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웹진 Vol.24, No.10 (2022년 10월) 발간
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > Purification/Isolation
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
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Q. plate 채로 얼린 cell를 rna extraction 하려고하는데
plate 채로 얼린 cell을 rna extraction하려고 하는데   얼려진 cell을 어떤식으로 녹이고 긁어내야하는지 모르겟습니다..
회원작성글 대애학원생  |  05.27
Q. RNase free 팁은 구매말고는 방법이 없는건가요...
저희 실험실은 신생랩인데 10년전에 구입한 것으로 추정되는 창고에 남아있던 피펫팁을 사용합니다.   RNase free 팁, RNase free water 가 RNA work에서 필요하다고 하더라구요   1.봉투하나 클린벤치 안에서 뜯어서 조심히 팁렉 안에 넣고 오토클레이브 돌리는 걸로는.... 너무 오래된 팁이라..안되겠죠??(열로 RNase를 파괴할 수 있다거나..) 2.kit 써서 RNA 추출할건데 RNase free water는 RNA 디프리저에 저장할 때 사용하는건가요??    3.RNA 저장할 때도.. RNase free micro tube가 따로 있는건가요??
회원작성글 Seoki  |  05.16
Q. DNA extract kit로 RNA를 뽑을때는멸균환경에서 해야하나요??
DNA 뽑을때 멸균해야하는지 질문을 올렸더니 너무 감사하게 아래처럼 답변을 해주셨습니다!   일반적인 실험테이블에서 하면 됩니다 막 cleanbench안에서 하고 그 정도는 안해도 됩니다 당연히 실험하실때 실험대 닦기도하고 시약들은 auto된거 사용하는 정도는 하시니까 그대로 진행하시면 됩니다 조금다르게 RNA 뽑을때는 신경 많이 쓰셔야됩니다   그런데 토양 16S RNA 분석을 진행할거라 RNA를 뽑는건데 신경을 많이 써야한다는게 RNA 를 뽑을 때는 꼭 클린벤치에서 진행해야한다는 말씀이신걸까요?? 항상 많은 도움 주셔서 너무 감사합니다.
회원작성글 Seoki  |  05.16
Q. mRNA를 in vitro에서 합성하려고 합니다.
안녕하세요 오늘도 교수님의 과제로 괴로운 대학원생입니다..    이번에 in vivo 혹은 in vitro에서라도 treatment할 mRNA를 만들어보라는 막연한 주제를 던져주셔서 실험실 세팅을 하려고 하는데, cloning 과정이나 IVT 합성 과정이나 이런 것들은 키트에서 알려준대로 하면 되어서 큰 문제가 없는 듯 합니다.  문제는 mRNA로 만들어낼 부분의 sequence인데,, CDS 부분에 들어갈 것은 어느 정도 정리가 되었으나 앞뒤로 붙이는 UTR이라는 부분이 굉장히 중요하고 공개된 소스가 많지 않아서 어떻게 sequence를 짜야할지 이 접근에 대해서 오리무중인 상태입니다.. mRNA를 처리할 세포주에 따라서도 UTR이 중요하게 바뀌는 거 같아서 지금 해보라고 하신 세포주의 동물 타입이 3가지라 이것도 답답한 현실입니다.  이 실험에 대해서 깊은 이해가 있지 않아서 어떤 정보를 접근해야지 얻을 수 있는지도 모르겠어서 실상 인터넷 삽질만 계속하고 있는 중이네요..   해당 실험에 대해서 알려주실 수 있으신 분은 답변부탁드립니다.. 간절하네요.. 
회원작성글 펭숨  |  05.09
Q. RNA prep 시 ethanol의 기능
안녕하세요. RNA prep (spin column 방식) 을 할 때,,, lysate에 ethanol을 첨가하고 column으로 옮기던데, 이때 ethanol은 어떤 기능을 하는 건가요? 답변 부탁드립니다. 감사합니다.
회원작성글 dj_hwn  |  05.05
Q. Qiagen 혹은 Thermo에서 괜찮은 DNA/RNA Isolation Kit이 있을까요?
Isolation Kit이 Qiagen과 Thermo에서 많이 사용한다고 들었습니다.   혹시 괜찮은 제품이 있을까요?   ep tube/magnetic beads 두 방식 모두 괜찮습니다.   cell 및 tissue용으로 부탁드리겠습니다!
회원작성글 euni_  |  04.27
Q. RNA 전기영동 band 좀 봐주세요ㅠㅠ 첨부파일
안녕하세요 저는 이제 막 대학원 입학한 초보 실험자입니다. 다름이 아니라 Trizol을 이용해 spleen에서 RNA를 뽑고 RNA가 잘 뽑혔는지 확인해보려고 전기영동으로 확인했는데 계속 밴드가 잘 안나와서 질문올립니다,,   18S는 잘 나온 것 같은데 5S 밴드가 진하게 나오고 28S는 저렇게 밴드가 끌린모양으로 나와서 이 RNA로 실험을 진행해도 될지 의문입니다,, 아무리 찾아봐도 28S가 18S보다 2배정도 두껍게 나와야하고 뚜렷한 밴드 형태를 가지던데 저 28S는 degradation이 되어 18S band가 두껍게 보이는 건가요? 28S밴드 형태가 쭉 끌린 형태는 degradation되거나 농도가 진하면 그렇다던데 이 때문인걸까요? 전기영동은 native electrophoresis로 1.2% agarose로 50V에 40분 내렸습니다,, 작은 V에 천천히 내리는게 좋다고 해서 이랬는데 너무 오래 내려서 이런걸까요,, nanodrop으로 260/280, 260/230 수치는 괜찮았고, 첫번째 두번째 RNA는 농도가 진해서 dilution한 최종 농도 적어놨습니다..   첫 질문인데 답변 부탁드립니다ㅠ 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 안녕999  |  03.28
Q. RNA extraction 중 isopropanol 방치
안녕하세요 학교 실험실을 다니면서 실험을 배우고 있는 학부생입니다! 제가 RNA 뽑던 중에 isopropanol을 1시간 30분 정도 방치를 하고 centrifuge를 돌렸어야했는데 방치를 안하고 바로 centrifuge를 돌려버렸어요ㅠㅠㅠ RNA 뽑는데 많은 영향을 줄까요...?
회원작성글 우당탕탕  |  03.17
Q. DNA추출 마지막 단계에서 진공건조기가 없는데 어쩌죠...
PCR 시도해보려고 열심히 자료 조사하고 실험계획 만들었는데 슬프네요 다른 방법없을까요??   그리고 진공건조는 몇도에서 하는건가요??
회원작성글 Seoki  |  03.11
Q. 토양 DNA extraction 을 Rapid법으로 진행중인데 헤깔려서요.
DNA 농축 단계에서 이상한 점이 있어서요   1.5ml microtube에 옮긴 다음 10M NH4OAc 190um 첨가후 deepfreezer 10분 15000rpm 15분 상등액 2배 ethanol과 동일부피 iso-propanol 첨가하고 deepfreezer 30분 방치 상등액 제거, 70%ethanol 첨가하여 진공건조   단계에서 다르 부분은 ethanol 사용할떄 70%라고 정확하게 명시되어있는데 빨간색 쳐진부분은 etanol 농도가 안나와있더라구요 다른 논문을 찾아봐도 비슷하구.. 99%를 쓰는건지 70%를 쓰는지 궁금해서요.. 저희 실험실에 95% 밖에 없는데 이거 써도 괜찮은가요?
회원작성글 Seoki  |  03.11
Q. RNA 전기영동 결과 확인 부탁드립니다
RNA를 뽑았는데 예전에 해봤을때 농도가 90 ug이었는데, 이번에는 농도가 900 ug나왔드라구요.. 전기영동도 예전에는 28s 18s 5s 밴드가 잘 나왔는데 이번에는 잘못 뽑은걸까요.. 끌린 자국 속 진하게 보이는 두 밴드를 28s 18s라 추정하고 있는데 1. 나머지 희미한 밴드들은 뭔가요? 2. RNA를 다시 뽑아야 할까요? 답변 부탁드립니다
회원작성글 앨  |  03.10
Q. RNA isolation 결과 및 cDNA 확인하는 법 공유 부탁드립니다...!
RT-PCR을 진행하기 위해서   1. RNA isolation 2. cDNA 합성 3. PCR   해당 단계를 거치고 있는데, 2개의 어려움이 있어 글 올립니다...ㅜ     1) 아래 그림은 기존에 선생님과 진행하였던 RNA isolation과, 이번에 제가 직접 뽑은 RNA의 전기영동 및 농도를 비교한 사진인데, 제가 뽑은 RNA는 농도가 기존보다 10배 높고, 밴드도 전과 다르게 나왔습니다. (Q)왜 이런건지, 또 해결방안은 무엇이 있을까요?     2) 해당 그림은 RNA로 cDNA 합성 후, cDNA를 확인하는 방법이 있나요? e.g. 전기영동, nano drop 등..  
회원작성글 앨  |  03.08
Q. RNA 추출
안녕하세요, rna extraction 실험을 진행하고있는 학생입니다. 추출방법은 magnetic bead방식인데, 추출 후 농도를 측정하면 농도는 40-60 ng/ul 이고, 순도는 1.9-2.0 (260/280) 사이로 나오는데 증폭을 하지 않습니다.... 추출이 되고있지 않다고 생각 하고 있는데... 뭐가 문제일까요 도와주세요 감사합니다.  
회원작성글 초코맛꿀  |  03.04
Q. RNase Zap 사용 후 paper towel 사용에 관해 질문드립니다
RNA 관련 실험할 때 RNase 제거하기 위해 RNaseZap을 쓰시잖아요. 근데 제조사 설명에 따르면 RNaseZap을 사용하고 RNase-free water로 rinse 한 뒤, clean paper towel로 dry하라고 적혀있는데 깨끗한 일반 paper towel을 써도 상관이 없는 건가요? 구글 서치해봐도 다들 그냥 clean paper towel이라고만 적혀 있어서, RNaseZap으로 RNase 제거하고 실험실에서 쓰는 일반 paper towel을 사용함으로 인해서 다시 RNase에 오염되는게 아닌지 궁금해서 여쭤봅니다. 답변 미리 감사드립니다!
회원작성글 지겹당  |  02.28
Q. RNA 전기영동 조언부탁드립니다.
안녕하세요, 선배님들의 조언을 구하고자 이렇게 글을 올립니다. Trizol로 균주에서 total RNA를 추출하였고, 모든 실험과정에서 DEPC-treated water 및 DNAse/RNase free 제품을 사용하였습니다 (팁, 튜브 등). 추출 후 전기영동으로 quality를 확인하고자 진행하였습니다. 전기영동은 Qiagen 社에서 제공하는 방법대로 진행하였습니다.   1) Gel preparation (1.2% FA gel)   - 1.2 g agarose     - 10 ml 10x FA gel buffer (see composition below) Add RNase-free water to 100 ml. Heat the mixture to melt agarose. Cool to 65°C in a water bath. Add 1.8 ml of 37% (12.3 M) formaldehyde and 1 µl of a 10 mg/ml ethidium bromide stock solution.  2) 10X FA gel buffer  - 200 mM 3-[N-morpholino]propanesulfonic acid (MOPS) (free acid) - 50 nM sodium acetate - 10 nM EDTA    pH to 7.0 with NaOH  3) 1x FA gel running buffer - 100 ml 10x FA gel buffer - 20 ml 37% (12.3 M) formaldehyde - 880 ml RNase-free water    Loading dye는 Invitrogen에서 판매중인 제품(#AM8552)을 구입하여 메뉴얼대로 진행하였습니다 (샘플1:dye3).  샘플은 1ug/ul로 희석 후, Sample 2ug (2ul) + loading dye (6ul) -> denature (65℃, 15 min) and cooling 후 1.2% FA gel에 loading 하였습니다.  전기영동 버퍼는 1X FA gel running bufer 사용하였습니다.   Nano-drop 정량 및 순도는 하기와 같습니다. 샘플 1: 4380 ng/ul, 1.9, 2.1 샘플 2: 4596 ng/ul, 2.0, 1.7   예전에 한참 RNA로 실험할때는, 추출 후 바로 cDNA 합성하여 PCR한 뒤 전기영동으로 확인하였었습니다. 부끄럽게도 total RNA 만을 전기영동 해본적은 없는데, 이번에 추출하면서 intact하게 추출되었는지 알 고 싶어 진행하는데 잘 되지가 않네요.   전기영동 탱크또한 DEPC treated water로 잘 닦고 건조하여 1X FA running buffer 사용하여 진행하였고, 버퍼도 당일 제조하여 새로이 사용하였습니다.   샘플은 농도 200ng으로도 진행해보았었으나 아예 보이지 않았습니다. (사진미첨부) 1ug으로 샘플 2개 (100V, 40min) 걸어보았지만 여전히 흐릿하였습니다. 2ug으로 샘플 1개 (100V, 40min) 걸어보았고, 결과는 비슷했습니다. 마지막으로는 전기영동을 러닝 시간을 줄여서도 진행해보았습니다 (샘플 2ug, 100V-20 min). 이렇게 했을 때 그나마 보이긴 했는데, 너무 명확하지가 않습니다.     조언을 남겨주시면 귀담아듣고 그에 따라 진행해보겠습니다.  total RNA 상태를 보려고 하는데 안되니까 너무 답답하고 오기가 생기네요! 미리 감사의 인사를 드립니다. 감사합니다.        
회원작성글 YuYu  |  02.24
Q. RNA 추출 퀄리티 봐주세요
Qiagen Qiaamp Viral RNA kit(column type)로 RNA 추출 후 농도측정 Con : 73.0ng/ul 260/280 : 2.92 260/230 : 2.60   중국 Virus RNA kit(column type)로 RNA 추출 후 농도측정 Con : 112.2ng/ul 260/280 : 3.21 260/230 : 1.88   kit protocol 그대로 수행했습니다. vortexing(15sec) step 있었습니다.   nanodrop 장비의 문제 일수도 있나요?
회원작성글 끄아앙  |  02.24
Q. RNA extraction 중 RNA가 사라지는 문제에 대해 질문드립니다.
Cell에서 Trizol assay를 통해 RNA purfication을 진행하고 있습니다. 간혹, iso-propanol 처리 이후에 75% etoh wash 후 센트리에서 꺼내보면 pellet이 사라지는 경우가 있는데 원인이 있는지 궁금합니다.... 처음엔 RNase contamination을 의심했는데 실험 중 RNase가 들어갈만한 일도 전혀없었고, 찾아보니 etoh의 농도가 70%보다 낮을 경우 RNA가 녹을 수도 있다는 글을 봤는데 실험엔 75% etoh를 사용했으니 이 이유도 아니라고 생각됩니다.... 도저히 답이 안나와 혹시나 다른 분들 중에 실험하시다 비슷한 경우가 있으셨는지, 원인은 찾으셨는지 여쭤보고 싶습니다,..
회원작성글 1q3e5t7u!  |  02.24
Q. 조직 유제 후 상층액에서 RNA extraction 관련 질문입니다.
안녕하세요, 현재 폐 조직을 유제한 뒤 나온 상층액에서 cytokine을 측정하려 하고 있습니다.   TRIzol reagent을 이용해서 total RNA를 추출한 다음 cytokine mRNA를 정량하려고 하는데,  프로토콜 상에서 cell suspension에서 RNA를 추출하려면 원심분리한 뒤 상층액을 제거하고 남은 pellet에 trizol을 넣으라고 되어있습니다. 그런데 저는 유제 후 조직 pellet을 버린 상층액만 남아 있어서(다른 실험에서 이용한 샘플을 다른 실험에 재이용하는 중이라 상층액만 남았습니다 ㅠㅠ) 원심분리를 해도 더 이상 cell pellet이 나오지 않을 것 같은데요   혹시 이런 경우 1) 어느 정도 양의 상층액에 TRIzol을 얼마나 넣어야 하는지 (프로토콜 상에서는 250ul의 배양액을 원심분리한 뒤 나온 pellet에 TRIzol 750ul을 넣으라고 나와 있었습니다.) 2) 상층액에서 RNA를 추출한다고 해도 농도가 매우 낮아서 yield가 낮게 나올 것 같은데.. 이런 경우 어떻게 해야 할지.. 3) 조직 유제 후 상층액에서 cytokine을 측정해 본 경험이 있으신 분이 있다면 주실 팁이 있으신지 알고 싶습니다. 답변해주시면 정말 감사드리겠습니다.  
회원작성글 대학원새싹  |  02.17
Q. DNA/RNA hybrid 구조를 RNA isolation(Trizol, chloroform 사용) 하면...
안녕하세요, 석사 재학중인 학생입니다. 현재 진행 중인 실험에서 궁금한 점이 있어서 질문드립니다! DNA/RNA hybrid 구조를 RNA isolation(Trizol, chloroform 사용) 하면 annealing되어있던 DNA를 걸러내어 RNA만 남길 수 있을까요?  (hybrid 는 대략 40bp 정도길이입니다)  
회원작성글 깐깐징어  |  02.16
Q. 5ml 피펫팁랙 오토클레이브
5ml 피펫팁 랙 중에 이 제품인데 재질은 폴리카보네이트입니다  혹시 이대로 오토클레이브를 돌려도 될까요??  처음해보는거라서 ㅠㅠ
회원작성글 PHdo  |  01.24
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