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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. DNA 1 band가 elution 후에 2 band로 나타나는 이유가 뭘까요ㅠㅠ
0.8% agarose gel에 sample을 넣고 elution했을 때 확연하게 1 band였고 그 부분만 잘라서 gel extraction 후에 checking을 했는데 2 band로 나타났습니다. 전에도 이런 현상이 있었는데 해당 샘플로 sequencing 보냈을 때에도 mix 없이 잘 읽혔거든요 .. 왼쪽 사진이 elution하기 전이고 오른쪽 사진이 elution 한 뒤에 2 band로 나타난 모습입니다. 1 band가 elution 후에 2 band로 나타나는 이유가 뭘까요ㅠㅠ
회원작성글 애월  |  06.29
Q. gDNA 추출에 관한 질문..
안녕하세요.. 문득 궁금한게 있어 질문 드립니다. gDNA extraction이나, Plasmid extraction 할 때 사용하는 키트들이 구분이 되어있는데 gDNA 뽑으려는 균이 plasmid를 가지고 있다고 가정을하면 gDNA extraction 할 때 Plasmid도 같이 추출이 가능한가요?
회원작성글 실험잘하고싶어  |  06.23
Q. 에탄올에 "절여진" 조직에서 Kit를 활용한 DNA 추출방법이 있을까요
50년 이상 된 조직이고 에탄올에 보존되어 왔습니다..   qiagen blood and tissue kit을 활용하여 추출하고자하는데..   전처리과정등 DNA 추출 수율을 높이기 위한   방법이 없을까요?
회원작성글 wwwqqww  |  06.22
Q. Mini-prep 전의 E.coli 상태에 대해서
  대학원 박사과정입니다. 부사수에게 mini-prep을 시켜 놓았는데 어제 저녁에 seeding 해놓은 것을 오늘 아침 냉장고에 넣고 내일 mini-prep 한다고 말을 하는데 저는 박테리아 상태가 좋을때 뽑는 것이 좋다고 말했지만 부사수는 냉장고에 넣어 둔다고 상태가 안좋아지냐며 내일 하면 안되냐고 물었는데 귀찮아서 내일로 미루려는거 같아 좀 짜증을 냈습니다. 그런데 막상 생각해보니 purity가 나빠질 것 같진 않고 정량값도 낮아질까?라는 의문이 들어 보다 확실하게 알아두고 알려주기 위해 글을 썻습니다. 혹시 논리적 근거를 알려주실 수 있을까요? 아니면 제 생각이 틀린건지?
회원작성글 짐승준  |  06.22
Q. miniprep sol3 관련 질문
안녕하세요 miniprep 관련 질문드립니다. 제가 얼마전에 prep을 하면서 마지막 elution을 30 uL정도로 했는데 최종 DNA volume이 100 uL가 정도가 나왔더라고요. (제가 마지막 ethanol washing 후 잔여 ethanol을 완벽히 제거하지 않아서 였습니다.)   따라서 DNA만 다시 분리하고자 elution 용액(DNA+DW+ethanol)에 miniprep sol3 용액을 과량 섞어준 뒤 다시  prep column에 내렸거든요. (제가 알고있는 이론으로는 DNA가 column에 붙은 원리가 pH때문이라 알고있어서 sol3랑 섞어주면 column에 잡힐 거라고 생각했습니다.)   그런데 다시 elution 하니까 DNA recovery가 하나도 되질 않았더군요. 혹시 이유가 무엇있까요? 짐작가는게 없어서 질문드립니다. 원래부터 DNA 양이 적었던건 아닙니다. column에 다시 내리기 전에 DNA 농도를 측정했었는데 ethanol이 섞여있긴 해도 DNA농도가 적지는 않았었거든요.   답변 주시면 감사드립니다.
회원작성글 해태  |  06.20
Q. dna pallet이 ethanol에 녹나요?
plasmid를 midi prep할 때  마지막 단계에서 ethanol을 넣고 centrifuge한 후 ethanol을 제거하고 d.w.로 suspension을 해주는데요 원래 ethanol을 pipette으로 최대한 제거해주고 말려야하는데 상등액만 제거하고 ep tube 밑에 좀 고여있는 상태로 놔두었습니다. 5시간정도 상온에 냅뒀는데 ethanol은 거의 그대로 있고 pallet이 사라진 것 같아서요..   혹시 ethanol에 dna pallet이 녹을 수 있나요? dna 자체는 ethanol에 insoluble한 것으로 알고있는데.. 
회원작성글 애월  |  06.20
Q. DNA 양 계산 질문 여기서 445를 곱하는 이유가 궁금합니다
농도계산법 : 흡광도 측정 값 ⅹ희석비율(%)ⅹDNA 측정 상수 값 (50) /단위 ㎕로 환산. DNA 를 총 500 ㎕를 맞췄다. 그리고 5 ㎕ DNA 를 1,000 ㎕ 물로 희석하여 비율은 200 이다. A 260 = 0.064 과 A 280 = 0.039 이다. DNA 의 농도와 순도는? 0.064 x 200 x 50 = 640 ㎍/ml = 0.64 ㎍/㎕ x 445 ㎕ = 284.8 ㎍을 갖고 있다. 순도(Purity)는 0.064/0.034 = 1.88 이다. 그러므로 단백질 등의 오염 순도가 높다. DNA양을 구하려면 640에 0.005를 구해야하는것이 아닌가요? 그런데 왜 뜬금없이 445가 나온건지 이해가 안됩니다 445가 어떻게 나왔을까요....?
회원작성글 알토  |  06.19
Q. DNA농도와 양 계산에 대한 질문
농도계산법 : 흡광도 측정 값 ⅹ희석비율(%)ⅹDNA 측정 상수 값 (50) /단위 ㎕로 환산. DNA 를 총 500 ㎕를 맞췄다. 그리고 5 ㎕ DNA 를 1,000 ㎕ 물로 희석하여 비율은 200 이다. A 260 = 0.064 과 A 280 = 0.039 이다. DNA 의 농도와 순도는? 0.064 x 200 x 50 = 640 ㎍/ml = 0.64 ㎍/㎕ x 445 ㎕ = 284.8 ㎍을 갖고 있다. 순도(Purity)는 0.064/0.034 = 1.88 이다. 그러므로 단백질 등의 오염 순도가 높다. 여기서 445 는 대체 왜곱하는건가요? 양을 구하려는건가요?
회원작성글 알토  |  06.18
Q. 단백질 농도 측정에 대하여 질문드립니다.
농도계산법 : 흡광도 측정 값 ⅹ희석비율(%)ⅹDNA 측정 상수 값 (50) /단위 ㎕로 환산. DNA 를 총 500 ㎕를 맞췄다. 그리고 5 ㎕ DNA 를 1,000 ㎕ 물로 희석하여 비율은 200 이다. A 260 = 0.064 과 A 280 = 0.039 이다. DNA 의 농도와 순도는? 0.064 x 200 x 50 = 640 ㎍/ml = 0.64 ㎍/㎕ x 445 ㎕ = 284.8 ㎍을 갖고 있다. 순도(Purity)는 0.064/0.034 = 1.88 이다. 그러므로 단백질 등의 오염 순도가 높다. 여기서 445 는 대체 왜곱하는건가요?
회원작성글 알토  |  06.13
Q. Mouse로부터 gDNA를 추출해 genotyping하는 실험 중 입니다
Mouse의 꼬리로 부터 gDNA를 추출해 genotyping하는 실험 중 궁금한 것이 생겨 질문 드립니다. Proteinase K를 사용하고 하루동안 incuvate 시켜놓은 샘플에다가  50ul의 saturated NaCl(6M)을 첨가하였고 원심분리 후 상층액을 취하여  DNA를 얻어냈습니다. 그런데 왜 포화 NaCl을 첨가했을때 DNA만 용해되고 나머지 물질은 불용성 물질이 되는지 궁금합니다. 또한 genotyping 한 결과 정상 밴드와 KO된 밴드를 제외한 밴드는 HT에서만 나오는 이유는 무엇일까요? 이 밴드를 줄이려면 어떻게 해야할까요? 도와주시면 정말 감사하겠습니다  
회원작성글 델라웨어유학생  |  06.11
Q. DNA농도를 높이려고 하는데 조언좀 부탁드립니다.
이미 정제되어있는 500ng/ul 정도의 DNA 샘플들이 있습니다. 하지만 저는 더 높은 농도의 샘플을 원하기때문에 이 샘플들을 합쳐서 높은 농도로 만들려고 합니다(ug수준). 어떤 방법이 좀 더 손실이 적고 효과적인가요? column을 이용해서 할려니 column의 수용력? 에는 한계가 있어서 안될것같고… 샘플들을 합쳐서 에탄올 침전법으로 침전시킨 뒤, 다시 elution하는 방법을 이용하면 제가 원하는 농도만큼 얻어낼 수 있을까요?? 조언좀 부탁드립니다.
회원작성글 놀고싶다  |  06.10
Q. phylogenetic tree 계통수 신뢰도와 질문 첨부파일
Query of 1w2. Full 뭔뜻인가요...
회원작성글 꼬꼬닭이이  |  06.10
Q. DNA extract kit autoclave 돌려야할까요??
DNeasy PowerSoil Pro Kit 로 토양 sample을 뽑았는데 아무래도 테이블에서 열어서 사용을 하다보니 다음에 사용할 때는 오염이 되어있을 것 같아서요   handbook이랑 여기저기 구글링을 해도 kit를 오토클레이브 돌린다는 말은 없고 solution에서 자라버린 미생물들이 나중에 데이터에 나올까봐 두려워요...   자세한 성분도 표기되어 있지 않아서 알아낼 방법이 없네요 마지막에 사용하는 용액이 10mM Tris 라는 것 밖에는....   혹실 실험하시는 분들은 kit관리 어떻게 하시는지 궁금합니다!!
회원작성글 Seoki  |  06.03
Q. 동결건조시 sample이 overdry된 경험이 있으신 분 계신가요?
안녕하세요, 저는 특정 DNA를 HPLC로 purification하여 DNA sample을 분취한 후 동결건조를 진행하는데요. 가끔씩, 동결건조를 하면 DI water에 녹여도 잘 안녹는 문제를 겪곤 합니다. 혹시 여기 선생님들은 실험하시면서 어떤 sample(단백질, DNA,RNA)이든 동결건조를 하고나서 sample을 다시 녹일 때, overdry때문에 sample이 잘 안 녹는 문제를 경험해 보셨는지 궁금하고 어떻게 해결하셨는지 궁금합니다!
회원작성글 공부하자공부  |  06.02
Q. 토양 DNA pooling을 해야할까요??
이번에 토양에서 DNA를 뽑았습니다. DNA를 뽑기 전에 토양을 잘 섞어서 뽑기는 했습니다만... 문득 드는 생각이 "3반복" 이었습니다. 1개의 토양sample에서 DNA를 3번 뽑아서 섞어야하나... 라는 생각이 들었습니다.   혹시 어떻게 생각하시는지 궁금해서 글올립니다. 감사합니다.
회원작성글 Seoki  |  06.02
Q. 전기영동관련 궁금한 사항 - 중간에 멈췄다가 다시 내리면 안되나요?
DNA 추출해 전기영동하다가 중간에 멈추고 잘 나오는지 UV 확인해보고 덜 진행된 것 같아서 다시 전기영동 더 내렸는데 괜찮은건가요? 문제가 될까요?
회원작성글 상량  |  05.29
Q. 토양DNA extract kit 사용할 때 질문있습니다!
저희 랩이 신생랩이라... 실험실에 kit 사용해본 사람도 없고 DNAwork 할 줄 아는 사람도 없어서 물어볼 곳이 없네요... 아무리 찾아도 정보가 잘 안나와서 그런데 kit 사용할 때 질문 2개만 부탁드려요!   1. kit에 읽어보니까 토양 0.25g 넣으라고 되어 있던데 토양을 채로 쳐서 0.25g을 넣어야 겠죠?? 혹시 실험실에서 보통 몇 mm 채를 사용하는지 알 수 있을까요??   2.  맨 처음에 homogenizer로 시료를 분쇄하던데 protocol에는 액체질소로 동결하라는 말이 없던데.... 찾다보니 액체질소로 동결하고 분쇄하기도 하더라구요 혹시 액체질소로 동결하는건 꼭 해야하는건가요?? 아니면 액체질소로 동결하고 DNA 뽑으면 결과가 더 좋다거나...
회원작성글 Seoki  |  05.26
Q. Dneasy power pro soil kit 롤 DNA뽑을때 액체질소 필요한가요
처음에 bead tube에 토양 샘플 넣고 homogenizer에 30 초 돌릴 때 누구는 열이 발생하기도하고 분쇄를 위해 액체질소에 얼린 후 돌려야한다는 말을 하던대... 제가 protocol에 찾을 때는 액체질소에 넣으라는 말이 없는 것 같아서요.. 식물 sample은 얼려야 분쇄가 잘 될 것 같긴한데 토양sample도 액체질소로 얼리고 homogenizer 해서 DNA 뽑아야 하는건가요??
회원작성글 Seoki  |  05.25
Q. plasmid dna 추출
 고등학생입니다. plasmid 추출 실험을 준비 중입니다. 실험 과정에 대한 여러 글을 보며 생긴 의문이 있습니다. 추출 이전의 과정인 대장균 배양 과정 중 1.액체 배지에 항생제를 주입하는 이유와 1000:1 비율의 이유,  2. 배양기에 넣고 200rpm으로 회전시켜 주는 이유, 3. 굳이 배양하지 않고 실험 재료 판매 사이트(생물나라)에서 구매한 대장균을 추출에 직접 이용해도 되는지가 궁금합니다. 답변해주시면 감사하겠습니다^^
회원작성글 sa06003666  |  05.24
Q. edta tube에 있는 혈액에서 dna 추출하려할때 edta tube 보관방법
edta tube에 있는 혈액에서 dna 추출할려고 할때 edta tube 혈액 보관방법이 궁금합니다.
회원작성글 으노짱  |  05.24
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