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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
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Q. knockdown vector의 ftz intron 기능 문의
안녕하세요. 초파리 모델을 이용해 RNAi knockdown하기 위해 vector를 살펴보는 중인데요. knockdown vector들에 공통적으로 ftz intron이 포함되어 있고, silencing을 더 잘 되도록 하기 위해 포함시켰다고 하는데, 왜 ftz intron이 그런 기능을 하나요? 여러 논문을 찾아봤는데 splicing과 관련된듯 싶은데,,    정확히 이해가 되지 않습니다 ㅠㅠ
회원작성글 bioer  |  2022.05.20
Q. RAW264.7 cell RT-PCR
RAW264.7 cell을 6-well plate에 well당 1*10^6개를 seeding 후 LPS 100ng/ml로 24hr 자극해 TNF-a, IL-6 발현량을 보려고합니다.  RT-PCR을 하라고 하셨는데 복학하고 이번이 첫 실험이라 프로토콜을 잘 모릅니다.. 혼자 논문이랑 책을 찾아봤는데 모델링은 어떻게 해야할지도 감이 안 잡혀서 답답하시겠지만 혹시 참고할만한 논문이나 프로토콜좀 자세히 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 파이펫도둑  |  2022.05.16
Q. cDNA 합성 후 qPCR을 돌렸는데 문제가 있는걸까요? 조언좀 부탁드립니다.
안녕하세요. 저는 cDNA합성후에 qPCR을 돌려서 유전자 발현 차이를 확인하는 실험을 하고 있습니다. 이번에 qPCR을 돌린후 Ct값을 보고 궁금한게 있어서 질문하게 됐습니다. 일단 저는 동물의 근육조직에서 RNA를 추출하고 cDNA를 합성했습니다. 그후에 qPCR을 돌렸는데요, 보통 qPCR을 할때 하나의 샘플(한개 튜브) 에서 triplet으로 qPCR을 돌려서 오차값을 확인하면서 실험을 했었습니다. 그런데 이번에는 그렇게 하지 않고 처음에 조직을 떼어낼때 같은조직을 세번 떼어 낸 후에 농도를 맞춰서 cDNA를 합성하고 qPCR을 진행했습니다. 저는 모든 샘플의 농도를 일정하게 맞춰서 cDNA를 합성했고, cDNA합성 후에 또 농도를 일정하게 맞춰서 qPCR을 진행했는데, 그러면 같은 조직 3개에서 housekeeping gene의 Ct값이 이론적으로 유사하게 나와야하는게 맞는건지요? 예를들어 쥐의 근육조직-1, 근육조직-2, 근육조직-3(다 같은조직) 에서 housekeeping gene의 Ct값이 각각 22, 26, 21 이런식으로 나왔다면 cDNA합성과정중에 문제가 있었을 가능성이 있나요?
회원작성글 놀고싶다  |  2022.05.10
Q. RNA 수율 계산...
안녕하세요 ..  너무 간단한 문제라서 답변을.. 많이 못 받을 것 같지만  도저히 방법을 모르겠어서 작성했습니다.. 식물에서 miRNA를 extraction하여 nanodrop으로 miRNA의 농도를 확인했습니다. 이후 관련 실험에서 사용하였는데, 교수님께서 miRNA의 회수율을 계산해보면 좋을 것 같다고 하셨어요.... 어떤,,걸 기준으로 계산을 해야하나요?,, 어떤 걸 100으로 생각하고 miRNA의 농도를 나눠 회수율을 계산해야할지 전혀 모르겠습니다.. miRNA을 추출한 식물의 무게에서 나눠야하는건지,, 그냥 100으로 봤을 때 나온 농도를 나눠 수율 계산을 해야하는건지..  다른 분들께 정말 별거아닌 문제라서 황당하실 수 있을 것같지만.. 혼내셔도 당연히 달게 받겠습니다.. 제발 방법 알려주시면 감사하겠습니다ㅠㅠ..  부탁드립니다.. 여러 고수님들.. 
회원작성글 셀님들  |  2022.05.08
Q. In vitro transcription
키트로 RNA합성할 때 버퍼, 엔자임믹스, ATP, GTP, UTP, CTP 중에 하나라도 안들어가도 합성이 되나요?
회원작성글 쿵쿵이쓰  |  2022.05.06
Q. 전기영동 해석 도와주세요..
1번 2번 3번 4번 이 어떤 dna혹은 rna인지 찾아야하는데 접근법부터 막막합니다..size로 유추하는 거라고 생각해서 1번은 GDNA라고 생각하고 234번이 rna인거같긴한데 구글링을 통해 사이즈 측정으로 2번은 16s rRNA이고 4번은 tRNA혹은 5Srna라고 유추했는데 혹시 접근법 자체가 틀린건지 여쭤보고싶습니다 ㅜ
회원작성글 이이이이이  |  2022.05.03
Q. cDNA 후 PCR 첨부파일
cDNA 후 PCR하여 전기영동 하였는데 밴드가 이렇게 나옵니다.  PCR이 제대로 안된 걸까요...?  
회원작성글 감자역병  |  2022.05.03
Q. In vitro transcription
할때 -20도에 보관됐던 material들을 꺼내서 쓰잖아요. 근데 효소같은것들은 글리세롤 넣어서 액체 상태인데 dtt나 transcription buffer, rNTPs, DEPC같은 경우는 얼음상태더라고요. 얘네들 다 바로 볼텍싱해서 녹여서 쓰나요? 얼음상태면 파이펫팅할때 정확한양이 안들어올거 같아서요!
회원작성글 머시플  |  2022.04.28
Q. 바이오닉스 배송
바이오닉스에서 프라이머 금요일에 주문 시켜보신분 계신가요? 거의 하루만에 배송오는것 같은데 금요일에 주문시켜도 토요일에 바로 배송되나요..?
회원작성글 짱짱  |  2022.04.22
Q. lipofectamine RNAiMAX를 이용한 siRNA transfection 실험 시 seeding media에는 FBS가 포함되는게 맞나요?
안녕하세요. RNAiMAX reagent를 이용한 siRNA transfection과 관련하여 몇가지 여쭤보려 글 쓰게 되었습니다.  실험 계획은, 우선 6-well plate에 cell을 seeding 한 뒤 24시간 후에 siRNA-Master Mix를 제조하여 첨가하려 합니다. 이를 제조하는 과정에서, media성분에 serum 성분이 존재할 시 transfection 효율이 떨어져, optimem-reduced media를 사용하거나 다른 media를 사용하더라도 FBS를 첨가하지 않은 것을 사용한다고 하더라고요.   이런 media의 serum 성분이 transfection 효율을 떨어트린다면, 6-well plate에 cell을 seeding 할 때 사용하는 media 또한 FBS를 녹이지 않은 것으로 사용해야 할까요?   결국 완성된 siRNA mix를 기존에 존재하던 6-well plate의 cell에 처리하여 transfection이 수행되는데, 기존의 6-well에 FBS가 첨가된 media가 존재한다면 transfection 효율이 떨어질까 하여 질문 드립니다.    감사합니다!
회원작성글 사슴풍뎅이  |  2022.04.20
Q. in situ hybridization(ISH) 잘 아시는 분ㅜㅜㅜ
ISH에 대해 처음 공부했는데요, 한마디로 RNA의 발현 위치와 그 양을 확인할 수 있는 방법이라고 배웠습니다. 궁금한 점은, ISH를 DNA에는 사용하지 않는다고 들었는데 그 이유가 무엇인가요?? 아시는 분 자세하고 쉬운 답변 부탁드립니다ㅠㅠ
회원작성글 쿙  |  2022.04.18
Q. 진핵생물 RNA 중합효소 II 와 프로모터 (이론 질문) 첨부파일
생명과학을 좋아하는 고등학생인데, 이론적인 부분에서 궁금한 점이 있어서 질문합니다. 진핵생물에서 RNA중합효소 II에 의해 전사가 일어날 때, 전사 개시 부위에 대한 그림에서 왜 하류가 3' 쪽인가요? 주형가닥은 3'->5'쪽으로 전사가 되는데, 프로모터는 암호 가닥을 그린 건가요?? 아래는 고급생명과학 교과서의 그림입니다.
회원작성글 qhg  |  2022.04.14
Q. gene 종류 첨부파일
안녕하세요!  primer size 찾아보려고 NCBI 에서 BLAST하다가 궁금한점이 생겨서 Q&A 남기게 됐습니다.  같은 gene인데 transcript variant1 mRNA, transcript variant2 noncoding RNA, predicted transcript variantX1 mRNA 이렇게 세가지 종류가 뜨는데 서로 어떻게 다른건가요?ㅠㅠㅠ (사진첨부해놨습니다!)    +그리고 rt-pcr하고 나온 밴드가 제대로 잡힌게 맞나 확인하기 위해서 sequencing을 맡기려고 하는데요 , Basic Sequencing,Full sequencing,Fragment Analysis 이렇게 종류가 세개 있더라구요 ㅠㅠ.. 설명을 읽어봐도 긴가민가해서... 혹시 어떤걸로 맡기는게 맞는지도 좀 알려주세요 ㅠㅠ  유전자 실험은 아예 처음이라 다 어리둥절하고 잘 모르겠네요 ㅠㅠ 도와주세요 ㅠㅠㅠㅠ
회원작성글 므크  |  2022.01.24
Q. 바이러스 파티클로 구매한 제품 문의
안녕하세요   코로나 바이러스의 진단관련된 주제로 연구를 하는 중인데요.   바이러스 추출 효율때문에 파티클 형태의 바이러스부터 사용을 하고 싶어서 아래 제품을 구매를 했는데... 이걸 사용하는게 맞나요? 바이러스 배양액 (Culture Fluid)이라서 맞을 것 같긴 한데....   맞다면 몇가지 질문이 있는데요 1. 배양액에 온전히 파티클 형태로만 있는 건 아니고 일부는 깨져서 RNA가 이미 노출된 것도 있을까요?   2. 제품정보에 바이러스 파티클 개수가 안나왔는데, 이걸 계산하는 방법이 있을까요?   3. Heat inactivation 처리를 했다고 하는데, 이 의미가 열처리로 병원성이 없게 처리를 했다라는 것 같은데 처리 후에도 파티클 형태는 유지되는 것인가요? 아니면 완전히 깨서 병원성이 없도록 만든건지....   바이러스쪽은 전공이 아니라서... 이렇게 질문드립니다.   감사합니다.
회원작성글 Proteinman  |  2021.12.30
Q. RT-PCR 밴드 첨부파일
안녕하세요 ,  RNA isolation 해서 RT PCR로 확인해보는 실험중에 있습니다.  GAPDH를 control 로 잡고 진행하고 있는데요 2,3번 레인에 각기 다른 sample로 GAPDH를 확인한것입니다. 근데 GAPDH 밴드 크기가 다르게 나왔는데 이건 정량과정에서 잘못된건가요? 그리고 4,5레인에 밴드가 희미하게 여러개뜨는건 annealing 온도를 조절함으로써 깨끗하게 만들수있나요?ㅠㅠ
회원작성글 므크  |  2021.12.22
Q. LAMP pcr probe
LAMP PCR을 준비하는 학생입니다. LAMP primer는 디자인 해서 oligo주문 까지 마친 상태인데 probe방식으로 실험을 진행해야 하는데 probe를 디자인 하는 법을 잘 모르겠습니다. LAMP probe는 어떻게 디자인을 해야 하나요? 도와주세요  
회원작성글 초코맛꿀  |  2021.12.07
Q. White solid soluble in DMF?
안녕하세요. 현재  Nascent RNA labeling을 위해 4SU와 MTSEA biotin-XX를 사용하고있습니다.   MTSEA biotin-XX의 경우 white solid soluble in DMF 라고 표기되어있고, 실제로 DMF에 녹였을때 완전히 녹지 않는듯하고 하얀 고체시료가 DMF내에 떠다는니듯합니다. 이것이 정상인 것일까요? 아니면 제가 제대로 녹이지 못한것일까요?   혹시 MTSEA biotin-XX를 사용해보신분이나 이부분에대해 알고계신분이 있으시다면 귀중한 코멘트 부탁드립니다!! 감사합니다. 
회원작성글 silent cod..  |  2021.12.07
Q. RT -pcr 첨부파일
RNa 농도값이 870ng/ul가 나왔는데 사진 프로토콜 방식으로 빈칸 값을 구하고 싶은데 어떻게 구하나요
회원작성글 개똥벌레  |  2021.12.05
Q. Positive-sense RNA, Negative-sense RNA 차이
RNA바이러스에서 이 둘이 의미하는게 뭔가요 그리고 RNA 레플리카아제는 둘 중 어느 가닥에 필요한건가요?
회원작성글 987654321  |  2021.12.01
Q. fungi identification 맡길 수 있는 회사 문의드립니다
안녕하세요, 한 영재고등학교에 재학중인 학생입니다. 제가 연구 프로젝트 하나를 진행하게 되었는데, glutamate/succinate/glutamic acid에 자란 fungi를 동정해야 합니다. PCR product와 primer를 마크로젠 등에 보내 시퀀싱 및 동정을 의뢰하는 것이 일반적이지만, 시간상의 이유로 PCR product가 아닌 medium에 담긴 fungi 등을 보내서도 동정이 가능한 방법을 찾고 있습니다. 혹시 관련 기업을 아시는 분께서는 기업과 주문 방법을 설명해 주신다면 큰 도움 될 것 같습니다. 감사합니다.
회원작성글 신재헌  |  2021.11.29
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