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 카테고리: 전체 > Omics > Proteomics
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. tagging protein 추천 받고 싶습니다
안녕하세요 선배님들   석박 3년차 중인 애기 석박입니다.   CRISPR-Cas9을 이용해서 특정 protein 서열에 tagging한 ESC를 제작하고자 하고 있습니다. 주로 HA나 FLAG을 사용하겠지만 두 tag 모두 organoid나 mouse에서 non-specific binding이 나타났다는 말이 있어서 더 좋은 tag을 구하고 있습니다.   목표로 하는 protein은 ICC, IP, WB 용도로 사용할 예정이라 적절한 Tag을 추천 받고 싶습니다. V5, MBP, GST, HALO 등 다양한 내용들이 있었지만 어느게 제가 사용하고자 하는 application에 적절할지와 우수할지 궁금합니다. 되도록이면 CRISPR-Cas9 HDR로 넣을 예정이라 짧은 seq이면 좋을 거 같습니다.   감사합니다
회원작성글 도비가공짜  |  06.24
Q. 분해효소 없이 단백질이 분해될까요?
안녕하세요. 예시를 들어 단백질 관련 질문드립니다.   단백질은 아미노산이 50개 이상일 때, 단백질이라고 하죠 어떤 방법으로 아미노산 1,000 개를 이어붙이고, 순수한 상태로 보관했을 때 이 단백질은 자연적으로 분해가 될까요? cleaved 현상이라던지... 구조는 논외로 하겠습니다. 순수히 1차 구조(아미노산 서열)로만 의견 부탁드립니다. 4도에서 보관할 때와 37도(과하게 50도까지)에서 보관할 때, 37도에서 분해될수도 있나요? 분해효소가 없다는 가정하에?
회원작성글 모자  |  05.26
Q. lysis buffer에 푼 샘플 보관
protein assay 중 lysis buffer에 샘플을 풀어두었는데  실험을 바로 진행할 수 없게 되어서 보관해두었다가 1~2일 뒤에 BCA와 이후  실험을 진행하려는데 이전에 lysis buffer에 푼 샘플을 얼음에 두었다가 응어리가 생겼던 경험이 있어서  실온 (18도)에 보관할지 냉장고(4도)에 보관할지 고민입니다ㅠㅠ 조언 부탁드립니다! 
회원작성글 도르프  |  01.14
Q. 다사 염색체 실험 과정중 질문입니다.
다사 염색체는 보통 분리되지 않아 다른 일반 세포보다 큽니다.  다사염색체 의 일반적인 예시가 초파리 침샘 염색체인데  중간에 과정에서 침샘염색체를 고정할때 아세트산 용액을 사용하는데 왜 에탄올이 아니라 아세트산을 사용하는지 궁금합니다. (1) 또 염색할때 아세트 올세인 용액을 쓰는데 염색체에서 진하게 염색된 띠와 그렇지 않은 띠는 유전자 발현 양상이 어떻게 달라지나요? (2)  
회원작성글 Hoodi  |  2021.11.26
Q. 거대염색체와 유충의 영양 상관관계
초파리 침샘 염색체 관찰 실험을 할 때 유충의 영양상태에 따라 영양상태가 좋은 유충이 아닌 유충보다 관찰이 용이하다는 점 까지는 이해하겠으나, 영양상태에 따라 구조가 변하거나 하는 지에 대해 의문이 생겨 이렇게 질문 드립니다. 예를 들어 초파리 침샘 염색체 관찰 실험을 할 때 영양이 풍부한 배지에 기른 유충과 유충이 살아가기 위해 필요한 최소한의 영양만을 가진 배지에 기른 유충에서 침샘 염색체의 구조의 차이가 있나요? ㅜㅠㅠㅠ 아직은... 생물분야 지식이 부족해서... 이렇게라도 알아서 동아리원들을 따라가야겠다는 마음으로 글 올려봅니다. 혹시 아신다면 간단하게라도 좋으니.. 답변 해주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 서깅  |  2021.08.17
Q. SDS-PAGE 기법을 이용한 코로나 치료제 개발원리
안녕하세요 고등학교 3학년학생입니다. 제가 SDS-PAGE 기법과 관련한 실험활동에 참여하였는데요. 실험 후 토론활동에서 코로나 치료제 개발 원리에 대해 선생님과 토론하며 "코로나 환자의 간 조직과 정상인의 간 조직을 비교하여 특정 단백질을 검사하고 그 단백질만을 공격할 수 있는 치료제를 개발할 수 있다"는 내용의 설명을 들었는데요.(제가 필기한 내용을 토대로 작성한거라 정확하지 않을 수 있습니다) 치료제 개발원리 중 SDS - PAGE 기법을 이용할 수 있는 과정이 어딘지 궁금해서요ㅠ알려주실 수 있을까요??
회원작성글 구리구리구리구리  |  2020.10.05
Q. 발굴 샘플 수에 대한 통계적 근거
대조군과 질환군 시료 각각 5개를 individual로 준비하여 tmt라는 질량분석 방법으로 동정하였습니다. 그래서 몇가지 단백질을 발굴하고 검증하여 논문을 서브밋 하였는데 리뷰어가 왜 발굴 시료가 저것밖에 안되느냐? 모집단에 대한 표본이 되는수치냐? 통계적 근거를 마련하라고 질문이 와서 고민하다가 글을 올려봅니다 . 혹시 이 부분에 대해서 관련 근거 (논문)에 대해 설명해 주실 귀인이 계신가요?
회원작성글 박성준  |  2020.09.11
Q. 단백질분석법 관련 질문
학부생입니다ㅜㅡㅜ Proteomics 관련 논문을 읽어야해서 그 전에 책을 구해서 보고있는데 책을보다가 기본개념이 너무 헷갈려서 질문드립니다 2DGE(2차원전기영동)이나 LC 의 경우에은 protein을 seperation하는데 사용한다고 나와있고, protein을 identification 하기 위해서는 Mass spectrometry를 사용한다고 나와있습니다. 하지만 이 두개의 구분이 잘 가지 않습니다ㅠㅠ MS 사용하기전에도 seperation, ioinization, 등의 과정이 필요한데 2DGE와 LC도 MS 과정 중 하나라고 보면될까요? 책에서는 2DGE의 한계 극복을 위해 IEF-MS(MALDI-TOF) 혹은 SDS-PAGE-MS/MS를 사용한다고 하는데 이게 도저히 무슨말인지 잘 모르겠습니다... 우선 protein seperation, identification의 차이가 있나요..? 즉, 2DGE, LC와 MS를 이용하는 목적이 어떻게 다른지 궁금합니다. (제가 이해한 바로는 2DGE, LC 보다 MS를 사용하면 더 정확하고 서열까지 알수있는 것 같은데 맞나요..?) 그리고 seperation과 identification, 이 두개념의 차이가 있다면 2DGE 와 MS 는 목적이 다른 것 인데 왜 2DGE 대신 IEF-MS(MALDI-TOF) 혹은 SDS-PAGE-MS/MS 같은 방법을 사용하는건지도 이해가 잘 되지 않습니다ㅠㅠ 혹시 전공이신분들 도와주세요ㅠㅠ 처음 배우는 분야라 너무 헷갈리네요ㅜㅜ
회원작성글 a4049b  |  2020.05.02
Q. sep-pak column c18 보관
sep-pak column c18 보관을 다들 어떻게 하시는지 궁굼합니다 덮개같은거 따로 쓰시는지 아니면 버퍼에 담가서 보관을 하시는지 여쭤보고싶습니다 
회원작성글 dmsrud5449  |  2020.02.24
Q. Anion exchange chromatography 하기 전
안녕하세요, Anion Exchange Chromatography를 하기 전, 제가 원하는 물질의 pI 값을 찾아 보기 위해 아래와 같은 실험을 진행하려고 합니다: 이 실험을 하기 위해서, 어떻게 하면 bead의 양을 동일하게 맞춰 줄 수 있을까요? (단순히 volume 으로만 맞춰줘야 하는지 궁금합니다) 그리고 resin equilibration 할 때 보통 어떻게 하는지도 궁금합니다. 제가 구입한 resin은 20% alcohol에 들어가 있는데, dialysis 혹은 amicon centrifugal filter로 buffer exchange를 해 줘야 하는건가요? 더불어 buffer를 사용하는대신 DI water를 HCl등으로 pH를 조절하여 위 실험을 진행해도 무방한지 궁금합니다. 감사드립니다:)!!
회원작성글 베리타스  |  2019.08.23
Q. Technical replicates 문의드립니다.(답변 부탁드립니다)
하나의 샘플을 장비를 이용하여 technical replicates 3반복 실험 시 2개가 정상적으로 나오고 다른 하나는 그 당시 injection 된 샘플양이 부족해서 어떠한 결과도 나타내디 못했습니다. 순차적으로 다른 샘플들의 분석이 끝나고 하루정도가 지난 후에 앞서말한것과 동일한 여분의 샘플로 동일한 조건에서 다시 2번을 더 분석 하였을 때, 앞의 2번의 결과처럼 정상적인 결과가 나왔습니다. 이와 같은 경우 연속적으로 3번을 분석하지 못했지만 동일한조건으로 분석 시 정상적으로 분석되었다면 시간이 지체되어도 technical replicates 간의 반복성간 차이가 없다는것을 증명할 수 있나요? Reviewer 에게 질문 받을 만한 문제인가요? 답변부탁드립니다.
회원작성글 질문한  |  2019.08.21
Q. Plasma/Serum 중 어디에 Lipoprotein이나 Exosome이 더 많을까요?
Plasma/Serum중 어디에 Lipoprotein이나 Exosome이 더 많을까요? 논문을 찾아보니 딱히 위와 같은 부분에 대한 조사는 특별히 하지 않은것 같아서요.
회원작성글 지니100  |  2019.08.08
Q. SILAC 분석 가능한 업체 있을까요?
2가지 세포에서 나온 CM을 SILAC 표지를 사용하여 proteomics 분석을 하고싶은데 SILAC 분석이 가능한 업체가 국내에 있을까요? 있으면 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 비스킷  |  2019.07.25
Q. enzyme 분석의뢰를 할 수 있는 국내 업체를 찾고 있습니다.
안녕하세요. 혹시 회원님들 가운데 enzyme 분석을 전문적으로 해주는 업체를 알고 계신지 알고 싶어서 글을 올렸습니다. 제가 분석하고자 하는 것은 미생물을 배지 안에서 키우고 있는데 배지에 차이를 두어 이 미생물의 enzyme 의 활성정도의 차이를 양적으로 알고 싶어서 그렇습니다. target 하는 enzyme은 6개입니다.   감사합니다.
회원작성글 Acetogen  |  2019.02.21
Q. FASP하는 과정에서 실수로 SDT대신 50%ACN과 0.1% FA를 넣었는데...
FASP하는 과정에서 실수로 샘플에 SDT 대신 50%ACN과 0.1% FA를 넣었는데 샘플을 다시 동결건조하고 실험을 진행해도 괜찮을까요 ?아니면 처음부터 실험을 다시 진행 해야하는지... 궁금합니다.감사합니다.
회원작성글 꿈먹음  |  2019.01.22
Q. 분자량 분석 결과 및 미지 물질 찾기
P. tolaasii 라는 균주가 분비하는 펩티드 독소인 tolaasin에 대해 연구하고 있는 대학원생입니다.분비된 독소를 순수분리하여 MALDI-TOF 질량분석기를 이용하여 분자량을 측정하였습니다.우선, tolaasin 물질이 분비되어 측정된 것은 확인하였으나, 그 외의 측정된 다른 분자들을 알고 싶어 이렇게 질문을 남기게 되었습니다.혹시 분자량을 검색하면 해당되는 물질을 볼 수 있는 사이트나 프로그램을 알고 계시다면 댓글로 남겨주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 쩜수니  |  2019.01.16
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