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BioLab 신동혁 교수
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 카테고리: 전체 > Omics
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Q. 여러 카피의 plasmid에서 발현된 transcription level을 각각 측정하는 방법이 있을까요?
Lentivirus나 plasmid 여러 카피를 genome에 integration 한 후에 각 카피에서 발현되는 transcription level을 따로 측정할 방법이 있을까요? 예를 들어서 plasmid 하나는 euchromatin에 integration 되어 있고, 다른 카피는 heterochromatin에 integration되어 있을 때 euchromatin에 integration되어 있는 plasmid에서 expression이 상대적으로 높을거라고 예상할 수 있는데 RNA-seq 등으로 이걸 측정할 수 있는 방법이 있을지 궁금합니다. 대략적으로 생각해보면 5UTR 이나 3UTR에 barcode를 달아서 plasmid libary를 transfection하면 될 것 같은데 자세한 method나 관련된 논문을 아시는 분이 계시면 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 emilo  |  11.23
Q. 젖산균의 분리배양
김칫국을 이용해서 젖산균의 분리배양 실험을 했는데 MRS 배지에 10의 1승부터 10의 3승까지 도말평판법, 주입평판법 두 가지 방법으로 진행하였고 67시간 정도 배양 후 확인했습니다. 1승부터 3승까지 모든 배지가 곰팡이 처럼 보이는 것만 징그럽게 배양되었는데 잘못된걸까요? 곰팡이가 배양된걸까요? 효모도 배양될 수 있나요?
회원작성글 ㅣ아ㅏ  |  11.14
Q. 다들 실험하실 때나 샘플 정리할 때 맨손으로 하시나요?
연구실험 했던 랩에서는 항상 니트릴 장갑끼고 시료 정리하고, pcr 기계나 centrifuge, vortex 같은 기기 만질 때도 맨손으로 못하게 했어서 의문이 들어 여쭈어 봅니다. 다른 랩도 다 이러는진 모르겠는데 저희 랩에서는 겔 내릴 때도 맨손으로 하고, 시료 정리나 ep-tube 열어볼 때도 마스크 안끼고 말하고 맨손으로 만지고, 그러다가 손가락이 실수로 tube 속으로 들어가기도 하고 그러는 것 같은데 이게 정상인가요? 선배한테 이건 좀 아니지 않냐고 했더니 오히려 제가 결벽증인 것처럼 몰아가는데 무슨 개인과제나 최적화 하는 것도 아니고 타교랑 연계하는 과제거나 기업체랑 엮여있는데 참 갑갑하네요..
회원작성글 초보인턴  |  11.03
Q. Seq이 비용이 너무 비싸잖아요.
그냥 마냥 기본적인 질문인데요. 그러면 그냥 내가 예상하는 병명에 대해서 target을 정해놓고 qPCR을 해서 알아보는 방법은 어떤가요? 굳이 NGS를 해서 전체 데이터를 확인하고 실험을 진행하는게 맞는건가요? 비용이 넘 비싸서 저렴하게 할 수 있는 방법이 없는지 궁금해요.  
회원작성글 hihithere  |  10.29
Q. Single Cell RNA-Seq의 validation 질문
Bulk RNA-seq의 경우, DEG 분석후 candidate gene에 대해서  Real-time PCR로 validation을 하는 것으로 알고 있습니다.    그러면,  Single Cell RNA-Seq의 경우에도, validation 이 필수 적인가요? 답변 부탁합니다.
회원작성글 궁궁궁굼  |  10.25
Q. tagging protein 추천 받고 싶습니다
안녕하세요 선배님들   석박 3년차 중인 애기 석박입니다.   CRISPR-Cas9을 이용해서 특정 protein 서열에 tagging한 ESC를 제작하고자 하고 있습니다. 주로 HA나 FLAG을 사용하겠지만 두 tag 모두 organoid나 mouse에서 non-specific binding이 나타났다는 말이 있어서 더 좋은 tag을 구하고 있습니다.   목표로 하는 protein은 ICC, IP, WB 용도로 사용할 예정이라 적절한 Tag을 추천 받고 싶습니다. V5, MBP, GST, HALO 등 다양한 내용들이 있었지만 어느게 제가 사용하고자 하는 application에 적절할지와 우수할지 궁금합니다. 되도록이면 CRISPR-Cas9 HDR로 넣을 예정이라 짧은 seq이면 좋을 거 같습니다.   감사합니다
회원작성글 도비가공짜  |  06.24
Q. 분해효소 없이 단백질이 분해될까요?
안녕하세요. 예시를 들어 단백질 관련 질문드립니다.   단백질은 아미노산이 50개 이상일 때, 단백질이라고 하죠 어떤 방법으로 아미노산 1,000 개를 이어붙이고, 순수한 상태로 보관했을 때 이 단백질은 자연적으로 분해가 될까요? cleaved 현상이라던지... 구조는 논외로 하겠습니다. 순수히 1차 구조(아미노산 서열)로만 의견 부탁드립니다. 4도에서 보관할 때와 37도(과하게 50도까지)에서 보관할 때, 37도에서 분해될수도 있나요? 분해효소가 없다는 가정하에?
회원작성글 모자  |  05.26
Q. BioCyc (MetaCyc) 구독 고민중입니다.
E.coli가 아닌 다른  세균의 expression을 보려고 하는데, 구독 비용이 부담스러워서 고민중입니다.  1. BioCyc 대신 KEGG 를 사용하는 건 어떻게 생각하시나요? 2. A라는 pathway에 대한 정보를 알고자 할 때, 논문검색을 통해 찿는 것과 BioCyc에서 찾은 후 출처로 사용한 논문을 읽는 것 중 어떤 것이 더 효율적인가요? 3. 업데이트는 잘 되는 편인가요? 4. 구독 비용이 좀 되어서.. 저 또는 저희 실험실에서 구매하긴 좀 부담스러운데,  EcoCyc 을 사용하는 다른 lab이랑 Metabolomics 연구하는 lab이 있어서... 그 방 사람들에게 영업하고, 제가 다니는 대학 도서관에서 부담하는 방식으로 해 보려 하는데 괜찮을까요..? 5. BioCyc보다 저렴한 대체제가 있을까요..? 일단 KEGG 생각해보고 있는데 인터페이스가 초보자에게 친절하진 않은거같아서..
회원작성글 창의적인사람  |  04.13
Q. Metaboanalyst 프로그램 사용에 따른 관련 질문
안녕하세요.  현 졸업논문을 작성하고 있는 석사 과정중에 있는 대학원생입니다.  다양한 실험 결과를 해석함에 있어서 metaboanalyst라는 프로그램을 접하여 결과를 내고 result를 작성하고 있는 와중에 벽에 부딪혔습니다..  주변에 도움을 받을 수 있는 곳이 마땅치 않아서 고민하다가 이곳에 Q/A 올립니다 ㅠㅠ    이러한 R2X, R2Y, Q2값을 작성하는 부분인데요. 저는 지금 PCA, PLS-DA 통계 결과에 대해서작성을 하고 있습니다.  구글에 서치해도 그 어디에도 구하는 방법이 안나오고 어떤 외국인 분도 어떻게 구해야하냐라는 질문에 R프로그밍을 돌리면 된다고하는데 저는 R프로그래밍을 할 줄 몰라서 혹시 metaboanalyst에서도  결과돌리면 바로 찾을 수 있는 것인지, 아니면 다른 계산법이 있는 것인지 제가 다른분한테 듣기로는 그 metabo사이트 안에서 결과ㅡㄹ 돌리면 얻을 수 있는 값이라는데 아무리 찾아도 안보여서요..  급하게 회원가입하고 질문 남깁니다.  혹여나 아시는 분 계신다면 도움을 요청드립니다 ㅜㅜㅜㅜㅜ    답변 주신다면 정말 정말 감사하겠습니다.   
회원작성글 cobyhey  |  03.10
Q. LC-MS 관련 internal standard method 질문드립니다.
안녕하세요. lc-ms 를 통한 metabolite 분석 중 내부표준법에 대해 질문드립니다. 분석 대상은 2가지이고 A,B라고 칭하겠습니다. 혈장 내 대사체 분석이므로 공혈청을 사용하여 analyte standard A, B를 serial dilution 하였고, ISTD (isotope label 된 internal standard) A,B 는 모든 샘플에 동일한 양를 넣어 Calibration curve 를 작성 후 analyte A/internal standard (ISTD) A에 대한 calibration curve 과 analyte B/internal standard (ISTD) B를 작성 후 정량 비교를 할 예정이었으나.. 2가지 isotope labelled standard 중 하나가 원인을 모르겠지만, 색이 변색이 되었습니다. 얼었을땐 노란색, 해동 후 검정색으로요....(이유가 뭔지 모르겠네요..) 품질에 문제가 있을 것 같아서 2가지 중 멀쩡한 ISTD A하나만을 사용하여 analyte A / ISTD A에 대한 calibration curve를 만들고 analyte B / ISTD A에 대한 Calibration curve 를 만들어서 정량분석을 진행하려고하는데... 제 생각에는 이론상 문제가 없을꺼같은데..혹시 괜찮을까요??? 어떤 논문에서는 하나의 ISTD 를 사용하여 두가지 대사체의 양을 확인하더라구요... 답변부탁드립니다..
회원작성글 질문한  |  02.10
Q. lysis buffer에 푼 샘플 보관
protein assay 중 lysis buffer에 샘플을 풀어두었는데  실험을 바로 진행할 수 없게 되어서 보관해두었다가 1~2일 뒤에 BCA와 이후  실험을 진행하려는데 이전에 lysis buffer에 푼 샘플을 얼음에 두었다가 응어리가 생겼던 경험이 있어서  실온 (18도)에 보관할지 냉장고(4도)에 보관할지 고민입니다ㅠㅠ 조언 부탁드립니다! 
회원작성글 도르프  |  01.14
Q. WGS sequencing 질문
안녕하세요  저희가 WGS로 sequencing을 진행하는데요 궁금한 것이 있어 여쭤봅니다. 같은 sample인데 생산날짜가 다른 Library로 sequencing을 진행 했을때,  sequencing후의 데이터 분석시 문제점이나 차이점 등을 알고 싶습니다.   답변해주시면 많은 도움이 될 것 같습니다 :) 감사합니다.
회원작성글 dlkdakl;d  |  01.13
Q. SIMCA 사용 중 UV, Par 를 설정하는 기준이 뭔가요?
 SIMCA 사용하면서 UV로 하라 Par로 하라 사람마다 다른 것 같은데  통계나 SIMCA 같은 교육을 따로 안 받고 사용하다 보니   의미하는 바를 잘 모르겠습니다.  UV나 Par를 설정하는 차이가 뭔가요?? 
회원작성글 질문입니다  |  01.05
Q. 다사 염색체 실험 과정중 질문입니다.
다사 염색체는 보통 분리되지 않아 다른 일반 세포보다 큽니다.  다사염색체 의 일반적인 예시가 초파리 침샘 염색체인데  중간에 과정에서 침샘염색체를 고정할때 아세트산 용액을 사용하는데 왜 에탄올이 아니라 아세트산을 사용하는지 궁금합니다. (1) 또 염색할때 아세트 올세인 용액을 쓰는데 염색체에서 진하게 염색된 띠와 그렇지 않은 띠는 유전자 발현 양상이 어떻게 달라지나요? (2)  
회원작성글 Hoodi  |  2021.11.26
Q. peptide로 homology search 할 수 있는 방법이 있는지 궁금합니다.
BLAST 같은 경우는 Protein sequence로 homology search를 진행하여 결과를 주는 것으로 이해를 했는데, 혹시 peptide를 통해서 homology search 결과를 보여줄 수 있는 tool이나 방법이 있는지 알고 싶습니다!
회원작성글 sammss  |  2021.09.07
Q. 항응고 처리된 혈액 사용법
혈액 응고와 관련된 실험을 진행하는데 혈액빼고 다 구했는데 혈액이 말썽입니다. 헤파린같은 약물로 항응고 처리된 혈액은 구할 수 있을 것 같은데 이를 원상태로 실험에 이용할 방법이 있을까요?
회원작성글 카리나는신이에요  |  2021.08.27
Q. 혈액 실험
혈액 응고 실험하는데 동물혈액(피브린 없는거) 사서 피브린 직접 넣으면 똑같이 쓸 수 있너요?
회원작성글 카리나는신이에요  |  2021.08.25
Q. 거대염색체와 유충의 영양 상관관계
초파리 침샘 염색체 관찰 실험을 할 때 유충의 영양상태에 따라 영양상태가 좋은 유충이 아닌 유충보다 관찰이 용이하다는 점 까지는 이해하겠으나, 영양상태에 따라 구조가 변하거나 하는 지에 대해 의문이 생겨 이렇게 질문 드립니다. 예를 들어 초파리 침샘 염색체 관찰 실험을 할 때 영양이 풍부한 배지에 기른 유충과 유충이 살아가기 위해 필요한 최소한의 영양만을 가진 배지에 기른 유충에서 침샘 염색체의 구조의 차이가 있나요? ㅜㅠㅠㅠ 아직은... 생물분야 지식이 부족해서... 이렇게라도 알아서 동아리원들을 따라가야겠다는 마음으로 글 올려봅니다. 혹시 아신다면 간단하게라도 좋으니.. 답변 해주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 서깅  |  2021.08.17
Q. σ결합과 π결합의 밑첨자 표기차이 질문드립니다
σ결합은 결합성일 때 g, 반결합성일 때 u를 붙이는데 왜 π결합은 반결합성일 때 g, 결합성일 때 u인지 궁금합니다.  
회원작성글 coffeeturt..  |  2021.08.16
Q. 인종별 유전자변이 데이터베이스
인종별로 유전자변이를 확인하고 싶은데요, 어느 데이터베이스를 보는 것이 좋을지 궁금합니다.
회원작성글 JoA04  |  2021.08.07
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