안녕하세요 선배님들, 식품미생물학관련 실험실에서 석사과정을 지내고 있는 학생입니다. 제가 현재 phage DNA를 NCBI blastn를 돌려보고 있고 결과 중 query cover 결과에 대해 궁금한 점이 있어 질문을 남겨봅니다 제가 알기로는 query cover 혹은 coverage가 'query 중 결과와 align 된 query 길이의 비율'로 알고 있고 검색을 해봐도 저렇게 나왔습니다 만약 그렇다면  약 47Kbp짜리 query를 blastn을 돌려 결과의 query cover가 100%가 나오면 47Kbp가 모두 align되어야 맞는거 아닌가요? 그런데 query cover 100%/ percent identity 99%이상 나온 결과의  alignment 결과를 보니 37Kbp만 align되어 이상하다고 생각이 되어 질문을 남겨봅니다.ㅠ 감사합니다 선배님들  

안녕하세요! 이제 막 세포를 키우기 시작한 초보입니다. 실험 장비들도 거의 처음 사용하는데 그 중 현미경과 관련해서 질문드려요. 이번에 새로 구입한 현미경이 있는데 사용후 광원을 끄는 것을 잊고 세시간쯤 후 사용하려고 켜보니 일시적으로 광원이 작동하지 않았습니다. 광원을 꺼두어야 오래 사용할 수 있다는 것은 아는데 이렇게 즉각적으로 안켜지게 되나요? 혹은 제품의 하자를 의심해봐야하는 걸까요?

현재 cytotoxic CD8+T cell line을 구하고자 합니다. organism은 human으로 되도록 찾고자 하는데 primary도 어려울것 같고, atcc나 세포주은행에서 거의 list에 존재하지 않는것으로 보입니다.. 혹시 해당 cell line아시는 것 있으면 이름이라도 알려주시면 감사하겠습니다. 아니면 다르게 찾아볼 방법이라도.. 알려주시면 감사하겠습니다.

안녕하세요. 장비선택관련 질문이 있습니다. IF나 FISH같이 현미경을 통해 형광을 봐야되는 실험들에 있어서  각 실험들에 대한 현미경의 resolution 기준점이 있는건가요?? 논문들을 읽다보면 다 장비가 다르고 사용하는 소프트웨어도 다른데  이를 통용되는 기준이 있는 것인지  혹은 장비에 맞춰서 실험에 나오는 결과값을 조정하는 것인지 알고싶습니다.

안녕하세요, 질량분석기를 활용하여 C60의 질량을 측정을 할 때 파생되는 질문에 대한 해결법을 여쭙고자 합니다.   C12 원자의 질량은 12, 자연 존재비는 98.9%, C13 원자의 질량은 13, 자연 존재비는 1.1% 라고 가정하겠습니다.   C12 원자만으로 구성된 C60 풀러렌의 분자량은 720 으로, 720 분자량의 C60 분자가 질량분석기의 결과값에서 보여주는 피크의 상대값을 1이라고 가정합니다.   그러면, C12 원자 1개가 C13 원자 1개로 교체되어 분자량이 721인 C60 풀러렌의 피크의 상대값과, C12 원자 2개가 C13 원자 2개로 교체되어 분자량이 722인 C60 풀러렌의 피크의 상대값의 계산 과정과 원리가 궁금합니다.   고견 부탁드리겠습니다.

안녕하세요. 처음으로 Hepatocyte cell을 사용하여 실험을 하고있습니다. 2월에 한국세포주은행에서 세포를 받아 배양하여 늘린다음, 10^6 정도로 CELLBANKER® 2를 사용하여 stock을 만들었습니다.  20일 월요일에 만들어뒀던 stock을 풀었는데요, 3일이 지난 지금도 cell이 잘 자라지 않아 질문 드립니다ㅜㅜ HepG2는 10% MEM, Huh7은 10% RPMI1640을 사용하고 있습니다. 보통 stock을 풀었을 때 하루 정도가 지나면 다 붙어서 자랐던 것 같은데 이 세포들은 왜 이럴까요ㅜㅜ HepG2와 Huh7 둘 다 대부분이 떠있고 바닥에 붙어있는 세포들은 적습니다. 그리고 붙어있는 세포들에서도 morphology가 나오지 않고 있습니다. 그냥 동글동글한 애들이 붙어있어요.  대체 뭐가 문제인 것인지 알려주세요ㅜㅜ세포가 너무 안자라요ㅜㅜ

위 처럼 우유류 산도 측정에서 검사시료10mL과 증류수 10mL을 가하는데 식에서는 희석배수를 곱하지 않더라구요 왜 이러한지 원리나 이유가 있을까요?

안녕하세요! 다음질문의 답변을 알아오는건데, 찾아도 보이지않아 여기다 글을 올려보게되었습니다.. Q. 453nm에서 빌리루빈의 몰 흡광 계수가 60 700인 경우 흡광도가 0.50인 빌리루빈 용액의 몰 농도는 얼마인가? A. 답변(모르겠습니다ㅠㅠ)

mouse brain의 IHC staining을 준비 중인데, slide에 계속 말려 올라가서 free floating 방법으로 실험을 재계획 중입니다.. 질문은 다음과 같습니다. 1)cryopreservation solution을 찾아도 자세한 설명 없이, 'suitable for cryopreservation'이라고만 적혀 있어서요 ㅠㅠ 혹시 free floating시에, 조직을 보관하는 보존액,보관액과 관련된 정보를 주실 선생님 계실까요 ㅠㅠ 2)brain을 Slide에 바로 attach하고 있는데, 접히거나.. 아니면 OCT와 조직이 분리되는 현상이 생깁니다. 왜 그러는지, 해결법은 있는지 아시는 분 계실까요.. 3)free floating 방법 실행시 팁 얻고 싶습니다!!   많은 도움 부탁드립니다. 미리 감사합니다 : )

HEK293FT이 neomycin g418 저항성을 가지고 있어 transfection시 selection marker쓸 수 없다고 알고있는데요. 이 세포를 transfection이 아닌 유지,계대용으로만 쓸 때도 media에 위의 항생제를 처리해줘야하나요? 처리해주지도 않아도 죽지않고 유지되는 것 같은데 이는 cell line이 이미 안정화고 구축되었기 때문인가요? 계속 없이 키워도 되는지 궁금합니더

안녕하세요? DNA와 RNA의 안정성 차이는 널리 알려져있다시피 디옥시리보스와 리보스의 2번 탄소의 차이점으로 인한 것으로 알고 있습니다. 그런데 혹시 근거가 되는 실험이나 논문을 알고 계시는 분이 있나요? 대부분의 유전학, 분자생물학 교재들이 2번 탄소에 결합된 -H와 -OH 기의 차이를 근거로 서술은 하고 있으나 정작 이에 대한 근거가 되는 실험이나 논문이 없는 것 같아서 궁금해졌습니다. 괜히 이상한 거에 꽂혀서 넘어가질 못하고 있습니다. 혹시 아시는 분 계시면 도움을 부탁드립니다!

DLS 이용해서 particle size volume distribution을 3반복 측정해서 구했는데요, 이를 평균내서 하나의 곡선 그래프로 그리고싶은데, 3반복 data에서 x값, y값이 둘다 제각각이라 이를 평균낼 수가 있나요?   1반복 d(nm)       f(1/nm)    2반복 d              f          3반복 d               f

cDNA를 합성한 후 5ng/ul의 농도를 일괄로 맞춰 qPCR을 진행하고자 넣어야 하는 물의 양을 샘플별로 기록해놨었는데, 실험하다 정신을 놓았는지 모든 샘플에 일괄로 많은 양의 DW를 넣어 터무니 없이 낮은 농도로 희석된 상황입니다 ^^;    흔히들 사용하는 speedvac은 연구실에 없어 사용하기 힘들 것 같습니다 혹시 55~70도 정도의 dry oven이나 RT에서 자연건조시킨 후 다시 물에 녹여 사용하는 방법으로 qPCR을 진행하면 실험에 문제가 생길지 질문드리고 싶습니다 ㅠㅠ  

블락킹할 때 저희는 skim milk에 membrane을 담궈서 shaker에서 돌리는데요 이걸 빠르게 하면 블락킹이 잘 안될까요?

Wash, prep buffer, DEPC를 사용해주었는데 Wash buffe는 불순물 제거, Prep buffer는 RNA를 column에서 분리, DEPC는 무슨역할을 하는건가요?  각각의 역할도 맞는지 궁금합니다. 도와주세요 선배님들! 

안녕하세요 이번에 Crispr cas9 으로 특정 유전자를knock out 하려고  crispr cas9을 디자이닝 하려고 합니다.   문제는 논 모델 종이라 해당 유전자 서열이 NCBI를 포함 어디서도 찾을 수가 없습니다. 하지만 해당종이 포함된 종의 Protein 서열은 모두 100% 동일 하지만 nucl 서열은 조금씩 차이가 있습니다. nucl 데이터가 100% 동일해야만 해당 유전자가 낙아웃이 되는 건가요?    

논문 중에 이렇게 적혀있습니다. The agitation speed increased sharply to 600 rpm at 20–30 h of fermentation, which was superimposed effect of the oxygen demand for microbial growth and glutaric acid synthesis. 교반속도는 실험자가 설정하기 나름인거 같은데 균에 성장이나 대사산물에 의해 교반속도에 변화를 주는 영향을 미칠 수도 있나요??  

안녕하세요. cell viability가 줄어드는 것을 확인하고, 그 약물로 웨스턴 블롯으로 p-p38 경향을 확인하고 있습니다. 근데 p-p38이 계속 증가하는 경향으로 나타납니다.  p-p38은 원래 줄어드는 경향이 맞는 것 아닌가요? 같은 샘플을 확인했는데, p-ERK와 p-JNK는 줄어드는 경향이 나타났습니다.   원인이 뭘까요.. 제가 잘못알고 있는걸까요? 조언부탁드립니다.

안녕하세요~ 항상 정말 큰 도움 주셔서 감사드립니다. A라는 protein이 B라는 유전자의 프로모터에 결합해서 transcription을 조절하는지 여부를 조사하기 위해 luciferase assay를 계획하고 있습니다.   B의 프로모터에 해당하는 genomic DNA 서열에서 protein A가 결합할 수 있을 법한 binding site를 몇 군데 찾았는데요, 그 중 한 곳이 B의 mRNA 서열 안에 존재합니다. mRNA 서열이 시작하고 약 100bp 정도 downstream에 존재하는데요, 이곳도 promoter로서 기능할 수 있나요? 아니면 그냥 배제해야할 지.. 고견을 부탁드립니다. 감사합니다!

안녕하세요ㅠㅠ  western blot으로 고생중인 학생입니다...   detection을 하게되면 VC만 진하게 나옵니다 cell line은 C2C12이고 housekeeping gene은 GAPDH로 잡고있어요.. housekeeping gene이 일정하게 나오지는 않지만 그래도 VC랑 나머지 샘플들이랑 비슷하게 나오는데,,왜그럴까요??  특히 토탈폼찍을 때 저렇게 나와요 포스포폼은 나름 경향이 보이고 밴드가 찍히는데 말이죠..  VC / muscle atrophy유도 / muscle atrophy유도+샘플처리 1, 2, 3 -> 토탈폼  VC / muscle atrophy유도 / muscle atrophy유도+샘플처리 1, 2, 3 -> GAPDH 뭐가 문제인지 감도 안잡혀서 질문드려요ㅠㅠ 제발 답변 부탁드립니다!!