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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
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Q. RT-PCR 시 관련
cell 애서 RNA 를 추출한 뒤에 RT 를 수행하고 PCR 을 진행했습니다.16쌍의 프라이머 세트 중에서 특정 몇몇의 프라이머 들에서 gDNA size 의 밴드가 나타납니다..RNA 를 추출할 때 trizol 로 추출하고 있고 column 도 사용합니다Dnase 는 사용하고 있지 않습니다.그런데 특정 프라이머 에서만 gDNA band 가 나오는 이유는 뭘까요...조언 부탁드려요..ㅠㅠ
회원작성글 아킁  |  2016.03.22
Q. EMSA running buffer 조성 관련해서 질문 드립니다.
밑에 질문 올리긴 했지만, 따로 질문하는 게 좋을 것 같아  일부분만 따로 질문드립니다.native PAGE gel을 이용해서 EMSA를 진행을 많이 하는 것으로 알고 있습니다.제가 확인하고자 하는 RNA-protein interaction은 Mg2+가 있어야지만 됩니다.하지만, 보통 사용하는 running buffer나, PAGE gel의 조성에는 Mg2+가 들어가질 않습니다.RNA와 protein을 Mg2+가 있는 조건에서 binding을 시키고, interaction을 확인 하기 위해서 PAGE gel을 내린다고 할 때,Buffer와 gel에 Mg2+를 넣고 내려야 하나요?? 아니면 Mg2+를 넣지 않고 실험을 하더라도, 실험이 잘 진행이 될까요??
회원작성글 순똘  |  2016.03.15
Q. EMSA 를 하고자 하는데, 조언 부탁드립니다.
RNA-protein interaction을 확인하고자 EMSA(electrophoresis mobility shift assay)를 하고자 합니다.보통 acrylamide gel(native gel)을 이용해서, 그리고 RNA에 동위원소를 달아서 확인을 많이 하는 것으로 알고 있습니다.그치만 동위원소 실험은 익숙하지 않고, PAGE gel보다는 agarose gel이 훨씬 빠르고 편하기 때문에 agarose gel로 이용하고, Etbr 염색을 통해 확인을 해보았습니다.제가 이 실험방법이 제대로 된 실험방법인지 확인하기 위해서, 제 실험을 하면서 동시에, 이미 논문상에서 RNA-protein interaction이 검증된 것을 control로 사용했습니다.(논문 상에는 PAGE gel에 동위원소로 detection 하였구요.)그런데 예상밖으로, 제 실험군은 mobility shift가 확인이 되었는데, 이미 검증된 control은 확인이 안되었습니다.이러한 결과의 이유로 생각중인 것은, control의 RNA-protein interaction이 이루어지기 위해서는 Mg2+ 이온이 중요한데, binding 할 때는 Mg2+를 넣어줬지만, gel이나 running buffer에는 Mg2+가 들어가 있지 않아서 생긴 결과가 아닐까 추측중입니다. (running buffer에 Mg2+를 추가하였더니 RNA가 running 중에 다 분해가 되는지 detection이 전혀 안되었습니다.)어쨋든, 다른 사람들이 괜히 불편하게 PAGE gel을 쓰는 이유가 있을 것 같은데, agarose gel보다 PAGE gel을 선호하는 이유는 무엇인가요? 그리고 저의 가설이 타당한지, 혹은 그 외에 비슷한 경험담이나 조언해주실 것이 있다면 아무것이나 답변 부탁드립니다.(PAGE gel 실험을 한다고 하더라도 고민인게, 그냥 running buffer나 native gel을 평소 만들던대로 만들면 되는 것인지, 아니면 binding이 이루어지기 위한 buffer 조성에 맞추어서 running buffer를 사용하거나, 그 조성에 맞게 gel을 만들어야 한다거나 하는 경우들이 있기도 하나요?)
회원작성글 순똘  |  2016.03.15
Q. RNA정량 첨부파일
RNA정량했을때Nucleic Acid ConcA260A280260/280260/230Factor이것들이 각각 어떤 의미인지 궁금합니다!답변 부탁드립니다. 감사합니다
회원작성글 초보  |  2016.03.02
Q. RNA 정량
혀현재 RNA실험을 진행하고 있는데, Intron사의  easy-blue Kit를 사용해서 RNA를 뽑고, RT-PCR을 진행하기 전에  RNA자체적으로 혹시 모를 DNA를 제거하기 위해서 Promega사의  RQ1 RNase-Free DNase(Cat.#M6101)을 사용하고 있고 거기에 대한  protool을 밑에다가 상세하게 적어놨어요 RQ1 RNase-Free DNase을 RNA 1 ug당 1unit 사용하라고 나와있는데 어떻게 정량해야 하는지 잘 모르겠어요 도와주세요..ㅠㅠㅠ 뽑은 RNA의 Nanodrop을 측정해서 나온 OD값(ng/ul)의 값은 sample 1: 386.6 sample 2: 450 이렇게 측정이 되었습니다. 1. Set up the DNase digestion reaction as follow:RNA in water1-8㎕RQ1 RNase-Free 10X Reaction Buffer1㎕RQ1 RNase-Free DNase1u/㎍ RNAFinal volume10㎕   2. 37℃ Incubator에서 30min3. RQ1 DNase Stop Solution 1㎕4. 65℃ Incubator에서 10min
회원작성글 sky92  |  2016.02.26
Q. Transcriptome 분석 위한 cell Harvest단계에서 왜??
안녕하세요. 단세포 transcriptome (미생물) 분석을 위해 이분법으로 분열하는 cell을 배양하고 있는데요.여타 논문들을 보니, 대부분 cell population이 Growth phase중에 일정 phase의 세포들을 주로 추수하더라고요.exponential 하게 자라는 phase를 거쳐서, 점차 stationary하게 성장이 둔화되어가는 이 사이의 phase에서 많이들 cell harvest를 하던데요..왜 그럴까요? 단순히 세포는 최적의 컨디션을 써야하니, exponential 한 단계의 것이 좋으나, 최대한 효율적으로 많은 세포를 거두어 들이기 위해 stationary하게 막 넘어가는 시기에서 추수하는걸까요? 아니면 다른 이유가 있을지요...액체배지에서 살아가는 미생물이다보니, bacteria 오염을 최대한 덜하게 하겠다면 세포 농도가 매우 높아지기전 exponential한 상태에서 그냥 추수해도 될지요~감사합니다!
궁금합니다  |  2016.02.09
Q. miRNA 이름 명명법에대해서 질문드립니다.
miRNA 이름에관해서 질문 드립니다.1. 예를들어hsa-miR-200b 와hsa-miR-200a가 있다면a와 b의 차이가 무엇인지 궁금합니다.2. 그리고 hsa는 사람을뜻하는 것이 맞는 것 인지요?3. 숫자는 발견된 순대로 이름을 붙이는 것이 맡는것인지요?이제 miRNA를 시작하려는 단계입니다. 여러가지 찾아보고 있는데 잘 모르는 것들이 많네요..부탁드리겠습니다.^^
miR  |  2016.02.09
Q. 전기영동시 Size Marker결과 첨부파일
사진에서 보시는거와 같이 그림의 순서는 오른쪽부터 분해된 RNA1 RNA2 PCR product g사 Size Marker100bp, Size Marker 1kb, P사 Size marker 1kb이러한 결과가 나왔습니다.1X TAE buffer에서 전기영동을 실행을 했구요 RNA를 확인하기 위해서 한거여서 2% agarose gel에서 100V로 30min 진행하다가 사이즈마커가 이상해서 다시 130V로 약 20분정도 다시 전기영동을 싱행하였습니다.그런데 P사는 예전부터 깨지면서 나와서 업체에다가 문의한 사항이구요. 이번에 구매한 G사 경우도 사이즈 마커가 이상하게 나오네요...도대체 뭐가 문제인걸까요....참고로 G사의 경우는 전에 회사에서 사용했던 제품이에요..
회원작성글 sky92  |  2016.01.28
Q. Superscript 사용하다가 로슈의 Nxscript 사용해볼려고 하는데..
Real-time PCR 을 간간히 하는 초보연구원입니다.위에 연구사님께서 Superscript 를 Roche 의 Nxscript 로 사용해보자고 하시는데...이거 어떤가요?  이제 좀 .. 알만하니까 바꿀려 하셔서요.
왕초보  |  2016.01.28
Q. MRC5 RT-PCR
안녕하세요 MRC5 (human lung fibroblast)를 가지고 실험중인 석사생입니다.제가 들은 바로는 MRC5가 passage 10을 넘기면 상태가 좋지 못하다는데 이게 맞는 말인가요??어느 순간 MRC5로 하는 RT-PCR이 잘 안 되는데 제 생각에는 passage 10부터인 것 같아서 말입니다.이 핑계 저 핑계 대지 않고 제 실력이 부족해서 그런 거다 싶어 더 노력을 해보는데 다른 세포에서는 제가 한 번도 이런적이 없어서 답답함을 이기지 못해 이렇게 질문드립니다.혹 MRC로 RT-PCR 잘 하는 방법은 없을까요?좋은 답변 부탁드립니다
S.P  |  2016.01.25
Q. qRT-PCR셋팅하려고합니다.
RNA정량을 위해 RT-PCR 셋팅하려고 하는데,,이쪽 분야를 잘 몰라서요..어느 회사 기기가 좋은지...많이 쓰이는지 추천 부탁드립니다. 전공이 생물쪽이긴 한데...RNA work은 해본적이 없어서...랩에 RT-PCR 셋팅하는게 어려울까요? 기간은 어느정도 걸릴까요??답변 부탁드립니다. 감사합니다.
day  |  2016.01.12
Q. bacterial total RNA의 random hexamer를 이용한 RT-PCR 후 band size
bacterial total RNA의 random hexamer를 이용한 RT-PCR 후 band size 관련해서 질문이 있습니다. bacterial total RNA extraction 후 2 band를 얻었습니다 (16S, 23S rRNA + invisable mRNA..?). 사용된 RNA와 cDNA 합성 결과물 두 가지를 gel에 걸었는데, cDNA 쪽이 더 무거워야 정상이고 band가 여러가지 크기로 나와야 정상인거, 맞나요??
롤러코스터  |  2015.12.29
Q. 지방조직에서 mRNA추출
채취한 지방조직에서 mRNA를 추출하는데요 단백질에서 추출하는 것과 같은 프로토콜로 진행했습니다. 그런데 homogenization을 하고 원심을 돌린 뒤 상층액을 따는 단계에서 원심을 아무리해도 지방은 가라앉질 않더군요 가라앉질 않으니 상층액따기가 어려운데 지방조직에서의 추출은 단백질과는 다른 방법으로 해야하는지가 궁금합니다.프로토콜이나 방법이 써있는 관련논문이 있다면 부탁드립니다
회원작성글 빨간코광대  |  2015.12.04
Q. 안녕하세요 ..클로닝 초보입니다. PCR후 전기영동하고,, 밴드확인하는 방법 알려주세요..
바이러스학 전공으로 이번에 새로 석사입학예정자 학생입니다... 제가 식품계열에 있다가 바이오쪽으로 넘어오면서 모르는게 너무 많아 실험 하는 방법을 배울때마다 힘들어 죽겠습니다..제가 궁금한거 한 번 적어보겠습니다... 정말 초보에요. 오자마자 실험을 가르치더라구요..primer가 와서 스탁을 만들고 PCR을 했습니다.. 그래서 로딩을 하고 로딩된 부분의 gel을 잘랐는데 제가 여기서 그걸 못봐서요... 아가로즈 겔 부분의 어느 부분을 자르는건지....때온 부분이 insert인지 잘 모르겠습니다. marker랑 같이 사이즈 확인하는방법이랑 ㅜㅜ 또 eptube에 자른 gel부분을 넣어서 Elution 하더라구요 .. DNA를 뽑는 방법인건 알겠는데 일주일째 고민하고 있어요 도와주세요..
초보  |  2015.12.03
Q. Reverse Transcriptase 효소는 rna primer에서 working 하나요?
보통 reverse transcriptase 할때 poly T primer를 이용하는 것으로 알고 있는데, 일반 PCR 처럼 RNA로 된 primer (합성 rna primer)에서 cDNA extension이 가능한지 궁금합니다.
질문질문  |  2015.11.12
Q. 인공 RNA 합성방법 및 보존방법
인공 RNA를 우리가 원하는 염기서열대로 만들어서 오랜 시간 보존을 하고 싶은데 어떻게 하면 되죠?
회원작성글 항농항농  |  2015.11.09
Q. RNAase, DNase반응 조건
total RNA를 분리후 각각의 RNAase와 DNAse를 반응시키고자 합니다.참고한 논문에는 상온에 30분간 반응을 시켰다고 적혀있습니다. 반응조건에 대한 2가지 질문이 질문이 있습니다.1. RNAse, DNAse의 충분한 활성을 위해서 37도가 아닌 상온/30분도 적합한 조건인지 궁금합니다.2. total RNA를 4도가 아닌 상온에 두게되면  RNAase와 DNAse 처리와는 상관없이 degradation되지 않는지도 궁금합니다.관련 실험에 대한 경험이 없어서 질문글을 올려봅니다. 
연구원  |  2015.11.09
Q. dsRNA와 dsDNA 안정도 비교
어떤 연구결과를 봤는데 안정도가 dsRNA, DNA:RNA hybrid, dsDNA 순이더라구요여러방면으로 찾아봤는데 구조적 차이정도는 알겠는데 왜 안정도가 그렇게 차이나는지 궁금하네요그리고 네이버 사전에 dsRNA가 dsDNA보다 tm값이 15도 정도 높다고 나오네요...혹시 가장 직접적인 이유를 답해주실수 있나요?
회원작성글 무제피차  |  2015.10.19
Q. RNA 단위 unit 질문드립니다.
시그마에서 tRNA를 구매하였는데단위가 mg이 아닌 KU입니다.unit은 효소가 어떠한 물질을 분해하는 정도의 단위로 알고있는데tRNA는 효소가 아닌데 왜 unit으로 표기하였는지 모르겠습니다.카탈로그에는 A260 units/mg  solid                                                                        17 - 24One unit will yield an A260nm of 1.0 in 1.0 mL H2O(1 cm light path)이라고 나와있는데 2KU가 몇 mg인지 알수 있는 방법 없을까요?
trna  |  2015.10.13
Q. RT-PCR에서 차가운 75% EtOH 사용이유
제목 그대로.. lysis buffer와 차가운 75% 에탄올을 사용하는 이유가 궁금합니다.
박동석  |  2015.10.13
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