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웹진 Vol.24, No.10 (2022년 10월) 발간
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 카테고리: 전체
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
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Q. 실험용 플라나리아 구매 방법
플라나리아에게 약물을 투여해서 경과를 확인하는 실험을 계획 중에 있는데요 플라나리아가 워낙 깨끗한 물에 살 수 있어서 안 그래도 키우기 까다로운데 선생님께 여쭤보니 온라인으로 구매해서 택배로 올 경우에 오는 동안에 플라나리아가 스트레스를 받아서 도착하면 얼마 살지 못하고 죽어버린다고 하시더라구요ㅜㅜ그렇게 되면 다 죽어서 의미 있는 결과가 나오지 않거나 다 죽지는 않더라도 오는 동안 스트레스의 영향을 많이 받았을 수 있으니 실험 결과를 신뢰하지 못할 수 있다는 생각이 들어서요. 그래서 혹시 다른 대학교 실험이나 연구실에서는 플라나리아를 어떤 경로로 구하시는지, 혹은 배달되는 동안 플라나리아가 스트레스를 받는 것에 대해 해결책이 있는지 등이 궁금합니다. 
회원작성글 ginnie  |  09.23
Q. 전기영동 gel 제작과 관련하여 질문드립니다.
Agarose gel 제작 시 분리 범위에 따라 겔 농도를 조절한다고 하는데 분리범위가 100-5,000bp 사이라면 1-2% 농도로 만들라고 하던데 1-2% 사이 중 아무 농도나 상관없나요?
회원작성글 HuiJ  |  09.23
Q. 35π에 seeding할 cell 수 계산이 가능한가요?
평소에는 35π dish, 2~2.5 x 10^5 seeding → O/N incubation(1일) → transfection 의 순서로 실험을 진행하였습니다.   그런데 이번에는 1일 O/N으로 incubation하던 것을 2일 동안 incubation하여 실험을 진행하고자 하는데요. transfection할 때 dish에 깔린 cell 수를 비슷하게 하려면 2일 incubation할 때는 처음 seeding을 얼마나 해야할지 고민이라 질문드립니다...   경험에서 비롯된 조언이나 cell 분열 속도를 가지고 역으로 seeding할 cell 수를 계산할 수 있는지 궁금합니다! cell은 bovine aortic endothelial cell(BAEC)을 사용하였습니다.
회원작성글 가우미  |  09.23
Q. protein extraction 후 protein 농도에 관한 고민이 있습니다.
안녕하세요, 매번 검색만 하다가 처음 질문 남겨봅니다.  protein extraction을 하고 정량을 했는데 protein 농도가 터무니없이 적게, 거의 안 넣었다고 봐도 될 정도로 나왔습니다. 샘플마다 값도 너무 튀고요.. 동일한 조건으로 이전에 실험했을 땐 이정도로 적게 나오진 않았어서 매우 당황스럽습니다.. 제가 복기 해봤을 때 기존과 크게 다른 점이 없어서 너무 답답합니다. 앞으로 이 분야를 더 배우고 싶은데, 단백질 추출도 못하면 무슨 실험을 진행할 수 있겠나 싶어서 막막합니다. 제가 아직 학부생이라 부족한 점이 많습니다... 제가 한 실험 과정과 정량 후 결과값은 아래에 첨부해두었습니다. 잘 부탁드립니다. lung cancer cell 4*10^5으로 6well에 seeding >> 18h 후 80%정도 찬 것을 확인 후, 시료처리 >> 24h 후 protein extraction <extraction> 1. media suction 후 well당 cold DPBS 1mL로 washing >> suction후 cold DPBS를 well당 1mL씩 넣고 스크래퍼로 긁어준 뒤 따서 e-tube로. 3000rpm, 5min, 4℃ centrifuge ; 여기까지 진행했을 때 처리한 시료 농도가 높았던 샘플 하나(B3라고 하겠습니다)가 pellet이 안 보였습니다.   2. 상층액 suction 후 RIPA solution 넣고 강하게 피펫팅 >> 강하게 볼텍싱 >> ice에 꽂아놓고 20min incubating(5min 간격으로 강하게 볼텍싱 해줬습니다.) ; RIPA+P.I.+PMSF를 1:0.01:0.001로 섞어서 RIPA solution을 만들었고, 위에서 언급한 B3는 20uL로, B3를 제외한 나머지 샘플들은 80uL로 pellet을 풀어줬습니다.  피펫팅은 100uL짜리 피펫으로 거품이 날 정도로 세게 여러번(제 체감상으로는 한 40번정도 피펫팅한 것 같아요)했습니다.   3. 15000rpm, 20min, 4℃ centrifuge >> 상층액만 따서 새 e-tube에 넣기 ; centri 끝나고 나니까 첫 centrifuge 사용때보다는 줄었지만 pellet이 보였고, B3에서도 아주 조그만 pellet이 보였습니다.  상층액은 80uL로 푼 샘플들은 75uL, 20uL로 푼 샘플은 15uL정도 딸 수 있었습니다.   4. 정량 1, 2, 3, 4, 5는 standard A1~3, B1~3은 sample입니다.(A1, B1은 CTR)   1 2 3 4 5 A1 A2 A3 B1 B2 B3 DDW 18 14 10 6 2 18 18 18 18 18 18 RIPA 2 2 2 2 2 0 0 0 0 0 0 sample 0 0 0 0 0 2 2 2 2 2 2 BSA 0 4 8 12 16 0 0 0 0 0 0 DC A 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 DC B 800 800 800 800 800 800 800 800 800 800 800 단위 : uL 표와 같이 조합 후 볼텍싱해주고 상온에서 15min incubating >> 96well에 well당 200uL씩 넣고 750nm 흡광도 촬영   5. 계산 표 윗줄은 최근 실험 결과, 표 아랫줄은 이전 실험 결과입니다. R^2   A1(CTR) A2 A3 B1(CTR) B2 B3 0.9906 1uL당 농도 0.579531 0.265105 0.295931 1.424168 1.07275 0.172626 0.9902 1uL당 농도 1.005952 0.809524 0.815476 2.029762 1.863095 1.369048 현재 이런 상황입니다. 저희 랩실 사람들이 80uL로 풀었을 땐 대부분 람다당 농도가 1은 넘습니다. 저의 고민은 1. 왜 람다당 농도가 거의 0에 수렴하는가? 2. 왜 람다당 농도가 샘플마다 이렇게까지 차이가 나는가?(추출 전 육안으로 cell상태 확인했을 때 confluency랑 비례하지도 않음..) 이렇게 두 가지 입니다. 제발 문제점을 파악해서 잘 해결될 수 있으면 좋겠습니다..
회원작성글 맞는길을고르지  |  09.23
Q. glycerol stock 안만들었때
제목대로 깜박잊고 그냥 미니프렙해버렸어요...lysis buffer넣기 전에 생각나가지고 resuspension buffer넣은 상태에서 glycerol 1:1로 넣고 stock만들면 안되나요?
회원작성글 작은제인  |  09.23
Q. Phosphate buffer 실온보관해도 되나요?
배지에 쓸 Phosphate buffer를 만들었는데 바로 쓸 건 아니고 이틀이나 사흘 뒤에 쓸거 같습니다. 이걸 막상 어디다 둘지 애매해서 검색해보니까 다들 말이 다르더라고요. 냉장보관해라, 실험조건이랑 비슷한 온도에 보관해라, 잘못하면 침전물 생긴다 등등... 뭐가 맞는건가요? 그리고 이것도 필터링 해야되나요?
회원작성글 란란루  |  09.23
Q. C2C12 cell culture 분화 유도 확인 (사진) 첨부파일
c2c12 cell 양만 불리면서 유지하려고 키우는 중인데, high density로 키운 것 같아서 분화가 유도 된 건지 확인해봐야 할 것 같은데, 눈으로는 크게 잘 모르겠습니다.. 아래 사진 첨부하겠습니다 density (confluence) 별로 다양하게 찍어봤습니다
회원작성글 mintim99  |  09.23
Q. 벤조피렌 HPLC 형광파장 안써도 검량곡선 이용해서 정량 알 수 있나요?
벤조피렌에 관한 HPLC 실험을 하려고 합니다 그런데 여기파장 이랑 형광파장이 논문에 있는데 형광파장이 없어서 여기파장만을 쓰려고 하는데 여기파장만 써도 벤조피렌 정량분석이 가능할까요?    여기파장이 UV를 뜻하는지 RID를 뜻하는지도 알려주세요
회원작성글 히힛헷  |  09.23
Q. lipid peroxidation assay kit 관련 질문입니다.
abbexa사의 lipid peroxidation(MDA) assay kit을 구매했고 이걸 이용해서 lipid peroxidation를 측정하려고 합니다. Collect the cells into a centrifuge tube, and briefly centrifuge to precipitate the cells. Discard the supernatant and add 1 ml of Assay Buffer for every 5,000,000 cells. Sonicate at 20% power in 3 second bursts with a 10 second rest interval, for 30 bursts in total. Centrifuge at 8000 × g at 4°C for 10 minutes. Transfer the supernatant to a new tube, keep on ice and analyze immediately. 위의 sample 준비 과정에서 5x10^6를 1ml assay buffer를 넣으라고 하는데 cell seeding > 시약처리 > cell counting 해서 5x10^6 cell 만큼의 cell을 tube에 넣고 centrifuge하고나서 여기에 assay buffer를 1ml 넣으면 되는건가요? 제가 이해한게 맞는지 확인부탁드립니다.
회원작성글 SLYSH  |  09.23
Q. RT-qPCR 관련 질문입니다.
qPCR관련 해서 질문드립니다.   Delta-delta Ct로 진행을 하고 reporter로는 SYBR을 사용하고 있습니다.   여기서 궁금한게 qPCR에서 실험 설정할 때 cDNA template를 넣어주지 않는 blank를 거는데    이 blank를 거는 이유가 무엇이 있을까요?
회원작성글 ㅡ,ㅡ;;  |  09.23
Q. 오일류 방부력 시험 가능 여부가 궁금합니다.
안녕하세요. 오일류(오일 성분 100%)는 방부력 시험이 불가능한가요? 샘플에 균액을 넣을때, 균액 자체가 수용성이니까 전혀 섞이지 않을것같아서 궁금해서 질문 드립니다! 혹시 가능하다면 어떻게 진행해야하는걸까요? ㅜㅜ 참고할만한 서적이나 자료 링크 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 뜌  |  09.23
Q. genomic DNA의 분리 실험에서
아직 초짜라 유전체 분리 실험에서 모르는점이 많은데 도움 주시면 정말 감사하겠습니다. 1. 유전체 분리 실험에서 DNA를 TE 버퍼에 보관하는 이유가 뭔가요 ??  안정적으로 보관할 수 있는건 아는데 그 정확한 이유가 궁금합니다. 또한 TE buffer 가 완충용액이 맞나요 ?    2. 분리된 DNA순도와 농도에 영향을 미치는 요인은 무엇인가요 ..?  이 실험에서 영향을 미치는 요인이 있을까요 ??     
회원작성글 vlsly  |  09.22
Q. Raw264.7 물질처리 9시간 후 이상반응 문의 첨부파일
안녕하세요. Raw264.7 세포를 이용하여 생존율 확인하는 중  0.1ug/ml 농도로 물질처리 9시간 후 세포의 형태가 이상하여 질문드립니다. 48well plate 에 5x10^4 로 계산하여 seeding 하였고, 0.1, 1, 10 ug/ml 농도별 3반복씩 물질처리 하였습니다. 9시간 후 현미경 관찰 시 0.1ug/ml 농도 처리 3반복 well만 첨부한 사진처럼 변했습니다. 똑같은 plate가 하나 더 있었는데 그 plate 상 0.1ug/ml well은 멀쩡했구요.. 사진의 핵?막?같은건 뭐라고 판단하시나요.. 오염된걸까요..?    
회원작성글 펩시라임  |  09.22
Q. C2C12 cell culture confluency
안녕하세요. C2C12 cell을 저번주 금요일에 thawing down 해서 이틀 후에 확인하여 90% 정도 confluency가 찼을 때 split을 하고(vial은 안 만듦) 다시 이틀 후에 15cm dish로 subculture를 했는데 그 때는 처음보다 confluency가 더 많이 차 있었습니다.  제가 이 세포의 doubling time을 착각해서 confluency 가 너무 많이 찼을 때 계대를 했는데, 이미 분화가 시작 되어서 이 세포로 실험을 진행하지 못할까요..? 그동안 만들어둔 vial도 이제 분화 및 추출처리 실험에 사용하지 못하는 건가요?ㅠㅠ 그리고 differentiation 유도가 된지 안된지 잘 모르겠는데, 단순히 morphology 만 보고 알 수 있는건가요? 귀한 세포인데 큰 실수를 한것같아서 너무 조마조마합니다. c2c12 cell에 관한 자세한 조언 등등 부탁드립니다. 감사합니다.
회원작성글 mintim99  |  09.22
Q. two-way anova관련 R에서 p-value가 의미하는 바
독립변수 A 화학modification의 위치 독립변수 B 약품의 농도 일 때 two-way anova를 R에서 aov(y~A*B, data=) 로 돌렸는데요             Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     A            1  14877   14877 178.177 4.34e-10 *** B            3  13821    4607  55.176 1.17e-08 *** A:B          3   2474     825   9.878 0.000632 *** Residuals   16   1336      83   이러한 결과값이 나왔습니다. 확인하고자하는게 화학modification에 의해 유의미하게 다르다 라는 것을 확인하고 싶은데요 그 때는 A의 Pr(>F) 만 확인하면 되나요?  A:B는 무엇을 의미하는지 모르겠습니다.
회원작성글 Julius_jin  |  09.22
Q. 미생물 od 값 희석 방법
안녕하세요, 박테리아 stock 만들려고 하는데, OD600 값이 0.8이 될 때 저장하려고 합니다. 그런데 만약 OD600 값이 1.5를 넘는다면, 어떻게 희석해서 저장해야 하나요? 예를 들면.. 키우는 중인 broth에서 얼마를 따서 media 얼마에 희석한다는 등..
회원작성글 kkykk  |  09.22
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