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BioLab 장재봉 교수
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Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. 전기영동 버퍼 관련 질문
아가로스겔 전기영동을 진행하려고 하고  관찰하고자 하는 핵산의 크기는 100~200bp 사이 입니다. 전기영동 할때 주로 TAE / TBE Buffer 사용하는것 같덴데  크기가 작은 핵산은 TBE로 관찰하는걸로 알고 있습니다. 실험실에 0.5X TAE 버퍼 밖에 없는데 이렇게 작은 크기의 핵산을 관찰 할 수 있을까요??
회원작성글 오리5리Oh리  |  02.02
Q. colony PCR 예상 밴드
안녕하세요 실험실 인턴 중인 대학생입니다. 콜로니 PCR 진행하려고 하는데, 실험 전 공부 중에 있습니다. PCR 진행해서 전기영동으로 내리게 될 때 뜨는 밴드가 insert gene 밴드인건 알겠습니다.   하지만 이 insert gene 사이즈를 ORF size로 봐야하는지 refseq size로 봐야하는지 잘 모르겠습니다. 예상 밴드의 사이즈를 알아야 확인할 수 있을텐데,,, 예상 밴드 사이즈를 어떻게 책정?할 수 있을까요?     답변 부탁드립니다 ㅜㅜㅜㅜㅜㅜ
회원작성글 뜌두듄  |  02.02
Q. gaussview 6.0 프로그램
안녕하세요. 실험을 진행하고 DFT를 이용하여 실험 내용을 검증하려는데 gaussview를 많이 이용하는것 같더라구요. 최신 버전이 gaussview6.0인것 같은데, 어디에서 다운받을 수 있을까요?? 무료다운은 대부분 광고인것 같고 공식 홈페이지에 들어가니 프로그램 가격이 수천달러인데...  보통 어디에서 프로그램을 다운받아 사용할까요??
회원작성글 gauss  |  02.02
Q. 세포 분화 질문입니다!!! 꼭 답변 부탁드립니다 ㅜㅜㅜㅜ
  안녕하세요. 요즘 실험 열심히 배우고 있는 학생입니다, ㅜㅜ 제가 골세포 분화 실험은 처음해보는데, 연구실에 연구원이 저 한명이라 물어볼 곳이 없어 여기 질문 올립니다.   보통 분화 실험 할 때 조건을 간단하게 적으면 - 24well plate - 5*10^4 cell seeding - 24hr 후 분화유도배지로 교체 - 2~3일 마다 배지 교체하며 2주정도 배양 이렇던데 그러면 저 정도 cell양이면 3일만 지나도 full density가 될텐데 2주동안 계속 subculture 없이 배지만 갈아주면 cell이 미어터지지 않나요? 원래 분화실험 할 때 그 정도로 full density로 진행 하는것인가요...?    기초적인 질문이지만 따듯한 답변 부탁 드립니다,ㅜㅜㅜ
회원작성글 띵똥땅  |  02.02
Q. SDS-PAGE destaining시 색덜빠짐 문제 첨부파일
안녕하세요 여러 연구원분 열심히 연구를 배우고 있는 대학원생입니다. 다름이 아니라 요즘 SDS-PAGE 실험을 하고있는데 staining 이후 destaining시 아래쪽은 색이 다 빠지는데 위쪽은 아무리 오래 빼줘도 안빠지더라구요 ㅠㅠ 무엇이 문제이고 해결방법이 있을지 조언 부탁드립니다~!!!~!~
회원작성글 돌굴러가유  |  02.02
Q. Multiplex pcr에 관하여
안녕하세요 현재 2개의 primer의 온도 조건을 동일한 온도로 각 각 확립하였고, 이후 이 두개의 primer를 같이 넣어 multiplex pcr을 진행한 결과 primer dimer 부분이 검출되어 이 부분을 보완하고자 아래와 같이 진행하였는데 나오질 않네요ㅠ 조언부탁드려요..ㅠㅠㅠ (첫 결과에서는 각 각의 primer의 bp 부분에 band가 검출되었으나 dimer 부분이 있어 수정해야했음) 변경사항 1. 기존 pcr e tube total volumn을 25 ul 에서 50ul 늘려 기존과 같은 농도(20pmole)를 가진 primer의 첨가량만 줄여서 진행 1/2배, 1/4배( 0.5ul / 0.25ul) -> 실험 결과 ; 밴드가 검출되지 않음. 이후 추가 변경 사항 1.기존 pcr e tube volumn을 25 ul 에서 50ul 늘려 기존과 같은 농도(20pmole)를 가진 primer의 첨가량 변경 1배, 1/2배, 1/4배 (1ul, 0.5ul, 0.25ul) 2. cycle 수 30->35cycle로 증가 실험결과, 1배로 넣은 곳에서 희미한 band가 확인이 됨. 하지만 band가 너무 안보임... Multiplex pcr primer의 경우 uniplex할 때와 다르게 1ul씩 넣던걸 0.5ul씩 반으로 줄여서 넣어줘야 한다고 들어서 진행을 하였으나.. 잘 안되네요 도대체...multiple pcr을 어떻게 해야 정말 잘했다는 소리를 들을 수 있는지 선생님들의 스킬을 알려주시면 너무 감사드리겠습니다... 추가로 gel 제작시 저의 경우 EtBR을 첨가해주고 있는데(4ul/100ml) gel doc 촬영시 etbr이 너무 하얗게 빛이나 사진이 안예쁘네요ㅠ 추가 꿀팁이 있다면 알려주세요!
회원작성글 해조칼슘풍덩  |  02.02
Q. mouse 또는 rat 혈압측정
폐동맥 고혈압 관련하여 in vivo 실험을 할때 우심실 수축기 혈압 (RVSP), 또는 폐동맥 혈압(PAP)이  반드시 들어가는 데이터인 것으로 알고 있는데요  측정 방법이 1. 정맥 통해서 심장으로 들어가도록 센서 있는 카테터 삽입 2. 심초음파 이용  3. 센서달린 카테터 혹은 니들을 우심실에 직접 삽입 이 3가지 방법 중에 하나인 것으로 알고는 있는데  어딜가도 자세한 방법이나 영상이 없어서요 ㅠㅠ 혹시 측정해보신 분 있으실까요?   
회원작성글 굽실굽실  |  02.02
Q. ICP-ous 를 이용한 EDTA-Pb용액에서의 Pb 농도분석 방법을 알고싶습니다
EDTA와 Pb이 complex된 용액에서의 Pb의 농도를 알고싶어 ICP-ous 를 사용하여 분석을 하고싶습니다. 기기에 sample을 주입하기 전 전처리가 필요하다고 하는데 어떤 방법이 좋을까요? 
회원작성글 Zioi  |  02.02
Q. WB시 beta-actin을 껴서 하는 이유
이번 방학에 연구실에서 western blotting 하고 있는 학부생입니다.  transfection된 cell에서 protein을 추출한 뒤 WB할 때 타겟Ab말고 beta actin을 같이 하는 것은 이유가 무엇인가요? 그냥 actin이 가장 진하게 나와서 잘 됐는지 확인하는 용도인가요? 수준 낮은 질문 답해주셔서 감사합니다.
회원작성글 앞구르기  |  02.02
Q. cDNA 합성 및 real-time PCR 동시에 가능한 kit 추천 부탁드립니다.
cDNA 합성 및 real-time PCR 동시에 가능한 kit가 있다면 추천 부탁드립니다.   ㅜㅜ
회원작성글 댕댕박사  |  02.02
Q. single band에서 melting curve가 multi peak가 나옵니다.
hMSC cell에서 hCOL1A1을 target으로 하는 primer를 제작하여 qPCR을 돌렸는데 melting curve가 2개 나옵니다. 총 6well에 했는데 6well 모두 multi하게 나옵니다. 심지어 2개 peak의 값이 각 well에서 조금씩 상이하게 나옵니다. TM은 똑같아요. 혹시몰라 sample gel에 전기영동 내려서 band 확인했는데 band는 one band로 나옵니다.... 이게 뭐가 문제인지 알 수 있을까요
회원작성글 kyunk  |  02.02
Q. do not autoclave라고 적힌 배지를 오토클레이브에 돌려도 될까요?
지금 까지는 저런 배지를 히팅블럭에 가열하면서 교반해서 사용했는데   갑자기 교반기의 가열기능이 망가졌습니다   아마 열에 민감한 시약이 들었으니까    일반적으로 멸균하듯이 121도까지 올리면 안된다는 의미 같아서   100도에 1분 정도 오토클레이브에 돌려서 녹여 사용해보려고 합니다   이렇게 사용해 보신분 혹시 계신가요?
회원작성글 촉촉한촉수  |  02.02
Q. Maxi prep yield가 낮은 이유를 잘 모르겠습니다...
안녕하세요. 인턴으로 일하고 있는 대학생입니다.   이번에 두 종류의 Plasmid를 Maxi prep 하게 되었는데요. 하나는 1800ng/ul에 purity는 1.91로 잘 나왔지만   다른 plasmid는 315ng/ul에 purity는 1.90, 260/230은 2.15로 결과가 심하게 차이가 났고, 이번에 다시 문제의 Plasmid들만 다시 2번의 maxi를 더 했으나 둘 다 purity는 1.90에 300ng/ul 언저리로 나와 질문드리고 싶어 작성하게 되었습니다..   실험의 경우, protocol 진행에 있어 1800ng/ul과 300ng/ul 두 pL의 다른 점은 없었습니다. 16시간 배양 후, 첫 centri에서의 pellet은 1800ng/ul의 pL이나 문제의 pL이나 모두 같은 양이 추출되었으나, 마지막 TE로 녹이기 전 Centri에서의 pellep 양은 확연한 차이가 발생하였습니다.   특히나, 개인적으로 궁금한 점은 흡광도에서 A260과 A280값이 1800ng/ul = 37, 19 300ug/ul = 6.3, 3.3 이렇게 나오는데, 이 경우 DNA의 양 뿐만이 아니라 Protein의 양도 적게 나왔으니, pL이 transfection 된 양이 적은 것이 아니라 protocol 진행에 미스가 났다고 봐도 되는걸까요..!   또한, pL 종류에 따라 최종 Yield 차이가 많이 날 수도 있는건가요??  
회원작성글 푸이잉  |  02.02
Q. cell 보관 온도
cell을 구입하면, 드라이아이스에 올 때도 있고, 액체질소에 보관되어 올 때도 있는데,  1. 액체질소에서 보관된 것을 드라이 아이스 상에서 장기간 옮겨져도 문제가 없는지 궁금합니다. (온도 변화)  -80도와 -140도에서 cell viability에 대한 어떤 영향을 주나요?   장기 보관시에는 -140도를 유지 해 달라고 저도 그러라고 말은 하고 다니지만 왜 그런지는 몰라서요. 낮으면 무조건 좋은건지. 어느 정도 이하의 온도가 좋은 것인지 궁금해요. 
회원작성글 clickclick  |  02.02
Q. Trinity 패키지에 있는 DESeq과 R로 직접 돌리는 DESeq이 차이가 있을까요?
전에는 reference genome이 없어서 트리니티로 어셈블리하고 나서 deseq 돌려서 아래 코맨드처럼 트리니티를 이용해서 deseq2을 돌렸습니다. /trinityrnaseq-v2.13.2/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl --matrix Trinity.isoform.counts.matrix --samples_file sample.txt --method DESeq2 --output DESeq2_trans   이번에는 참조 유전체가 있어서 HISAT2-HTSeq-DESeq2 순서로 돌리려고하는데 보통 DESeq2를 R울 이용해서 코드를 돌리더라구요 위에 코맨드를 이용하면 훨씬 편한데 R로 하니까 코드도 길어져서 첫번째 코맨드를 사용하고 싶은데 두 코맨드를 사용했을때 차이가 많이 발생할까요?
회원작성글 오오오오복  |  02.02
Q. frozen section 조직보관 용액
안녕하세요 혹시 frozen section 해서 염색에 조직을 쓰기 전까지  조직보관 용액을 사용하시는 분이 계실까요??  glycerol , Ethylene glycerol, D.W, Na2HPO4, NaH2PO4 비율을 어떻게 해서 만들어야 할까요
회원작성글 초보자입니당  |  02.02
Q. brain OCT section slide 보관법
mouse whole brain을 '4% PFA -> 15% sucrose -> 30% sucrose' 후 OCT 하여 -80'c에 보관하였습니다.   이제 cryosection(24um)하여 슬라이드에 붙인 후 IHC-IF를 진행하려고 하는데.. 하여야 하는 IHC antibody 종류가 많다보니,  section 후에 slide 상태로 보관 후에 IHC를 진행하려고 합니다. 질문은 다음과 같습니다.   (1)아래와 같이 진행해도 괜찮을까요? 어떤 분은 slide에 올린 뒤 그냥 바로 -80'c에 넣어도 된다고 하시고,,, 조언부탁드립니다. 1) 자른 section을 slide에 올리기 2) PBS wash (5min X3) 3) Cold acetone (10min Fixation) -> 다 증발하면, deep freezer 보관     (2)보관 후 brain 붙은 slide 사용할때, 아래와 같이 사용하면 될까요..? #RT에 놔두고 온도 안정화 à PBS wash (5min X3) è PAP PEN è 4%PFA로 고정    (3)딥프리져에 slide 보관 후, 이후에 다시 사용할때  60도 dry oven에서 1시간 baking하고 사용하는 것이 좋다고 하는데.. 이것에 대한 의견도 궁금합니다.   바쁘신 시간 내어 글 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 척척석사_  |  02.02
Q. cDNA 합성 전 rna 농도
제가 RT-PCR을 하려고 RNA을 뽑았습니다. 6-well에 6*10^5 cell/ml 로 시딩하고 처리하고 RNA를 뽑는 과정에 pallet이 매우 적어서 걱정을 했습니다. cDNA 합성전에 RNA 농도를 측정하였는데 전에 동일한 조건으로 뽑았는데 400~600ng/ml 대로 나왔습니다. 그리고 cDNA 합성할때 농도를 1ml에 맞춰서 계산합니다. 근데 이번에 RNA 농도가 none이 77이 나오고 처리한 것들도 300ng/ml가 나왔습니다. 머가 문제일까요?.... cDNA 합성할때 DEPC DW : 20 -1-0.3 -계산농도 RNA : 계산농도 Oligo : 1ul hexamer : 0.3ul = total 20ul 이렇게 하는데 계산을 해보니 none은 13ul를 넣어야하더라고요.... 이렇게 해도되나요?... 아니면 다시 처음부터 해야되나요ㅜㅜ
회원작성글 oneday  |  02.02
Q. transcription factor의 potential 관한 기본적인 질문입니다.
JASPAR등과 같은 사이트에서 특정 gene에 대한 특정 Transcription factor의 binding을 prediction하면, 어떤 T.F A같은 경우에는 promoter 기준 전후로 굉장히 많은 prediciton site가 나오고 또 다른 T.F. B는 prediction site가 많지는 않지만 promoter 바로 앞부분에 위치한 prediction site가 나오는데요. 기초적인 것일 수도 있는데 문득 이런 의문이 들었습니다. 그렇다면 A가 이 gene에 더 potential한 T.F일지 혹은 B가 더 강력한 inducer일지가 궁금해졌습니다. 경우에 따라 다를 것 같긴 하지만, 둘 중 어느 것이 더 potential하다고 봐야할까요? 
회원작성글 슈동  |  02.01
Q. western antibody
안녕하세요    WB 할떄 1차 , 2차 안티바디 구분하는 법이 어렵습니다. ㅜㅜ   항체, 항원에 대한 개념과 1차 2차에 대한 개념이 있다고 하기엔 부족하고 없다고 하기엔 있는거 같습니다. 1차 항체 : A라는 동물에 target 단백질을 주사해서 만든 Ab   - 2차 항체 : B라는 동물에 A라는 동물의 IgG를 주사해서 만든 IgG       어떤 원리로 어떤 방법으로 1차 2차를 붙히는지는 알겠지만  예를 들어 actin을 확인하고자 하면 1차 안티를 anti- actin antibody in Rabbit 이라고 하면 2차 항체로 Rabbit lgG (HRB) 를 쓰는데  그러면 1차에 Rabbit를 쓰고 2차를 goat를 쓰면 안되는건가요??   1차를 rabbit을 쓰면 2차도 rabbit을 써야하는지 아니면 goat를써도 되는건지에 대한 개념을 못잡겠어요 ㅜㅜ  매번 누구한테 이렇게 쓰면 되냐고 물어볼수도 없고 공부할수 있는 좋은 방법이 없을까요?
회원작성글 AD석사생  |  02.01
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