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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-Protein > etc.
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Q. mals 분석을 이용한 단백질분자량 측정 준비사항에 대해
안녕하세요   mals를 이용하여 분자량 측정을 하려고하는데   준비된 시료는 유청단백질분말, 난백분말 등입니다.   실험 기관에 문의해보니 이용자가이드와 함께  기본적으로 MALS 분석 시 정제완료된 purity 높은 시료를 분석합니다. crude extract 를 분석하시고자 하시면 컬럼을 따로 보내주셔야 분석가능합니다. 라는 내용을 보내주셨는데요   관련지식이 거의 없다보니 준비과정에서 도움 받을수 있을까하여 문의드립니다.  Buffer 준비 : 반드시 0.22 m filter를 이용하여 filtering 후에 degassing 10-15분 하여 1 리터 이상 준비(Buffer의 조성에 Isopropyl alcohol, Glycerol 사용 불가) 유기용매와 viscosity가 높은 용액이 혼합된 buffer는 사용 불가하며, SEC column을 사용하기 때 문에 특정한 condition을 제외한 일반적인 샘플을 실험할 경우에는 salt [ex) NaCl]을 첨 가 (150mM 이상)  Sample 준비 : 예상 사이즈가 20KDa 이상일 경우 2mg/ml 농도의 시료를 120  L 준비 (100 L injection)  예상 사이즈가 20KDa 이하일 경우 10mg/ml 이상 시료 120 L 준비 (100 L injection)   농도가 낮을 시, MALS의 baseline이 많이 튀므로 정확한 값을 측정할 수 없습니다. 그러므로 샘플을 준비하실 때, 높은 농도의 stock을 준비하시는 것이 좋습니다. 또한 running buffer 와 sample buffer는 동일한 조성을 사용합니다. *네모는 마이크로입니다. 라는 이용자가이드의 내용인데   첫째로 검색을 좀 해보니 버퍼를 만드는것이 여러 가지 방법이 있는것 같은데이 실험에서는 결국 NaCl이 첨가된 버퍼를 만들라는것인지   두번째로 분말형 단백질을 측정하려고 하는데 샘플 준비를 어떻게 해야할지 아시는분 도움부탁드립니다!
회원작성글 선석  |  2021.09.17
Q. Protein A 와 Host Cell protein의 차이점
안녕하세요, 추워지는 날씨 감기 조심하세요. Elisa assay에서 Protein A (Mabselect sure)와 Host cell protein를 검출하는 kit를 사용하고 있습니다. 동일한 샘플들로 Protein A와 Host cell protein kit 각각 구매하여 Elisa를 찍고 있는데 저는 둘 다 Protein을 보는데 왜 다른 kit를 구매하여 실험을 해야하는지 이해가 되지 않습니다. Protein A는 정제 과정의 Mabselect sure를 사용하여 ligand를 보기 위함인지...ligand는 왜 보려 하는지.. Host cell protein을 보는 이유는 CHO cell이 섞여 있으면 면역원성을 일으킬 수 있기 때문에 그런지.. 혹시 Protein A와 Host Cell Protein의 차이를 아시는 선배님 계신가요?
회원작성글 고란희  |  2021.09.14
Q. 거대분자를 이용하여 단백질의 기능을 확인하는 방법이 있나요?
세포 내에서 특정한 단백질의 기능 변화를 알아볼 때 GFP같은 형광단백질을 사용할 수 있는데 그렇다면 핵산, 지질, 탄수화물 같은 거대분자로도 이 특정한 단백질의 기능 변화를 확인하는 방법이 있을까요? 있다면 어떤 것들이 있나요?
회원작성글 실버제로  |  2021.09.12
Q. X단백질과 E6단백질의 차이가 궁금합니다
전공책을 찾아보니 E6단백질과 X단백질을 혼용해서 사용하는 것 같다는 느낌을 받았습니다. b형간염바이러스에의한 간암에선 p53의 발현을 억제하는 X단백질 이라고만 써있습니다. p53의 발현을 억제하는 단백질은 E6으로 알고있었는데 아직 고등학생이라 자세한 지식을 얻을 수 없어 질문남깁니다ㅠ  
회원작성글 생명과학시로  |  2021.09.11
Q. SDS-PAGE 시약 관련 질문입니다 도와주세요
안녕하세요  실험실에서 처음으로 SDS PAGE을 진행하는 대학원생입니다.. 유투브 동영상도 보고 여기저기 찾아보면서 혼자 해보고 있는데 확인차 질문드립니다 첫번째는 1. 제조한 5x sample buffer 를 냉동 or 냉장 or rt 보관 어떻게 보관해야할까요? 혹시 몰라 1/3 정도는 e-tube 에 분주하여 -20도 냉동에 넣어두었고 RT 보관도 된다길래 나머지는 일단 실온에 보관해뒀습니다. 다른분들은 어떻게 보관하는지 방법 듣고 싶습니다. 아래 조성을 이용했습니다. 5x sample buffer 10ml의 경우 a. 0.6ml 1M Tris-HCl(pH 6.8) -----60mM b. 5ml 50% glycerol -----25% c. 2ml 10% SDS -----2% d. 0.5ml 2-mercaptoethanol -----14.4mM e. 1ml 1% bromophenol blue -----0.1% f. 0.9ml H2O   2. 샘플 버퍼를 만들기위해 만든 1% Bromophenol blue는 보관 어떻게 해야될까요?  3.  10% APS 는 만들어서 E-TUBE, 에 소분해두고 냉동실에 뒀는데 맞을까요? 답변해주시면 감사하겠습니다.. 그 외 팁 같은것도 주시면 매우 감사하겠스빈다 ㅜㅜ  
회원작성글 내게와백마넌  |  2021.09.10
Q. Proteinase K 농도계산
실험 진행중인 학부생입니다. 실험에 필요한 Proteinase K는 100ul에 40ug입니다. 제품 Proteinase K solution의 농도가 1.25ug/ml이래요.. 이걸 얼마나 써야할지 너무 헷갈려서 도움 부탁드립니다..ㅠㅠ
회원작성글 고구마말랭이  |  2021.09.06
Q. protein sequence의 어느 부분이 세포 내부에 있는지 알 수 있나요? (facs)
transmembrane protein 인데 sequence 의 어느 부분까지는 intracellular에 있고 어디부터는 extracellular에 있는지 알 수 있는 방법이 있나요 ? 찾으려고하는 이유는 ... flow cytometry를 하고 있는데 이 항체의 immunogen이 내부인지 외부인지를 확인해서 permeabilization을 해야하는지 surface staining을 해야하는지 알려고 합니다 .. 제가 보고자 하는 target이 transmembrane protein인데 fix/perm을 해야할지 말아야 할지 모르겠습니다... perm을 안하고 찍으면 안나와서 ...
회원작성글 qwertt  |  2021.08.31
Q. zymography gel 농도 관련해서 궁금한 것이 있습니다.
SDS와 zymography 할때 gel 농도도 같게 했었는데 결과가 좋지 않아서 혹시 zymography할 때 gel 농도를 좀 낮춰서 하나요? 12% gel 사용했습니다.  
회원작성글 당무당  |  2021.08.29
Q. 아밀레이스 pH 활성 질문
alpha-amylase로 NaOH, 증류수에서 녹말 분해 여부를 보았는데요. 베네딕트 용액 반응 결과 증류수에서 진행한 결과 노란색 NaOH에서 진행한 결과 주황색 이 나와서 중성보다 염기성에서 아밀레이스에 의한 분해가 더 잘 된 것으로 결과가 나왔습니다. 혹시 이런 결과가 종종 나오기도 하나요? 원인이 무엇일지 분석이 되지 않습니다 ㅠㅠ
회원작성글 누앙  |  2021.08.27
Q. 안녕하세요 proteinase K 로 SDS와 Zymogram 진행중인 초보 석사입니다.. 첨부파일
사진은 같은 pro K를 이용하여 모든 조건을 다 같게 하여 동시에 running 한 SDS PAGE와 Zymogram 사진입니다. 원래 zymo를 하면 SDS상에 proteinase K band(28.9kDa) 보다 zymogram bnad(45kDa)가 위에 보일 수 도 있는건가요? 아니면 zymogram에서는 ladder를 running 해서 보는 것이 정확하지 않을 수 도 있나요?
회원작성글 당무당  |  2021.08.27
Q. SDS page gel 만드는데
protein 보려고 SDS page gel 만드는데, 같은 장비로 똑같이 만들어도 저만 계속 새더라구요.. 혹시 원인이 있을까요? 밑에 까는 고무 물기 완전 제거하고, 유리판도 흠집없는지 보고, 틀에 끼울때도 꽉 끼웠는지 확인해보는데도 오늘 또 새서 질문합니다ㅠㅠ
회원작성글 윤쟝  |  2021.08.25
Q. 전기영동에서 녹말겔
전기영동에 대해서 공부하다가, 책에서 아래와 같이 써져있는 것을 보고 이유가 궁금하여 찾아봤는데...설명해놓은 곳을 찾을 수 없어서 여쭙습니다   1. 녹말겔은 한천겔보다 시료가 많이 필요하고 분리된 물질을 용출시키기가 어렵다. -> 왜 그런걸까요...?   2. 녹말겔은 동질효소를 분리하는데 널리 사용된다.  -> 찾아보니 그런 것 같지 않아보이는데 실제로 그런가요?    알고 계신 분들의 고견을 부탁드립니다!
회원작성글 리리  |  2021.08.24
Q. 단순한 질문
안녕하세요  랩을 떠난지 오래된 중생입니다.  시험관 시험을 접할일이 많지 않아서 학부생 교과서에 나오는 정도의 내용만을 희미하게 기억하는 수준이에요, 그러다 오늘 자료를 검토하는 중에,   바이오마커를 western blot , pcr,  elisa 이렇게 세 가지 시험방법으로 나눌 수 있겠더군요,  10가지의 바이오마커로 실험을 했다면 10가지에 대해 western blot  10가지에 대해 PCR, 10가지에 대 해 ELISA 다 측정한 다음에  결과가 잘 나온 시험방법에 대해서만 결과를 전해주셨다고 생각했어요. 예를들어 ,a,b,c 바이오마커가 western blot 에서만 잘 나왔으므로 이결과만 제시한다던지..  근데 그 이상의 이유가 있을 것 같아서요.  MAPK(JNK) c-Fos c-Jun MMP’s (1, 3, 9) Smad3 이런건 웨스턴 블랏으로만 측정했는데, PCR에서 DNA 발현으로 설명하거나,  ELISA로 측정해서 정량을 설명하기엔 어려운 부분이 있었을까요?    작용기전 설계하는 과정에서 PCR, western blot,  ELISA 같은 시험방법 정하는 기준이 궁금합니다.  그리고 PCR 결과라면 핵 내에서 발현의 증/감이 확인되었다. 라고 할 수 있을까요?  세포 내에서 본다면, ELISA , western blot은 단백질이니 세포질에서 측정한것이고 PCR은 핵내에서의  측정이라고 할 수 있는거죠?  초보 질문이지만 무식함은.. 양해해주세요 ^^   
회원작성글 310 kid  |  2021.08.24
Q. ELISA할 때, phenol red 간섭이 있을까요?
안녕하세요. 석사 과정 대학원생입니다. ELISA 실험을 진행하고 있습니다. 제목처럼 ELISA할 때, phenol red 간섭이 있는지 궁금해서 질문드립니다..! phenol red가 있으면 값이 흔들리는 현상이 있을까요?  읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 나는몰라요  |  2021.08.24
Q. ELISA Kit를 사용할 때, 궁금한점이 있습니다!
안녕하세요. 실험을 진행하고 있는 대학원생입니다... 다름이 아니라 ELISA kit를 구매하여 cell supernatant sample로 분석을 하고 있습니다. 그런데, 실험을 해보면 ELISA에서 결과가 잘 나오지 않습니다... 그래서 sample을 amicon tube를 농축시켜서 분석해보거나 혹은 cell lysate sample을 이용하여 분석하려고 합니다.. 그런데 여기서 걸리는 점은 제가 구매한 ELISA는 cell 상층액이나 plasma, serum용입니다. cell lysate로 분석을 진행하려고 한다면, ELISA를 다시 구매해야할까요...? 랩실에 경제적인 사정이 여의치 않아서 많이 고민됩니다.. 선배님들,,  조언 부탁드립니다... 감사합니다.
회원작성글 나는몰라요  |  2021.08.21
Q. 단백질의 특이적인 위치에 결합하는 형광 dye 종류는 무엇이 있을까요?
단백질에 fluorescence dye를 라벨링을 하려고 합니다. 랜덤한 위치에 conjugation 시켜주는게 아니라 특이적인 위치에 dye를 달아주고 싶습니다. 이러한 경우에는 어떠한 종류의 labeling dye를 사용해야 하고, 그러기 위해서는 어떠한 sequence를 추가로 넣어주어야 하는지 궁금합니다.
회원작성글 asdfasdf12..  |  2021.08.18
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