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Q. Bioinformatics
안녕하세요, 고수님들 질문이 있습니다. 제가 CCLE data base에서 protein expression을 보고자 합니다. 그런데 발현들이 cell line별로 나와있는데, 궁금한 것은 이 protein expression은 어떤 기준으로 발현을 표현한 것인지 궁금합니다. 예를 들어 우리가 WB을 하면 actin과 비교하여 발현을 나타내고 그를 토대로 다른 cell line과 비교하여 발현을 나타내는데 이 data base는 어떤 기준인지 궁금합니다. 아시는 분 계신가요,,?
회원작성글 나다니95  |  08.10
Q. 학부생 QTL Analysis 공부
안녕하세요! 농업을 전공하고 있는 3학년 학부생입니다. 현재 IRRI에서 인턴을 진행중에 있는데 QTL mapping을 이용한 연구를 보조하는 업무를 맡을 것같습니다. 그래서 QTL에 대해 기초부터 고급까지 자세히 알고 싶은데 아직 제대로 찾아보지는 않았지만 자료가 많이 없는 것같아서요.. 그래서 다들 QTL을 처음 공부할 때 어떤 경로를 통해 공부를 하셨나요..? 관련 서적이나 사이트, 유튜브 등등 어떤 것이든 추천해주면 감사할 것같습니다...!
회원작성글 kwonbio  |  08.08
Q. 항생효과 실험 때 시료액 만드는 법
Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 2ml 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 2ml을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. 여기에서 에탄올로 시료액을 만들면 안된다고 하는데 혹시 시료액을 만들 수 있는 다른 방법을 아시는 분 있나요? 학교에서 실험해요..
회원작성글 허브민트  |  08.06
Q. 디스크 확산법으로 천연항생물질과 항생제의 항생효과 비교 실험 피드백 부탁드려요 첨부파일
학교에서 실험합니다. 천연 항생 물질은 마늘 가루 생강 가루 계피 가루를 사용할 거에요! 실험 계획 보고 피드백 좀 해주시면 감사하겠습니다. Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 2ml 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 2ml을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. (4) 항생제(페니실린)을 2ml씩 3개의 디스크에 떨어뜨린다. 에탄올도 3개의 디스크에 2ml씩 떨어뜨린다.(대조군 역할) (5) 디스크가 마르는 동안 생물 나라에서 구매한 LB Agar Plate를 하나는 4개의 구역 또 다른 하나는 5개의 구역으로 나눈다. (6) 생물 나라에서 산 대장균 배양액을 피펫으로 (안되면 일회용 스포이드로) 100ul(0.1ml) 를 배지에 접종한다. 접종한 후 스프레더를 화염멸균하고 대장균을 잘 펴 바른다. (7) 나머지 배지도 위와 같이 실행한 후 배지를 말린다. (8) 핀셋을 화염 멸균한 후 추출물, 항생제, 에탄올을 적신 디스크를 배지 위 각 구역에 옮긴다. 옮길 때 디스크가 떨어지지 않도록 핀셋으로 살짝 눌러준다. (할 때마다 핀셋 화염멸균) (9) 배지를 담고 있는 접시를 파라필름으로 밀봉한다. 배양 준비를 끝마친 배지는 뒤집어 놓는다. (10) 배지를 배양기 속에 넣고 37도로 하루 동안 배양한다. Day3. 대장균 생장 억제 정도를 비교하고 자로 재서 정확한 수치를 비교한다. 실험계획에서 피드백해주시면 감사하겠습니당. 그리고 주의할 점도 알려주시면 감사하겠습니다. 질문! 피펫을 사용한다면 대장균을 접종할 때 소독을 어떻게 해야 하나요? 그리고 파라필름으로 밀봉하고 접시를 왜 뒤집어 놓아야 하나요? 그리고 생물 나라에서 디스크를 사려고 하는데 항생제 감수성 디스크랑 그냥 항생제 디스크가 있던데 무슨 차이 인가요?
회원작성글 허브민트  |  08.06
Q. ALDH 활성 측정 첨부파일
ALDH 활성을 측정할려는 고등학생입니다. 아세트 알데히드가 아세트산으로 가는 과정에서 NAD+가 NADH로 전환되는 것을 흡광도로 측정을 하려고 합니다.  관련 문서를 찾아보니 Blandino의 방법으로 증류수 2.1 ml 1.0 M tris-HCl buffer (pH 8.0) 0.3 ml 20 mM NAD + 0.1 ml 1.0 M acetaldehyde 0.1 ml 3.0 M KCl 0.1 ml 0.33 M 2-mercaptoethanol 0.1 ml 과 효소원은 동결건조된 S9 rat liver homogenate (MOLTOX Co., USA)를 0.1% bovine serum albumin 용액 8 ml에 녹여 0.45 ㎛ syringe filter로 여과한 후 사용하였다. 라고 하는데 효소원으로 동일한 것을 구하기 어려워 소 생간을 준비했습니다. 소 생간으로 실험이 되는지, 생간에 어떤 처리가 필요한지 조언 부탁드립니다.
회원작성글 오늘뭐하지  |  08.02
Q. 그래프 질문드립니다!
dot plot에 그래프를 찾아보다가 궁금한 점이 생겨서 여쭤보게되었습니다. 여기서 말하는 average expression은 평균 유전자 발현 정도를 뜻하는 것 같은데 percent expressed는 정확히 어떤 것을 뜻하는 건지 모르겠습니다. 전제 유전자 중 발현 비율 인가요? average expression은 높은데 percent expressed는 낮은 경우는 무엇을 의미하는지 자세히 모르겠습니다... 이 그래프에 대해서 아시는 분 답글 달아주시면 감사드리겠습니다!  
회원작성글 rlatmddus  |  08.02
Q. 본 게시물은 게시판 성격에 적합하지 않아 삭제 하였습니다.
본 게시물은 게시판 성격에 적합하지 않아 삭제 하였습니다.
회원작성글 사기치고있네  |  07.31
Q. MEGA 프로그램을 이용한 계통수 작성시 gap (deletion, insertion)에 대한 반영.
안녕하세요. 최근 MEGA 프로그램을 이용해 계통수를 그리고 있는데요 .. 사용하는 균주간 차이는 SNP 보다 특정 서열의 삽입이나 삭제(gap)로 구분되고 있습니다..  근데 Mega 프로그램으로 계통수를 그려보면 이런 gap에 대한 반영이 안이뤄지는지 전부 같은 clade로 묶이네요 ... maximum likelihood / neighbor joining 둘다 해봐도 같은 결과입니다. 혹시 계통수라는게 이런 결손이나 삽입을 반영을 못하는건지; 이것에 대한 조치 방법이 있는지 고견 여쭙고 싶습니다.
회원작성글 멜롯  |  07.29
Q. 그래프 해석 질문드립니다!
(D) Lorenz curves, plotting the proportion of clontypes against the proportion of cell cells in a cluster. 논문을 읽다가 막힌 그래프는 위와 같으며 위 그래프에 대한 설명은 다음과 같습니다. The cluster of naïve CD4+ T cells, which makes up around 5% of airway infiltrating cells, was the most diverse, with each cell expressing a distinct TCR. In the Th17, Th2 and Act1 clusters, large clonal outgrowths were observed with 20% of clones accounting for approximately 65% of the total cells in the cluster (Figure 6D).  Cluster 7(보라색 선) naive CD4+T cell이 가장 종류가 다양하다는 것과 고유한 TCR을 발현한다는 것은 보라색 선이 겹치는 선(다른 cluster와 접점이 없음)이 없기 때문으로 해석하면 되는지, 또 TH17, Th2, Act1의 TCR clone의 20%가 각자의 Th cell cluster에서 total cell의 65%나 차지할 정도로 TCR 관련해서 공유하고 있는 clone이 많다는 걸 뜻하는 것인지 궁금합니다. 그래프를 어떻게 해석해야 하는지 도저히 검색을 해봐도 모르겠습니다ㅠㅠbioinformatics 하시는 선배님들 한번씩 봐주시고 댓글 달아주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 rlatmddus  |  07.26
Q. 미지의 아미노산 서열에 대한 FASTA format 전환
안녕하세요, 근래에 바이오인포메틱스를 이용한 SW개발 프로젝트 진행중에 의문이 생겨 질문합니다.   미지의 팹타이드 서열 A가 있다고 가정하고, 이 서열을 FASTA format으로 변환하고자 하는데요, 기존의 형식은 > {sequence id} | {sequence name} {amino sequence} 이런 format으로 저장하라고 하더군요.   제가 이해한 바가 맞다면, sequence id와 sequence name은 accession number 와 organism name 등으로 결정되는 것으로 알고 있습니다.   알려지지 않은 미지의 서열에 대하여 제가 임의로 sequence id와 sequence name을 정해서 fasta 파일로 저장해도 BLASTp를 돌리는데 문제가 없을지 궁금합니다.
회원작성글 종E  |  07.25
Q. ClustalX와 MUSCLE의 alignment 결과의 차이점이 궁금합니다.
안녕하세요 dna 군집화를 공부 중인 공학 학부생입니다. DNA를 alignment하는 과정에서 ClustalX와 MUSCLE의 결과에 대해 질문이 있습니다. <MUSCLE 출력결과> <CLUSTALX 출력결과>   1. ClustalX와 MUSCLE의 결과가 사진과 같이 상이한데 둘 중 어느 결과를 input data로 이용해야할지 조언을 구하고 싶습니다. 2. MUSCLE을 사용했을 때는 'ATGCC'에 대해 'MK645279.1'과 'MK645273.1' 사이가 '-'라는 문자로 위치가 올바르게 정렬되어 있는데, ClustalX를 사용했을 때는 위치 정렬이 되지 않은 이유가 궁금합니다. 3. MUSCLE 출력 결과에서 'MK645279.1'의 'ATGCC'와 'AGTAGGAACA...' 사이의 '-'는 'N'처럼 중간에 해독되지 않은 염기가 존재한다는 의미인지 단순히 다른 개체와 alignment를 하는 과정에서 발생한 의미 없는 공백인지 여쭈어보고 싶습니다.   주변에 전공자 없이 독학하는 입장이라 질문이 많은 점 죄송합니다...  
회원작성글 nagabuti13  |  07.22
Q. scRNA sequencing 컴퓨터 사양 문의드립니다.
single cell RNA sequencing에 필요한 컴퓨터 사양 문의드립니다. 10X genomics 까지 processing 된 데이터를 가지고 downstream analysis를 주로 할 예정입니다. CPU가 8코어 고사양을 필요로 하는지 RAM 32기가면 충분할지 저장공간이 2TB 씩이나 필요로 하는지 궁금하여 여쭙니다. 감사합니다.
회원작성글 희맹  |  07.22
Q. meterial 녹여서 eliquot할 때 너무 저농도로 보관하면 문제가 될까요?
M-CSF라는 meterial을 구매했는데, 제품 프로토콜에 100~500ug/mL로 희석해서 보관하라고 적혀있습니다. 그런데 저는 항상 30ng/mL로 처리하기 때문에 30ug/mL로 보관해두고 싶은데 프로토콜에 적힌 최소농도보다 낮은 농도로 보관해도 되는지 궁금합니다.   최대농도는 solubility와 관련해서 정해둔 것 같은데, 최소농도가 정해져있는 이유가 뭔가요?
회원작성글 wnsl1201  |  07.19
Q. 액체배지에서 액체배지로 배양
안녕하세요! 균이 배양된 액체배지에서 새로운 액체배지에 균을 배양할 수 있나요? 만약 가능하다면 균이 배양된 액체배지 몇미리랑 새로운 액체배지 몇미리가 필요할까요? 대장균이요!! 고체배지에서 액체배지로 균 배양하는걸로 해봤는데 다 망해서요ㅜㅜ 자세하게 알려주시면 더더욱 감사하겠숩니다ㅜㅡㅜ
회원작성글 유경123  |  07.14
Q. gene prediction을 위한 structural annotation에 관하여 질문드립니다!
제가 annotation이 처음이라서 structural annotation에 대해서 궁금한 점이 있습니다.   자료를 찾아보면 repeat element를 먼저 제외하고 이후에 여러 유전자의 signal을 디텍팅하여 진행하는 것으로 되어있는데 Ab initio method tool인 AUGUSTUS 또는 MAKER와 같은 tool을 사용할 때 반복서열은 고려되지 않나요? 아니면 repeat element를 따로 디텍팅하지 않고 해당 시퀀스에 대하여 자동화 된 tool(AUGUSTUS 등등)을 사용하여 바로 진행해도 되는 건가요? 제가 알기로는 AUGUSTUS, MAKER가 eukaryote gene prediction에 많이 사용된다고 알고있는데 추천해주실만한 tool이 있으면 추천 부탁드릴게요!
회원작성글 JJUUHH  |  07.14
Q. 약물 방출 질문이 있습니다.!
1. cancer cell에 carrier를 전달했을 때, endocytocis를 통해 세포 내로 이입이 되면, 약물 방출이 어떻게 되나요? 정맥 투여 시 입니다.   pH에 의존하지 않는 carrier의 경우, PLGA-PEG 같은 경우에 세포 내 이입이 돼서 라이소좀에서 깨지고 안에 있는 약물이 방출되는게 맞나요?    2. pH에 의존하지 않는 carrier의 경우, in vitro 실험에서 DPBS+Tween80을 넣고 방출 양을 확인하는데, 이 data를 인체에 적용을 했을 때, 인체에서 Tween80의 역할을 하는게 있나요? 
회원작성글 열심히는하고싶은  |  07.13
Q. 특정 tissue에서 발현되는 유전자
NCBI같은 곳에서 특정한 tissue에서만 발현되는 유전자를 찾을 수 있나요? Origin은 human입니다.   NCBI가 아니라면 어느 곳에서 관련 내용을 찾아볼 수 있을까요?
회원작성글 별헤는밥  |  07.11
Q. Cladosporium cladosporioides 배양 관련 질문드립니다.
안녕하세요. 일반계 고등학교에 다니고 있는 학생입니다. 동아리 활동으로 자유 탐구를 하고 있는데, 천연 살균제를 이용한 곰팡이 발아 억제를 주제로 진행하고 있습니다. 가장 흔하게 벽지에서 생기는 곰팡이가 Cladosporium이라고 해서 Cladosporium cladosporioides을 분양받아 배양에 성공했는데요, 실험의 다음 단계 진행을 위해서는 이 곰팡이를 벽지로 옮겨 다시 배양시킨 후 천연 살균제의 효능을 실험해야 합니다. 그런데 벽지에 곰팡이를 어떻게 배양할 지 고민이 되어서요. 곰팡이를 1차로는 pda 배지에 배양했는데 벽지에 옮겨서 배양 할 때에도 pda 배지가 필요할까요?  그리고 곰팡이가 배양되어있는 배지 자체를 잘라서 벽지에 올려 인큐베이터에서 배양을 진행하는 것과 곰팡이를 긁어내 포자액을 만든 후 벽지에 뿌려 배양을 진행하는 것 중 무엇이 더 나을지 조언 부탁드립니다. 교내에 인큐베이터와 클린벤치 등 웬만한 실험 기구는 거의 갖춰져 있는 편입니다.
회원작성글 ㄱㄷㅇ  |  07.07
Q. 머신러닝 관련한 질문 (+α)
논문을 읽다가 도저히 모르는 개념이 있어서 질문 남깁니다. Neutral community model이라고 설명되어 있는데 제가 궁금한 것은 Nm의 정확한 의미입니다. 영어 설명으로는 Nm이 metacommunity size * immigration 이라고 되어 있는데 어떻게 해석해야할 지 모르겠습니다. 그리고 이 값이 클 경우에 의미하는 바가 무엇인지 궁금합니다.   그리고 table에 있는 설명 중에서 DS(deterministic strength)라는 개념이 있는데 이 값이 작을 수록 랜덤한 특성이 큰 것인지 궁금합니다. 논문 정보도 같이 올려드립니다. Wang S, Song F, Gu H, Wei X, Zhang K, Zhou Y and Luo H (2022) Comparative Evaluation of the Salivary and Buccal Mucosal Microbiota by 16S rRNA Sequencing for Forensic Investigations. Front. Microbiol. 13:777882. doi: 10.3389/fmicb.2022.777882 고수님들 도와주세요.
회원작성글 용용죽겠짛  |  07.06
Q. p-value FDR
rna-seq analysis에서 사용하는 p-value랑 FDR 공부중인데 FDR을 주로 사용하는 이유가 뭘까요.. 다중검정오류 때문에 p-value 값을 FDR로 보정하는 것 까지는 알겠는데 특히 0.05를 쓰지 않는 이유를 모르겠네요 ㅜ
회원작성글 bioinfo_0_  |  07.06
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