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 카테고리: 전체 > Omics > Metabolomics
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Q. Metaboanalyst 프로그램 사용에 따른 관련 질문
안녕하세요.  현 졸업논문을 작성하고 있는 석사 과정중에 있는 대학원생입니다.  다양한 실험 결과를 해석함에 있어서 metaboanalyst라는 프로그램을 접하여 결과를 내고 result를 작성하고 있는 와중에 벽에 부딪혔습니다..  주변에 도움을 받을 수 있는 곳이 마땅치 않아서 고민하다가 이곳에 Q/A 올립니다 ㅠㅠ    이러한 R2X, R2Y, Q2값을 작성하는 부분인데요. 저는 지금 PCA, PLS-DA 통계 결과에 대해서작성을 하고 있습니다.  구글에 서치해도 그 어디에도 구하는 방법이 안나오고 어떤 외국인 분도 어떻게 구해야하냐라는 질문에 R프로그밍을 돌리면 된다고하는데 저는 R프로그래밍을 할 줄 몰라서 혹시 metaboanalyst에서도  결과돌리면 바로 찾을 수 있는 것인지, 아니면 다른 계산법이 있는 것인지 제가 다른분한테 듣기로는 그 metabo사이트 안에서 결과ㅡㄹ 돌리면 얻을 수 있는 값이라는데 아무리 찾아도 안보여서요..  급하게 회원가입하고 질문 남깁니다.  혹여나 아시는 분 계신다면 도움을 요청드립니다 ㅜㅜㅜㅜㅜ    답변 주신다면 정말 정말 감사하겠습니다.   
회원작성글 cobyhey  |  03.10
Q. LC-MS 관련 internal standard method 질문드립니다.
안녕하세요. lc-ms 를 통한 metabolite 분석 중 내부표준법에 대해 질문드립니다. 분석 대상은 2가지이고 A,B라고 칭하겠습니다. 혈장 내 대사체 분석이므로 공혈청을 사용하여 analyte standard A, B를 serial dilution 하였고, ISTD (isotope label 된 internal standard) A,B 는 모든 샘플에 동일한 양를 넣어 Calibration curve 를 작성 후 analyte A/internal standard (ISTD) A에 대한 calibration curve 과 analyte B/internal standard (ISTD) B를 작성 후 정량 비교를 할 예정이었으나.. 2가지 isotope labelled standard 중 하나가 원인을 모르겠지만, 색이 변색이 되었습니다. 얼었을땐 노란색, 해동 후 검정색으로요....(이유가 뭔지 모르겠네요..) 품질에 문제가 있을 것 같아서 2가지 중 멀쩡한 ISTD A하나만을 사용하여 analyte A / ISTD A에 대한 calibration curve를 만들고 analyte B / ISTD A에 대한 Calibration curve 를 만들어서 정량분석을 진행하려고하는데... 제 생각에는 이론상 문제가 없을꺼같은데..혹시 괜찮을까요??? 어떤 논문에서는 하나의 ISTD 를 사용하여 두가지 대사체의 양을 확인하더라구요... 답변부탁드립니다..
회원작성글 질문한  |  02.10
Q. SIMCA 사용 중 UV, Par 를 설정하는 기준이 뭔가요?
 SIMCA 사용하면서 UV로 하라 Par로 하라 사람마다 다른 것 같은데  통계나 SIMCA 같은 교육을 따로 안 받고 사용하다 보니   의미하는 바를 잘 모르겠습니다.  UV나 Par를 설정하는 차이가 뭔가요?? 
회원작성글 질문입니다  |  01.05
Q. 안녕하세요. 미생물 배양액 분석에 관해서 궁금한게 있어서 여쭤봅니다.
안녕하세요.    궁금한게 있어서 문의 드립니다..   저희가 미생물 배양액을 GC-FID를 통하여 유기산을 보려고합니다. 유기산: formic acid, lactic acid, acetate, propionate, butyrate, 에탄올 현재 저희가 가지고 있는 컬럼은 HP-INNOWAX 컬럼인데요. 미생물 배양액을 그대로 GC 분석에 사용해도 될까요? 아니면 미생물 배양액을 extraction을 거쳐 분석을 진행해야하나요? 만약 Extraction을 한다면 관련된 논문좀 추천 부탁드립니다. 찾아보는데 뭐가 뭔지를 몰라서요...ㅁ
회원작성글 녹찻잎두장  |  2020.03.05
Q. (분석)표준품과 희석용매가 다를경우 희석방법?
표준품은 액상앰플로 DW에 1000ppm으로 녹여있는 제품입니다. 이 앰플을 표준품이 녹아있는 용매 DW가 아닌, MeOH로 희석을 하여 검량선을 그리려고 하는데요. 이 같은 경우 희석을 부피비로 희석해야할지, 무게비로 희석해야할 지 모르겠습니다. 아시는 분 있으실까요?ㅠㅠ
회원작성글 한은영  |  2019.06.04
Q. LC/MS와 GC/MS의 column 선택방법
LC/MS와 GC/MS를 사용하게 되었는데 column이 다양하더라고요. 지방을 분석할때와 특정물질을 분석하고 할때마다 컬럼이 다른 것같은데 이 컬럼을 선택할때 어떤 기준으로 선택하나요? 어느 컬럼에 뭐가 맞는지 어떻게 알죠 ?? 박사님은 바로 이거 분석할거면 이 컬럼을 써야지 이런 식으로 아시던데 저도 공부하고 싶어서요..
회원작성글 질문입니다  |  2019.04.18
Q. 정량분석에 대해 고수님들 도와주세요
현재 제가 정량분석을 진행하는데 제가 분석한 메소드를 토대로 다른 기관에 의뢰를하여 동일 분석조건으로 진행하였는데 기관의 정량값이 제가 정량한 값과 정확히 절반값이 나와 이문제점을 찾고 있습니다 때문에 엑셀을 이용하여 일일히 값을 대입해 회귀방정식을 만들어 차이가 있는곳을 찾고 있는데 문제가 될만한 부분은 없는거 같습니다 기기상태도 이상없고, 샘플 전처리시에도 문제가 없는거 같은데 해결방안을 찾고 싶습니다..
회원작성글 forebersty..  |  2018.12.19
Q. 생물 조직에서 mitochondrial activity assay가 어떤 것이 있을까요...?
 조직에서 미토콘드리아 활성 측정을 하고싶은데요,cell에서는 MTT assay 같은 것을 이용해 독성/미토콘드리아 활성 측정을 하는데조직의 미토콘드리아 활성측정은 어떻게 하는지 찾고있는데 쉽지 않네요 ㅠㅠ도움주세요 ㅠㅠㅠ
회원작성글 실험잘하고싶다  |  2017.09.25
Q. Centrifuge 관련 질문요!
일반적으로 homogenize하는 과정에서의 rack들은 전부 2ml eppendorf tube에 최적화 되어있어서 전처리 할때 2ml eppendorf tube를 쓰는데요...centrifuge할 때 refrigerator centrifuge를 쓰려했더니 국내에서 시판되는 tube넣는 케이스가 1.5ml microtube에 최적화 되어있더라고요..ㅠㅠ그래서말인데 .1.5ml centrifuge rotor에 2ml tube넣고 돌리면 큰일나는거죠?..
바봉  |  2017.01.23
Q. 미하엘리스-멘텐 식 과 Hill식의 의미
Enzyme kinetics 공부하는 석사과정 학생입니다. CYP 대사 반응 규명 연구를 하는데요. 실험을 다 하고 raw data 를 프로그램을 통해 플랏팅할때, 미하엘리스 멘텐식, 힐 식 등등으로 플랏팅을 하고 각 각의 Vmax, Km 값을 구하는데, 이렇게 각 equation 에 따른 다른 Vmax값과 km값이 어떤 의미가 있는지 알고싶습니다.. 아직 짧은지식만을 가져서인지,식에 따라 달라지는 값인데 이건 솔직히 짜맞추기가 아닌가 싶은 생각까지 듭니다.. 선배는 예쁘게 플랏팅 된 그래프를 고르면된다고 하고지나가셨거든요..
회원작성글 거북이_  |  2015.06.09
Q. 미카엘멘텐식이용하여 기질성실험할때...
대사체 규명 실험하는 석사과정학생입니다. HLM을 이용하여 CYP antibody 실험을 하고있습니다. 보통 기질을 처리할때 Km value보다 낮은 농도로 처리한다고들 하는데요.. 그 이유가 명확하지않아서 고수님들께 여쭈고자 글 올려봅니다..
회원작성글 거북이_  |  2015.06.09
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대학생  |  2014.03.26
Q. Metabolomics에 관한 질문이요~
임상연구를 하고 있는데.. 후에 관심있는 질병의 원인을 메타볼로믹스 쪽으로 연구할 계획이 있습니다.전공은 유전학쪽이다보니 다소 생소해서 넓게 찾아보고 있는데..크게 NMR, MS 방법이 있는 거 같더라구요 @_@궁금한 점은 메타볼로믹스로 연구하려면 필요한 샘플량이 얼마인지인데요..혈장을 모은다면 대략 얼마 정도 있어야 마음껏 분석할 수 있을까요?지노믹스쪽은.. genomic DNA 추출해서 몇 십만개(?)의 DNA가 박힌DNA chip에 반응시키면 된다고 알고 있고..필요한 genomic DNA도 얼마 들지 않는 걸로 알고 있습니다.1. 헌데 임상연구로 치면.. 메타볼로믹스 쪽은 대략 얼마정도의 혈장이 있어야 할지요?2. 그리고.. RBC가 용혈되어서 혈장이 붉은색인 샘플도 간혹 있는데.. 상관이 없을지요?
메타  |  2014.02.05
Q. metabolomics 초보자가 질문 드립니다^^
안녕하세요metabolomics 초보자입니다^^;;혹시 2-isopropylmalic acid에 대한 대체 시약이 있는지 여쭤봅니다저는 생체시료인 혈액 샘플을 GC-MS/MS로 분석해보려고 하는데요.전처리 과정에서 2-isopropylmalic acid, Methoxyamine hydrochloride(solid), MSTFA(N-Methyl-N-trimethyl-trifluoroacetamide), Pyridine solution, HPLC water, chloro form이 필요했는데요, 2-isopropylmalic acid는 internal standard를 잡기위해 필요한 것이더라구요.혹시 대체할 수 있는 시약이 있을까요?
회원작성글 merimi  |  2013.12.17
Q. 적절한 용매를 선택하는 법...
안녕하세요...질문이 있어서 급히 이곳에 올리게 됬네요...지금 HPLC로 두 가지 성분을 분석하고자 합니다. 모두 biflavonoid 종류로 하나는 hinokiflavone이고 하나는 sciadopitysin입니다.일단 이 두 standard를 녹일 수 있는 적절한 용매를 찾아야 하는데, 잘 나오지 않에요...두 물질을 녹일수 있는 용매를 찾을 수 있는 사이트나 혹은 적절한 용매가 무엇인지 알고 계신분은 죄송합니다만, 답변 부탁드립니다.ㅠㅠ감사합니다.
석사3차생  |  2013.05.15
Q. a-amylase, a-glucosidase origin 문제
안녕하세요소장내 당 분해 관련 효소 활성을 측정하려고 계획 세우고 있습니다.한데 논문들 찾아보니 a-glucosidase는 Human에서 a-amylase는 porcine pancrea을 사용하더군요타겟으로 삼고 있는 것이 소장에서 탄수화물의 분해 억제 인데하나는 사람으로 하나는 돼지로 부터 사용하는데 뭔가 꺼림직 하더라구요..혹시 porcine pancrea에서 하는 이유나porcine를 human으로 변환해서 해도 되는지 알 수 있을까요?같은 이름의 효소 이니 가능 할 것 같지만..; 아직 리퍼런스를 본게 없네요ㅠ ㅠ답변 부탁드리겠습니다!
회원작성글 raeni03  |  2013.03.21
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