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BioLab 장재봉 교수
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Q. 센트리퓨지 추천
안녕하세요,    연구실에서 20년 넘게 사용해온 centrifuge가 요즘 비실비실해서 새로 구매하려고 고민 중입니다.  단백질 정제가 많은 연구실이고 주로 French Press로 세포를 깬 후 spin down하는데 활용하던 쎈돌이(centrifuge의 애칭이죠^^;)라 35-ml tube 8개를 넣어 15000 rpm으로 30분 정도 돌리는데 주로 사용해왔습니다. 한일 과학 제품이었고요.  요즘 국산 쎈돌이를 보니 라보젠과 한일, 두 회사로 나뉘는 것 같습니다. 가격은 한일이 사알짝 더 비싸긴 한데 거의 차이 없고 오래 쓸 장비여서 좋은 걸로 구매하고 싶은데요. 실제 활용하시는 분들의 경험과 추천을 듣고 싶습니다.    1) 라보젠 제품 어떤가요? 저희가 견적 받은 제품은 1736R과 2236R입니다  2) 한일은 어떤가요? 받은 견적은 Supra R22와 R17 입니다.    미리 감사합니다!
회원작성글 집중해서일하고놀때놀..  |  01.24
Q. 희석문제 알려주세요ㅠㅠ
환자 검체 100ul와 생리식염수 7ml 이용하여 5000배 희석하여 총 5ml 만들고자한다 검체와 생리식염수 양은 각각얼마인가?
회원작성글 용링링  |  01.24
Q. HIC (Hydrophobic interaction chromatography) elute 질문
HIC 과정 중 소수성 단백질이 높은 염 salt 상태일때 바인드 되고 elute 시에 염을 서서히 줄여 slat-free때 완벽히 elute 된다고 하던데   왜 high-salt buffer 일 때 바인드 되는지 자세히 설명해주실분 있으신가요 ㅠ
회원작성글 쵸니  |  01.24
Q. IHC high background 및 control이 염색 됩니다.
안녕하세요, 현재 IHC 컨디션을 잡고있는 대학원생입니다. 고수분들의 의견을 얻고자 질문글을 올립니다. DAB으로 staining을 하는데,  Background가 너무 심하게 잡히며 특히 처리 하자마자 색이 변할정도로 반응이 너무 빨리일어나기도 하고 Control에서 계속 염색이됩니다... 2차 항체를 1:1000으로 dilution하니 조금 덜하긴 해도 계속해서 염색이됩니다.   Peroxidase Quenching 10분, Pressure cooker 및 Trilogy로 deparaffinize, antigen retrieval 하였습니다. Control은 두가지가 있습니다. 그 Control 군에 1차 항체 단계에서 No antibody (PBS), Rabbit IgG 를 사용했고 10% Normal Goat serum blocking, 2차 항체 Goat anti-rabbit 사용하였습니다. DAB은 Vector laboratory에서 제시한 프로토콜 대로 사용하고 있습니다.   현재 생각해본 개선점으로는 1. Wash buffer로 PBS-0.1% Triton X-100 을 사용중입니다. TritonX-100을 Tween20으로 바꿔보려합니다. 2. DAB을 더 Dilution 해보는 것도 좋을 것 같습니다. 3. Wash 를 더 많이 해보려 합니다. 4. Antigen retrieval 시 Pressure cooker를 사용했는데, 이게 damage를 주었을 수 있을 것 같습니다. Microwave로 바꿔서 시도해보려 합니다.   위 네가지 외에 제가 더 해봐야할 부분이 있을까요? 감사합니다.
회원작성글 으딩딩  |  01.23
Q. gene locus에서 염색체 번호 0번..?
안녕하세요. 대학원에서 식물을 공부하고 있는 학생입니다. BRIC에 처음으로 글을 남기네요 잘 부탁드립니다. 이번에 RNA-seq 데이터로 분석을 해야할 일이 있어서 데이터를 보게 되었습니다.  제가 교수님께 받은 파일은 엑셀로 된 파일이고.. gene locus는 다 지정(?)된 상태의 RNA-seq데이터 인데요, 예를 들어 토마토유전자 Solyc00g0050000 부터 Solyc12g100360 까지 있습니다. 제가 아는 한, 맨 처음 두 자리 숫자는 염색체 번호인데, Solyc00g0050000는 염색체가 0번이라는 뜻일까요? 이게 무엇을 의미하는지 도저히 모르겠어서 질문 남깁니다.. 우선 토마토 데이터베이스인 Sol genomics network에는 정보가 나오는데 Plaza에는 아예  검색도 안됩니다.. 무슨 뜻인지 알려주실 분 계신다면 정말 감사하겠습니다 ㅠㅠ    
회원작성글 늬야옹  |  01.21
Q. ATP bioassay에 관해 질문이 있습니다!!
안녕하세요 지금 학부 4학년으로 대학원 진학을 앞두고 실험실 학부연구생으로 있습니다. 저희 실험실이 바이러스를 주로 다루고 있어서 ATP bioassay를 처음으로 구축하고자 합니다. 키트는 thermo ATP determination kit(A22066)을 추천받았습니다. ATP 측정을 위해서는 cell 안으로 luciferin과 luficerase가 들어가거나 cell을 lysis해서 luciferin과 luficerase가 반응을 해야 발광을 측정할 수 있다고 생각이 드는데요.  현재 제조사의 protocol을 읽어보니 그런 과정에 대한 설명이 없는거 같아 질문드립니다. kit content) 1. D-luciferin 2. Luciferase: Tris-acetate, ammonium sulfate, glycerol, ethylene glycol 3. Dithiothreitol(DDT) 4. ATP 5. 20X reaction buffer: Tricine buffer, MgSO4, EDTA, sodium azide   이렇게 조성이 되어있는데요 혹시 content 중에 cell 용해나 막 유입에 관한 재료가 있는건지 아니면 제가 방법 자체를 잘못 이해하고 있는건지 궁금합니다!
회원작성글 aqwasd  |  01.21
Q. Autoclave 관련 질문 드립니다
안녕하세요 오토클레이브로 온도랑 시간 설정을 바꾼 다음에 돌리고 전원을 끄면, 자동으로 121도 20분 디폴트 세팅으로 돌아가는 건가요? 아니면 제가 수동으로 맞춰 놓아야 하는 건가요? 감사합니다
회원작성글 미역  |  01.21
Q. buffer 제조 관련
대학원 준비중인 학부생입니다. 효소 관련 실험 진행함에 있어서 기존 사용하는 buffer랑 다른 종류의 buffer를 만들려고 하는데, 궁금한게 있어서 질문드립니다!   Prepare 800 mL of distilled water in a suitable container. Add 369.233 mg of Sodium Acetate to the solution. Add 330.2 mg of Acetic Acid to the solution. Adjust solution to final desired pH using HCl or NaOH Add distilled water until the volume is 1 L. 여기서, 4번까지 진행해서 pH를 맞춘 후에 5번에서 1L 볼륨을 맞추기 위해 추가적으로 dw를 넣어주는데, 여기서 dw를 첨가함에 있어서 pH 변화에는 영향이 없는건가요?
회원작성글 어허허허허헝  |  01.20
Q. bradford 단백질 정량법에 대해 질문드립니다.
실험을 계획하고 있는 과정 중에 있는 사람입니다.  Bradford 단백질 정량법을 처음 해보는데, 키위의 단백질 분해 효소 능력을 확인해보고 싶어서요. 돼지고기 후지 부위에 키위 용액을 처리한 것을 실험군으로 , 증류수를 처리한 것을 대조군으로 두려고 하는데요. Coomassie Brilliant Blue-250을 실험군, 대조군에 각각 넣고 시간이 변한 후 시약의 색이 변한 것에 대해 흡광도 측정을 하는 것이 본 실험의 최종 목적입니다. 그런데 키위를 처리할 경우에는 키위의 색깔이 흡광도에 영향을 끼치지 않을까요 ? 이것을 어떻게 보정할 수 있을까요 ,,,?
회원작성글 채원111  |  01.20
Q. 소독액 성능시험 시험균주배양
안녕하세요 제가 소독액성능시험을 해야하는데 균 컨트롤이 잘 안돼서요ㅠㅠ 혹시 소독액성능시험하시는 분들 중에 시험균주 어떻게 만들어서 사용하시나요? ㅠㅠ 저는 tsb 2ml에 균주 넣고 배양한다음에 생균수 얼만지 계산하고 다음날 그 균주로 희석해서 사용하는데 원하는 범위로 컨트롤이 잘 안돼서요ㅠㅠ
회원작성글 비그리  |  01.20
Q. RAW 264.7 cell이 RANKL실험 중 자꾸 죽습니다ㅠㅠ
RAW 264.7 cell로 RANKL 분화를 유도하는 실험을 하고 있는 석사생입니다. Western blot을 하기 위해 cell에서 단백질을 추출하려고 하는데요. 세포가 자꾸 죽습니다. DAY1-6well plate에 cell seeding(DMEM사용) DAY2-RANKL처리(a-MEM사용) DAY4-배지교체(a-MEM사용) DAY6-Western blot 샘플링 이와 같이 실험을 하고 있습니다. NC와 treat군 상관없이 세포가 랜덤하게 죽어있어서 원인 파악하기가 어렵네요. 어떤 plate는 seeding한 세포가 다 죽어있을 때도 있고 또 어떤 날은 다 살기도 하구요. 또 다른 날은 몇개는 살아있을 때도 있습니다. 죽는 날짜도 정말 랜덤합니다ㅠ 또 죽는 위치도 가장자리만 죽어있을 때도 있고 가운데만 죽어있을 때도 있습니다 일단 지금까지 해본 것은 모든 배지를 새로 구매하여 사용했고, 클린배치와 인큐베이터 청소도 싹 해보고 cell stock도 새로 만들어서 사용하였습니다. 그래도 문제가 해결되지 않아서 혹시 해결방법을 아시다면 도움 부탁드립니다ㅜㅜ  
회원작성글 asgacaew  |  01.20
Q. immunofluorescence 컨트롤 발현
안녕하세요! immunofluorescence(IF) 실험을 셋팅중인 연구원입니다.   다름이 아니라 A라는 특정 물질을 처리한 후 세포에 잘 투과되었는지를  IF로 확인하려고 하고있는데요.   세포에 A 샘플을 처리하여 방치한 후 Fixation, permeabilization, blocking 과정을 거친 후 A primary antibody, primary에 해당하는 secondary antibody를  붙여서 진행했습니다.   실험과정에서는 크게 문제가 없어 보이는데 문제는 A 라는 샘플을 처리하지 않은 컨트롤에서도 A 단백질의 발현이 관찰되어 난황을 겪고있는 상황입니다.   컨트롤에서도 A단백질 발현이 관찰 되었다는 것은 A primary antibody가 세포에 붙었다고 생각이 되는데.. 그럼 세포 자체에서 A라는 단백질을 생산하거나 A primary antibody 결합부위와 맞는 유사한 단백질이 있다고 해석을 해야할까요?   A 물질 뿐만 아니라 다른 물질로 실험해도 계속 컨트롤에서 샘플 처리한 것과 비슷하게 발현이 관찰되어 고민 끝에 질문드립니다.   혹시 비슷한 경험을 해보신 분이 계시다면 도움 부탁드립니다.     1, 3번 Control / 2, 4번 Sample    
회원작성글 s_s  |  01.20
Q. 단백질 사이즈 측정 HPLC로 할 수 있나요?
고분자량을 쪼개서 저분자량 단백질 (5kDa 내외) 로 만드는 실험을 하고 있는데요. HPLC를 처음 찾아봐서 질문드려요 ㅠ   사이즈를 계속 확인하면서 테스트 해야할 것 같은데 SDS PAGE는 세팅도 안되어있고 실험이 오래걸릴 것 같아서..   HPLC는 의뢰 맡기려고 하는데 단백질 사이즈 확인할 때 SDS PAGE를 HPLC로 대체할 수 있을까요? 사이즈마커로 분자량을 알고있는 시료 (예로 10kDa, 5kDa 갖는 것들..)랑 같이 걸어서 사이즈를 유추한 데이터를 논문용으로 SDS PAGE 대체해서 올릴까 생각하는데 가능한 방법 맞을까요..   감사합니다!
회원작성글 GE  |  01.20
Q. 분말시료 무균시험
분말형태의 시료의 무균시험을 하려고 하는데, 멸균 플레이트에 배지 붓고 그 위에 분말 떨어뜨려서 확인해도 되나요? 혹은 따로 방법이 있나요?
회원작성글 korealab  |  01.20
Q. Vacuum manifold for mini prep 사용 후 꼭지..? 관리 어떻게 하시나요 ???
 새해복 많이 받으세요 선생님들 . 다름이아니라 vacuum manifold를 사용해서 mini prep 하는 것을 세팅해보려고 하고있습니다.  혹시 한번의 prep을 하고 난 뒤에 관리를 어떻게 하시나요 ?? spin column과 연결되는 꼭지 부분을 재사용하는 것 같던데... 오염의 위험이 없나요 ??  읽어주셔서 감사합니다. 
회원작성글 Anchovy  |  01.20
Q. 단백질 정제 관련
안녕하세요  단백질 정제 관련 업무도 추가적으로 연구하고 있는 대학원생입니당  단백질에 대해 정확히 배워보질 않아, 연구에 어려움이 있어서 찾아오게 됫습니당.(멍청해보이더라두,, 알려주시면 감사하겠습니다.)   1. Salt in / out 이란? - 용해도 측면에서  2. 레진 buffer 만들때, 전도도는 어떤 개념인지? 확인용?  (질문 의도, 단백질은 pH/PI 기준으로 걸러질텐데, 전도도의 중요성을 잘 모르겟어서요.. ) 3. pI를 등전점을 사용하는 방법과, 용해도(Salt In, out)를 사용하는 단백질 정제 방법은 아예 차이가 있는건지? 4. IEX가 CEX,AEX로 구분되는것으로 알고있엇는데, IEX가 자체적으로 존재하면 어떤 이온을 거르는지?  5. 이 단백질들을 공부하기 위해선 어떤 기초 공부를하면 좋을지...    조금 알려주시면 정말 감사드리겠습니다.   읽어주셔서 정말 감사합니다. 
회원작성글 아무거토몰라여  |  01.20
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