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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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Q. Sequencing m13프라이머 질문
M13 포워드 프라이머시퀀스를 reverse complement로 바꿔주는 이유가 뭔가요???? ㅠㅠ 또 m13포워드 프라이머 시퀀스를 이용했을 때랑 리버스 프라이머를 이용했을 때 insert 염기서열 부분이 다른 이유가 구체적으로 무엇일까요?
회원작성글 Hskwp  |  2019.11.01
Q. BLAST 질문합니다!!!
BLAST tool을 통해서 분리된 cDNA의 exon과 intron을 genomic DNA상에서 표시하려는데 이때에 어떤 BLAST tool을 이용해야하나요? 그리고 어떻게 하나요...?
회원작성글 가자제약으로  |  2019.10.22
Q. TCGA data
Pan-cancer altas 와 cancer altas는 다른건가요...? 논문에서는 the cancer genomic analysis라고 적어놓고 사이트는 cbiopotal인데 여기에 들어가 보면, Pan-cancer altas data 분석 뿐 입니다,,, 이게 cancer altas 와 같은거 인가요????
회원작성글 나다니95  |  2019.10.15
Q. 파이썬 관련 질문드립니다.
안녕하세요 여러분. 컴퓨터 게임도 잘 못하는 컴맹인데 파이썬을 접하게된 학생입니다 우선 제가 사용해야 할 프로그램은 vConTACT2로 (https://bitbucket.org/MAVERICLab/vcontact2/src/master/) 위 사이트에 들어가면 설치방법이 다 나와있습니다. 몇날 며칠간 유투브며 인터넷을 뒤저가며 파이썬 3.7버전에서 설치하려 했건만...커맨드로 입력하여 실행하는게 익숙치 않아서 그런지 계속 답보상태입니다. 정말 간단한 일인줄 아는데 어떻게 하는지 모르니 저도 제가 너무 답답합니다.. 혹시 친절하게 알려주실 분 계신가요. 약소하게나마 기프티콘 보내드리겠습니다. 감사합니다. 
회원작성글 상상  |  2019.10.02
Q. 고등학교 알긴산나트륨 추출
고등학교에서 하는 주제 탐구가 있어 미역이나 다시마에서 알긴산나트륨 추출을 하고 싶습니다. 젤 형태로 만든 후 말려서 알지네이트 필름을 만드는 목적입니다. 1. 어떤 과정으로 진행해야 할까요? 묽은 황산으로 세척한 후 고온의 알칼리성물에서 추출한 후 산성화시키는 방법이라고 하는데 정확한 protocol을 알고 싶습니다! 2. 건미역이나 다시마를 써도 결과가 잘 나올까요?
회원작성글 화학화학  |  2019.09.23
Q. 실험 batch 간 pooling 에 관해 문의드립니다.
논문 submission 진행하면서 n<10 이하에서 t-test 혹은 ANOVA test 수행한 것에 대해 지적을 받아 최대한 n을 늘리고자 repeated experiments에서 나온 값들을 merge하여 n수를 확보하였고, 상황에 맞는 통계분석을 진행했습니다. 보통 한 그룹에 4~6마리의 마우스를 사용해서 pooling 한경우 8~15 마리의 n을 확보했습니다. 해당 저널에서 통계학 specialist editor에 자문을 구한 뒤 comment를 주었는데 다음과 같은 내용을 받았습니다.  Merging" of experimental data is at best "misleading 대부분의 경우 논문에 쓰는 데이터는 representative data 만 사용하시는지, 아니면 merging 하는 경우도 있는지 궁금합니다. 물론 pooled data와  representative data 모두 비슷한 경향과 결과를 도출합니다. (통계값을 억지로 얻고자 merge한 것은 아닙니다) 다만 n 수 확보를 위해 합한 것입니다. 의견 주시면 감사하겠습니다.  
회원작성글 casthle  |  2019.09.19
Q. 자율동아리 이 활동 괜찮을까요?
맨티스 쉬림프의 곤봉 같은 것에서 발생하는 음파발광 현상을 이용해  실험해보고 발표해보려고 하는데 음파발광현상의 원리가 제대로 증명되지 않았답니다.. 이거로 진행 해도 괜찮을까요?
회원작성글 jw4475  |  2019.09.17
Q. locuszoom error 관련 문의드립니다.
locuszoom 프로그램에서 error 해결 방법이 있을지요?ㅠㅠ FAILED: No pdf generated. Files for record '936799' might be in '/lz/tmp/lzplot.23199'  
회원작성글 cell쎌쎌  |  2019.09.05
Q. 미국에서 받는 혈액샘플(DBS) 받는 절차에 대한 질문
미국에서 Dried Blood Spot 샘플을 받아서 NGS 실험을 진행한다고 하였을 때 해외에서 혈액 샘플을 받는데 필요한 절차나 방법에 대해 알고 싶습니다.
회원작성글 미기  |  2019.09.03
Q. ELISA 전처리 과정에서 citric acid
ELISA kit 분석 전에 전처리 과정에서 citric acid pH가 결과에 영향을 많이 줄까요..? 항상 나오던 값이 안나와서 cell도 새로 풀어보고 enzyme도 바꿔보고 하는데 계속 안나오네요 ㅠㅠ 원인을 못찾겠어요... kit문제인가 싶어도 편차가 크지 않아서 그건 아닌것같고.... citric acid를 1M로 만들어 쓰는데 pH meter기가 보정이 안됐다면 혹시 영향이 있을까요?
회원작성글 sara3465  |  2019.08.26
Q. 특정 식물에 특정 성분의 함량이 어느정도인지
확인할 수 있는 사이트는 없나요? 검색해보면 '추출물'의 성분 함량이 대부분이라서.. 생체의 특정 성분함량을 검색해볼 수 있는 사이트같은 건 없을까요? 개인적으로 식물끼리 '폴리페놀' 성분 함량이 어느정도인지 비교해보고 싶어서요
회원작성글 ㅈㄱㅈㄱ  |  2019.08.24
Q. CLC Genomic Workbench 사용하시는분 계신가요? 이 소프트웨어 구동에 적합한 컴퓨터 사양 알고 싶습니다.
국내에서 미생물 유전체 분석에 많이 사용하고 있는 소프트웨어가 CLC Genomic Workbench와 CLC Microbial Genomic module, CLC Genome Finishing module, BLAST2GO Pro Subscription이라고 하는것을 확인했는데.... 이것들을 구동할때에 문제가 없는 구동되는 최적 컴퓨터 사양을 알고 싶습니다. Window10기반을 생각하고 있는데.... lenux가 더 우수한 기본운영체계라면 그렇게 갈 생각 입니다. 답변 부탁드려요 
회원작성글 Applied_Mi..  |  2019.08.22
Q. 천연식물끼리 항염증 효과를 비교할 수 있는 절대적 지표가 있나요?
에탄올추출물을 통한 항염증 효과 비교 실험을 했는데요 항염증 효과는 블루베리, 호장근, 알로에 순서로 좋은 것으로 결과가 나왔습니다.  그런데 고등학생 수준의 실험이라 그런지 정확히 어떤 추출물이 얼마나 나왔는지 정량도 안 되어서 결과를 믿어도 되는지 모르겠습니다.   실제로 천연식물들의 항염증 효능을 비교해 보려면 어떤 걸 찾아보면 되나요? 예를 들어 A 식물이 B 식물보다 항염증 효과가 몇 배다. 이런 식으로 비교할 수 있는 지표요.
회원작성글 ㅈㄱㅈㄱ  |  2019.08.15
Q. full genome sequence 다중 분석 등에 적용하는 컴퓨터의 최소사양과 관련 프로그램에 는 어떤것이 있는지 문의드립니다.
너무 질문의 둥글넙적해서 정확한 표현인건 모르겠습니다만.... 여러 미생물의 full genome sequence를 다중 비교한다거나 (이걸 미생물 유전체 분석이라고 해도 될까요.....), 토양이나 기타 시료의 미생물에 대한 NGS 분석  등에 사용이 적합한 컴퓨터의 사양과 관련 프로그램에는 어떤 것이 있는 지 문의 드립니다.    
회원작성글 Applied_Mi..  |  2019.07.30
Q. NCBI에서 DNA의 서열을 가지고 오고 싶은데요!
안녕하세요! 컴퓨터공학과 재학중인 학생입니다! 다름이 아니오라! 졸업작품 주제를 바이오인포매틱스를 주제로 진행하고 있는데, NCBI의 API를 사용하다가 막힌 부분이 있어서 질문드립니다. 이 표현이 정확한지는 모르겠지만 NCBI에서 DNA에서 번역된 염기서열을 가져오는 방법은 알겠는데 해당 염기서열의 근원인 DNA 서열을 가져오려면 어떻게 해야하나요? NCBI의 API DOCUMENT를 읽어보면 ESEARCH로 ID를 검색해서 해당 ID로 DNA의 서열을 가져올 수 있다고 되어있는데, ID가 여러개가 떠서 당황스럽습니다. 제가 검색한 단백질의 DNA의 서열을 가져오고 싶은데 유일하게 구분 가능하게 주어진 값은 단백질의 ACCESSION 값인데 ACCESSION은 단백질 검색 용도로만 사용이 되어서 ACCESSION으로 ID를 불러올 순 없더라구요. 어떻게 확실한 방법이 없을까요!!?
회원작성글 이우진  |  2019.07.27
Q. dpph 라디칼 소거능 측정
dpph 라디칼 소거능을 측정하고자 하는데, 논문마다 실험법에 차이가 있어 질문합니다.   아스코르브산을 양성 대조군으로 활용하고, 측정하고자 하는 시료와 대조군의 흡광도를 측정해 아래의 식을 이용하여 항산화능을 구하고자 합니다. 항산화능 (%) = [( 대조군의 흡광도 - 시료첨가군의 흡광도 ) / 대조군의 흡광도] × 100   그런데 논문을 찾아봐도 아스코르브산의 농도등이 나와있지 않아 어떻게 해야할 지 잘 모르겠고, 저러한 형태의 식으로 항산화능을 구할수 있는지도 확신이 서지 않습니다.   아직 이 분야에 관해 깊은 지식이 없는편이라.. 친절한 답변 부탁드립니다.
회원작성글 아휴카  |  2019.07.24
Q. 사람임상에서의 물질 적용농도는 어떻게 검색을 해야하나요?
리뷰어의 질문을 받았는데.. 제가 실험하고 있는 물질의 처리농도와 현재 사람임상에서의 실제 적용농도를 비교하라고 합니다.   구글이나 pubmed에서 아무리 검색하여도 동물실험밖에는 나오지 않네요..   사람 임상에 대해서는 혹시 어떻게 검색을 해야 하나요..??
회원작성글 나톡식  |  2019.07.02
Q. 닭고기 부패실험할건데 질문 드리겠습니다..!
안녕하세요 현재 시중 육,어패류 제품으로 부패실험을 진행중입니다. 일명 VBN실험을 진행중인데 , 저번 실험은 소고기로 실험을 했는데 TMA로 지표물질을 잡아서 실험하면서 GC분석을 통해 TMA을 분석하였는데 이번에 닭고기로 실험을 진행할 예정인데 닭고기는 부패가 진행되었을때 암모니아가 방출하는게 맞나요..?TMA보다 암모니아를 더 지표물질로 잡고 실험을 진행해야할까요?
회원작성글 징징이닷  |  2019.07.01
Q. 16S rRNA 에서 partial sequence
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/targetedloci/16S_process/  16S RefSeq Nucleotide sequence records 를 누르고 들어간 뒤 여기 NCBI에서 제공하는 16S rRNA뒤에 partial sequence라고 붙는데 그 의미가 뭘까요.. ?
회원작성글 미기  |  2019.06.21
Q. 메타지놈에대한 샘플(fasta)을 어디서 구할 수 있을까요
샘플(fasta) 파일을 가지고 어떤 미생물들이 있는지 한번 분석 해보려하는데   인터넷 상에 있는 아무 메타지놈에 대한 샘플을 어디서 구할 수 있을까요?   (논문을 찾아서 구해보려고 했으나 결과만 있고 샘플파일은 없더라구요)
회원작성글 미기  |  2019.06.19
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