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BioLab 장재봉 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. DEPC에 녹인 RNA 상온 방치
cDNA 만드려고 RT-PCR을 돌리기 위해 mastermix에 RNA와 DEPC를 섞은 채로 PCR 기계에 넣었습니다. 근데 다른 실험을 하고 나서 보니 기계에 오류가 나서 안 돌아갔었더라고요... 사실상 상온에 2시간 정도 방치된 상황인데 이거 그대로 써도 될지 모르겠네요... 고수님들 답변 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 아구몬  |  2021.11.24
Q. liposome 질문있습니다ㅜ
교수님이 알아보라고 하셨는데 아무리 찾아봐도 해당하는 사례를 찾을 수 없어서요,, 저희는 생물학 관련 방인데요, 전달효율 때문에 liposome을 들여올 계획입니다. 그래서 아는게 많이 없어요ㅜ 질문은, shRNA vector 혹은 shRNA particle 여러개를 하나의 liposome으로 다시 싸는것이 가능할까요? 보통 하나의 vector혹은 particle을 하나의 liposome으로 싸는데 이번에는 2~3개 이렇게 여러개를 싸는게 가능한지 물으십니다..
회원작성글 jjnli  |  2021.11.21
Q. RT-PCR 전기영동
안녕하세요 전기영동 초보입니다 ㅠㅠ 1번 6번 레인이 DNA ladder를 건 레인인데요 어떻게하면 ladder 폭을 더 늘릴수있나요? 처음에 gel을 1.5% 했다가 좁아서 1%로 낮췄는데도 좁네요 ㅠㅠ 더 낮춰도 되는건가요? 아니면 gel 프로의 문제가 아닌 다른 문제인가요..ㅠㅠ 그리고 혹시 5번 10번 레인에 끌림현상을 없앨 수 있는 방법도 있을까요?  답변 부탁드립니다 ㅠ_ㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.11.05
Q. Scrambled-anti-miR과 anti-miR-145의 차이
갑상선 관련 논문을 읽다가 scrambled-anti-miR와 anti-miRNA-145 등 여러 형질전환 시킨 것들이 나오는데 각각이 무엇을 의미하는지 이해가 되지 않아요ㅠㅠ 잘 아시는 분 있을까요..?
회원작성글 lsy6949  |  2021.10.24
Q. Dna 칩 실험
같은 방식으로 rna도 실험이 가능할까요? tRNA의 상보결합 생각하면 가능할 수도 있을 것 같은데.. 고1이라 잘 모르겠습니다 도와주세요 ㅠㅠ
회원작성글 규링  |  2021.10.18
Q. RT-PCR
cell에서 RNA를 추출해서 전기영동하는 실험을 하고있습니다. RNA 추출은 kit를 사용해서 진행하고 있구요, 추출후 rt-pcr premix kit를 사용해서 rt-pcr을 진행중인데 밴드가 안나와요 ㅠㅠ.. premix kit를 사용하고 있기때문에 이미 loading dye나 기타 등등 필요한 재료가 premix 되어있어서 그냥 rna 추출한 것과 primer만 농도에 맞춰서 넣고 진행했고 후에 전기영동을 했습니다. 근데 ladder 도 나오고 marker도 나오는데 왜 제가 보려하는 rna 밴드만 안보일까요ㅠㅠ..? 이 경우엔 pcr을 잘못돌렸다 라고밖에 볼 수 없을까요?
회원작성글 시넌  |  2021.10.18
Q. RNase free water 제조
RNase free water 제조 어떻게 하나요? 검색해보니 DEPC를 DW에 녹여서 autoclave 돌리라고 하는데 어느 정도 DW에 얼만큼 녹여야하는지 모르겠어서요 ㅠㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.10.18
Q. uM -> pM
rt-pcr을 하려고 primer 주문제작을 했는데 primer 가 16nmole 이 있고 여기에 buffer 160ul을 풀면 100uM의 stock이 제조된다 해서 160ul를 풀었습니다. 문제는 rt-pcr datasheet에서 10pmole 의 primer을 넣으라고 하는데 계산이 너무 헷갈려서요 ㅠㅠ pcr할때 총 볼륨이 20ul를 넘으면 안돼서 희석을 해야 할 것 같은데 어떻게 희석해야하는지랑 계산식 좀 답변해주세요ㅠㅠㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.10.15
Q. RNA 정량 순도
RNA를 Trizol로 추출하고 Tecan microplate reader로 정량했습니다. 순도가 1.8~1.9 사이로 괜찮게 나온 것도 있는데, 제일 낮은건 평균 값이 가장 낮은건 1.72까지 나온 것도 있습니다. 다음 실험으로 cDNA 합성하고 PCR진행할 예정인데 사용할 수 있을까요...?
회원작성글 Cuma  |  2021.10.14
Q. rna 전기영동
tissue와 cell에서 RNA를 추출해 rt pcr 후 전기영동내려보는 실험을 하고 있습니다.  매번 웨스턴만 해서 전기영동이 낯설어 여러 질문이 생기는데요 ㅠㅠ 마커를 걸때 100bp PCR Ranger DNA Marker와 iVDye 1Kb DNA Ladder 중 뭘 걸어야 하는지 모르겠어요 .. 그리고 RNA를 보는데 DNA marker을 걸어도 되는건가요? 사실 100bp PCR Ranger DNA Marker를 먼저 걸어보고 찍어봤는데 아무것도 안보여서 브릭에 글 올리는거에요.. 하하  전기영동 고수님들 ㅠㅠ 좀 가르쳐주세요 ㅠㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.10.06
Q. 농도 계산
40ng/ul 농도의 sample이 500ul 있는데 여기서 20ng만 따고싶은데 어떻게 계산하나요?ㅠㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.10.05
Q. siRNA sequencing screening system
siRNA sequencing 관련하여 질문을 올리게 되었습니다.   현재 siRNA sequencing을 찾아서 cancer liver cell(human)에 Transfection하는 실험을 하려고 하는데 찾아본 논문들이 대부분 mouse cell에 적용하여 실험을 한 논문들만 있는데 혹시 software나 자료중에 mouse에 적용되는 siRNA sequence를 human에 적용 할 수 있도록 해주는 프로그램이나 자료가 있을까요?
회원작성글 전기대학원생  |  2021.08.31
Q. cDNA 합성 시 qPCR 키트 사용해도 되나요?
CTAB으로 mRNA 추출한 후에 cDNA 합성할건데요 실험실에 qPCR 키트가 있는데 이걸로도 일반적인 cDNA합성이 가능한가요? 키트 찾아보면 qPCR용 키트와 단순 cDNA 합성 키트를 따로 판매하던데 특별한 이유가 있는지 모르겠어서요. 어차피 real-time도 mRNA에서 cDNA 합성하는 건 같은데 굳이 키트를 따로 파는 이유가 있을까요?
회원작성글 Perilla R.  |  2021.08.24
Q. RNA 펠럿을 만들어서 다른 곳으로 보내야 할 경우 문의 드립니다.
실험 초보에 물어볼 사람이 없어 브릭을 이용하고 있습니다. ㅠ_ㅜ   cDNA microarray 를 진행하기 위해 RNA 를 추출하거나 또는 RNA 펠럿을 전달을 해야 하는데요 .   RNA 추출이 어려운 경우 펠럿으로 보내라 하시는데    RNA 펠럿 상태로 보내기 위해서 아래와 같이 진행해도 되는지 문의 드립니다.    1) 디쉬를 DPBS 로 워싱 2) 트리졸 뿌린 후 클로로폼과 함께 센트리퓨즈 3) 상층액을 딴 후 isopropanol 과 함께 센트리퓨즈 4) 하단부 펠럿만 남기고 석션 5) 남은 펠럿을 트리졸(1ml)에 담아서 전달    펠럿을 트리졸에 담궈 줘도 되는건가요 ?  트리졸은 셀을 녹이는 거로 알고 있는데 제가 잘못 알고 있는 걸까요 ?    답변 부탁 드립니다. ㅠ       
회원작성글 바나나차차  |  2021.08.24
Q. 표준물질 copy 수 계산 (7.7 Log10 IU/ml) 첨부파일
안녕하세요   코로나 진단키트 성능 검사를 위해 표준물질을 받았는데요. 농도가 copy 수로 안나와있고 7.7 Log10 IU/ml로 표시가 되어있습니다. NIBSC에서 주문을 했는데, 이것을 copy 수 농도로 어떻게 변환하는지요?     구글에서 좀 찾아보니 변환 표가 있긴 하던데    https://i-base.info/log-value-conversion-table/   HIV에 대한 것이고, 이 표를 그대로 사용할 수 있을까요?   선배님들의 조언 부탁드립니다.    
회원작성글 Proteinman  |  2021.08.23
Q. Single-cell analysis에서 quality control 체크를 할 때 왜 mitochondrial counts를 보나요?
안녕하세요, Single-cell 분석에 대해서 공부중인 비전공학생입니다. 제목에 적혀있듯이, single-cell analysis에서 quality check를 하는 방법중에 mitochondrial counts를 보는 방법이 있는데, 어떻게 미토콘드리아의 발현 정보로 cell의 quality를 알 수 있나요? 제가 읽은 부분은 cell이 죽으면 mitochondrial counts의 비율이 증가한다고 하는데 정말로 뭔가 over-expressed 돼서 비율이 증가하나요? 아니면 상대적으로 다른 요소들이 줄어서 비율이 증가하는 건가요? 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 연어좋아  |  2021.07.31
Q. gram양성균 RAPD primer colony PCR 첨부파일
안녕하세요 균 동정을 위해 저수지 물을 MRS 배지에 키웠는데요, MRS배지에서 자란 균을 colony PCR하려고 합니다 MRS배지에는 lactobacillus인 그람 양성균이 자라는데 양성균을 바로 colony PCR해도 될까요? 그리고 PCR 조건은 제가 primer 1254를 사용할 것이기 때문에 primer1254를 사용한 다른 논문에서 참고하려고 하는데  그람 양성균 음성균 상관 없이 같은 조건으로 해도 되는지 궁금합니다. 벽을 깨고 해야할까요?  
회원작성글 울릉해양심층수  |  2021.07.22
Q. 조직에서 뽑은 RNA를 cDNA 만들시.
안녕하세요.  molecular를 이제 막 배우고 있는데 주변에 알려줄 사람이 없어서 일단 키워드 검색으로 여러번 찾아보았고 책도 살펴 보고 했는데 제가 정량한 값이 확신이 안 서서 맞는지 확인 하고 싶어 이렇게 글을 작성합니다. 현재 조직에서 RNA를 뽑아 논 상태입니다. RNA는 RNase-Free Water를 20㎕ 로 정량 후 측정은 nanodrop으로 하고 -80에 보관 중입니다. 이제 cDNA를 만들려고 하는데 제가 사용하려는 kit는 다윈바이오의 1st-strend cDNA Synthesis Kit입니다.  그런데 이 kit에 보면 500ng total RNA 를 이용한다고 합니다. 제가 nanodrop으로 측정한 값이.   name ng/µL A250/A280 A260/A230 total (㎕) 1 sample1 166.6 2.04 1.81 20 이렇게 나왔을 때 RNA 시료양을 측정하려고 하는데,  1. sample 1 - 500ug/166.6 = 3 ㎕       RNA Template 3㎕       Oligo 1㎕       dNTP Mix 1㎕       DEPC 8㎕  total = 13㎕ 를 만들 때 이렇게 만드는 것이 맞나요? 2. 또는 1ug을 사용 하려면  sample 1 - 1ug/0.1666 = 6㎕  으로 RNA Template 6㎕       Oligo 1㎕       dNTP Mix 1㎕       DEPC 5㎕  total = 13㎕ 를 만들 때 이렇게 만드는 것이 맞나요? 표준반응 조건 total RNA : 10ng ~ 5µg 이니 두 계산이 다 맞다면 두 계산식 조건 다 사용해도 무방한 것 같은데 맞게 계산 한 걸까요? 고수님들 ㅠ.ㅠ  맞나요? 
회원작성글 흐으으음  |  2021.07.13
Q. Origene 제품 transfection 질문드립니다.
안녕하세요, shRNA Transfection 실험을 하고 있는데 석사 1학기생입니다. 다름이 아니고 계산에 대해 질문드리려고 합니다. 앞의 과정으로는 agar에 transformation 후 lb broth에 접종해 DNA miniprep으로 DNA를 뽑아놓았습니다. Origene제품에서는 shRNA construct일때 1ug의 농도로 opti-MEM 250ul에 dilute해 사용하라고하는데 제가 뽑은 dna의 농도가 300ng/ul이라고 가정하게되면 계산식이 300ng : 1ul = 1ug : xul로 계산하여 xul를 구한후 opti-MEM배지는 xul를 뺀 나머지를 넣으면 되는건가요? 계산에 도움 부탁드립니다.
회원작성글 냠냠긋  |  2021.07.01
Q. RNA-seq 결과와 Real-time PCR 결과가 다릅니다. 첨부파일
Control과 처리군 각각 3개의 샘플을 RNA later에 넣은 후 RNA-seq 분석을 의뢰하였습니다.   RNA-seq 결과, q-value가 0.01 이하인 유전자 몇 개를 선정하여 Real-time PCR을 진행하였습니다.   RNA-seq을 했던 sample이 아닌 다시 Cell을 키워 얻은 RNA sample을 cDNA로 합성한 후 Real-time PCR을 진행하였는데, RNA-seq 결과과 유의하게 나오지 않았을 뿐만 아니라 오히려 반대되는 경향을 보였습니다.   고민하다가 분석업체에 사용한 Primer가 문제가 없는지와 RNA-seq 분석 때 사용한 RNA sample을 받아볼 수 없는지 추가의뢰를 부탁하였습니다.   2개의 유전자는 모두 같은 자리에 붙을 수 있다고 해서 제외하여 남은 유전자들을 가지고 다시 실험을 진행하였습니다.   RNA-seq sample도 받아 Real-time PCR을 다시 진행해보니, 한 개의 유전자 빼고는 모두 동일한 결과들이 나타났습니다. (물론, 두 sample간 발현량에 차이가 나타나긴 했습니다.)   그리고, 10배 더 약한 농도로도 Cell을 키워얻은 cDNA로도 Real-time PCR을 진행해보니, 이번에는 RNA-seq sample의 결과와 완전히 반대되는 결과가 나타났습니다. Real-time PCR 결과 up으로 나타났던 유전자들이 10배 약한 농도에서는 down이 되었고, Real-time PCR 결과 down으로 나타났던 유전자들은 10배 약한 농도에서는 up이 되었습니다.   아래처럼, 엑셀로 분석을 진행하였습니다.     MTT assay 때도 IC50이 되지 않는 농도라 걱정을 하긴 했었는데, 이렇게 반대되는 결과가, 또한 농도별로도 아예 서로 상이한 결과를 보이니 당황스럽습니다. (MTT assay 결과, 100μM의 농도에서 cell viability는 약 25% 감소, 10μM의 농도에서 cell viability는 약 15% 감소되었습니다.)   이런 경우, 데이터를 어떻게 분석해야 되는 걸까요?? 답변 부탁드립니다. 감사합니다.        
회원작성글 CLOVA  |  2021.06.16
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