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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA
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Q. gRNA vecotr construction 질문드립니다.
gRNA는 제가 원하는 site 부분만 바꿔서 계속 재사용 될수 있다고 알고있는데요. site (20bp) 부분 뒷쪽에 Reverse primer 5` end에 phosphorylation이 붙은 primer를 이용해서 원하는 site (20bp) 앞쪽 프라이머만 바꿔준다라고 이해하고있는데요. 그럼 원하는 site를 바꿔줄때 site 앞에 부분 서열에 원하는 서열을 넣고 phosphorylation 프라이머와 같이pcr돌리고 dpn1 처리만 하면 되는건가요?
회원작성글 분자생물학도  |  01.24
Q. sequencing 질문드립니다
ligation 후 마크로젠에 sequencing 을 맡겨 확인해 볼려고 하는데요. confirm pcr을 돌려 그 부분을 맡겨서 확인하는 거다 라는 것과 그냥 prep후 맡겨서 확인하는거다 라고 각각 선배들께서 알려주셨는데 차이가 있을까요?
회원작성글 분자생물학도  |  01.24
Q. 한 염기서열에 제한효소가 여러 개 표시되는데요 첨부파일
벡터맵을 보면   Hinc II,  Sac I, Acc I 3개가 GTCGAC를 인식한다고 표시되어있는데   이게 Isoschizomers 라는 건가요?  
회원작성글 GMCSF  |  01.19
Q. Database에서 미생물의 whole genome sequence를 얻는 방법에 관해 질문이 있습니다.
안녕하세요, 이번에 Streptomyces의 한 strain (Streptomyces tendae DSM 40101)을 이용해 실험을 하려고합니다. 여기에 whole genome sequncing data가 필요해서 찾아보니 등재되어 있는 sequencing data는 여러개의 contigs로 이루어져 있네요. Seq. accession number 1932.11의 level은 wgs라고 되어있는데 fasta data를 받아서 열어보면 139개의 contigs로 이루어져있습니다. 이런 경우 whole genome sequence를 구할 수 있는 방법이 없을까요?? 여러분의 도움이 필요합니다 감사합니다.
회원작성글 BEpsh  |  01.19
Q. PCR 실험에서 annealing 온도를 높일수록 잡밴드가 많이 생깁니다. 왜그런건가요?
안녕하세요 PCR실험을 할때 비특이적 밴드가 잡혀서 annealing 온도를 2도씩 올리면서 실험을 하고 있는데요. Tm값은 59도 이고 55도로 실험을 했을때보다 57도 59도로 실험을 했을 때가 더 잡밴드가 많이보입니다. 보통 온도를 높이면 primer와 template간의 mismatch가 감소해서 반응 특이성이 증가하여 잡밴드가 오히려 사라진다고 알고있는데요... 저처럼 이런 경우도 있나요?? 알려주세요!!
회원작성글 굴몽  |  01.19
Q. 유전자 cloning 과정에서 주입된 유전자 (T DNA와 Gegomic DNA)가 헷갈립니다
고등학생인데요, 이전에 과기원에서 애기장대에 특정 유전체를 넣어 노화 억제를 확인하는 실험을 진행했습니다.  과정에서 개념적으로 헷갈리는 부분이 있습니다.. 처음 gis cloning 단계에서  promoter sequence pcr을 진행하고, floral dipping을 했고 Tdna insertion 단계 막판에 T dna insertion line을 pcr 했는데 .. 대체 두개가 무슨 차이인건가요ㅠㅠ gdna 안에 tdna가 일부 포함된..? 그런 느낌인가요? 실험단계명에는 t dna insertion line phenotyping이라고 되어있는데, gene cloning 개념에서는 '식물체의 전체 DNA를 제한효소로 절단시킨 Genomic DNA를 플라스미드, 박테리오파지 등 유전자 운반체인 vector에 부착시켜 박테리아나 기주세포에 도입한 다음 박테리아나 세포의 증식과 더불어 도입한 특정 유전자를 대량 증식시키는 것' 이라 되어있어서... tdna와 gdna는 아예 다른 것으로 봐야할까요..? 결과적으로는 애기장대에 Genomic DNA를 삽입한것으로 말해도 되는지 궁금합니다 ((전반적인 cloning 과정에 대해서 설명해주실수있나요..? pcr이나 electroporation같은건 다 알고있는데, 처음 prep한 유전자가 뭔지, 그 전후로 어떤 유전자를 주입한것인지 디테일한것을 잘 모르겠어요 검색해도 잘 안나오고.....))  
회원작성글 별담  |  01.19
Q. 시퀀싱 다들 어디에 맡기시나요
pcr product를 백터에 ligation했고 확실히 확인하기 위해 시퀀싱을 하려고합니다.   다들 어느회사에 시퀀싱을 맡기시나요?
회원작성글 대학원생(진)  |  01.19
Q. 컴셀에 형질전환할때..
형질전환과정에서 궁금한게 생겨서 질문들비니다 컴셀에 kanamycin저항성이 있는 백터를 섞어주고 ice에 30분 반응 후, 42도에 90초 heat shock하고나서, 얼음에 1분박고, LB media에서 1시간 배양하는데 근데 1시간 배양할때, 그냥 LB media를 써야하나요 아니면 LB+kanamycin media를 사용해야 하나요? 그냥 LB media를 계속 써왔는데 궁급해서 물어봅니다
회원작성글 대학원생(진)  |  01.18
Q. cloning
TA cloning 진행 중인데,  X-gal 도포한 plate에서 white colony가 떠서 sequencing을 보냈는데 공백터로 나옵니다. 왜 그럴까요? insert 농독가 단단위대로 낮기는 했는데, 그래도 molar ration 맞추어서 넣은건데 그렇습니다.    
회원작성글 새슬  |  01.18
Q. real-time PCR 논문 해석이 안됩니다,, 도와주세요ㅠ
선배님들 제가  Development of a rapid and sensitive reverse transcription real-time quantitative PCR assay for detection and quantification of grass carp reovirus II 논문을 읽고 있는데 도저히 이해되지 않는 table이 있어서 질문 올립니다,, table 3번이고 표에서 의미하는 +, -가 무엇에 대한 pasitive이고 negative인지 모르겠고 왜 이런 결과인지를 도저히 논문만 읽고는 이해가 되지 않네요,,   제가 많이 부족한가봅니다 아시는분 설명 부탁드립니다ㅜ  
회원작성글 롤로야놀자  |  01.18
Q. methylation 결과 해석시 colony 관련해서 궁금합니다.
안녕하세요.   관련 배경이 없는 상태에서 methylation data를 해석해보려니 어려움이 있어 글 올려봅니다.    현재, 혈액 샘플에서  gDNA추출 후 bisulphite, PCR, 시퀀싱 (2 colony) 처리하여 특정 target region의 시퀀스 2개에 대한 메틸화 수치 값을 뽑은 상태입니다.   여기서 메틸화 수치를 해석할 때, 2개의 colony에서 뽑힌 각각의 메틸화 수치는 평균을 내야 하는지요 아니면 별도의 데이터로 보아야 할지요? 처음엔 두 colony의 메틸화 수치를 평균 내야하는 것이 맞겠다고 생각했었는데,샘플 n수가 적어서 걱정하고 있던 차에 colony를 최소한 3개 이상으로 늘려서 재분석해보라는 답변을 받아서 (blood sample이 1 botttle씩 더 남아있는 상황입니다.) 평균값을 사용하는 것이 잘못된 것인지 의문이 들었습니다.    매우 초보적인 질문이지만 답변 주시면 감사하겠습니다.  
회원작성글 zkelll  |  01.17
Q. T벡터 질문드립니당
유전자 클로닝을 할때 벡터에 삽입하기 위해서 EcoRi로 제한효소 처리를 하잖아용   처리하고나면   5'-G         AATTC-3' 3-CTTAA          G-5'   이렇게 약간 좀 복잡하게 되잖아용?     근데 T-벡터라는 녀석은 ..... 벌어진 부분에 T만 한 개 달랑 추가된건데,   점착성 말단보다 모양이 훨씬 더 간단해보이는데....    T-벡터만 쓰면 되는거 아닌가요?   실전에선 다들 T벡터만 쓰게되나요??
회원작성글 GMCSF  |  01.17
Q. qPCR에서 ct값은 비슷하지만 rfu값 차이가 나는건 왜 일까요?
1. 위은 사진처럼 ct값은 비슷하나 rfu값이 차이가 나서 문의 드립니다. 같은 튜브에서 반복시험한것인데 저런차이가 왜 발생했을까요? 사용해도 되는 결과일까요? 2. 그래프가 눕는?현상이 발생하였는데 이유가 궁금합니다.   
회원작성글 vanana  |  01.17
Q. 동물 배설물에서 dna 분석을 통한 종 동정.. (메타바코딩, edna, dna 클로닝)
안녕하세요 전 생태전공 석사과정이고 동물의 배설물에서 나온 식물 종을 동정하며 어려움을 겪던 중 메타바코딩, edna, dna 클로닝 같은 방법들을 알게 되었습니다. 배설물이나 위내용물, 바닷물 한컵을 통째로 분석해서 거기있는 종을 다 알 수 있더라구요.   한 줄기 빛이 보이는 것 같아서 공부해보면서 위 방법들에도 많은 제약이 있다는걸 알게되었습니다. 크게 보면 데이터베이스의 부족, 마커선택, 프라이머의 제작이 큰 걸림돌인 것으로 이해했고 제 나름대로 해결책을 제시해봤는데 제가 잘 이해한건지, 비전공자인 제가 현실적으로 실현 가능한건지 궁금합니다.(실험기기나 분석비용은 지원이 가능합니다.)   1. 데이터베이스 : 제가 연구하는 동물은 초식동물이며, 식생조사를 통해 배설물에서 나올만한 먹이식물들의 계절별 출현종리스트(데이터베이스)를 만들어둔 상태입니다.   2.  마커선택 : 이 부분이 정말 어려운 것 같아요. 종간변이가 크면서, 종내변이는 작고 게놈상에서 동일 위치에 존재하는 마커가 이상적이라고 하는데 출현종 40종의 염기서열을 프로그램 돌려서 그런 마커를 찾을 수 있을까요? 안된다면 일반적으로 많이 쓰는 rbcL을 쓰면 어떨까 싶습니다.   3. 프라이머 제작 : 위에 출현한 종 40종을 강(class)수준으로 분류하면 유니버셜프라이머를 만드는건 어려울까요? 강은 8개정도 나올 것 같습니다.    어떤 조언과 충고, 질책 모두 감사히 받아들이겠습니다. 많이 가르쳐주세요.
회원작성글 Goodnighth..  |  01.16
Q. 갑각류 DNA추출 시 깨짐 도와주세요~
다른 DNA는 잘들 뽑히는데 유독 갑각류에서만 DNA가 깨져서 스미어하게 나옵니다 ㅠㅠ.. 다른 sample들보다 PCR도 잘 안되고 NGS시에도 contig가 짧습니다. 혹시 DNA 추출에 내공이 있으신 분들은 어떻게 하시나요?   * 해양 갑각류에서 속살로 하면 기생충이 나오고, 껍질로 하면 뿌옇게 섞이지 않은 탄산칼슘(으로 추정되는)이 나오더라구요. 농도나 순도도 정확히 않은것같아 찝찝하고요..   뭐라도 좋으니 아무 조언이라도 부탁드립니다..   
회원작성글 아라온  |  01.16
Q. 2(Beta)-Mercaptoethanol 관련 질문
안녕하세요. 저희 연구실에서 이번에 dPCR을 도입하게 되어 2(Beta)-Mercaptoethanol을 취급하게 되었습니다. 그런데 2(Beta)-Mercaptoethanol을 주사기로 그냥 뽑아서 비커에 담으면 후드 안인데도 불구하고 상당히 독한 냄새가 나서 이를 어떻게 병에서 꺼내어 이용할지 어려운 점이 많습니다. 혹시 2(Beta)-Mercaptoethanol을 이용하고 계신 선배님들은 어떻게 사용하고 계신지(주사기 등) 궁금해서 질문 드립니다. 항상 감사드립니다.
회원작성글 Rise  |  01.16
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