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Q. TCGA 데이터 분석 의뢰할수 있는 전문 업체 추천 부탁드립니다.
TCGA 데이터 분석 의뢰할 수 있는 전문 업체 추천 부탁드립니다.
회원작성글 alucion  |  11.25
Q. 천연 항생제의 디스크 확산법 실험 실패 원인이 뭔지 알고 싶습니다
  안녕하세요 고등학교에서 과제 연구를 진행하고 있는 고등학생인데. 저희가  쑥 추출물, 항생제를 사용해서 농도별 항생제 감수성 비교 실험을 하였는데 농도별로 큰 차이가 없었습니다. 그 원인을 알고 싶어 질문드립니다.   시료의 제조 1. 아세톤 100% 100ml에 쑥 100g, 75g, 50g, 25g 사용하여 상온에 3일(72시간)동안 침지해둔다. 2. 1번에서 제작한 혼합물을 감압여과하여 쑥 추출물을 얻는다. 3. 항생제 20ml와 증류수 200ml를 섞어 10배 희석된 항생제를 만든다. 4. 3번에서 제작한 항생제에서 20ml를 추출하여 증류수 200ml에 희석해 100배 희석된 항생제를 만든다. 5. 4번에서 제작한 항생제에서 20ml를 추출하여 증류수 200ml에 희석해 1000배 희석된 항생제를 만든다. . 황색포도상구균에 대한 쑥 추출물의 항생제 감수성 측정 1. 페트리 디쉬 9개에 각각 패이퍼디스크를 3개씩 넣는다. 2. 1개의 페트리 디쉬에 페이퍼디스크에 100% 쑥 추출물을 2㎕ 흡수시킨다. 3. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 75% 쑥 추출물을 2㎕ 흡수시킨다. 4. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 50% 쑥 추출물을 2㎕ 흡수시킨다. 5. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 25% 쑥 추출물을 2㎕ 흡수시킨다.  6. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 항생제을 2㎕ 흡수시킨다. 7. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 10배 희석된 항생제을 2㎕ 흡수시킨다. 8. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 100배 희석된 항생제을 2㎕ 흡수시킨다. 9. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 1000배 희석된 항생제을 2㎕ 흡수시킨다. 10. 1개의 페트리 디쉬의 페이퍼디스크에 증류수를 2㎕ 흡수시킨다. 11. 시료를 흡수 시킨 패이퍼디스크를 20분간 건조시킨다. 12. 9개의 배지를 90도씩 돌려가면서 면봉으로 황색포도상구균을 펴바른다. 13. 농도별 추출물과 항생제, 증류수를 흡수한 페이퍼디스크를 세균을 묻힌 배지 시료별로 올린다. 14.배지 뚜껑을 닫고 상온에서 24시간동안 배양시킨다.    저희는 농도가 낮아 세균 배양이 억제 되지 않거나 배지를 일정한 온도로 유지해주지 못한 걸로 추측하고 있는데 다른 분들의 생각이 궁금합니다.
회원작성글 콩자반  |  11.22
Q. 3D-DART DNA structure modeling 설치 관련 질문입니다. 첨부파일
3D-DART라는 DNA structure modeling을 설치하려고 합니다. https://github.com/haddocking/3D-DART 위의 사이트에 설치 관련한 방법이 나와있는데 파이썬으로 설치해야하는 것 같아 파이썬을 아는 IT 관련 지인에게 설치해달라고 했는데 어렵다고 하시네요 ㅠㅠ 혹시 이 프로그램을 사용하시는 분 계시면 설치하는 방법에 대해 알려주실 수 있을까요 ㅠㅠ !
회원작성글 Woneee  |  11.18
Q. 박테리아 배양액 희석하는 이유 알려주세요
저희 실험실에서는 박테리아 샘플링 하루 전, 계대를 넘기고 하루가 지나서 샘플링을 시작합니다. 샘플링을 할 때, 배양액을 그대로 사용하지 않고 1/1500의 배율로 희석해서 사용하는데요. 샘플링 할 때 배양액을 희석하는 이유가 알고 싶습니다. 단순 농도를 낮추기만을 위함은 아닌거 같아서요
회원작성글 혼란스러운 연구생  |  11.10
Q. antiSMASH
antiSMASH라는 이차대사물질을 탐색해주는 프로그램을 사용하고 있습니다. 이 프로그램에 홀지놈을 넣으면 예상되는 metabolites를 보여주는데 여기서 similarity가 뜨는 경우도 있지만 아예 표시가 안되는 경우가 더 많더라구요. 아예 안뜨는 경우는 아닐 확률이 높다고 봐도 무관할까요? 아니면 혹시 antiSMASH외에 사용하기 괜찮은 웹툴(전체 2차대사물질 또는 RiPP만 찾는)이 있다면 알려주시면 감사하겠습니다 ㅠㅠ 
회원작성글 ziw  |  11.04
Q. bwa mem 분석 오류
안녕하세요. Genome reseq 분석한 fastq.gz파일 2개를 Trimmomatic으로 Trim작업을 하고 bwa mem 분석을 진행하려고 했습니다. 하지만 진행 중에 오류가 발생하여 로그를 확인하니 마지막에 이런 메세지가 있습니다.   [mem_sam_pe] paired reads have different names: "A01057:210:H37TJDSX3:2:1160:10809:6621", "A01057:210:H37TJDSX3:2:1160:13774:6621" [mem_sam_pe] paired reads have different names: "A01057:210:H37TJDSX3:2:1160:11080:6621", "A01057:210:H37TJDSX3:2:1160:13792:6621"   이 오류는 왜 발생했으며, 어떻게 해결해야 될까요?? 분석을 직접하는 것은 처음인데, 친절하게 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 옹잉잉  |  11.02
Q. 다수의 유전자들에서 다른 종에 대응되는 유전자로 변환하는 방법에 대해 질문드립니다.
안녕하세요. x라는 종의 유전자 리스트가 있을 때 y라는 종에 대응되는 유전자 리스트를 얻는 방법을 찾고 있습니다. 각개 유전자의 경우 NCBI homologene에서 찾거나, 구글링을 통한 서치를 통해 확인이 가능하나 다수 유전자를 동시에 하는 방법이 있을까 해서요. bioinformatic 작업을 위해 필요한 상황인데 혹시 비슷한 작업을 해보신 분이 있다면 조언 부탁드립니다! "인간 유전자 리스트 => 대응되는 개 유전자 리스트" 로 바꾸는 작업을 하려 하고 항목이 만개가 넘어서 manual로 하기에는 어려움이 따르고 있습니다.. 감사합니다.
회원작성글 ㅇㅇㅇㅅㅅㅅㅅㅅ  |  10.28
Q. 아세트아미노펜의 용해도
아세트아미노펜을 흡광도를 구해서 검량선의 그래프가 y=0.0589x-0.03, R제곱 값은 0.998로 나왔습니다. 문헌에 나와있는 아세트아메노펜의 용해도 결과와 비교를 해야하는데 아세트아미노펜은 14mg/ml의 용해도를 가지는데 제가 한 실험결과와 어떻게 비교할 수 있을까요?
회원작성글 cyw6121  |  10.27
Q. 액체질소 뚜껑이 안닫혔나봅니다..
안녕하세요. 생명관련 랩실에서 학부연구생으로 있는 학부생입니다. 제목 그대로 오늘 아침에 muscle sample들을 -80도에서 액체질소로 옮기는 과정중 뚜껑이 제대로 안닫혔나봅니다.. 한 8시간 뒤에 그걸 발견해서 다시 뚜껑을 제대로 닫았는데,,, cell들이 damage입었을까요?? 액체질소양을 확인했을 때 통안에 많이 남아있었긴했습니다.
회원작성글 악어327  |  10.21
Q. [논문/데이터 첨부] Promoter search : Transcription factor의 binding site를 찾고싶습니다.
안녕하세요? 최근 Transcription factor의 Transcription activity에 대한 관심이 높아져 공부하고있는 대학원생입니다. 논문들을 보면, Transcription factor의 target gene을 밝혀내는 실험에서 해당 gene의 promoter 중 Transcription factor가 binding 하는 사이트를 prediction/search하는 경우가 간혹가다 나오는데요. 이런 정보는 어떻게 찾아볼 수 있나요? 이미지를 첨부합니다. Tan, A., Prasad, R. & Jho, Eh. TFEB regulates pluripotency transcriptional network in mouse embryonic stem cells independent of autophagy–lysosomal biogenesis. Cell Death Dis 12, 343 (2021). https://doi.org/10.1038/s41419-021-03632-9   위의 Figure d.는 TFEB이 binding 하여 transcription  시키는 부위라고 알려진 CLEAR sequence를 찾아낸 결과입니다. Figure d 와 같은 작업을 어떤 프로그램 혹은 사이트를 이용하여 하는지 궁금합니다.    감사합니다.
회원작성글 고등어는맛있어  |  10.21
Q. DESeq2와 같은 패키지 사용 관련 질문드립니다.(초보)
안녕하세요. bioinfomatics와 관련해서 독학을 하고 있는 학생입니다. 아직 아는게 많지 않다보니 질문의 수준이 낮을 수 있어 양해부탁드립니다. R의 패키지(DESeq2, limma 등)을 이용하여 데이터를 다루어보고 표현하는 방법을 연습하고자 합니다. 이론적인 부분만 알뿐 아직 활용 경험이 없다보니 R과 패키지만 깔아둔채 어디서 부터 진행을 해야할지 감이 잡히질 않습니다. 예제 데이터 셋을 구할 방법이 있는지, 다른 분들께서 올려주신 실습코드를 사용하면서 막히는 경우에는 어떻게 접근을 해야할지 그리고 무엇 보다 제가 하고 있는 방향이 맞는지에 대한 확신이 없으니 답답한 부분이 있습니다. 선생님들께서 공부를 진행하실 때 어떤 방식으로 진행하셨는지, 어떤 정보를 활용하셨는지 궁금합니다. 부족한 질문 양해부탁드립니다.
회원작성글 dbdbip  |  10.17
Q. PLA, Biomass
PLA는 옥수수 전분을 당으로 이용한 발효를 통해 젖산을 생산하고, 화학공정을 통해 젖산을 락타이드로 전환한 후, 중합하여 재조합한 소재로 100% 바이오매스로부터 제조되었기 때문에 분석결과 바이오탄소함량이 약 100%정도 입니다. 하지만, PLA 60%에 왕겨 껍질 같은 부산물로 Biomass를 40% 혼합하니깐 분석결과 바이오탄소함량이 30%도 나오지 않습니다. 이론상 Biomass 함량이 적은 부산물을 사용했다고 하더라도, 최소한 50%는 넘어야한다고 생각합니다. 반복을 하지않아서 무엇이 문제인지 모르지만, 분석이 잘못된것인지 아니면 다른 이유가 있는것인지 궁금합니다. 참고문헌이나 이유등을 아시는 분 계신가요?!
회원작성글 angeia1003  |  10.14
Q. BLAST에서 치환행렬이 permutation matrix 과 관련이 있나요?
유전자 서열 유사성 분석시 Blast 에서의 PAM 이나 BLOSUM   치환행렬이라고 하고, 영어 표기로는 substitution matrix 라고 되어 있는데,  일반적으로 수학에서의 행이나 열을 바꾸는 치환행렬 permutation matrix 와 관련이 있나요? 아니면 용어만 같은 것인가요?   한글로는 동일한데, 영어로는 다르고 내용도 다른 것 같아서 질문 드립니다.   감사합니다.
회원작성글 밝음지혜  |  10.02
Q. CAFE5 프로그램을 사용하려하는데 r8s install 시 make 오류가 발생하는데 어떻게 해결해야하는지 아시는 분 계신가요?
안녕하세요!  CAFE5를 설치하여 작동시키려하는데 inputfile preparing 할 때 r8s program을 사용해야합니다. r8s install manual을 보면 tar로 압축을 풀고 make -f Makefile.linux를 실행하여야하는데 이 때 command를 입력하면 306 |  *  NLINCG, UPD1, YKSK, GSK, YRSR, LRESET, SFUN,.FALSE.,IPIVOT,       | Error: Rank mismatch in argument 'ipivot' at (1) (rank-1 and scalar) tn.f:306:57: 라고 에러가 발생하는데 혹시 이게 무엇 때문에 발생하는 오류인지, 어떻게 오류를 해결해야하는지 아시는 분 계실까요? 구글링해보고 에러를 이해하려해도 잘 이해가 되지않아 질문드립니다!
회원작성글 JJUUHH  |  09.29
Q. Miseq 타겟 프라이머 조건
Miseq 으로 해양환경시료의 Metagenome 을 분석하고자 합니다. 18S V3-V4 region 을 타겟으로 하며 Miseq분석회사에 custom primer 진행으로 타겟 시퀀스 프라이머 합성까지 맡길 예정인데   "해당 primer로 라이브러리를 제작하게 될 경우 제공해주셔야 할 정보는 Primer 서열, Target size(bp), PCR 조건(annealing 온도, pcr 사이클 수 등) 입니다." 라고 분석회사에서 요청한 것에 대해 질문이 있습니다.   18S V3-V4 region의 universal primer 서열과 그에 따른 타겟 사이즈는 알겠습니다만, ** 이때 PCR 조건은 무엇을 의미하나요?   타겟 시퀀스에 대한 프라이머에 대한 PCR 조건을 알더라도, 결국 library 제작 시에는 (overhang sequence + 타겟 프라이머) 조합으로 1차 PCR, 2차로 index PCR이 진행될텐데, 그렇다면 overhang sequence 까지 더해진 타겟 프라이머의 Annealing 온도는 달라지는 것 아닌가요?
회원작성글 사과농약  |  09.26
Q. Mega X 를 활용한 계통수 그리기 outgroup 설정방법을 모르겠습니다... 도와주세요ㅠ_ㅠ
 안녕하세요, Mega X를 사용해서 계통수를 그리고자 하고 있습니다. outgroup을 설정해서 다른 clade 에서 삐져나온 sample을 in group으로 묶어서 표현하고 싶은데요...   제가 outgroup을 설정하는 법을 모르겠습니다... youtube나 이런 것들에서 좀 찾아봤는데 못찾겠더라구요.. 혹시 설정하는 방법을 아시는 분 계시다면 알려주시면 감사하겠습니다...   읽어주셔서 감사합니다. 늘 좋은하루 되세요 
회원작성글 Anchovy  |  09.23
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