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Q. 디스크 확산법
디스크 확산법을 이용해서 항생제와 천연항생물질(생강 계피 마늘) 간의 시너지 효과를 비교해 보려고 하는데요. 세균 억제 정도를 자로 측정해서요 . 제가 생각한 버전이 두 개가 있는데 둘 중에 뭐가 맞는지 잘 모르겠어요. Ver1은 디스크에 항생제를 떨어뜨린 것을 lb agar plate 가운데 놓고 그 주변에 천연항생물질 추출물을 떨어뜨린 디스크를 넣는 거구요. Ver2는 하나의 디스크에 천연항생물질 추출물과 항생제를 떨어뜨리고 각각 떨어뜨려서 놓는거에요. - 천연항생물질 종류에 따라 항생제와 함께 사용했을 때 세균의 생장 억제 정도를 비교하고 싶은 것인데 어떤 버전이 맞을까요. - 그리고 만약 ver 2로 한다면 디스크에 떨어뜨릴 때 만약 항생제를 먼저 떨어뜨렸다면 그 디스크를 말리고 또 추출물을 떨어뜨리는 식으로 해야 하나요? 사진이 안 올려지네요ㅜㅜ 죄송합니다 글 보고 한번 피드백 주세요.
회원작성글 허브민트  |  08.12
Q. 세균 성장 정도 측정 방법
Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 30ul 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 30ul을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. (4) 항생제(페니실린)을 30ul씩 3개의 디스크에 떨어뜨린다. 에탄올도 3개의 디스크에 30ul씩 떨어뜨린다.(대조군 역할) (5) 디스크가 마르는 동안 생물 나라에서 구매한 LB Agar Plate를 하나는 4개의 구역 또 다른 하나는 5개의 구역으로 나눈다. (6) 생물 나라에서 산 대장균 배양액을 피펫으로 (안되면 일회용 스포이드로) 100ul(0.1ml) 를 배지에 접종한다. 접종한 후 스프레더를 화염멸균하고 대장균을 잘 펴 바른다. (7) 나머지 배지도 위와 같이 실행한 후 배지를 말린다. (8) 핀셋을 화염 멸균한 후 추출물, 항생제, 에탄올을 적신 디스크를 배지 위 각 구역에 옮긴다. 옮길 때 디스크가 떨어지지 않도록 핀셋으로 살짝 눌러준다. (할 때마다 핀셋 화염멸균) (9) 배지를 담고 있는 접시를 파라필름으로 밀봉한다. 배양 준비를 끝마친 배지는 뒤집어 놓는다. (10) 배지를 배양기 속에 넣고 37도로 하루 동안 배양한다. Day3. 대장균 생장 억제 정도를 비교하고 자로 재서 정확한 수치를 비교한다. 계획이 이건데 세균 성장 정도와 억제 정도를 어떻게 구분하나요? 색이 있는 건가요? 그리고 자로 어떤 식으로 측정해야 할까요
회원작성글 허브민트  |  08.11
Q. Lb agar plate에서 대장균의 자란 구간 측정 방법
디스크 확산법을 이용해서 천연 항생물질의 항생효과 정도를 비교해 보려고 하는데요. 대장균을 lb agar plate에 배양하고 볼건데. 세균이 자란 구간과 억제된 구간을 어떻게 알 수 있나요? 색깔이 다른 가요? 그리고 자로 어떤 식으로 구간을 재야하는지 좀 알려주세요.. 그림 그려주시면 이해가 더 잘될 듯 해요
회원작성글 허브민트  |  08.11
Q. Bioinformatics
안녕하세요, 고수님들 질문이 있습니다. 제가 CCLE data base에서 protein expression을 보고자 합니다. 그런데 발현들이 cell line별로 나와있는데, 궁금한 것은 이 protein expression은 어떤 기준으로 발현을 표현한 것인지 궁금합니다. 예를 들어 우리가 WB을 하면 actin과 비교하여 발현을 나타내고 그를 토대로 다른 cell line과 비교하여 발현을 나타내는데 이 data base는 어떤 기준인지 궁금합니다. 아시는 분 계신가요,,?
회원작성글 나다니95  |  08.10
Q. 학부생 QTL Analysis 공부
안녕하세요! 농업을 전공하고 있는 3학년 학부생입니다. 현재 IRRI에서 인턴을 진행중에 있는데 QTL mapping을 이용한 연구를 보조하는 업무를 맡을 것같습니다. 그래서 QTL에 대해 기초부터 고급까지 자세히 알고 싶은데 아직 제대로 찾아보지는 않았지만 자료가 많이 없는 것같아서요.. 그래서 다들 QTL을 처음 공부할 때 어떤 경로를 통해 공부를 하셨나요..? 관련 서적이나 사이트, 유튜브 등등 어떤 것이든 추천해주면 감사할 것같습니다...!
회원작성글 kwonbio  |  08.08
Q. 항생효과 실험 때 시료액 만드는 법
Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 2ml 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 2ml을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. 여기에서 에탄올로 시료액을 만들면 안된다고 하는데 혹시 시료액을 만들 수 있는 다른 방법을 아시는 분 있나요? 학교에서 실험해요..
회원작성글 허브민트  |  08.06
Q. 디스크 확산법으로 천연항생물질과 항생제의 항생효과 비교 실험 피드백 부탁드려요 첨부파일
학교에서 실험합니다. 천연 항생 물질은 마늘 가루 생강 가루 계피 가루를 사용할 거에요! 실험 계획 보고 피드백 좀 해주시면 감사하겠습니다. Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 2ml 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 2ml을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. (4) 항생제(페니실린)을 2ml씩 3개의 디스크에 떨어뜨린다. 에탄올도 3개의 디스크에 2ml씩 떨어뜨린다.(대조군 역할) (5) 디스크가 마르는 동안 생물 나라에서 구매한 LB Agar Plate를 하나는 4개의 구역 또 다른 하나는 5개의 구역으로 나눈다. (6) 생물 나라에서 산 대장균 배양액을 피펫으로 (안되면 일회용 스포이드로) 100ul(0.1ml) 를 배지에 접종한다. 접종한 후 스프레더를 화염멸균하고 대장균을 잘 펴 바른다. (7) 나머지 배지도 위와 같이 실행한 후 배지를 말린다. (8) 핀셋을 화염 멸균한 후 추출물, 항생제, 에탄올을 적신 디스크를 배지 위 각 구역에 옮긴다. 옮길 때 디스크가 떨어지지 않도록 핀셋으로 살짝 눌러준다. (할 때마다 핀셋 화염멸균) (9) 배지를 담고 있는 접시를 파라필름으로 밀봉한다. 배양 준비를 끝마친 배지는 뒤집어 놓는다. (10) 배지를 배양기 속에 넣고 37도로 하루 동안 배양한다. Day3. 대장균 생장 억제 정도를 비교하고 자로 재서 정확한 수치를 비교한다. 실험계획에서 피드백해주시면 감사하겠습니당. 그리고 주의할 점도 알려주시면 감사하겠습니다. 질문! 피펫을 사용한다면 대장균을 접종할 때 소독을 어떻게 해야 하나요? 그리고 파라필름으로 밀봉하고 접시를 왜 뒤집어 놓아야 하나요? 그리고 생물 나라에서 디스크를 사려고 하는데 항생제 감수성 디스크랑 그냥 항생제 디스크가 있던데 무슨 차이 인가요?
회원작성글 허브민트  |  08.06
Q. ALDH 활성 측정 첨부파일
ALDH 활성을 측정할려는 고등학생입니다. 아세트 알데히드가 아세트산으로 가는 과정에서 NAD+가 NADH로 전환되는 것을 흡광도로 측정을 하려고 합니다.  관련 문서를 찾아보니 Blandino의 방법으로 증류수 2.1 ml 1.0 M tris-HCl buffer (pH 8.0) 0.3 ml 20 mM NAD + 0.1 ml 1.0 M acetaldehyde 0.1 ml 3.0 M KCl 0.1 ml 0.33 M 2-mercaptoethanol 0.1 ml 과 효소원은 동결건조된 S9 rat liver homogenate (MOLTOX Co., USA)를 0.1% bovine serum albumin 용액 8 ml에 녹여 0.45 ㎛ syringe filter로 여과한 후 사용하였다. 라고 하는데 효소원으로 동일한 것을 구하기 어려워 소 생간을 준비했습니다. 소 생간으로 실험이 되는지, 생간에 어떤 처리가 필요한지 조언 부탁드립니다.
회원작성글 오늘뭐하지  |  08.02
Q. 그래프 질문드립니다!
dot plot에 그래프를 찾아보다가 궁금한 점이 생겨서 여쭤보게되었습니다. 여기서 말하는 average expression은 평균 유전자 발현 정도를 뜻하는 것 같은데 percent expressed는 정확히 어떤 것을 뜻하는 건지 모르겠습니다. 전제 유전자 중 발현 비율 인가요? average expression은 높은데 percent expressed는 낮은 경우는 무엇을 의미하는지 자세히 모르겠습니다... 이 그래프에 대해서 아시는 분 답글 달아주시면 감사드리겠습니다!  
회원작성글 rlatmddus  |  08.02
Q. 본 게시물은 게시판 성격에 적합하지 않아 삭제 하였습니다.
본 게시물은 게시판 성격에 적합하지 않아 삭제 하였습니다.
회원작성글 사기치고있네  |  07.31
Q. MEGA 프로그램을 이용한 계통수 작성시 gap (deletion, insertion)에 대한 반영.
안녕하세요. 최근 MEGA 프로그램을 이용해 계통수를 그리고 있는데요 .. 사용하는 균주간 차이는 SNP 보다 특정 서열의 삽입이나 삭제(gap)로 구분되고 있습니다..  근데 Mega 프로그램으로 계통수를 그려보면 이런 gap에 대한 반영이 안이뤄지는지 전부 같은 clade로 묶이네요 ... maximum likelihood / neighbor joining 둘다 해봐도 같은 결과입니다. 혹시 계통수라는게 이런 결손이나 삽입을 반영을 못하는건지; 이것에 대한 조치 방법이 있는지 고견 여쭙고 싶습니다.
회원작성글 멜롯  |  07.29
Q. 그래프 해석 질문드립니다!
(D) Lorenz curves, plotting the proportion of clontypes against the proportion of cell cells in a cluster. 논문을 읽다가 막힌 그래프는 위와 같으며 위 그래프에 대한 설명은 다음과 같습니다. The cluster of naïve CD4+ T cells, which makes up around 5% of airway infiltrating cells, was the most diverse, with each cell expressing a distinct TCR. In the Th17, Th2 and Act1 clusters, large clonal outgrowths were observed with 20% of clones accounting for approximately 65% of the total cells in the cluster (Figure 6D).  Cluster 7(보라색 선) naive CD4+T cell이 가장 종류가 다양하다는 것과 고유한 TCR을 발현한다는 것은 보라색 선이 겹치는 선(다른 cluster와 접점이 없음)이 없기 때문으로 해석하면 되는지, 또 TH17, Th2, Act1의 TCR clone의 20%가 각자의 Th cell cluster에서 total cell의 65%나 차지할 정도로 TCR 관련해서 공유하고 있는 clone이 많다는 걸 뜻하는 것인지 궁금합니다. 그래프를 어떻게 해석해야 하는지 도저히 검색을 해봐도 모르겠습니다ㅠㅠbioinformatics 하시는 선배님들 한번씩 봐주시고 댓글 달아주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 rlatmddus  |  07.26
Q. 미지의 아미노산 서열에 대한 FASTA format 전환
안녕하세요, 근래에 바이오인포메틱스를 이용한 SW개발 프로젝트 진행중에 의문이 생겨 질문합니다.   미지의 팹타이드 서열 A가 있다고 가정하고, 이 서열을 FASTA format으로 변환하고자 하는데요, 기존의 형식은 > {sequence id} | {sequence name} {amino sequence} 이런 format으로 저장하라고 하더군요.   제가 이해한 바가 맞다면, sequence id와 sequence name은 accession number 와 organism name 등으로 결정되는 것으로 알고 있습니다.   알려지지 않은 미지의 서열에 대하여 제가 임의로 sequence id와 sequence name을 정해서 fasta 파일로 저장해도 BLASTp를 돌리는데 문제가 없을지 궁금합니다.
회원작성글 종E  |  07.25
Q. ClustalX와 MUSCLE의 alignment 결과의 차이점이 궁금합니다.
안녕하세요 dna 군집화를 공부 중인 공학 학부생입니다. DNA를 alignment하는 과정에서 ClustalX와 MUSCLE의 결과에 대해 질문이 있습니다. <MUSCLE 출력결과> <CLUSTALX 출력결과>   1. ClustalX와 MUSCLE의 결과가 사진과 같이 상이한데 둘 중 어느 결과를 input data로 이용해야할지 조언을 구하고 싶습니다. 2. MUSCLE을 사용했을 때는 'ATGCC'에 대해 'MK645279.1'과 'MK645273.1' 사이가 '-'라는 문자로 위치가 올바르게 정렬되어 있는데, ClustalX를 사용했을 때는 위치 정렬이 되지 않은 이유가 궁금합니다. 3. MUSCLE 출력 결과에서 'MK645279.1'의 'ATGCC'와 'AGTAGGAACA...' 사이의 '-'는 'N'처럼 중간에 해독되지 않은 염기가 존재한다는 의미인지 단순히 다른 개체와 alignment를 하는 과정에서 발생한 의미 없는 공백인지 여쭈어보고 싶습니다.   주변에 전공자 없이 독학하는 입장이라 질문이 많은 점 죄송합니다...  
회원작성글 nagabuti13  |  07.22
Q. scRNA sequencing 컴퓨터 사양 문의드립니다.
single cell RNA sequencing에 필요한 컴퓨터 사양 문의드립니다. 10X genomics 까지 processing 된 데이터를 가지고 downstream analysis를 주로 할 예정입니다. CPU가 8코어 고사양을 필요로 하는지 RAM 32기가면 충분할지 저장공간이 2TB 씩이나 필요로 하는지 궁금하여 여쭙니다. 감사합니다.
회원작성글 희맹  |  07.22
Q. meterial 녹여서 eliquot할 때 너무 저농도로 보관하면 문제가 될까요?
M-CSF라는 meterial을 구매했는데, 제품 프로토콜에 100~500ug/mL로 희석해서 보관하라고 적혀있습니다. 그런데 저는 항상 30ng/mL로 처리하기 때문에 30ug/mL로 보관해두고 싶은데 프로토콜에 적힌 최소농도보다 낮은 농도로 보관해도 되는지 궁금합니다.   최대농도는 solubility와 관련해서 정해둔 것 같은데, 최소농도가 정해져있는 이유가 뭔가요?
회원작성글 wnsl1201  |  07.19
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분석장비 탐험가 (필명) ((주)신코)
박은총 연재마감후배에게 주고 싶은 면역학 노트
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Mr. S (필명) (연세대학교)
에스프리 연재마감실험을 해봅시다
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이제욱 연재마감생명과학자 기초체력 다지기
이제욱 (오송첨단의료산업진흥재단, 신약개발지원센터)
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