안녕하세요. 고등학교 학생입니다. 양파와 느타리버섯에서 DNA추출실험을 하였는데 양파는 정상적으로 추출이 되었는데 느타리버섯에서는 DNA추출에 실패하였습니다. 실험 방법이 잘못되었나 확인하고 다시 점검한뒤  재 실험을 하였는데도 실패하였는데 이유가 뭘까요? 조사해 보니 섬유소가 풍부한 야채에서 쉽게 할수 있다고 하는데 버섯류에서는 DNA추출하기에 면적당 세포수가 적거나 세포를 분리하기에 일반 학생용 실험 장비로는 어려운 것인가요? 답변 부탁드려요  

현재 실험실에서 크리스퍼캐스 실험을 하게 되어서 실험계획을 고안중입니다.  1. 캐스단백질을 효모내에서 발현을 시키고자 하는데 이럴 경우 핵으로의 이동을 위해서 NLS가 필요한데 이것을 어디에 달아야 하는지를 잘 모르겠습니다.  논문을 읽어보면 어떤 논문은 캐스 단백질의 앞쪽에 NLS를 달기도 하고 또 어떤 논문은 캐스 단백질의 뒤쪽에 NLS를 달고,, 또 어떤 논문은 양쪽에 다 달아놓은 케이스도 봤습니다.  어느쪽에 달아도 상관없는 것인가요?...    2. PCR을 이용하여 벡터내에 삽입되어 있는 캐스유전자를 증폭시키기 위해서 프라이머를 짜고 있는데, 히스택이니 nls니 이것 저것 프라이머에 넣다보니 프라이머 길이가 90bp가까이 나오는데 사용해도 괜찮을지요.. 이래저래 검색해본 바로는 괜찮다는 분들이 많이 계시는데 혹시 긴 프라이머로 피씨알 해보신 분 계신지요..   질문이 길어져서 죄송합니다. 조언을 구하고 싶습니다..    

안녕하세요.   ncbi를 통해 서열을 받고 mega7로 align을 하는데 같은 종이고 같은 co1인데도 서열이 많이 불일치한데 왜 그런지 모르겠습니다.  특이점으로는 A개체는 유니버셜 프라이머를 이용해 약 650BP정도의 서열이고 B개체는 다른 프라이머로 CO1에서 C02까지 연결해 약 1500BP가 나왔습니다. 이중약 890BP정도까지가 CO1이고요. 보통 두 개체의 시퀀스를 A개체의 650BP와 B개체의 CO1부부인 890BP까지를 불러와 ALIGN을 돌려보니 서열이 많이 불일치하는데 어디서부터 잘못된것인지, 그렇다면 해당 서열들로는 TREE를 그리는데 한계가 있는지 아시는분 답변 부탁드립니다.. 대

개발한 기술로 임상 가능성을 확인하고자 하면 최소 몇개정도의 샘플을 실험해봐야할까요?

p53유전자의 돌연변이 유무에 따라 전기영동을 실시했을 때 밴드의 개수가 다르게 나타남을 알게 되었는데, 제한효소를 처리하게 되면 DNA의 분자 크기가 달라지기 때문에 밴드의 개수가 나뉘는 건가요, 아니면 DNA의 분자 구조가 달라지기 때문에 밴드의 개수가 나뉘는 건가요? 플라스미드 DNA가 아닌 사람의 DNA로 실험했을 때의 원인이 궁금합니다. 플라스미드 DNA는 중간에 제한효소가 처리되면 그 부위가 절단되는 것인데, 이중나선 구조인 사람의 DNA에 제한효소를 처리했을 때에도 그 부위가 절단되어 총 세 개로 분리되는 건가요? 만약 그렇다면 실험 결과의 밴드 개수(2개)와 맞지 않는 것 같은데요..

1.클린벤치에서 실험하면서 플라스미드가 UV에 1시간 정도 있으면 변성돼서 더이상 쓸수 없는건가요? UV에 놓은 플라스미드를 스탁으로 만든거같은데..플라스미드 스탁을 액체 LB에 접종해 놓은 걸UV에 놓기도 했습니다. 2. 액체LB에 접종해 놓은 균주도 UV 킨상태로 실험하고 이걸 스탁으로 만들었다면 쓸수 없는 건가요?

안녕하세요 시퀀싱 데이터 분석을 갖고 계속 검색하다가 원초적인 질문을 하게 되는 지경까지 왔네요..   pGBKT7 벡터를 이용하여 cloning을 완성시키고 시퀀싱 데이터 분석을 하다가 GAL4 binding domain 서열 중 하나의 염기서열이 어긋나reading frame따라 코돈 읽어보고 이상이 없는지 확인하려 검색하던 찰나에   snapgene 파일에서의 아무런 표식이 없는 검은 선으로 이루어진 부분이 궁금해져 여쭤보게 되었습니다. 다른 벡터를 이용하여 gDNA를 이용한 insert 삽입시 인트론 부분은 소문자로 나오는데.. 저 부분은 UTR도 아니고 프로모터도 아니면 인트론인가요? 인트론이 아니라면 무엇인가요? 아니면 ori라고 되어있는 부분인가요?ㅠㅠ   (또한 pGBKT7 이나 pGADT7 을 사용하신 분들이나 비슷한 백터, 혹은 cloning 많이 하신분들께 여쭤보면..binding domain은 벡터 시작부분부터 3개씩 염기서열 자르는게 아니라 그냥 binding domain 해당 서열부터 잘라서 읽으면 되나요?ㅠㅠㅠ)

2% Agarose gel TAE Buffer(0.5X) 100V 90min   Takara로 내렸구요 질문인게 Band가 자꾸 그릇모양으로 나온다는 겁니다. 일자로 Lenear하게 나와야하는데 저런식으로 나오니 분자량이 어느정도라고 감이 딱 안잡혀서요  뭐가 문제일까요? (혹시 몰라 덧붙이는데 agar 가 유통기한이 2개월 남았긴 합니다. TAE Buffer는 50x를 dw이용해서 희석했구요, 외관상 Buffer에 불순물은 없었습니다.)

mouse liver에서 DNA extraction을 하고 있는데 자꾸 DNA가 다 깨져서 나와서 질문드립니다.. livwe tissue를 2mm정도크기로 chopping. tissue가 잠길정도로 PBS넣고 5min 후 PBS제거. 막자사발에 LN2로 갈아 PK(5ul)+DW(445ul)+10%sds(50ul)넣은 후 56도 heat block에 overnight. 3M sodium acetate(50ul)+phenol-chloroform(550ul)넣고 ice 5min, centri 10min. 상층액 분리 후 2배볼륨의 100%Etoh 넣고 -80에서 30min. centri 30min. 100%Etoh 버리고 70%Etoh in. vortex and centri 10min. 70% Etoh out, Air dry 5-10min. L(low)TE buffer넣고 녹인 후 55도 heat block 5min. Cool down, Nano drop.   의 순으로 Tissue DNA extraction을 진행중인데 계속 DNA가 깨져서 tissue lysis과정을 보완해보려하는데 방법을 못찾겠어서 질문드립니다ㅠㅠ..

안녕하세요, 분자생물쪽 전공과 거리가 멀지만 프로젝트 필요에 의해 gene editing쪽을 해보고 있는 크린이입니다.  저는 주로 KI은 ZFN vector를 사용하여 Nucleofection 하고, 형광이나 surface molecule이라 flow sorting 해서 문제가 없습니다만, 지금은 KO target gene이 nucleus protein이라 일일이 single cell cloning 하고 T7EI assay 하고 Sanger seq 하는 이 모든 과정이 넘나 벅찹니다. 특히 일부 line은 iPSC 라서, single cell cloning 과정만으로도 문제가 많이 생기기도 해서요… 그래서, 최근 몇가지 고민을 해봤는데, 이런 아이디어들이 생각이 났구요, 일부는 아마 루틴하게 쓰시는 분들도 있을 것 같아서 꿀팁 부탁드립니다.  1) KO site에 HDR template로 neoR 등을 KI한 후 selection 한다   2) KO site에 HDR template로 GFP등을 KI한 후 flow sorting 한다  : 1이나 2를 쓰면, exon을 끊어먹고 KI이 되는지라 target gene KO과 donor template KI이 동시에 일어나니 selection이 쉬울 것 같구요    3) KO site에 HDR template로 stop codon을 마구 넣어버린다  : 이건 selection 자체에는 도움이 안되겠지만 indel 자체를 통한 KO 보다는 나을 것 같고…  혹시 꿀팁 있으시면 공유해주시면 감사하겠습니다. Nucleofector는 Lonza machine을 쓰고 있고, RNP를 이용하고, 제품들은 IDT 것들을 쓰고 있습니다 (클로닝은 잘 합니다만 lenti등은 가능하면 안쓰고 있습니다).     미리 감사드립니다!

선생님들 안녕하세요. 이번에 16kb정도 되는 plasmid를 1cut 하였습니다. lane 1: ladder lane 2: uncut plasmid lane 3: cutted plasmid 입니다. restriction enzyme은 PstI-HF를 사용하였고, 37도에서 1시간 반응하였습니다. 두 band 모두 또렷한 차이가 안보여서 질문드립니다. 혹시 digestion이 된건가요? 아닌가요?

중학교 3학년 학생이고 너무 궁금한데 물어볼 곳이 없어 검색하다가 이곳 사이트까지 가입하게 되었습니다. 꼭 답을 구하고 싶습니다.  바나나 DNA추출 실험을 학교 동아리에서 했고, 추출된 DNA 확인까지 했습니다. 여기서 제가 궁금한 게 두 가지 생겼는데요. 1) 소금NaCl의 어떤 성분이 정확히 촉매 역할을 하는걸까요? 예를 들어 황산나트륨, 염화마그네슘을 세제와 섞어서 실험을 해도 DNA분리가 잘 일어날지 궁금해요.  2) 실험을 하면서 차가운 에탄올을 용매로 사용했는데, 에탄올 대신 다른 용매제를 사용해도 결과가 같을까요?  에탄올이 밀도가 낮아 소금세재액 위로 층을 만드는 역할을 하는 것으로 알고 있습니다. 혹시 아세톤(?) 같은 것으로 대체해도 DNA 추출이 가능한가요? 실제로 제가 호기심에 키트를 구매하여 집에 있는 엄마 네일리무버 아세톤을 사용하여 실험을 해봤는데 에탄올과 큰 차이가 없었어요. 제가 실험을 잘못 한 걸까요?? 왜 에탄올을 사용해야 하는지 이유가 궁금했습니다.   

이번에 새로 합성된 peptide를 받았는데 이 peptide로 stock을 만드려고 하는데 농도를 몰라 교수님께 여쭤보니 인터넷 상에서 찾아서 진행하라고 하십니다. 그런데 새로 합성된 peptide면 기존과 농도가 다르지 않나요?

안녕하세요. 이제 막 대학원에 진학한 대학원생입니다. Plasmid 전기영동은 크게 Nicked, Linear, supercoiled 3가지 형태로 나누어진다고 배웠습니다. 그래서 저는 제가 하고 있는 실험을 하기 위해 조건을 잡으려고 했습니다. 1번 레인은 마커이고 2번 레인은 아무 처리하지 않은 uncut Plasmid 3번 레인은 제한효소를 처리한 Plasmid 입니다. 분명, 제가 배운대로라면 아무 처리하지 않은 uncut Plasmid가 Supercoiled 제한효소를 처리한 Plasmid가 Linear 형태를 가질거라고 생각했습니다. 하지만 어째서인지 제한효소를 처리한 Lane의 Plasmid가 더 빨리 내려오는지 의문입니다. 지푸라기 잡는 심정으로 Agarose gel의 농도를 바꾼다던지, Plasmid의 농도를 20ng~ 2ug 까지 조절 해본다던지, 여러 노력을 했으나 제 손에선 확인되지 않았습니다... 따라서 위 사항들을 질문드립니다. 감사합니다.

안녕하세요 서울대학교 박중훈 교수 연구실의 목종수입니다. 최근에는 실험실에서 마이코플라즈마 검사를 진행 했습니다. 그 중 많은 세포에서 마이코플라즈마 오염 문제가 있는 것으로 확인되었습니다. 경험이 많은 연구자분들에 조언을 듣고 싶습니다. 1. 이전에 동결된 세포 중 더 이상 사용할 수 없는 오염된 세포가 있습니까? 2. 향후 오염 문제를 제거하기 위해 인큐베이터를 청소하는 것 외에 다른 방법이 있습니까? 조언 부탁드립니다. 감사합니다.  

안녕하세요. 석사 1년차 학생입니다. 제가 이번에 16kb 크기의 plasmid 3ug정도를 1 cut 하려고 하는데, 목적은 liner 한 상태로 만드는 것입니다. 여기서 궁금한 것은  1. plasmid 1ug당 20~30 unit으로 total 50 ul volume 반응하는 것이 일반적이라고 알고 있는데, total volume을 150 ul로 올려 반응 시켜도 될까요? 물론 제한효소나 버퍼 등 volume을 맞추기는 합니다. 혹시 증가한 부피에 의해서 문제가 생길 수 있을까요? 2. liner한 상태임을 확인하기 위해서는 16kb가 구분가능한 ladder가 필요한데, 현재는 가지고 있는게 없습니다. digestion이 됬는지 ladder 없이 전기영동 상에서 확인이 가능할까요?