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BioLab 박소정 교수
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 카테고리: 전체 > Cell Biology > etc.
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Q. PCR primer가 논문마다 다른 이유?
안녕하세요 논문 보다가 궁금한게 생겨서 질문 남겨봅니다.   같은 종류의 세포에서 같은 종류의 유전자를 보려고 PCR을 하는데   왜 논문마다 primer 시퀀스가 다른걸까요?    
회원작성글 라디칼  |  11.03
Q. MTT assay 과정 중 formazan 떨어짐.
안녕하세요 이번에 처음으로 MTT 실험을 하였는데 궁금한 점이 있어 고수님들의 의견을 듣고자 글 남깁니다.  실험의 경우 96 Well plate로 진행하였으며, cell 은 HaCaT cell을 사용하였습니다. 아래 과정의 경우 일부 과정을 작성한 것입니다.  이와 같이 아래 과정 중 어떠한 부분이 문제인지 또는 결과에 큰 영향을 주지 않는 것인지 선생님들의 의견을 말씀해주시면 감사드리겠습니다.  1. 배지+시료 처리 약 22시간 반응 2. 시료 처리 위에 mtt 시약 분주 후 4시간 반응 3. 시료+배지+MTT시약 suction-> formazan이 육안으로 확인  4. PBS로 세척 5. suction  후 DMSO 처리 4, 5번 과정과 같이 PBS로 세척 후 석션하는 과정에서 3번단계에서 확인 되었던 Formazan들이 빨려들어가는 것이 보였으며, 육안으로도 3번단계에서 보았던거보다 큰 차이는 보이지 않지만 적어진 것을 알 수 있었습니다. 선생님들의 경우 세척 단계 없이 바로  DMSO 처리 후 결과를 확인을 하는지? 이렇게 formazan이 일부 제거가 되어도 결과에 영향을 주지 않는지? 살아 있는 cell들에서 나온 것들만을 보기 위한 것이기에 이렇게 떨어져 나가도 세척하는 것이 맞는지? 궁금합니다... 선생님들의 다양한 의견을 듣고 싶습니다. 소소한 것들이라도 좋으니 부디 선생님들께서 진행하시는 일부 과정 또는 지식을 공유해주시면, 너무 감사드리겠습니다. 
회원작성글 해조칼슘풍덩  |  11.02
Q. tumor cell S.C. injection 질문
  안녕하세요. syngeneic tumor model을 만들기 위해 tumor cell을 제모한 mice의 등에 s.c. injection을 하고 있습니다.   주사할때 주사기의 경사면을 아래를 보게 찔러서 needle을 끝까지 다 넣고, 경사면이 위를 보도록 돌린 후 cell을 주사하는 방식으로 하고 있습니다. needle size는 26G 1/2"이고 cell은 RPMI에 resuspenstion하여 100 ul볼륨으로 injection중입니다.   그런데 injection하고 일주일 정도 지나서 확인해보면, tumor가 동그랗게 이쁘게 안만들어지고, 두개 덩어리로 나뉘어 자라고 있거나, needle이 들어갔던 길을 따라서도 tumor가 자라고 있어서  tumor size를 계측하는데 에로사항이 큽니다.   tumor cell을 주사하거나, 주사후 needle을 제거할때 주사부위 아래쪽을 손가락으로 눌러주어 cell이 새는 일이 없도록 하고 있는데도 이러는 이유가 무엇일까요? ㅠㅠ   다른분들은 tumor cell injection할때 어떻게 하시는지 노하우를 조금만 공유해주실 수 있을지 여쭤봅니다.
회원작성글 아이이이잉  |  10.27
Q. plate 보관 기간
8월달쯤에 YPD, LB amp를 넣은 plate를 만들고 실링해서 4도씨에서 보관중인데요. 이 plate 써도 괜찮은걸까요?
회원작성글 학헉학도생  |  10.26
Q. LPS 에탄올에 보관을 해도 괜찮을까요?
안녕하세요. phenol-water 추출법을 이용한 LPS 추출 시 에탄올로 추출한 LPS를 washing하는 과정이 있습니다. 원래는 overnight으로 washing한 후 DW에 보관을 하는데, ethanol에서 일주일정도 보관을 해도 상관이 없을지 궁금합니다! 어차피 추출을 진행한 후라서 있던 LPS가 없어지진 않을거라고 생각하는데, 혹시 이상이 있을까봐 여쭤보고 싶습니다! 답변해주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 사람살려  |  10.26
Q. Dead cell을 만드는 methods
FACS sorting시 live cell과 dead cell을 분리하려는데, 이때 control로 dead cell을 7-AAD와 DAPI로 염색해서 보려고 합니다. 전에 dead cell을 100도에서 10min간 반응시켜 만들었었는데, dead cell을 만드는 다른 방법이 있을까요? 또한 7-AAD는 dead cell을 DAPI는 nucleus를 염색하기에 live cell을 staining하는 줄 알았는데 둘다 dead cell을 staining 하나요? 감사합니다.
회원작성글 닝넹  |  10.25
Q. 농도계산도와주세요ㅠ
Cell 실험 초짜입니다 농도계산은 항상 너무 어려운데요,,, 30mM짜리 약물 Stock이 있는데   0.0005mM, 0.0015mM, 0.005mM, 0.015mM, 0.05mM. 0.15mM, 0.5mM, 1.5mM, 5mM, 15mM의 약물농도로 희석하려면 어떻게 계산해야 하는지 알려주세요 약물은 DMSO에 녹일겁니다....그리고 Final 농도는 뭔가요?ㅠ
회원작성글 시럼맨  |  10.20
Q. 소포체(ER) 관련 문제 질문 있습니다.
which of the following statement about protein in the lumen of the ER is FALSE? 1) A protein in the lumen of the ER is synthesized by ribosomes on the ER membrane 2) Some of the proteins in the lumen of the ER can end up in the extracellular space. 3) Some of the proteins in the lumen of the ER can end up in the lumen of an organelle in the endomembrane system. 4) Some of the proteins in the lumen of the ER can end up in the plasma membrane. 이 문제의 답은 모르고, 저는 2번이라고 생각하는데 맞나요? ER targeting protein은 ER 내부에 일부 존재하거나 엔도솜, 리조솜, 골지체 등 endomembrane system(세포내막계)로 가거나 plasma membrane 등으로 secretion되는 걸로 알고 있어서요! 2)의 extracellular space는 확신이 없어서 질문드립니다.
회원작성글 Wowo  |  10.20
Q. WST assay 관련
얼마전부터 실험실생활 시작한 초보입니다 ㅠ  G418 selection을 위한 농도를 결정하려고 WST assay를 하고 있는데  흡광도를 측정했을 때 같은 조건으로 실험한 8well의 결과들에서 꽤 값이 차이가 많이 납니다. 같은 row에서 심하면 ~0.8까지도 차이가 나요 ㅠ (96wellplate. 1-12 (column) 까지 serial dilution한 G418 분주 & A~H (row, n=8) 는 같은 조건) 아직 피펫 다루는게 익숙치가 않은 상태라 WST가 동량 안들어가서 이렇게 일정하지 않은 결과가 나오는건가요? (전동으로 한 번에 8well 씩 넣긴 했습니다 ㅜㅜ) 아니면 같은 조건이라도 well마다 세포생존율의 차이가 어느정도 나타나는게 정상인가요?  같은 조건에서  흡광도 오차가 많이 안 나오게 하려면 어떻게 해야 할까요! ㅠㅠ
회원작성글 올리브나무  |  10.18
Q. Intron 내에서 enhancer(인핸서) 찾기
3245bp 인트론에서, 최대 200bp 인핸서를 LacZ reporter fusion DNA를 이용해서 찾아야합니다. 인트론을 반씩 잘라가면서 LacZ gene과 fusion을 하고 그 발현여부를 확인하면 될 것 같은데.. 문제는 1. 가능한 적은 수의 LacZ reporter fusion DNA를 만들도록하고, 2. 그 결과가 필요충분한 조건(필요+충분)을 만족하는 결론이 되게 하라. 입니다. 정확한 enhancer의 위치를 구하는 방법과 2번이 요구하는 답이 뭔지 잘 모르겠습니다. 아래 문제 첨부하겠습니다. The enhancer region could be ~200bp whereas the intronX is 3245bp. Propose LacZ reporter fusions that can be used to find out the enhancer in the intronX. You need to make as little number of fusions as possible and to provide evidences that are necessary and sufficient for the enhancer.
회원작성글 Wowo  |  10.18
Q. 핵산 농도 측정관련 질문드립니다
핵산의 농도를 측정할때 같은 흡광도라도 이중나선 DNA와 단일가닥 DNA가 단위 volume당 다르게 나오는 이유가 있을까요?
회원작성글 궁금해요 알려줘요  |  10.17
Q. mic test 질문입니다
4.항생제의 농도를 다르게 한 고체배지에서, 콜로니가 어느 시점부터 일정해야한다. 그런데 항생제의 농도를 다르게 했기 때문에 대장균이 죽는 수가 달라져서 콜로니 수는 일정할 수가 없습니다 그래서 이 모순을 어떻게 해결할지 모르겠습니다
회원작성글 seunghyeon..  |  10.16
Q. 웨스턴 블롯 질문 드릴게요. 고수님들 도와주세요.
웨스턴 질문좀 드리겠습니다.  논문 작성에 앞서서 오래된 안티바디들 잘 작동하는지 확인 작업중에 있어요. 트렌스퍼 후에 폰슈로 단백질이 잘 내려온 것을 확인 했고 워시 30분 이상 한 후에 블락킹 1시간 정도 수행했습니다. 이후 4도씨에서 14시간 오버나잇 하며 1차를 붙였습니다. 다음날인 오늘 워시를 30분 이상 하고 2차를 붙이고 실온에서 2시간 가량 쉐이킹 후 워시를 다시 했습니다. 이후에 디텍팅을 했는데,, 사진처럼 화면이 아주 까맣게 나옵니다. 이경우 안티바디의 문제인건지,, 아니면 제가 1차를 너무 오래 붙여서 멤브레인이 타버린건지요ㅠㅜ,,, 또한 저렇게 말도안되는 점 하나만 찍혀 나온 경우는 1차가 잘 안붙었다는 뜻으로 해석해도 될까요? 아니면 안티바디에 문제가 생긴걸까요?    질문을 정리하자면 다음과 같습니다.   1. 화면이 검게 나온경우 안티바디의 문제이다. 또는 시간이 너무 오래 지체되었다.(참고로 실험에 문제인가 하고 두번이나 실험했는데 똑같은 결과값을 얻었습니다.) 2. 실험실 선배 말로는 하우스 키핑젤 말고는 실온에 2시간 정도 1차를 붙이는건 안된다고 하는데,, 여기 고수님들은 대부분 1차를 실온에서 붙이는 것으로 보이네요. 하우스키핑젤이 아니라도 오버나잇하지않고 실온에서 1차를 붙여도 되는건지요. 3. 점으로 찍힌경우는 안티바디의 문제보단 제 실력의 문제로 1차가 잘 안붙어서 그렇다고 해석해도 될까요?
회원작성글 진vv  |  10.14
Q. LPS 추출 과정 중 질문이 있습니다.
안녕하세요. 저번에 비슷한 질문을 드렸고, 좋은 답변을 얻었지만 실험을 계속 진행하던 중 궁금한 점이 있어 한번 더 질문 드리고자 합니다. 이번에 그람음성균에서 phenol-water extraction protocol을 이용하여 LPS를 추출하려고 하는데, 혹시 cell 수가 많으면 bacteria를 100도씨에서 끓이는 과정 전의 3DW와 phenol의 양, 반응 시간을 늘려서 진행해도 괜찮을까요? 또한 LPS 추출하실 때 DW를 넣고 끓이는 과정을 두 번 반복하여 진행하시는 분이 계시는지도 여쭙고 싶습니다! 마지막으로 phenol을 넣고 centrifuge하여 상등액을 추출하는 과정에서 따는 층이 제일 윗 층 (중간 층이 닿지 않는 제일 윗 층)이 맞는지도 여쭙고 싶습니다.. 실험이 자꾸 실패하는데 원인을 몰라 질문드립니다.. 답변 주시면 정말 감사하겠습니다!
회원작성글 사람살려  |  10.13
Q. bEnd.3 나 hCEMC/D3 cell line 국내에서 얻을 수 있는 곳 없을까요?
bEnd.3 나 hCEMC/D3 cell line 국 내에서 얻을 수 있는 곳 없을까요?ㅜ ATCC에서는 오래 걸리기도 해서 국내에서 얻을 수 있는 곳이면 저희 회사에 있는 cell line 중 교환이나 충분한 사례를 하겠습니다.! coworking으로 논문에 이름 넣어드릴 수도 있습니다. 쪽지 부탁드립니다.!!
회원작성글 찰랑쭈꾸미  |  10.12
Q. 파이펫으로 메탄올 분주할 때 궁금증
안녕하세요 파이펫으로 메탄올 분주하려고 하는데 빠른 속도로 빨아들이면 다른 용매보다 더 많이 올라오더라고요.. 혹시 이유 알 수 있을까요? 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 tlazhd  |  10.09
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