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Q. 생1 실험 주제
제가 생명과학 동아리에서 실험을 해야하는데  mic는 선생님께서 힘들다고 하셔서 다른 주제를 정해야 하는데 주제 추천 좀 해주세요
회원작성글 쭈꾸미탕탕이  |  08.19
Q. 특정 관심 유전자에서 보고된 SNP를 검색할 수 있는 database
안녕하세요 초짜 대학원생입니다... 환자의 혈액샘플을 가지고 특정 유전자 (관심 유전자가 세 개 있습니다)에 대한 SNP를 확인해보려고 합니다.  그래서 이 유전자들에서 보고된 질병 연관 SNP list를 쭉 확보하려고 하는데, 사전 논문 서치보다 더 효과적인 방법이 있을까요? dbSNP (NIH)를 이용할 수 있다고 하는데, gene 하나만 검색해도 수천개가 떠서, 너무 드물지 않고 (MAF) benign하지 않은 것들을 추리고 싶습니다.  고수님들 조언 부탁드려요!  
회원작성글 뉴로민  |  08.19
Q. 이미다졸50mM 100mM 250mM 만드는법?
이미다졸50mM 100mM 250mM 를 만들껀데  MW는 68.077g/mol 나왔습니다. 부피는 50ml conicaltube에만들것입니다  다곱하면되나유ㅠ?  
회원작성글 choheec  |  08.19
Q. 샘플 및 독성 물질 처리 후 시간 기준
안녕하세요.. 실험을 하다가 문득 궁금해져서 질문을 올리게 되었습니다.. HT22 세포에 sample을 2시간 전에 먼저 treat한 후 glutamate(독성물질)를 treat하여 신경세포를 보호하는지 실험을 진행 중에 있습니다. 근데 glutamate를 treat하지 않고 sample만 treat해서 time-dependent하게 western blot을 볼 경우, sample을 treat 하고 나서 time대로 회수를 하는게 맞는지 (기존 방식에서 2시간 전에 전처리한 시간 제외하고 바로 direct로 처리하고 1h, 2h에 회수 ...), 아니면 기존 glutamate treat하고 나서 time대로 회수하여서 보는게 맞는지(sample 2시간 전에 전처리한 시간 포함 2+1h, 2+2h에 회수하고 표기는 1h, 2h ..)  궁금합니다... 왜 그런지에 대해 알려주시면 감사하겠습니다.. 참고할 만한 논문이라도 알려주시면 더 감사하겠습니다..      
회원작성글 HT22  |  08.19
Q. FRAP assay 결과값 정리
안녕하세요 천연물로 assay를 진행하고있는 학생입니다. 이번에 FRAP(항산화 실험) 실험을 처음 시도했는데 결과값을 정리하는 방법을 잘 모르겠습니다. 찾아본 바로는 '표준물질인 trolox, FeSO4.7H2O 를 사용하여 검량선을 만든 후 그것을 이용하여 값을 낸다', '흡광도 값을 통해서 ABTS와 DPPH의 보조 자료로 사용된다' 등 여러 해석이 있었지만 정확하게 무엇을 의미하고, 어떤식으로 정리해야 하는지 잘 모르겠습니다.  제 sample의 흡광도 값은 이미 구한 상태인데 이 상황에서 trolox, FeSO4.7H2O를 이용하요 검량선을 그려야 하는 것인가요? 아니면 흡광도 값만으로도 결과값으로 사용이 가능한가요? 도와주세요 ㅠㅠ  
회원작성글 녹나무  |  08.19
Q. 가수분해물 단백질분말 관련 질문있습니다.
가수분해물 단백질 분말을 분석하기 위해 SDS-PAGE를 내려야 합니다. 분말 형태의 단백질은 단순히 증류수에 녹여서 샘플로 사용하면 될까요? 관련자료를 찾아보고 있는데 샘플을 어떤식으로 준비해서 내려야하는지 알수가 없네요ㅠㅠ 답변 부탁드립니다.
회원작성글 라발  |  08.19
Q. 인간각막상피세포(Human Corneal Epithelial Cell) 가지고 계신분 있으신가요?
안녕하십니까. 각막상피세포를 이용하여 wound healing 실험을 직행해야 하는 상황입니다. 혹시 각막세포 키우시거나 스탁 가지고 계신 분 있으실까요? HEC-2마 HEC-T 같은 불멸화 세포면 더 좋을 것 같습니다. primary 세포 구매해서 4계대 정도 후 stack 을 해 놨었는데 잘못됐는지 풀면 다 죽네요... 사정상 다시 구매할 수 없을 것 같아 도움 요청드립니다. 혹시 키우시던 세포 나눠 주실 수 있는분 계시면 알려주시면 감사하겠습니다.   해외만 아니면 어디든 직접 찾아뵙겠습니다.   감사합니다.
회원작성글 monera  |  08.19
Q. 면역침전 stst3 dimer 형성
안녕하세요. 석사 3학기차 IP 실험 중입니다. 실험진행 중 궁금한 점이 여러 개 생겨 여쭤봅니다!  1. 약물처리 시 stat3의 dimer 형성 억제 확인 실험을 진행하려고 하는데 WB 시 젤(gel)에 SDS가 포함되지 않는 것이 좋은건가요...? 2. NON-REDUCING SAMPLE BUFFER은 phospho form 확인 시 진행하면 좋다고 들었는데 제가 보는 Marker는 total STAT3입니다. (CELLSIGNALING #9139) 저의 경우에는 Loading dye에 2-mercaptoethanol 제외하고 4% SDS, 20% glycerol, 0.01% bromophenol blue and 0.125 M Tris HCl(pH 6.8) 이 조성으로 만들었습니다.  3. 또한 Input에 대한 개념을 아직 이해못했습니다.. input은 ip가 되지 않은 sample(lysate)을 같이 wb으로 넣어주는건가요...? 아님 dimer 실험에는 input이 필요없는건가요? ip관련해서 작은 팁이 있으시다면 부탁드리겠습니다!  감사합니다.  1. SK-hep1 cells were plated in a 90 mm dish (4.09x105 cell/well) and treated with drug  2. The cells were washed with ice-cold PBS and lysed in 1× lysis buffer for 1 h on ice followed by centrifugation at 13,000 rpm for 15 min. 3. The protein concentration was determined by using the Bradford protein assay. 4. Cell lysates (200 μg) were subjected to immunoprecipitation by shaking the primary STAT3 antibody and protein A/G agarose bead(sc-2003) suspension at 4 °C for overnight. ➜ 1° antibody 1:100 ➜ agarose beads: 50 uL, total volume (lysates+beads+ddw) 450 uL (ddw로 total volume 맞추는지?) 5. After centrifugation at 2,500 rpm for 5 min 6. Immunoprecipitation beads were collected by pouring the supernatant and washed with cell lysis buffer. (500μL) and centrifugation at 2,500 rpm for 5 min. ➜ Repeat 3 times 7. The immunoprecipitation beads were then mixed with 20 μl of 2× SDS Loading sample buffer and boiled for 5 min at 95 °C and centrifugation at 5,000 rpm for 1min. 8. Supernatant (20 μl) from each sample was collected by centrifugation and loaded on SDS-polyacrylamide gel.  
회원작성글 달봉달봉  |  08.19
Q. Sio2 표면에 bonding된 APTES 제거하는 방법
안녕하세요. 나노레이저를 이용해 바이오물질을 센싱하는 공부를 하는 학생입니다.   현재 장비 고장으로 laser cavity 공정이 중단되어 이전에 실험했던 샘플을 재사용해야하는 일이 생겼습니다.   검색해보니 레이저캐비티(III-V 물질)에 APTES를 코팅할 때 작용하는 salin 기와 표면의 bonding을 깨는 것이 무척 어렵다고 들었습니다.   검색해보니 산에서부터 염기 등 각각 다양한 방법이 나오고 O2 Plasma를 치는 경우도 있었습니다.   혹시 해보신 분 계시면 답변 부탁드립니다.    감사합니다.    
회원작성글 하이린  |  08.19
Q. TEM image sampling
안녕하세요, solid lipid nanoparticles과 emulsion의 TEM 사진을 찍으려고합니다. 액체시료의 시편 제작을 어떻게 해야하는지 아시는 분 있으십니까? 제조 후와 입, 위, 소장에서의 소화 이후에도 각각 찍을 계획입니다. desiccator에서 건조하라고 하신 분도 있고 동결건조를 해야한다는 분도 있는데 구체적인 방법을 몰라서 뭐가 맞는지 판단이 어렵습니다..
회원작성글 doxxx  |  08.19
Q. Media 만들 때 농도 관련 질문드립니다.
안녕하세요 culture media를 만드려고 하는데, 농도 관련하여 질문드리고자 글을 남깁니다. 논문에 이렇게만 적혀있습니다. Dexamethasone의 경우 powder를 녹여서 사용하려고 하는데, stock의 농도를 어떻게 설정하여야 할 지 모르겠습니다..! 1% 라는 것의 의미를 어떻게 생각해야 할까요..?! 제가 사려고하는 Dexamethasone 정보도 첨부하여 드립니다. Dexamethasone, sigma, D4902 많은 답변 부탁드립니다ㅠㅠ
회원작성글 yejee1009  |  08.19
Q. 그날 만든 western blot sample을 가지고 다른 젤에 내렸는데, 경향이 달라요..ㅠ
안녕하세요.    웨스턴 블럿을 하고 있는데,   당일 만든 샘플을 가지고 당일에 내리는데,   왜 젤 마다 경향이 다를까요...   이게 그 말로만 듣던 똥손인가요...ㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠㅠ   미쳐버리겠습니다..
회원작성글 오호로오오호  |  08.19
Q. 희석배수
안녕하세요 전분(Starch) 함량을 측정하는 페놀황산법을 통해 흡광도를 구하였습니다.    여기서 희석배수가 문제인데 제 실험순서를 간략히 말하면  시료에 sodium acetate buffer 2.5ml > 중탕 > sodium acetate buffer 2ml > 효소 1ml >> 총 5.5ml입니다.    총 5.5ml에서 200µl + 증류수 800을 하여 최종적으로 1ml를 사용하며 또한번 여기서 200µl를 피펫팅한 후 페놀황산법을 진행합니다.   standard에 희석배수를 곱해야하는데 희석배수가 이 과정에서 어떻게 되는 걸까요?
회원작성글 applebanan..  |  08.19
Q. 전기영동 gel에 증류수 사용
전기영동 실험에서 gel의 농도를 맞출 때 TAE buffer가 아닌 증류수로 맞추면 결과를 보기 어렵나요?
회원작성글 시원한쥬스  |  08.18
Q. 100~130kDa 사이즈 단백질 transfer 시간
100~130kDa 사이즈 단백질 transfer하려고 합니다. 8%gel에 내렸습니다. 실온에서 메탄올 20% 트랜스퍼버퍼에 100v , 0.6A, 1시간 30분에 해도 될까요? 안에 아이스팩 넣고 30분마다 바꿔줄려고 합니다. 어떤분이 단백질사이즈가 크면 트랜스퍼버퍼에 메탄올을 안넣어야 잘된다고 하는게 그게 맞나요? 알려주세요!!!
회원작성글 oneday  |  08.18
Q. Buffer 뜻
기초적인 질문입니다. Buffer의 뜻이 무엇인가요..? sodium acetate buffer(0.2M)를 만들려고 하는데 sodium acetate(3M)에 비율을 맞춰 증류수를 넣어만든 것이 버퍼가 되는 건가요?    
회원작성글 applebanan..  |  08.18
Q. DNA 전기영동하는데, gel이 자꾸 위에만 밝게 나오네..
DNA 전기영동하고 있습니다. Red safe사용하고 있고요, 기계도 최신버전으로 구매한지 얼마 되지 않았습니다. 3번을 해봤는데 아래같이 계속 위에 부분만 밝게 나오고, 막상 DNA부분은 너무 어둡게 detection되네요.. 도움 부탁드리겠습니다!
회원작성글 라뛔한  |  08.18
Q. Ponceau staining하면 marker만 뜨고 band는 안 나옵니다. 조언 부탁드립니다ㅠㅠ 첨부파일
transfer 끝나고 nitrocellulose membrance에 Ponceau solution으로 염색하면 marker는 선명하게 나오는데 band는 깨끗하게 안 나옵니다.   카세트 삽입할 때 "검은판(음극)-스폰지-3M paper-gel-membrane-3M paper-스폰지-빨간판(양극)" 이렇게 올리고 꾹꾹 누르고 90V, 0.04A, 1 hour transfer 진행하는데요.   transfer는 딱 1번 성공했습니다.    transfer가 끝나고 나면, gel에 아무것도 안 남아있어야 하나요? 그리고 gel에 Ponceau 염색해서 단백질이 남아있는지 판별해도 된다는 글도 있던데요. 그렇다면 transfer 끝나고 gel에 Ponceau 염색 후, 단백질이 gel에 있으면 다시 카세트 샌드위치 만들어서 transfer 진행해도 되는 것인가요?   웨스턴블롯 초보자는 이렇게 속으로 웁니다ㅠㅠ   
회원작성글 아스널  |  08.18
Q. PCR band가 안떠요,,
16S PCR을 하는데 어제는 밴드가 떴는데 좀 희미하게 떠서 오늘 다시 진행했는데 밴드가 하나도 안떠요.   DNA는 colony 따서 chelex에 풀어서 사용하고, 어제 2ul 넣었다가 잘 안떠서 10ul로 다시 실험 진행했는데 샘플 전부 밴드가 안떠요 다른 reagent는 양 맞게 넣었고 다시 여러번 확인해봐도 뭐가 문제인지 모르겠어요ㅜㅠ  
회원작성글 걈쟈  |  08.18
Q. western transfer가 잘 안되는 거 같습니다.
지금까지 50kDa 이하의 안티만 붙여서 거의 성공하였는데 이번에 60~70kDa대와 80~130kDa대 안티를 붙이게 되었습니다. 80~130kDa 안티를 붙일려고 gel 조성은 8%로 하였고 단백질 크기가 너무 크면 트랜스퍼가 잘 되지 않는다고 하여서 콜드룸에서 O/N해야한다고 하여서 냉장고에서 30v 0.15A로 16시간 트랜스퍼하였습니다. 겔에 염색을 해보니 단백질 거의 남아있지 않아서 트랜스퍼가 잘 된줄 알았는데 멤브레인에 워싱 10분씩 3번하고 1차안티 18시간 붙이고 워싱3번하고 2차안티 1시간 붙이고 워싱 3번하고 형광물질 붙이고 이미지를 찍고 확인해봤는데 밴드가 전혀 1도 안보입니다ㅜㅜ 트랜스퍼를 너무 오래해서 멤브레인을 넘어간 걸까요? 머가 문제인지 잘 모르겠습니다.ㅜㅜ 그리고 80~130kDa처럼 단백질크기가 커도 꼭 트랜스퍼 O/N안해도 되나요? 원래 평소에 50kDa 이하단백질을 보려고 할때 12%gel에 트랜스퍼할때 실온헤서 스티로폼 박스에 트랜스퍼통 넣고 주변을 얼음으로 감싸고 통 안에 아이스팩넣고 100v 0.4A 1시간30분을 하였습니다. 30분마다 아이스팩도 갈아주었고요. 근데 트랜스퍼끝나고 멤브레인 꺼낼때 보면 버퍼가 조금 따뜻합니다. 온도에 많은 영향을 받는걸로 아는데 아이스팩 교체 시간을 짧게 해야할지 어떻게 해야될지 모르겠습니다.ㅜㅜ도와주세요.  
회원작성글 oneday  |  08.18
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