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웹진 Vol.24, No.10 (2022년 10월) 발간
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
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Q. Nested PCR 중 NC, PC 샘플링 문의
분자 진단을 이제 배우며 시작하는 단계라 부끄럽지만 문의 드립니다. Nested PCR 중 negative, positive control 도 시료와 같이 1차 PCR 진행한 것에서 샘플링 해야 되는건지 궁금합니다. 박사님께서 1차 PCR 완료된 것에서 샘플링 하여 진행하는 걸로 알려주셨는데 NC에서도 밴드가 계속 보여서 NC만 1차 PCR 진행하지 않고 2차 PCR 진행하여 확인했는데 밴드가 보이지 않습니다. 정확히 어떻게 해야 하는지 궁금합니다. 그리고 2차 PCR때 primer 농도에 따라 결과 값도 달라지던데 자세한 답변 부탁드립니다. ^^;;    
회원작성글 그리심  |  09.14
Q. 1M Tris-HCl 제조 방법
제가 시약 제조법에 대해 배우고 있는 중인데 1M Tris-HCl(pH8.5-8.8) 180µL의 제조법에 대한 정보를 알고 싶습니다.
회원작성글 JHS3219  |  09.14
Q. small panel hyb 관련 질문
혹시 굉장히 작은 사이즈의 패널로 하이브 해보신 분 있으신가요?   큰패널로 실험하고 남은 하이브 전 라이브러리 재활용 해서 다른실험에서 spike in용으로 쓰던 65K 정도 사이즈 되는 패널로 하이브 해보려는데 이렇게 작은 사이즈는 경험이 없어서 잘 될 지 몰라서요. 경험 해 보신 분들이 있는지 궁금합니다. 또 저렇게 작은 걸로 하이브를 길게하면 offtarget이 심할 것 같은데 보통 얼마나 주는지도 궁금합니다.
회원작성글 QIWIEI  |  09.14
Q. Yeast Lysis
안녕하세요 언제나 BRIC을 통해 많이 배우고 있는 대학원생입니다.   C.albicans gDNA를 Kit 를 통해 추출하려고 합니다.  그런데, protocol에서 Lyticase나 Zymolase가 Lysis를 위해 필요하다고 하는데 저희 실험실에는 없어서요ㅠㅠ 혹시 대체 할 수 있는게 있을까요?   논문을 찾다보니 Lysozyme에 다른 계면활성제(Tween20,Tween80,SDS..?)를 더 하면 효모의 세포벽을 파괴할수있다고 하는데 더 찾아봐도 논문이 비공개 되어있는 것들이 많아서 찾기 어려워서요 ㅠ 혹시 경험으로 어느 정도로 넣으면 되는지 아시는분 있으실까요? 꼭 답변 부탁드려요 감사합니다.  
회원작성글 김두루마리  |  09.14
Q. PCR에서 증폭이 되지 않습니다
안녕하세요. 현재 석사 하고 있는 대학원생입니다.   제가 primer를 새로 디자인하여 PCR을 해봤는데, real time 그래프로도 그렇고 전기영동에서도 전혀 증폭이 되지 않아서 질문 드립니다.   디자인할때 Tm값을 낮게 디자인하긴 했는데, 그렇다기엔 다른 target으로 디자인한 비슷한 Tm의 primer는 증폭이 잘 되었습니다.   간혹 이런 경우가 있을 수 있나요? 찾아보아도 원인이 뭔지 잘 모르겠어서 질문 남깁니다.
회원작성글 미니썬  |  09.14
Q. DNA복제를 추적할 때 BrdUTP 대신 BrdU를 쓰는 이유가 무엇인가요?
BrdU는 nucleoside인데 왜 nucleotide형태인 BrdUTP형태로 안쓰고 BrdU를 넣어줘서 세포내에서 BrdUTP가 되게해서 쓰는건가요?  도파민이 BBB를 통과하지 못해 L-도파를 넣어주는 경우와 같은 이유에서인가요? 아니면 tri phosphate이 붙으면서 negative charge에 의한 membrane 투과성 문제일까요..? 너무 궁금합니다 
회원작성글 포차코  |  09.13
Q. Cloning 관련 질문
안녕하세요. 클로닝 고수님들 지나가다 도와주시면 감사하겠습니다. 아래 1, 2번이 동일한 조건에서 동일한 vector에 다른 종류의 insert를 클로닝한 것인데요 ligation plate에서 self-ligation (40개 정도)과 비교해서 콜로니 개수가 1. 유사하게 형성 (40개 정도) 2. 2배 이상 형성 (100개 정도)   RE 처리해서 밴드 확인한 결과, 오히려 콜로니 개수가 적은 1번에서만 clone을 확인할 수 있었습니다. 많은 콜로니 개수가 많은 clone을 의미하는 것이 아닌지요? 제가 잘 몰라서..자세하게 알려주시면 감사합니다ㅜㅜ 2번 ligation plate에서 콜로니 picking을 다시할지, insert Back-transformation을 다시 해서 다시 클로닝할지..둘 다 해 볼지 모르겠어요
회원작성글 작은제인  |  09.13
Q. 고등학생 dna extraction
안녕하세요. 생명공학과를 희망하는 고3입니다. column 방식을 공부하던 중 적은 수의 검체에 용이하다는 글을 봤습니다. 그러면 대용량 검체의 경우에는 어떤 원리, 방법을 통해 실험하나요? ( 내용이 다 영어여서 좀 어려웠는데  etbr-staining 과정으로 염색? chaotropic salt- 수소~ 억제.? bead방식- column같이 dna 분리 방법 중 하나 (영어로 구슬,,?) silica membrane- dna 분리시 사용되는 막 agarose gel- 전기영동 할때 판? 같은 크기 별로 구분가능한 거 정도로 이해했는데 정확하게 알수있는 강의나 자료 있을까요.. ㅜ)          
회원작성글 강민04  |  09.08
Q. 제한효소 inactivation
PCR 후에 제한효소 처리해주고  Gel 로딩하기 전에 제한효소 Inactivation 처리해주려고 80도씨 20min heat block 정치했습니다. 근데 제가 제한효소를 착각해서 Inactivation이 필요없는 sample도 같이 같은 온도,시간 조건에서 heat block 처리를 하고 gel에 로딩했는데 괜찮을까요? Band는 선명하게 잘 뜨기는 했습니다.
회원작성글 ss20172289  |  09.08
Q. pET 28a enzyme cutting
안녕하세요~! pET vector 사용해서 cloning 하려고 하는데 제한효소를 선택하는데 바로 옆에 붙어있는 제한효소 두개를 선택해서 사용해도 문제 없나요? vector map 보니까 BamH1이랑 EcoR1이 바로 붙어있더라고요,,
회원작성글 qwe4r  |  09.08
Q. 유전 형질 비율 관련 질문
안녕하세요. 생명 관련 자율동아리 하고 있는 중3인데요. 제가 이번에 친구들이랑 비멘델 유전 가지고 파이썬으로 시뮬레이션을 만들어서 복대립 유전이나 중간유전 같은 것들을 구현했는데, 시뮬레이션의 결과가 어느 정도 정확한지 알고 싶어서요. 예를 들어서 완두콩의 유전형질 비율은 멘델이 실험을 했었어서 1:2:1인 게 널리 알려져 있잖아요. 근데 초파리 눈 색이라던지, 나팔꽃의 엽형과 같은 형질은 인터넷에서 제 수준으로는 형질 간의 비율이 대략 어떠한지에 대한 연구결과를 찾기가 어려워서요. 어떻게 찾을 수 있을까요?
회원작성글 e3s  |  09.07
Q. 전기영동 실험 실패 원인 첨부파일
전기영동 실험 실패 원인을 찾고있습니다. 왼쪽이 원래 나와야 할 실험결과이고, 저희 조는 오른쪽 같이 나왔습니다. 왼쪽부터 순서대로 marker, PGC5, EcoR1, Xma1+Hind3, Xho1+Pst1 입니다. 제한효소 처리가 제대로 되지 않은 것 같은데, 정확히 어떤 게 잘 안잘렸는지도 알 수 있을까요..? 그리고 교수님께서 로딩속도차이?때문에 오류가 생겼을 수도 있다고 언급하셨다는데(제가 들은 게 아니라서 확실하진 않습니다) 로딩속도차이가 결과에 영향을 줄 수도 있나요?
회원작성글 Florescenc..  |  09.07
Q. rt-pcr과 real time pcr
실험실에 takara의 카테고리 넘버가 rr410인 Real time-pcr 키트가 있는데요.  혹시 이 제품으로 reverse transcription-pcr을 진행해도 잘 진행될까요? 결과가 안 나오는 것 같아 질문 올립니다. 
회원작성글 똥글똥굴똥글  |  09.06
Q. mini prep media
지금까지 LB에다가 seed를 진행했었어 궁금하여 질문드립니다 plate에서 뜬 colony를 picking해서 seed를 할때 plate가 YPD일수도 TB일수도 LB일수도 있는데 mini prep을 위해 seed할때 media가 꼭 LB여야 하는건가요?
회원작성글 오도도도돕  |  09.06
Q. 항암제 동물실험 시 동물 종류에 따라 결과가 달라질까요
항암제 동물실험 시 사람과 99% 유전자가 비슷한 쥐를 사용한다고 알고 있습니다. 종양억제유전자 발현을 막는 물질의 억제물질을 이용해 개발된 항암제는 종양억제유전자의 서열이 다른 종으로 실험할 경우 결과가 달라질까요?? CDH1 종양억제유전자요! 여러 종에 존재하는데 서열이 다르니까 결과가 달라질까요ㅠㅠ
회원작성글 <(^오^)>??  |  09.05
Q. 계면에서 제한효소를 뜬다는게 무슨뜻인가요?
플라스미드 dna에 제한효소 처리 후 확인하는 실험을 했습니다 제한효소를 뜰 때 오차를 줄이기 위해 계면에서 떠야한다고 하는데 이게 무슨 뜻이고 원리가 뭔가요?
회원작성글 라그랑지안  |  09.04
Q. ***PCR Negative band가 계속 뜨는데 Primer 컨탐인가요? 첨부파일
안녕하세요 매번 도움만 받고 있어서 죄송스럽지만,, 너무 애를 먹고 있어서 올리게 되었습니다.  PCR Primer가 주문한지 오래되어서 그런가 처음 사용할때부터 밴드가  위에부터 non specific하게 다 떠서 primer 혹은 DW 컨탐인지 알아보고자 실험을 진행했습니다.    저희는 PCR Premix kit를 사용하고 Total volume 20ul에 17ul DW, 5' Primer 1ul, 3' Primer 1ul, cDNA Sample 1ul 넣어서 Primer당 5pmole이 들어가게끔 해서 Cycle을 돌립니다. DNA Ladder은 1000bp입니다. 사용한 Primer는 188bp입니다. 5' tm값은 53.6도, 3' tm값은 53.4도 입니다. 프라이머 녹일때는 클린밴치에서 Rnase water로 녹입니다.    이번에 사용한 DW는 모두 새로 받아서 하나는 그대로 하나는 클린밴치에서 필터처리 해서 사용했습니다.  첨부사진보시면, (왼쪽부터 순서대로) DNA Ladder, (잘못 넣은 lane), cDNA Sample+Primer, Filter처리 DW+Primer, DW+Primer, Filter처리 DW+Primer 순으로 만들었고 95도 30sec, 55도 30sec, 72도 1min으로 PCR 35cycle 돌렸습니다. 이후 전기영동은 35min 100v로 내렸습니다.  이런경우 Primer를 다시 주문해야할 것 같은데 문제는 GAPDH의 경우에도 cDNA만 넣어서 돌릴때는 깔끔하게 원밴드만 나오다가 DW만 넣고 negative를 확인하면 저렇게 밴드가 주르륵 뜬다는 것입니다. 이 프라이머의 경우에는 DNA Template를 넣어서 돌려도 애초에 저렇게 뜹니다.  이런 경우 어떻게 해야 할까요?           
회원작성글 사고치는뚝딱이  |  09.02
Q. UCSC genome browser에서 promoter 열람시 궁금한 점이 있습니다.
안녕하세요. 매번 질문만 드리게 되는군요 ㅠㅠ 항상 큰 도움 주시는 많은 선배님들께 감사드립니다. 저의 연구의 일환으로 UCSC genome browser를 통해 mouse IRF8 gene의 promoter sequence를 열람하고 있습니다. 질문은 다음과 같습니다. 아래 그림에서 "Promoters from EPDnew mouse version 001"라고 적힌 부분 밑에 두꺼운 파란색 선으로 promoter에 해당하는 region이 표시되어 있는데요, 조금 더 두껍고, >>>>> 무늬가 표시된 부분이 존재합니다. 혹시 저 부분이 실제로 transcription이 시작되는 지점이고, 그 부분의 시작점이 TSS (Transcription Start Site)인지 궁금합니다.     제가 요즘 긴 슬럼프를 통과하고 있어서 사소한 것 하나도 자신감이 없고 불안하고 그렇습니다.. 참 간단한 내용이고 분자생물학 교과서를 보면 제 생각이 맞는 것 같긴 한데 선배님들께 한 번 더 확실하게 확인을 받고 싶은 마음입니다.   답변 주시면 정말 큰 용기가 될 것 같습니다. 감사합니다!!
회원작성글 크리스12  |  09.02
Q. Maxi prep 관련해서 질문이 있습니다
animal cell에 transfection할 용도로 plasmid를 maxi-prep하려고 합니다. Q사의 kit를 사용해서 하는데요. 저희 실험실의 프로토콜은 plasmid가 들어있는 E.coli를 5ml LB broth에 8시간 키우고, 얘를 100ml LB broth에 모두 부어서 O/N으로 배양하여 prep을 진행합니다.   본론을 말씀드리면 E.coli stock을 바로 LB로 접종하여 maxi-prep을 하니까 수율이 너무 낮게 나옵니다... 이 문제는 CP cell에 TF하고 plate에 배양해서 colony를 따서 진행하면 해결되겠지만, 현재 제 경우에는 plasmid상의 이유로 plate에 배양이 어려워 바로 stock에서 seeding하는 방법밖에 없습니다 ㅠㅠ   그래서 한번에 E.coli를 최대한 많이 얻을 수 있는 방법을 찾고 있는데, 5ml LB에 seeding하여 배양하는 시간을 8시간에서 O/N로 늘린 뒤에 100ml LB로 배양하는 방법은 크게 도움이 안될까요? 다른 방법이 있으면 조언 좀 부탁드립니다.
회원작성글 가우미  |  09.02
Q. Housekeeping gene Ct값..
실험군과 대조군을 target gene과 housekeeping gene으로 qPCR을 했는데요 Housekeeping gene이 어떤 조건에서도 Ct값의 변화가 없고 안정적인 걸로 알고있습니다. 그런데 Ct값이 대조군에서는 22,23,22 이렇게 뜬다면 실험군에서는 24,24,25 이렇게 뜨는데.. 이렇게 실험 조건에 따라 다르게 나올 수가 있나요? 제가 잘못된 housekeeping gene을 선택한걸까요?   이렇게 뜨는게 일반적인 상황인지 아니면 잘못된 건지 궁금합니다!
회원작성글 soor  |  09.01
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