transformation 후 dilution 하여 plate에 spreading을 진행할때 얼마나 dilution을 해야되는지 모르겠어서 질문드립니다. 보통 농도 몇짜리를 몇으로 희석해서 plate에 분주하시나요? 다른분들이 하는 예시를 알아야 제가 계산할수 있을거 같아 질문드립니다

PCR을 하기 위해 DNA extraction 이후 나노드랍으로 순도 측정 해봤습니다   2번씩 측정했는데 평균값이 260/280 ratio : 1.85    260/230 ratio : 2.61   ng/ul : 41.285    A260=0.826 으로 나왔는데, 여기서 궁금한 점이   1. 유기용매는 A230에서 최대 absorbance를 하는 것으로 알고 있는데요. 에탄올 또한 A230에서 최대 흡수를 일으키지 않나요? 맞다면 에탄올이 A230이 아닌 A260 측정값에 영향을 줄 수 있나요?   2. 측정값을 보고 제가 내린 결론은 260에서 DNA를 제외한 260nm파장을 흡수하는 오염물질이 제거가 덜 되었고, 또한 A260값은 DNA+x(오염물질)이기 때문에 260/280 ratio의 값도 정상적으로 보이지만 A280에서 단백질이 덜 씻겨내려갔기 때문에 정상적인 값으로 측정되었다고 생각하는데 잘된 추론인지 잘못된 추론인지 궁금합니다..!

혈액의 genomic DNA 추출 과정에서 protocol 중 0.1N NaOH를 첨가 후 3분간 65도에서 반응시키는 단계가 있는데   이때 0.1N NaOH의 역할이 뭔가요??   NaOH는 plasmis DNA 분리할 떄 dsDNA를 ssDNA로 분해시킨다고 알고 있는데.. Genomic DNA 추출시에도 사용하는건가요?   그리고 혈액에 NaOH를 넣고 잠시 반응시키면 검은색으로 변하는데 그 이유가 무엇인가요?  

안녕하세요 대학원 초년생입니다. 랩 구성원의 도움을 받기 힘들어서 질문글을 올리게 되었습니다.   Pichia ciferrii의 Translation elongation factor(TEF) promoter를 chormosomal DNA에서 PCR로 떠서 만들려고 합니다.   NCBI에서 TEF의 protein은 찾았는데, TEF gene에 대해서는 찾지 못해서 일단 protein sequence를 확인해왔습니다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EF552563.1?from=1&to=867 해당 sequence의 앞쪽 seq을 알아야 promoter primer를 디자인 할 수 있을 것 같은데, 확인할 수 있는 방법이 있을까요?   추가적으로 하나만 더 질문 드리자면, Translation elongation factor와 elongation factor는 동일한 것인지 여쭙고 싶습니다.. Translation elongation factor and pichia ciferrii 로 검색을 했을 때 EF는 많이 나오는데 TEF는 검색되지 않아서요..  

일단 본격적인 질문에 앞서 본인 개초보 대학생임을 밝힙니다.... 질문 수준이 경악스러워도.....너그러이 양해 부탁...드립니다 Q1. 플라스미드 DNA에 제한효소 2개를 처리했습니다. 그 2개가 인식하는 부위가 각각 하나씩이라면 원형의 플라스미드 DNA가 두 덩어리로 쪼개지는 것이 맞는지...? 그리고 그 두 덩어리가 전기영동을 했을 때 길이가 긴 순서대로 위에서 아래로 band형태로 배치되는 것이 맞는지....? Q2. 제가 실험을 했을 때 이론상 길이가 짧은 밴드 길이가 원래 28bp가 나와야하는 것 같은데 실제로 실험을 해보니 480bp로 너무 원래 나와야할 것 같은 길이보다 크게 나왔습니다.플라스미드DNA와 제한효소, 완충액 등을 섞는 과정에서 상당히 많이 기포가 생겼었던 거 같은데, 이게 실제로 나와야 하는 band의 길이와 개수에 영향을 줄 수 있는지...? 기포 이외에 이러한 수치에 영향을 줄 수 있는 요인에는 어떤것이 있을지가 궁금합니다....   미리 답변 감사합니다...

안녕하세요 저는 q-pcr을 진행할려고 하는 학생입니다. gene에 맞는 q-pcr primer를 구글링을 통해 찾았는데, 제가 의문이 든 점은.  일단 제가 보고자 하는 gene의 길이는 약 1800bp입니다. 하지만 나와있는 q-pcr의 프라이머들은 amplicon size가 약 200bp 내외더라구요.  그러면 유전자 전체를 읽지 않고 유전자 내 200bp 정도만 q-pcr로 읽혀도 되는지 궁금합니다. 원래 이러한 방식으로 하는지요.   + 제가 구글링 해서 찾은 q-pcr primer 은 총 4쌍으로, 제가 하고자 하는 gene의 1800bp에서  증폭시키는 사이즈 부위가 다르더라구요, 여기서 어떠한 기준으로 프라이머를  골라쓰면 되는건가요?

Transformation 실험을 하는데, DNA plasmid 500ng/10ul 이 있는데,  Complete cell에는 DNA plasmid를 1pg-100ng 첨가 하라고 되어 있는데,  10pg를 첨가할려면 농도를 어떻게 희석 해야 할까요? ㅠ   또, DNA plasmid가 TE bfr에 담겨 있다는데, 희석은 DW로 해도 될까요? 

모든 돌연변이가 형질로 드러나지 않는 이유는 무엇인가요?

클로닝 과정 중 insert DNA가 뒤집혀 들어가는 이유는 무엇이고, 이때 제한효소를 사용하면, insert DNA의 방향을 구분할 수 있다는데 그 방법이 무엇인가요?

안녕하세요 여즘 cloning을 배우고 있는 학부생입니다. vector map에 homologous arm이 다 달라서 이게 의미하는것이 무엇인지 궁금하여 질문드립니다. 또한 scaffold, promoter, terminator, start/종결 코돈을 넣어주는 의미도 알수있을까요?

안녕하세요.. 초보 석사과정 생입니다. qPCR을 여러번 진행 중에 있는데 어려움이 있어서 질문드립니다. cDNA 합성 시 nanodrop으로 total RNA를 정량하여 1ug으로 맞추고, RNA 양이 적으면 가능한 대로 맞춰서 합성하고 있습니다. 합성할 때는 모든 sample의 RNA양은 갖게 맞추고 있습니다. 문제는 RNA의 양을 맞춰서 cDNA를 합성하고 qPCR을 할 때 GAPDH의 Ct값이 sample들 사이에서 많이 다르다는 것인데요.. qPCR은 duplicate로 진행하고 있는데 qPCR 시의 문제는 아닌 것 같고, cDNA를 합성할 때의 문제인 것 같은데 nanodrop으로 확인을 하고 양을 맞추어 합성을 하는데도 이렇게 달라질 수 있는걸까요 ㅠ_ㅠ(Ct 값으로 2정도 까지 차이가 있습니다) 혹시 nanodrop에서 RNA로 정량되는 수치가 틀렸을 수 있나요? 선배님들의 답변 부탁드립니다.. 감사합니다!

시약 제조법에 대해 공부를 하고 있는데, 0.5M EDTA 10µL의 제조법이 궁금합니다.

안녕하세요 E.coli competent cell 제작 과정중 glycerol로 washing 과정을 거친후 GYT를 분주하는걸로 protocol이 알려져있는데 GYT를 넣어주는 이유를 알수있을까요?

1M Tris-HCl(pH8.5-8.8) 180µL에서 pH가 8.5-8.8인데 여기서 HCI을 몇 mL를 넣어줘야 하는지 궁금합니다.ㅠㅡㅠ 

2차 Nested PCR 진행시 NC, PC(negative control, positive control)도 시료와 같이 1차 PCR 진행했던 것에서 샘플링 해야 되나요?

이번에 실험을 하게 되어서 10% SDS 20µL의 시약 제조법을 알아야 하는데 관련 내용을 찾기가 힘들어서 이 제조법에 대해 아시는 분들 답변 부탁드립니다. ㅠㅡㅠ