는건가요 ? 아니면 무슨 문제가 있는걸까요?답변부탁드려요-

국내에 Southern blot을 의뢰할 수 있는 기관이 있는지 알려주시면 감사하겠습니다.

genome 상에 gene integration을 보기 위해서 southern blot을 하고 있는데,제가 사용한 방법은 DIG labeling kit을 이용해서 하고 있습니다.integration site 및 copy 수를 보기 위해서 genomic DNA를 enzyme digestion을 한 후에 DIG label된 probe를 사용해서 hybridization을 하고 immunodetection 방법으로 확인을 했는데, band가 죽 끌리듯이 나오는 현상이 반복되고 있습니다.genomic DNA 양도 조절해보았고, enzyme digestion 시간도 줄여서 하여 가장 잘 되는 시간을 잡았고, probe 양도 조절을 해 보았으나 이러한 현상은 변함이 없어서 혹시 경험해 보신 분 있으시면 도움을 얻고자 이 곳에 글을 올리게 되었습니다.positive control로 plasmid를 enzyme digestion을 한 후에 사용하였는데, 그 band만 깔끔하게 나오는 상황입니다.브릭에 올라와 있는 다른 분들의 경험이나 manual에 있는 내용 다른 곳에 나온 내용들을 다 뒤지고 찾아보고 해보아도 해결이 안되네요..혹시 저랑 비슷한 실험을 해보신 분이 있으시면 꼭 답변을 부탁드립니다.