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Q. 염증 관련 세포실험
암이나 염증 관련 세포실험할 때 종종 세포를 키운 후 세포에서 나온 물질이 있는 media에 다시 세포를 키우는 경우가 있는데 이를 실험적 명칭으로 뭐라고 하나요? 그리고 이러한 실험을 왜 하는 건가요? 
회원작성글 SoliDeo  |  07.27
Q. Caspase-1 Glo (promega) 실험에 대해 여쭤봅니다.
Caspase-1의 활성을 보기 위해 Promega에서 glo kit를 구입하여 조건 set up중에 있습니다.   사용하는 cell은 Human lung epithelial cell인 H292입니다. white 96-well plate에 5*10^4으로 cell을 100 ul씩 seeding을 하고 caspase-1 활성을 위해 P.aeruginosa (MOI 100)를 이용하여 infection시켰습니다.   이후 Luminometer로 detection하면 +/-의 수준이 크게 차이가 나지 않아 원인을 생각해보고 있는데 기본적인 basal level이 높아 inducing이 되어도 차이가 나지 않는 것인가 생각이 됩니다. ( + : 140,000,  - : 120,000 ) 다른 paper들을 참고했을 때 caspase3/7를 측정할 때 seeding 농도를 낮게 깔아 그것대로 cell seeding 농도를 낮추고자 하는데 혹시 제가 생각해볼만한 부분이 있는지 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 도도형  |  07.27
Q. Cytosol fractionation을 western 단백질 sample 만드는 법이 궁금합니다.
안녕하세요.   western으로 오늘도 고통받는 대학원생입니다.   혼자서 실험 복기 중에 생각난게 cytosol fractionation을 이용한 western blot을 하는 분들을 논문으로 보게 되어 질문드리게 되었습니다. 성상이 pellet 같은 기타 fractionation은 ripa 나 등등 넣어 protein sample을 만들었었지만, sample로 부터 ultra를 돌리고 바로 나온 cytosol fractionation은 어떻게 단백질 sample을 만드는 지 궁금합니다.   그냥 단순히 cytosol fraction (liquid) 을 BCA 후, 농도에 맞춰 5x sample bf와 물을 넣어 western sample을 만들면 되는건지, 아니면 cytosol에 5x sample bf만 넣어줘도 되는건지 궁금합니다.      
회원작성글 kodo2001  |  07.27
Q. sonicator의 sweep 기능은 어떤건가요?
제곧내입니다
회원작성글 몰랑잉  |  07.27
Q. Random mutagenesis 효율 높이는법
특정 유전자를 deletion시킨 e.coli를 comcell로 만들어서 prl27을 transformation시켜서 spreading 하고 있습니다 control에 50람다씩 spreading하면 콜로니가 20-30개 밖에 나오지 않습니다 어쩔때는 한두개밖에 나오지 않아서 효율이 너무 안좋은것같습니다 ㅜㅜ 어떤부분을 바꾸어 봐야 할까요?
회원작성글 김세은1  |  07.27
Q. microplate reader로 흡광도 측정시
CCK-8을 이용한 cell viability 측정에서 microplate reader기로 흡광도를 측정하는데요. 적정 CCK-8 incubation time을 정해야 해서 연달아 찍어봐야 하는데 이럴때 뚜껑을 씌우고 reading 하면 안될까요? 이 실험만 하면 잠깐 열고 찍어도 되겠는데, 불행히도 같은 plate 내에 다른 실험군이 있어서 몇일 더 culture 해야 해서 가급적이면 뚜껑을 안열고 싶네유.. ㅠㅠ    
회원작성글 오구오구  |  07.27
Q. western transfer, stripping 질문
Western Blot trouble shooting 관련 Q&A 정독했지만 뭐가 문제인지 모르겠어서 질문합니다..ㅜㅜ 타겟 단백질은 60kda과 180kda입니다.   Western 조건은 -10% acrylamide gel  (8%gel로 했다가 60kda의 phospho form이 잘 안나와서 10%로 바꿨습니다    → 180kda은 8% 에서도, 10%에서도 잘 안나옴) -running : gel 4개 기준 120V, 60min (V constant) -transfer : gel 4개 기준 90V, 120min, ice에서 진행 -15 well comb 사용하여 well당 단백질 30 ug, 12ul씩 넣어서 진행   1. running 후 dual standard가 잘 내려온것을 확인하였지만 transfer 후 gel에 dual standard가 약간 남아있거나 사진과 같이 standard가 휘어짐 또는 번져서 나타납니다.      스펀지 두께 차이일까 싶어서 paper 2장깔기 / transfer 시간 30분 늘리기/trans buffer 다시 만들어 사용해 봤지만 나아지지 않네요,, bubble이 의심스러워 다른사람한테 2~3번 없는걸 확인받고 진행했음에도 저런 결과가 나옵니다. 신기한건 dual standard가 저렇게 나와도 developing시 band는 제대로 나올때도 있고요.. 이거 어떻게 해결할 수 있을까요?    2. 요즘 ECL solution으로 developing시 exposure time을 늘려도 band가 전혀 나오지 않습니다. 다른 실험실 ecl 용액을 빌려도 찍히지 않아서 항상 femto를 사용하는데 사진 맨 오른쪽 lane처럼 하얗게 빛 바랜것 처럼 나오는 현상과 관련 있을까요?   3. stripping을 이 조성대로 만들어 사용하는 중입니다. developing 후 band가 잘 보이지 않아 stripping하여 다시 1차 antibody를 붙이려고 했습니다. 1) developing 한 membrane을 폰슈염색하여 transfer된 것을 확인 (늦게배송와서 이 단계에서 폰슈함) 2) stripping buffer로 50도에서 35분 정도 인큐베이션 3) d.w로 워싱 후 폰슈로 단백질이 남아있는지 한번 더 확인 4) tbst로 워싱 후 blocking 진행 → 3) 과정에서 염색 후 band들이 보이지 않았는데 stripping이 너무 쎄게 되어 membrane으로 transfer된 단백질도 다 떨어진걸까요?? western이 너무 안돼서 간절합니다 ㅠㅠ 고수님들 답변해주시면 정말 감사하겠습니다...!!!
회원작성글 웨구러지  |  07.27
Q. 실험 기구의 이름을 알고 싶습니다.
실험에 필요한 기구를 구매하려고 하는데 아무리 검색해도 나오지 않습니다. 아래 사진처럼 둥근 모양이며 뚜껑이 없는 플라스크입니다. 우측에는 공기를 공급하는 관이 플라스크 바닥으로 연결되어 있으며 병에는 Duran Schott 이라고 표기되어 있습니다. 혹시 이 실험 기구의 이름에 대해 알고 계신분은 답변 부탁드립니다. 감사합니다.    
회원작성글 smtues  |  07.27
Q. PCR 시 template concentration 관련..
안녕하세요.. 기본적인 질문이지만 확인하고 싶어 올려봅니다... 사용하는 PCR kit 는 genescript 사의 제품을 사용하고 있습니다. 총 volumn 50 ul 중 2ul가 template라고 프로토콜에 명시되어 있습니다. 여기서 template를 100ng/ul를 2ul 넣게되면 25배로 희석되니 4ng이 들어가는 것이 맞나요? 하지만 논문에서는 최소 10ng 이 25ul에 들어가야 한다고 하니 2.5*2=5배 양을 더 높이고 D.W. 를 줄이는 것이 맞나요? 학과 선배는 논문에서 명시는 안되어있지만 gDNA를 희석 (1/2~1/10으로)하여 2 ul를 넣어야 한다고 하여.. 혼란을 겪게 되어 질문드립니다. 기본적인 질문 드려서 죄송합니다.
회원작성글 RBR  |  07.26
Q. 파스의 삼투압 원리
파스의 작용 원리에 대해 조사하고 있는 학생입니다.   일반적인 부착형 파스에 삼투압의 원리가 적용되어 있다고 알려져 있는데,   그 자세한 원리가 궁금합니다.   삼투는 저농도에서 고농도로 물이 이동하는 것인데, 어떻게 고농도인 파스에서 약물이 저농도인 체내로 들어가는 것인지 궁금합니다.
회원작성글 만원짜리내기  |  07.26
Q. vehicle에서DMSO넣어주는이유?
DMSO로 넣어주는이유는 항암제인지,DMSO로 세포독성인지 알기위해서 control로 잡아주는것을 알고있는데  DMSO넣는 본질적인 이유가 뭔가요?   
회원작성글 choheec  |  07.26
Q. 포르말린 중화방법
생물고정용 포르말린 중화방법 관련 문의입니다.   1. Form Aldehyde 37% 원액에 BORAX (sodium tetraborate)첨가 후 상등액으로 10% 포르말린 제조하기.   2. 10% 중성 포르말린용액.   ( Sodium phosphate를 이용한 중화)   두가지가 어떻게 다를까요? 1번의 경우 pH가 대략 어떻게 되는지 궁금합니다.
회원작성글 mag  |  07.26
Q. 4T1 cell thawing
4T1 cell을 thawing하고 9시간 뒤에 morphology를 확인하였는데 이상하게 생겼더라구요ㅜㅜ,, 셀이 뭉쳐있고 전체적으로 퍼지면서 바닥에 부착되어야 하는데 뚱글뚱글하게 바닥에 붙어있었습니다 원인이 무엇인지 혹시 알려주실 수 있나요?
회원작성글 Bio린이  |  07.26
Q. Protein HPLC 분석 관련하여 질문 있습니다
안녕하세요! 단백질 정제 후 HPLC 분석 과정에서 질문이 있어 글 남기게 되었습니다. 저희는 현재 정제한 protein의 purity를 확인하기 위한  목적으로 SEC를 사용하고 있습니다. 2년정도 사용했다는 Tosoh 사의 TSKgel 3000 SWXL column을 사용하다가 동일 모델을 새로 주문하여 교체 하였으며, 컬럼 교체 후 chromatogram이 기울어지는 형태로 나오는 문제가 생겼습니다.  이전과 동일하게 column 사용 전 mobile phase를  평균 1시간~2시간 정도 흘려주어 안정화 시키고 사용하였지만 초반 4~5개 sample을 분석할때까지도 chromatogram이 눈에 띄게 기울어져서 나타납니다. 새 컬럼을 사용하기 전 DW로만 wash하고 사용하였는데, 제조 과정에서 섞여들어간 불순물이 제대로 wash 되지 않았을 가능성이 있을까요? 추가적으로 column에 대한 QC 방법이  궁금합니다!   제조사에 contact 하여 질문하려고 했는데 Tosoh의 한국지사 홈페이지를 찾지 못해 bric에 질문 남겼습니다. 감사합니다!   
회원작성글 name158  |  07.26
Q. RT-qPCR 시 비교군 설정
동물 조직에서 RNA를 isolation후에 cDNA 합성까지 하였습니다 ct값 비교를 위해 rt-qpcr을 해야돼는데 비교군을 R-, R+, RNA로 설정(중합효소의 유무와 cDNA를 대신하여 RNA로 mater mix 제조)하였고 프라이머(NTC, gapdh를 사용) 비교한 결과 R+에서 ct값이 15~16이 나왔고 나머지 R-, RNA에서 31~32의 값이 나왔습니다. 이론상  R-, RNA에서 증폭되지 않는 값이 나오거나 높은값이 나오도록 하는것이 옳바른 실험의 결과인데 굳이 비교군을 R-, R+ 여기에 RNA까지 설정하는 이유가 무엇인지 궁금합니다. 아직 배우고있는 입장이라 질문자체에서 오류가 있을수도있지만.. 혹시 이해하셨다면 답변 부탁드립니다. 
회원작성글 anbound  |  07.26
Q. 그래프 해석 질문드립니다!
(D) Lorenz curves, plotting the proportion of clontypes against the proportion of cell cells in a cluster. 논문을 읽다가 막힌 그래프는 위와 같으며 위 그래프에 대한 설명은 다음과 같습니다. The cluster of naïve CD4+ T cells, which makes up around 5% of airway infiltrating cells, was the most diverse, with each cell expressing a distinct TCR. In the Th17, Th2 and Act1 clusters, large clonal outgrowths were observed with 20% of clones accounting for approximately 65% of the total cells in the cluster (Figure 6D).  Cluster 7(보라색 선) naive CD4+T cell이 가장 종류가 다양하다는 것과 고유한 TCR을 발현한다는 것은 보라색 선이 겹치는 선(다른 cluster와 접점이 없음)이 없기 때문으로 해석하면 되는지, 또 TH17, Th2, Act1의 TCR clone의 20%가 각자의 Th cell cluster에서 total cell의 65%나 차지할 정도로 TCR 관련해서 공유하고 있는 clone이 많다는 걸 뜻하는 것인지 궁금합니다. 그래프를 어떻게 해석해야 하는지 도저히 검색을 해봐도 모르겠습니다ㅠㅠbioinformatics 하시는 선배님들 한번씩 봐주시고 댓글 달아주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 rlatmddus  |  07.26
Q. volume 10ml dish의 최소용량
dish의 volume이 10ml로 culture을 하고 있습니다. 처리 시약이 양이 적어서 media양을 줄이려고 하는데 처리를 24시간을 할예정입니다. media를 최소 얼마나할 수 있을까요? 5ml을 넣어보니 전체를 덮긴합니다.  
회원작성글 oneday  |  07.26
Q. cytokine assay 분석 의뢰 업체 추천 좀 부탁드립니다!
안녕하세요. 이번에 Multiplex cytokine assay 를 진행하려고 합니다. 외주 업체에 맡겨서 진행할까 하는데, 혹시 많이 사용하시는 업체가 있을까요?  제가 찾아본 곳으로는 래비스고마, 코스모진택 과 같은 업체가 있고, 웅비메디텍에서도 Luminex 분석을 하는 것 같습니다. 많이 사용하시고, 분석을 잘 하는 업체가 있다면 추천해주시면 감사하겠습니다!!
회원작성글 cp2c  |  07.26
Q. western blot 고수 분들 답변 부탁드립니다.. 첨부파일
안녕하세요. 혼자서 계속 고뇌하며 실험 중인 대학원생입니다..   mouse urine 을 사용하여 약 26 kda 정도 되는 단백질을 western blot을 활용하여 확인해보려고 하는데... 첨부한 사진(15% gel)처럼 urine 부분만 전개가 되질 않습니다. 옆에 positive control은 잘 나오구 있구요...   원래 urine 특성이 gel %와 관계 없이 running이 되질 않는건지... 아니면 제가 sample 만드는 방법이 잘못된건지... 어떻게 해야 제가 원하는 band를 안정적인 protocol로 해서 확인이 가능할 지 여쭤보고 싶습니다.   선배님들 진심으로 답변 부탁드립니다.   감사합니다. 
회원작성글 kodo2001  |  07.26
Q. RPTEC/TERT1 OCT2 cell culture
안녕하세요! 평소에 RPTEC만 배양하다가 RPTEC/TERT1 OCT2 cell을 구매해서 culture 진행중인데요 계대번호 1에서 2로 푼건데 다른 세포들 배양할때랑 다르게 잘 자라지도 않고 뭉쳐서 자랍니다ㅜㅜ 서치해봐도 culture 모양이 어떤지 안나와서요... 원래 이 셀은 이렇게 자라는게 맞나요...? 아니라면 왜그런걸까요??ㅜㅜ cell 푼지 5일 정도 되었는데 셀이 자라긴하는데... 너무 더디고 뭉쳐서 자라서 문제입니다...
회원작성글 두비두밥  |  07.26
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