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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA
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Q. 전기영동 해석 도와주세요..
1번 2번 3번 4번 이 어떤 dna혹은 rna인지 찾아야하는데 접근법부터 막막합니다..size로 유추하는 거라고 생각해서 1번은 GDNA라고 생각하고 234번이 rna인거같긴한데 구글링을 통해 사이즈 측정으로 2번은 16s rRNA이고 4번은 tRNA혹은 5Srna라고 유추했는데 혹시 접근법 자체가 틀린건지 여쭤보고싶습니다 ㅜ
회원작성글 이이이이이  |  05.03
Q. cDNA 후 PCR 첨부파일
cDNA 후 PCR하여 전기영동 하였는데 밴드가 이렇게 나옵니다.  PCR이 제대로 안된 걸까요...?  
회원작성글 감자역병  |  05.03
Q. RNA 순도와 qPCR 실험의 관련성
  안녕하세요 선배님들, 저는 조직에서 RNA를 추출하여 qPCR을 진행하는 실험을 진행하고 있습니다. 그리고 qPCR을 하며 궁금증이 있어 이렇게 글을 적게 되었습니다. RNA의 순도는 A260/A280가 약 1.8~2.0 일때 최적이며 RNA 양이 충분하다는 가정하에 이 범위에 포함되지 않더라도 사용해도 된다고 알고 있습니다. 예전에 qPCR을 연습할 때 A260/A280가 2.4인 RNA로 실험을 진행한 적이 있었는데 이때 control로 사용한 GAPDH와 target gene들의 Ct 값은 duplicate 했을 때 오차가 거의 없이 잘 나오는 것을 확인하였었습니다. 이 부분에서 질문을 드리고 싶습니다. 데이터가 무리없이 뽑힌다고 하더라도 RNA 순도가 낮다면 이 데이터는 신뢰하기 어려운 데이터일지 그리고 RNA 순도가 최적 범위를 벗어나는 ex) 2.4, 1.2의 경우 이를 cDNA로 합성하여 qPCR을 진행하면 어떻게 되는지 궁금합니다. 선배님들의 많은 조언 기다리겠습니다. 항상 감사합니다.
회원작성글 지얀  |  05.02
Q. In vitro transcription
할때 -20도에 보관됐던 material들을 꺼내서 쓰잖아요. 근데 효소같은것들은 글리세롤 넣어서 액체 상태인데 dtt나 transcription buffer, rNTPs, DEPC같은 경우는 얼음상태더라고요. 얘네들 다 바로 볼텍싱해서 녹여서 쓰나요? 얼음상태면 파이펫팅할때 정확한양이 안들어올거 같아서요!
회원작성글 머시플  |  04.28
Q. Qiagen 혹은 Thermo에서 괜찮은 DNA/RNA Isolation Kit이 있을까요?
Isolation Kit이 Qiagen과 Thermo에서 많이 사용한다고 들었습니다.   혹시 괜찮은 제품이 있을까요?   ep tube/magnetic beads 두 방식 모두 괜찮습니다.   cell 및 tissue용으로 부탁드리겠습니다!
회원작성글 euni_  |  04.27
Q. 바이오닉스 배송
바이오닉스에서 프라이머 금요일에 주문 시켜보신분 계신가요? 거의 하루만에 배송오는것 같은데 금요일에 주문시켜도 토요일에 바로 배송되나요..?
회원작성글 짱짱  |  04.22
Q. TaqMan® MicroRNA Assays 제품에 대해서
TaqMan 실험을 처음해봅니다...! TaqMan® MicroRNA Assays 제품만 구매하면 cDNA 합성하고 qPCR도 할 수 있는건가요?
회원작성글 hhhhhhhha  |  04.21
Q. lipofectamine RNAiMAX를 이용한 siRNA transfection 실험 시 seeding media에는 FBS가 포함되는게 맞나요?
안녕하세요. RNAiMAX reagent를 이용한 siRNA transfection과 관련하여 몇가지 여쭤보려 글 쓰게 되었습니다.  실험 계획은, 우선 6-well plate에 cell을 seeding 한 뒤 24시간 후에 siRNA-Master Mix를 제조하여 첨가하려 합니다. 이를 제조하는 과정에서, media성분에 serum 성분이 존재할 시 transfection 효율이 떨어져, optimem-reduced media를 사용하거나 다른 media를 사용하더라도 FBS를 첨가하지 않은 것을 사용한다고 하더라고요.   이런 media의 serum 성분이 transfection 효율을 떨어트린다면, 6-well plate에 cell을 seeding 할 때 사용하는 media 또한 FBS를 녹이지 않은 것으로 사용해야 할까요?   결국 완성된 siRNA mix를 기존에 존재하던 6-well plate의 cell에 처리하여 transfection이 수행되는데, 기존의 6-well에 FBS가 첨가된 media가 존재한다면 transfection 효율이 떨어질까 하여 질문 드립니다.    감사합니다!
회원작성글 사슴풍뎅이  |  04.20
Q. in situ hybridization(ISH) 잘 아시는 분ㅜㅜㅜ
ISH에 대해 처음 공부했는데요, 한마디로 RNA의 발현 위치와 그 양을 확인할 수 있는 방법이라고 배웠습니다. 궁금한 점은, ISH를 DNA에는 사용하지 않는다고 들었는데 그 이유가 무엇인가요?? 아시는 분 자세하고 쉬운 답변 부탁드립니다ㅠㅠ
회원작성글 쿙  |  04.18
Q. RNA전사에서 환경조건
RNA전사가 일어날 때 환경조건을 달리하면 전사 방법이 달라질수있을까요? 예로 조건을 어떻게 달리할때 어떤식으로 변화될지 궁금합니다.
회원작성글 장추벌레  |  04.17
Q. 진핵생물 RNA 중합효소 II 와 프로모터 (이론 질문) 첨부파일
생명과학을 좋아하는 고등학생인데, 이론적인 부분에서 궁금한 점이 있어서 질문합니다. 진핵생물에서 RNA중합효소 II에 의해 전사가 일어날 때, 전사 개시 부위에 대한 그림에서 왜 하류가 3' 쪽인가요? 주형가닥은 3'->5'쪽으로 전사가 되는데, 프로모터는 암호 가닥을 그린 건가요?? 아래는 고급생명과학 교과서의 그림입니다.
회원작성글 qhg  |  04.14
Q. Renilla Luc. 발현 후 유의미한 RLU 차이는 어느정도일까요?
안녕하세요. Renilla luc. mRNA를 이용해서 발현 증진 실험 수행중인 대학원생입니다. RLU를 BCA 결과로 보정한 RLU/mg protein 값을 통해 발현량의 차이를 확인합니다. 결과값들이 워낙 크다보니, Log 값으로 데이터를 사용합니다. 다들 아시다시피, 세포나 마우스로 실험하다보니, 동일한 조건으로 실험해도 어느정도 수치의 차이는 발생하더군요. 보통 RLU 값이 어느정도 이상 차이가 나야 유의미하다고 보시나요? 통계처리에서 좀 애를 먹고 있어서요.. 실험군간의 RLU 차이가 통계적으로는 유의미하다고 나오지만, 반복실험을 했을 때는 동일한 시료끼리의 RLU에서도 그 이상의 차이가 나오고 있는 상황이라서요. (같은 세포주에서 동일 조성의 시료로 반복실험했을 때 최대 10배의 편차가 있었습니다..) 그러다보니 통계처리 과정이 좀 힘드네요^^;  비슷한 경험이 있으신 분들 조언 부탁드립니다.
회원작성글 chachaaa  |  04.11
Q. bone mRNA extraction 관련 질문드립니다
안녕하세요. 현재 마우스의 bone으로부터 mRNA 추출하여, PCR 진행하려고 합니다. 그 중 sample prep과정에서 실험과정 상 골수가 추출된 bone을 사용하게 될 것 같은데, 실험에 영향을 미칠까요?  bone은 마우스의 tibia 또는 femur를 사용하려고 합니다. 뼈 실험은 처음이라, 경험 있으신 분의 소중한 조언이 큰 도움이 될 것 같습니다.
회원작성글 KappaB  |  04.07
Q. RNA 전기영동 band 좀 봐주세요ㅠㅠ 첨부파일
안녕하세요 저는 이제 막 대학원 입학한 초보 실험자입니다. 다름이 아니라 Trizol을 이용해 spleen에서 RNA를 뽑고 RNA가 잘 뽑혔는지 확인해보려고 전기영동으로 확인했는데 계속 밴드가 잘 안나와서 질문올립니다,,   18S는 잘 나온 것 같은데 5S 밴드가 진하게 나오고 28S는 저렇게 밴드가 끌린모양으로 나와서 이 RNA로 실험을 진행해도 될지 의문입니다,, 아무리 찾아봐도 28S가 18S보다 2배정도 두껍게 나와야하고 뚜렷한 밴드 형태를 가지던데 저 28S는 degradation이 되어 18S band가 두껍게 보이는 건가요? 28S밴드 형태가 쭉 끌린 형태는 degradation되거나 농도가 진하면 그렇다던데 이 때문인걸까요? 전기영동은 native electrophoresis로 1.2% agarose로 50V에 40분 내렸습니다,, 작은 V에 천천히 내리는게 좋다고 해서 이랬는데 너무 오래 내려서 이런걸까요,, nanodrop으로 260/280, 260/230 수치는 괜찮았고, 첫번째 두번째 RNA는 농도가 진해서 dilution한 최종 농도 적어놨습니다..   첫 질문인데 답변 부탁드립니다ㅠ 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 안녕999  |  03.28
Q. miRNA와 관련해 질문있습니다
miRNA에 대해 공부하고있는데 궁금한 사항이 있어 글남겨봅니다   miRNA가 mRNA와 관련이 있다는것은 알겠는데 miRNA가 어떤 RNA에게 영향을 미치면 그 miRNA 의 -3p나 -5p도 같은 영향을 미친다고 봐도 되는지 궁금합니다.   예를들어 miR-1 이 특정 A라는 유전자의 발현과 관련이 있으면 miR-1-3p나 miR-1-5p도 A의 유전자 발현에 영향을 미치나요?   아무리 찾아봐도 잘 모르겠어서 혹시 참고할 자료라도 알려주신다면  열심히 공부하겠습니다   감사합니다.
회원작성글 진도하  |  03.23
Q. RNA extraction 중 isopropanol 방치
안녕하세요 학교 실험실을 다니면서 실험을 배우고 있는 학부생입니다! 제가 RNA 뽑던 중에 isopropanol을 1시간 30분 정도 방치를 하고 centrifuge를 돌렸어야했는데 방치를 안하고 바로 centrifuge를 돌려버렸어요ㅠㅠㅠ RNA 뽑는데 많은 영향을 줄까요...?
회원작성글 우당탕탕  |  03.17
Q. DNA추출 마지막 단계에서 진공건조기가 없는데 어쩌죠...
PCR 시도해보려고 열심히 자료 조사하고 실험계획 만들었는데 슬프네요 다른 방법없을까요??   그리고 진공건조는 몇도에서 하는건가요??
회원작성글 Seoki  |  03.11
Q. 토양 DNA extraction 을 Rapid법으로 진행중인데 헤깔려서요.
DNA 농축 단계에서 이상한 점이 있어서요   1.5ml microtube에 옮긴 다음 10M NH4OAc 190um 첨가후 deepfreezer 10분 15000rpm 15분 상등액 2배 ethanol과 동일부피 iso-propanol 첨가하고 deepfreezer 30분 방치 상등액 제거, 70%ethanol 첨가하여 진공건조   단계에서 다르 부분은 ethanol 사용할떄 70%라고 정확하게 명시되어있는데 빨간색 쳐진부분은 etanol 농도가 안나와있더라구요 다른 논문을 찾아봐도 비슷하구.. 99%를 쓰는건지 70%를 쓰는지 궁금해서요.. 저희 실험실에 95% 밖에 없는데 이거 써도 괜찮은가요?
회원작성글 Seoki  |  03.11
Q. RNA 전기영동 결과 확인 부탁드립니다
RNA를 뽑았는데 예전에 해봤을때 농도가 90 ug이었는데, 이번에는 농도가 900 ug나왔드라구요.. 전기영동도 예전에는 28s 18s 5s 밴드가 잘 나왔는데 이번에는 잘못 뽑은걸까요.. 끌린 자국 속 진하게 보이는 두 밴드를 28s 18s라 추정하고 있는데 1. 나머지 희미한 밴드들은 뭔가요? 2. RNA를 다시 뽑아야 할까요? 답변 부탁드립니다
회원작성글 앨  |  03.10
Q. cDNA 합성 질문있습니다.
cDNA 합성하는데 Invitrogen SuperScript™ III First-Strand Synthesis System 제품을 사용하고 있습니다. 그런데 qPCR을 워낙 자주 하는지라 시약이 감당이 안되는데 혹시 volume을 낮춰서 진행(총 20ul라고 하면 10ul정도)을 하더라도 cDNA가 합성이 잘 될까요? 직접 test하기에는 또 시약이 들어가야 하니 엄두는 안나고 경험자 분들의 조언이 필요합니다.
회원작성글 왕초보석사생  |  03.10
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