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BioLab 장재봉 교수
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 카테고리: 전체 > Omics > Proteomics
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Q. Proteomics 에 관해 전반적인 공부를 해보고 싶습니다.
안녕하세요! 최근에 proteomics 에 관한 연구를 진행해보고자 공부 중인 학부생 입니다!아직 관련 지식이 부족하여 proteomics 에 관해 전반적인 공부를 진행 해 보고 싶은데요,혹시 도움이 될 만한 교과서나 리뷰 논문 추천해 주시면 감사하겠습니다. 감사합니다.
회원작성글 파랑고래  |  2018.12.06
Q. RNA sequencing 및 proteomic profiling 대행회사가 궁금합니다.
안녕하세요 다름이 아니라RNA sequencing 및 proteomic profiling 대행해주는 회사가 있을까요?
회원작성글 laniel  |  2018.10.28
Q. calmodulin mutation
calmodulin mutation을 가진 ipsc제작을 목적으로 하고 있는데, 해외가 아닌 한국에서 calmodulin mutation을 가진 환자가 있었는지 그 정보는 어디서 볼 수 있는지 문의 드립니다. 감사합니다. 
회원작성글 초식동물  |  2018.08.21
Q. 펩신 활성버퍼
제목그대로 pepsin activation buffer를 제대로 못찾겠습니다..단백질 peptide화 시키려고 하는데 도움 좀 받고 싶습니다.
회원작성글 쁘로테오믹스  |  2018.04.05
Q. In gel digestion 원리에 대하여
안녕하세요 ^~^ In Gel Digestion에 대해서 원리를 확립하고 프로토콜을 재정비하는 차원에서 계속 공부를 하고 있습니다.열심히 찾아봐도 Destaining이나 Digestion할 때acetonitrile이나 ammonium bicarbonate가 어떤 역할을 하는지 찾기가 힘들어서 염치불구하고 질문합니다.제가 실험하면서 겪은 바로는 acetonitrile은 탈수축합, 경화 같은 역할은 하는 것 같고ammonium bicarbonate는 흡수팽창, 연화 같은 역할을 하는 것 같습니다.이 반응이 맞는 것인지, 용액과 Gel 사이에서 어떤 기작으로 작용이 일어나는지 많이 궁금합니다!도움 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 쁘로테오믹스  |  2018.03.30
Q. mass spectrometry 해석
Antibody의 intact form Determination하기 위해PNGase-F로 당을 제거하고 DTT로 Disulfide bond를 끊어주고 바로 질량분석을 실시했습니다.Light Chain으로 추정되는 부분은 검출이 되었는데, Heavy Chain은 아예 검출되지 않습니다.어떤 문제 때문에 그렇게 됐는지 아무리 생각해도 감이 안잡혀서 질문 올립니다.
회원작성글 쁘로테오믹스  |  2018.03.22
Q. 질량분석기를 통해 당 분석을 할 때 염제거 방법에 대해
단백질에 붙은 당 분석을 실시하고 있습니다.분석을 할 때마다, 염으로 추정되는 물질로 인해 시그널이 묻혀 정상적인 데이터 해석이 어렵습니다.염제거 관련해서 도움을 얻을 수 있을까요?1. UF는 알맞은 pore size의 필터를 구하기도 어려울 것 같고 결정적으로 UF기기가 회사에 구비되어 있지 않습니다.2. Dichloromethane을 이용한 염제거가 있다고 들었는데 , 어떻게 진행되고 어떤 원리인지, 저같은 케이스도 실현가능할지 궁금합니다.
회원작성글 쁘로테오믹스  |  2018.03.20
Q. T4 DNA polymerase에서 AP site recognition 하는 기능이 있나요??
혹시 T4 DNA polymerase에 AP site를 인식하여 exonuclease activity를 가지는 function이 있나요???
회원작성글 CJH-주노  |  2018.03.08
Q. peptide 분자량 측정 관련해서 문의사항이 있습니다!
 안녕하세요 식품을 전공하고 있는 석사 신입생입니다.다름이 아니라 같은 실험실에 있는 외국인 학생이 콜라겐 가수분해물의 분자량을 측정하고 싶어서 maldi-tof장비를 사용하고 싶어하는데 교내 공동실험관에는 장비가 없어서 타 학교나 분석센터 위주로 알아보는데 학교마다 장비도 다르고 전처리 방법이나 말씀해주시는게 달라서 어떻게 해야할지 잘 모르겠네요...고수분들의 도움이 필요합니다!!첨부파일에 있는대로 실험진행하고 결과를 만들고 싶은데 저렇게 전처리하면 되는건가요??혹시 관련된 자료나 사이트 있다면 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 볼음도  |  2017.09.18
Q. 프로테오믹스 단백질 ID 후 pathway 예측 프로그램
 프로테오믹스분석을 처음 하게 된 학생입니다.업체를 통해서 단백질까지 동정이 끝났는데,pathway 예측을 해야할꺼 같은데, 인터넷으로 돌아다니는 괜찮은 무료 프로그램이 있을까요??아니면 저렴하고 괜찮은 프로그램이 있으면 추천좀 부탁드릴께요. 업체에 의뢰하긴 너무 비싸고 ㅠㅠ 당장 구매하기도 어렵네요. 부탁좀 드리겠습니다.
회원작성글 연구초보  |  2017.08.31
Q. Anion hplc 고수님들 제발 도와주세오..
안녕하세요 약 2달 전부터 hplc 로 단백질 분석을 하고 있는 학생입니다. 지금 쓰는 column은 weak anion exchange컬럼이며 Salt gradient와 ph gradient로 두가지 잡고 ph 그라디언트가 더 분리능이 좋아서 하고있습니다.. 단백질의 변성으로 pi가 변한걸 보고 싶은데 버퍼 최적조건을 찾기가 너무 어렵습니다ㅜㅜㅜ 논문 따라한것도 몇가지 되는데 그마저도 비슷하게 안나오고 제가 원하는 단백질만 따로 완전 순수하게 분리한것이 아니라 여러 단백질이 섞여있는데... 예를 들어 pi가 6~7 정도 단백질을 보려 해서 그라디언트를 8정도부터 5까지 내리는데 단백질이 안붙는거 같습니다. 이런문제는 전처리를 안해서의 문제로도 생길수 있는 부분인가요??ㅜㅜ 너무 답답합니다 2d로 분명 변성 단백질을 확인한부분인데 원하는 단백질의 변성정도가 확인이 안됩니다. 샘플 전처리 문젠지 자체 문젠지.. 모르겠습니다ㅜㅜ 조언좀 주시면 감사하1니다ㅜㅜㅜ
회원작성글 armtto17  |  2017.08.10
Q. posttranslational modification된 protein을 profiling하려고 합니다.
 안녕하세요ㅎㅎ posttranslational modification된 protein을 profiling하려고 합니다.protein은 곰팡이에서 추출했고, modification 된 protein을 enrichment한 solution type의 샘플을 가지고 있습니다. 분석기관을 찾고 있는데, trypsin을 이용한 digestion, LC-MS/MS, database search까지 해줄 수 있는 분석기관이었으면 합니다.견적을 받아보고 싶은데, 혹시 분석기관 잘 아시는 곳 있으시면 알려주세요~ 부탁드려요~
회원작성글 ggongrang  |  2017.06.23
Q. 단백질3차구조 관련 문의드립니다.
 안녕하세요. 석사과정을 공부하는 학생입니다.저는 박테리아에서 특정 유전자를 클로닝하고 대장균에서 발현, 정제하여 그 특성을 알아보는 실험을 하고있습니다.최근 이 단백질의 구조에 대해 궁금증을 가졌고, 아미노산서열로 구조를 예측하여 구조적인 측면에서 해석을 하고있습니다. 하지만 제가 연구하는 단백질은 기존에 구조가 밝혀진 단백질과는 서열 유사도가 낮아서 결론적으로 예측이아닌 단백질의 3차구조를 밝히고싶습니다.하지만 구조를 밝히는 실험에 대해선 전혀 모르기 때문에 공부를 하였고 지금도 논문과 구글검색을통해 공부를 하고있지만 혼자하기에는 너무 어렵습니다.단백질을 고순도로 정제하는 과정부터 NMR 또는 X-ray를 통해 얻어진 데이터를 3차구조로 해석하는데까지 많은 도움이 필요합니다. 제가 단백질 구조를 밝히는데 도움이 될만한 정보나 많은 조언 부탁드립니다.그리고 단백질 구조를 밝히고 해석까지 해주는 업체가 있다면 알려주시면 감사하겠습니다.긴글 읽어주셔서 감사드립니다.
회원작성글 JWJ  |  2017.05.28
Q. PTM이 일어난 특정 protein분리...
 안녕하세요.proteomics쪽 연구는 시작한지 짧지는 않은데HPLC쪽은 처음이라ㅜㅜ 버벅거려서 질문드리겠습니다..만약 A란 protein이 PTM이 일어나서원래 A protein의 등전점이 5였는데 4~6정도로 변화가 일어났습니다.이 모든 A protein를 HPLC로 분리하고 싶은데ion exchange column으로 분리가 가능한 것인가요?...기초적인 질문 드려 죄송합니다.. 검색해보고있긴한데 지금 너무 급해서ㅜㅜㅜ
회원작성글 armtto17  |  2017.04.20
Q. [Proteomics] cancer study
여러 DB(CPTAC/PRIDE)에서 다양한 project(여러 암종/여러 labeling 방법/global, phosph등등)들의 최대한 많은 데이터를 모아 연구하려 합니다.각 project의 sample마다 기준을 잡을(foldchange의 개념처럼) peptide들을 찾고 있는데, 암종 간의 expression variation이 적고 일반적인 protein을 찾은 뒤, 그 protein의 peptide들이 여러 데이터들에 있는지 확인하려 합니다.이 때 사용할 protein이나 peptide 등에 대해 알고 계신바에 대해 듣고 싶습니다.감사합니다.
회원작성글 sbm  |  2017.03.23
Q. [Proteomics] CPTAC DB
 CPTAC DB에서 여러 project의 peptide data를 받아서 각 project의 condition마다 labeling하려합니다.이를 위해 Reference peptide를 condition마다 잡아야하는데 관련 일을 해보신분 계신가요?
회원작성글 sbm  |  2017.03.22
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