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BioLab 장재봉 교수
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Q. 최종농도 계산
100mg/ml 짜리 시약을 1mL 당 10ul로 처리 하였으면 최종 농도 몇으로 처리된건가요 ??..
회원작성글 석사감옥  |  01.26
Q. HPLC standard 제조 관련 질문드립니다.
HPLC-RI 사용 중인 학생입니다. 혼자 실험을 해야하는 상황인데 아직 미숙하여 모르는 부분이 많아 질문드립니다. 고체 분말로 된 스탠다드 물질(MW 488.44 g/mol, >=95%)을 이용하여 Calibration curve를 작성하려고 합니다. (50, 100, 250, 500, 1000, 2000 ppm) 액체 스탠다드는 ppm 계산해서 바로 희석해서 쓰면 됐는데 고체 스탠다드는 어떻게 해야하는지 감이 잘 오지 않습니다. 스탠다드 몇 g에 hplc water 몇 mL를 희석해야 하는지 한 가지 농도를 예를 들어 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 nounou  |  01.26
Q. RNA
 Melan a cell 조직에서 Trizol을 사용하여 RNA를 추출하였습니다. 조직 lysis 후 , Trizol에 chloroform을 넣어 vortexing하여 섞은 후, 몇 분 방치 한후 13000rpm 에서 10분간 centrifuge하였습니다. 4도씨에 1-3 시간 보관하고 (70% 에탄올로 washing 13000rpm 에서 10분간 centrifuge 3 번 하였습니다). 5분 건조하고 0.1% DEPC 20 μl 넣었습니다  RNA를 측정하였을때 A260/A280은 1.9정도 나오는데,  A260/A230은 2.3정도 나옵니다 ㅠㅠ.  cDNA 합성해도 될까요? A260/A280 과 A260/A230 값이 얼마정도 좋아요?  어떻게 해야 해결될지 고수님들 의견 부탁드립니다 ㅠㅠ
회원작성글 karan  |  01.26
Q. 첫 cell culture 첨부파일
안녕하세요 cell culture 처음 해보는 학부생입니다.  HEK 293 cell을 처음 연습용으로 키우고 있습니다. passage 14때 media 색깔이 노란색으로 변해서 media 교체만 해줬고 다음날 확인해보니 육안으로 둥둥 떠다니는게 보였습니다. 현미경으로 보니 저건데, 단순히 contamination된건지, 아니면 다른 뭔가 있는 건지, 저게 뭔지 알고 싶습니다... 감사합니다. 
회원작성글 빵싷  |  01.26
Q. Sodium acetate buffer 제조
효소 실험에 사용 할 acetate buffer 제조법을 찾아봤는데, 사람들마다 만드는 방식이 달라 질문합니다. 1. 1M의 sodium acetate buffer를 1L 만든다고 가정하면  1M에 맞는 sodium acetate를 800ml 정도에 녹이고  acetic acid를 이용하여 원하는 pH를 맞춘 후 나머지 볼륨을 DW로 채워 만드는 방식   2. 똑같이 1M의 sodium acetate buffer를 만들 때  sodium acetate의 몰농도와 acetic acid의 몰농도의 합이 1M이 되도록 하는 방식 이렇게 나뉘어 지는데, 둘 중 어느 방식이 옳은 것인지 궁금합니다.   개인적인 생각으론 1번 방식을 사용한다면 염기성 물질을 넣었을 때 완충 작용해줄 약산인 acetic acid의 양이 산에 대한 완충작용을 해줄 sodium acetate의 양에 비해 상대적으로 부족하지 않을까 생각하는데  이에 대한 답변도 달아주신다면 정말 감사드립니다!  
회원작성글 어허허허허헝  |  01.26
Q. 골수 그람염색시험시 배양배지
안녕하세요   골수 (bone marrow) 그람염색을 진행하는데, 프로토콜에 고체 배지에서 배양한 콜로니를 사용한다고 되어있습니다. 어떤 배지를 사용해서 몇일 정도 배양이 필요한가요?   콜로니따서 바로 슬라이드 글라스에 바르고 염색시약과정 진행하면 되는건가요?   답변부탁드립니다...!  
회원작성글 척척척척  |  01.26
Q. RM-1 cancer cell line을 구하고 싶습니다.
안녕하세요! 전립선암을 target으로 치료제를 개발하려고 하는데 마우스 암세포 cell line RM-1을 가지고 계시면 혹시 분양해주실 연구실이 계실까요??
회원작성글 이뮨프로페셔널  |  01.26
Q. rna-seq 분석 HISAT2 에러
안녕하세요, 마우스 샘플 1개 테스트를 위해 HISAT2 돌리다가 문제가 생겼습니다. 노트북(Intel(R) Core(TM) i5-10210U CPU @ 1.60GHz   2.11 GHz, 16RAM)에서 버추얼박스를 설치해 우분투에서 돌렸습니다. 아래는 제가 입력한 명령어입니다. hisat2 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 -1 ./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq 2> ./3.Output/LA50-3-CO_log| samtools view -@ 8 -Sbo ./3.Output/LA50-3-CO.bam 실행 1~2초후, 끝나는 느낌이고 실행로그를 살펴보면 아래와 같이 적혀있습니다. Warning: the current version of HISAT2 (2.2.1) is older than   the version (2.127.0) used to build the index. Users are strongly recommended to update HISAT2 to the latest version. Out of memory allocating plen[] in Ebwt::read() at gfm.h:6069 Error: Encountered exception: 'std::bad_alloc' Command: /home/shkim/apps/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 --read-lengths 101,97,99,98,95,93,92,90,96,94,81,91,89,88,84,83,79,75,87,82,78,76,72,70 -1 ./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq (ERR): hisat2-align exited with value 1 메모리 부족문제라고 하는데, 정말 메모리 문제가 맞는지 궁금합니다. 아니면, 버추얼박스에서 돌렸기 때문인지요? 질문을 정리해보겠습니다. 1. 가상머신을 사용했기 때문인가요? 아니면, 가상머신 사용 여부와 관계없이 메모리 부족 문제인가요? 2. 메모리 부족 문제라 가정하고, 새 PC를 구입해야 한다면 어느 정도 사양이면 될까요?(완제품 우선 추천 부탁드립니다. 업체로부터 트리밍 되지 않은 raw data fastq파일을 제공받아, 분석을 시작해보려 합니다)   시간 할애해주셔서 감사합니다.
회원작성글 shh_0510  |  01.26
Q. 람다파지에서 cos서열에 관해 질문드립니다. 첨부파일
람다파지를 이용한 유전자클로닝부분 공부하고있는데요 cos서열이 람다파지 genome의 circular form 형성에 관여한다는건 알고있는데  스샷 설명글을 보면 'cos 자리가 손상된 람다 DNA를 숙주에서 증식하여~'라는 부분이 있습니다. cos자리가 왜 손상되어야 하는지 궁금합니다. 의미가 와닿지가 않아서요....
회원작성글 GMCSF  |  01.26
Q. invasion assay 할때 transwell에 matrigel coating 질문입니다
저희 lab에서 invasion assay를 할 때 matrigel을 직접 transwell에 coating하는데 계속 matrigel이 새서 질문드립니다.    저희는 24well 전용 transwell 바닥에 gelatin 0.1% 10ul 로 coating 한 뒤 RT에서 1시간 말린뒤 배지로 희석한 0.5mg/ml matrigel 60ul를 넣어 coating을 합니다. Matrigel loading 한 뒤  matrigel이 얼마 안돼서 바닥으로 새버립니다. 전에 계셨던 선배들한테 배울때도 matrigel이 잘 새니 loading할때, 건조시킬때 충격이 가지않도록 조심히 하라고 배웠었는데 최근에 하면 10개면 10개 전부다 새버려서 걱정입니다. 혹시 원인이 무엇일지 비슷한 경험 해보신분 계신가요?
회원작성글 ffff  |  01.26
Q. universal primers를 사용한 PCR 결과, relative abundance 해석에 대해 질문드립니다. (copy gene관련)
안녕하세요, 선배님 혹은 선생님. 고민을 하고 검색을 해봐도 시원한 답변을 찾을 수 없어 여쭙니다. 아직 초보라 부족한 부분이 많습니다.   16s, 18s를 universal primers로 증폭하였습니다. QIIME2 pipeline으로 각각에 해당하는 relative abundance를 얻었습니다. 여쭙고 싶은 부분은 이 relative abundance의 해석에 관한 것입니다.   gene copy를 고려하여 16s의 경우를 예를 들어 다음과 같이 가정했을 때, A species: 4개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재 B species: 1개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재   결과적으로 A와 B는 relative abundance에서 "실제 같은 20마리가 존재함에도" gene copy의 차이에 의해 A가 B에 비해 4배 더 높게 나오게 되는것으로 이해하고 있습니다. Relative abundance Bar-plot은 그럼 A 80%, B 20% 의 수치가 나올텐데, 이것은 실제 존재하는 종의 수 (즉, 각각 20마리)를 반영하지 못하지 않나요? 즉 각각의 species가 가진 gene copy가 다른데, relative abundance의 이 부분을 어떻게 이해해야 하는지 조금 혼란스럽습니다.   선생님들께 간절히 도움 요청드립니다. 감사합니다.
회원작성글 Sct_LEE  |  01.26
Q. Expi293F cell culture 할 때 빨간색 실 같은게 보여요 첨부파일
Expi293F cell에서 단백질 생산하고 있는 대학원생입니다. 저희 랩에서 최근에 hek cell culture를 set-up 해서 진행하고 있습니다. culture를 하다보니 사진처럼 붉은 색 실 같은게 생기는게 조금씩 보이고 있습니다. cell viability나 morphology는 다 괜찮고 단백질 생산도 잘 되고 있고, 또 마이코플라스마 검사도 했는데 검출이 안되었습니다. 저거 말고는 생산 면에서는 문제가 없는거 같은데 주변에서는 저런 걸 본적이 없다고 해서 선배님들께 질문드리고 싶습니다.
회원작성글 까까먹는까막눈  |  01.26
Q. uv용어 질문드립니다! 흡수견이 무슨 뜻인가요??
000~000 nm 에서 흡수견을 나타낸다 라는 시험기준에서 이 흡수견이 무슨뜻인지를 모르겠습니다 ㅜㅜ 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 하멜  |  01.26
Q. qRT-PCR cycle 관련 궁금증 질문
안녕하세요? real time pcr 련해서 질문이 있어서 글을 남깁니다. 논문 작성에 있어서 Target A와 B 를 real time pcr을 진행하는데에 있어서 같은 cycle로 진행하여 결과를 실어야하나요??? 예를 들어 Target A는 30cycle 쯤에서 Ct 값이 확인되지만 Target B는 40cycle 쯤에서 Ct 값이 확인된다면 둘다 동일하게 40cycle로 진행해서 논문에 실어야 하는지요?? 제 생각에는 어차피 threshold (Ct)값은 변하지는 않을 것이기 때문에 각각 최적의 cycle로 진행하면 된다고 생각하는데 (Target A는 30cycle,Target B는 40cycle)어떻게들 생각하실까요?? 감사합니다.
회원작성글 RTO1  |  01.26
Q. 균 마스터스톡 만드는 법 질문드려요
ATCC에서 Staphylococcus aureus를 분양받아 계대 하려고 합니다.   1. 1차스톡(마스터스톡) 만들 시 균 수를 몇 승 정도 하는게 좋은가요? 2. 배양액과 글리세롤은 1:1 비율로 하는게 좋은가요? 아니면 8:2가 좋은가요?  
회원작성글 만지  |  01.26
Q. image J program 에 관해 질문드립니다.
image J program 사용하고 있는데 일부 영역을 제외하고 면적을 측정하고 싶습니다. 어떻게 진행하면 좋을까요?
회원작성글 SBlanc  |  01.26
Q. 6 his tagged fusion protein
fusion protein 관련 cloning에 관한 논문을 받게 되었는데요. 6 his tagged fusion protein이란게 무슨 뜻인지 알수있을까요….????
회원작성글 분자생물학도  |  01.26
Q. colony PCR 첨부파일
TA cloning한 plate에서 30개의 colony를 골라 5개씩 묶어 colony PCR하였습니다. 일단 30개를 mini prep을 위해 culture를 시작하긴 하였는데,  첨부파일 같은 결과를 얻었습니다. 혹시 6개 section 모두 되었다고 봐도 될까요? QPCR inner primer로 PCR했을때는 5,6번에서 vector size 정도의 band가 나오고 있어서 이게 된건가 싶기도 합니다. 고수님들의 의견을 부탁드립니다.  
회원작성글 새슬  |  01.25
Q. PGL3-basic vector에 cloning이 잘안돼요
vector, insert, t4ligase 등 모두 문제 없는 걸로 확인되었는데요, cloning 후 확인을 위해 restriction enzyme으로 잘라보면 insert사이즈의 밴드가 안나와요ㅜㅜ 원스텝으로 진행되는 실험이라는데 몇번을 해도 cloning이 안됩니다. 어떤 부분에서 문제가 생긴걸까요?
회원작성글 닝내임  |  01.25
Q. 조직 마쇄액 상등액에서 cell 추출
안녕하세요 현재 학부4학년으로 어류관련해서 실험하고 있습니다. 흰다리새우 품종을 대상으로 실험중인데 현재 흰다리새우는 cell line이 없지만 병원체에 감염된 cell이 필요합니다. 감염된 조직을 마쇄하여 상등액을 취하면 cell 수득이 가능한지와 가능하다면 cell counting이 가능한가요?
회원작성글 aqwasd  |  01.25
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