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 카테고리: 전체 > Omics > Genomics
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Q. BioCyc (MetaCyc) 구독 고민중입니다.
E.coli가 아닌 다른  세균의 expression을 보려고 하는데, 구독 비용이 부담스러워서 고민중입니다.  1. BioCyc 대신 KEGG 를 사용하는 건 어떻게 생각하시나요? 2. A라는 pathway에 대한 정보를 알고자 할 때, 논문검색을 통해 찿는 것과 BioCyc에서 찾은 후 출처로 사용한 논문을 읽는 것 중 어떤 것이 더 효율적인가요? 3. 업데이트는 잘 되는 편인가요? 4. 구독 비용이 좀 되어서.. 저 또는 저희 실험실에서 구매하긴 좀 부담스러운데,  EcoCyc 을 사용하는 다른 lab이랑 Metabolomics 연구하는 lab이 있어서... 그 방 사람들에게 영업하고, 제가 다니는 대학 도서관에서 부담하는 방식으로 해 보려 하는데 괜찮을까요..? 5. BioCyc보다 저렴한 대체제가 있을까요..? 일단 KEGG 생각해보고 있는데 인터페이스가 초보자에게 친절하진 않은거같아서..
회원작성글 창의적인사람  |  04.13
Q. WGS sequencing 질문
안녕하세요  저희가 WGS로 sequencing을 진행하는데요 궁금한 것이 있어 여쭤봅니다. 같은 sample인데 생산날짜가 다른 Library로 sequencing을 진행 했을때,  sequencing후의 데이터 분석시 문제점이나 차이점 등을 알고 싶습니다.   답변해주시면 많은 도움이 될 것 같습니다 :) 감사합니다.
회원작성글 dlkdakl;d  |  01.13
Q. peptide로 homology search 할 수 있는 방법이 있는지 궁금합니다.
BLAST 같은 경우는 Protein sequence로 homology search를 진행하여 결과를 주는 것으로 이해를 했는데, 혹시 peptide를 통해서 homology search 결과를 보여줄 수 있는 tool이나 방법이 있는지 알고 싶습니다!
회원작성글 sammss  |  2021.09.07
Q. 인종별 유전자변이 데이터베이스
인종별로 유전자변이를 확인하고 싶은데요, 어느 데이터베이스를 보는 것이 좋을지 궁금합니다.
회원작성글 JoA04  |  2021.08.07
Q. PCR 온도 30도로 해도 괜찮을까요?
생물은 저서생물기반으로 하고있는데 쓰고있는 primer의 Tm값은 50-55도 입니다. PCR을 하는데 낮은 온도로 하니까 오히려 잘나오더라구요. 40도까지해습니다. 랩 선배나 PCR글을 자주보면 40-60도사이에서 고르라고 하는데 혹시 더 낮은 온도로 하면 잘나오지 않을까요? 한 30도로 해보신분있을까요?
회원작성글 아라온  |  2021.08.03
Q. 유전자 발현에 대해 궁금합니다
'유전자 발현'이라는 용어는 조직, 기관에 따라 세포의 기능을 달리 하는 관점에서의 발현과 억제를 나타내나요? 유전자가 존재하지만 진화하면서 불활성화되어 휴면상태에 있는 유전자를 활성화하는 것도 유전자 발현이라고 표현하는지 궁금합니다 생명 쪽 지식이 많이 부족한 고등학생이라 잘 구분이 안가서 여쭤봅니다 ㅠㅠ +) 다른 종과 공동 조상이었을 시기에는 특정 유전자가 존재하다가, 진화 과정에서 그 유전자 발현이 억제되어 현재에는 불활성화되어 있다면, 이를 후성 유전의 사례라고 볼 수 있나요? (제가 이해하고 있는게 맞는지 궁금해서요!!)
회원작성글 애옾  |  2021.04.18
Q. DEG 선별후에 validation에 관해서 궁금한게 있습니다.
안녕하세요 RNA-Seq 후에 DEG들을 선별하였고 그중에서 특정 gene들의 발현 양상을 조직과 뇨에서 검증을 해야되어 western blot을 수행하였습니다. 결과는 예상했던것처럼 잘 나왔는데...  후보군은 mRNA 레벨에서 정해놓고 검증은 왜 protein level로 했냐고 하는데 이 부분이 논문 submit시 지적사항이 될수 있을까요>        
회원작성글 도도Do  |  2020.11.04
Q. RNA-seq 등의 NGS 분석을 할 때 어떤 업체를 주로 사용하시나요?
안녕하세요 연구실에서 RNA-seq을 의뢰하려고 합니다. (제가 일하고 있는 연구실이 원래 omics 연구를 하던 방이 아니어서 연구실에서 처음으로 RNA-seq을 진행합니다.)   Sequencing을 하는 업체가 워낙에 많다보니 실험실 내부에서 업체 선정에 시간이 걸리고 있는데, 혹시 연구자분들께서는 NGS를 진행할 때 어떤 업체를 이용하시나요?
회원작성글 BlackSmile  |  2020.06.25
Q. 혹시 국내에 flow cytometry 서비스 하는 곳이 있나요?
Genome size를 예측하고 싶어서 만들어보려고하는데요.  혹시 국내에 flow cytometry 서비스 하는 곳이 있나요? kmer frequency와 같이 데이터를 만들어보려고합니다. 
회원작성글 꾸울  |  2020.04.28
Q. pcr tube centrifuge 첨부파일
저 혹시 랩 이전 하시는 분들 중에서 저 구형 PCR tube centrifuge 버리시는 분 계신가요? 정 중앙에 pcr tube 꽂는 랙만 구했으면 하는데 버전이 예전것이라 단종 되었다네요.. 버리시는 분 연락 주셨으면 합니다...ㅠ.ㅠ....... 감사합니다. 010-6664-3338
회원작성글 katherine  |  2020.03.16
Q. 왜 5' 시작점이죠?
전사 시작이 5'에서 3'으로 종결되는데... 왜하필 5' 이죠? 작은 숫자 3'으로 시작하면 외우기도 편할텐데... 이유라도 있나요?
회원작성글 뿌뿌  |  2020.01.14
Q. 한 유전자가 여러 염색체에 존재하나요?
NCBI에서 유전자를 검색했는데 chr1~chr4 까지 검색됩니다. 몇개는 유전자 이름에 like 라고 되어있고...없는것도 있고... 그중에서도 complement 라고 되어있고 없는것도 있습니다. 유전자에 like 없고 complement라고 되어있는 것이 하나만 존재합니다. 어떤 유전자를 보고 결정해야되는지 모르겠습니다.
회원작성글 뿌뿌  |  2019.12.06
Q. geo public database에서 특정 gene mutation검색하고자하는데요
안녕하세요 저는 이미 open된 genomic database에서 제가 원하는 특정 gene mutation이 일어나있는가를 알아보고자 하는데요,, 예를 들어서 어떤 특정 환자 sample에 대한 RNA-seq data 결과에서 X라는 유전자의 돌연변이가 일어나 있는가 아닌가 알아보려고합니다.   구글에서 나름대로 분석방법을 검색하면 R을 이용한 분석법이 많이 나오는데,,, 저는 생물학전공이라 전혀 R을 하지 못합니다.  혹시 저같이 R못인간을위한 분석 프로그램이 있을까요? 미리미리 정말 감사드립니다!!!
회원작성글 후니훈  |  2019.09.27
Q. 유전체 분석 (GWAS, NGS)을 공부하고 싶습니다.... 관련 전공자 선생님~ 조언 부탁드립니다.
저는 주로 invivo, invitro, 그리고 FACS와 관련된 연구를 주로 진행해왔습니다. 몇일 전부터 새로운 분야에대해 공부해보고 싶다는 생각이 들었습니다. 고민을 하다가, 의학 통계학과 같은 유전체 분석을 공부하고 싶다는 생각을 하게 되었고, 관련된 정보를 찾으려하니 시작이 어렵습니다.... 통계쪽은 간단한 데이터 정리정도만 할 수 있습니다. 제가 배워보고자 하는 것은 GWAS, NGS 입니다. 아무것도 모른다는 조건하에.... 참고할만한 기초서적을 추천해주셨으면 합니다.... 또한, 가능하시다면 메일을 주고 받으며 관련된 지식을 배워보고 싶습니다.... 많은 도움 부탁드리겠습니다. 감사합니다...
회원작성글 지나가는사람  |  2019.04.04
Q. TCGA level1 데이터 받으시는 분 계신가요?
안녕하세요TCGA에서 데이터를 다운로드 받으려고 하는데요혹시 level1 데이터를 받으시는분 계신가요인증과정을 거쳐야 받을 수 있는데 한국 연구자들이 인증을 받을 수 있는지 궁금합니다.감사합니다.
회원작성글 Choscion  |  2019.02.20
Q. DNase-seq,Hi-C 하는 국내회사나 외국회사 아시는분 계신가요?
안녕하세요 저희 실험실에서 DNase-seq, Hi-C 을 진행하려고 하는데혹시 DNase-seq을 하는 국내회사나 외국회사 알고 계신분 계신가요?P.S Dnase-seq은 Dnase I 을 이용하여 genome 전체에서 open chromatin region을 찾는 sequencing기술입니다.Hi-C는 3C(Chromosome Conformation capture) 기반으로 genome전체에서 chromation physical interaction을 capture하는 기술입니다. 혹시 아시는 회사 있다면 답변 부탁드립니다.
회원작성글 월요일좋아  |  2018.11.22
Q. PET-15b벡터
제가지금 pET-15b벡터에 PCR결과 얻은 DNA를 Ligation 시키려고하는데 형질전환이 잘 되었는지 결과로 blue-white screening'쓸수있나요? Lac효소쪽은 제한효소로건드리지않아서 가능할것같은데 맞나요? 근데 이거로는 플라스미드가 cp cell로 잘들어갔는지만확인할수있는거고 원하는 DNA가형질전환된 플라스미드가 들어갔는지는 확인불가능인가요?
회원작성글 퉁기퉁기  |  2018.10.04
Q. 생존곡선 분석 방법 알려주세요 Kaplan–Meier survival curves of overall survival 첨부파일
 안녕하세요 제가 어떤 cancer에서 어떤 유전자가 있을 때와 없을 때의 생존율이 차이가 나는지기존의 보고된 자료들을 통해서 survival그래프를 얻고 싶은데요.그리고 그 유전자가 recurrence된 이후에 증가되는지 혹은 감소되는지 혹은 mutation이 일어나는지에 따른 survival그래프도 분석해보고 싶은데요.해본적이 없어서 어떻게 하는지도 모르겠고 나름대로 검색해본다고 했는데 잘안나오네요예전에 어떤 사이트에서 암종이랑 유전자 입력하면 자동으로 분석해주는 사이트도 있던거 같은데너무 오래되서 기억도 안나고 검색해도 안나오네요..ㅜㅜ제가 분석하고 싶은 이미지를 첨부해봅니다.사이트나 방법 아시는 분들 알려주세요..고수님들의 도움이 필요합니다.감사합니다.
회원작성글 more  |  2017.11.05
Q. 국내에서 telomere와 telomerase 활성도 측정 가능한 분석 업체가 있을까요??
 아시는 정보 있으시면 댓글 부탁드립니다 ㅠㅠ
회원작성글 이탱  |  2017.09.07
Q. Homozygous Dominance에서 allele 한쪽은 억제되나요?
안녕하세요! 유전학을 처음 접하는 생물학 전공 학부생입니다. (너무나 기초적인 질문이어서 부끄럽지만..) 공동우성 등의 특이한 경우(?)가 아니라면, Homozygous 우성(Ex. AA)과 Heterozygous 우성(Ex. Aa)의 phenotype은 같다고 알고 있습니다. 그런데 분자적 수준에서 생각해보면, 조금 의문이 듭니다. allele A의 단백질 product를 α라고 하고 allele a의 gene product를 β라고 하면 AA의 경우는 전사-번역을 거쳐서 (2 x α)만큼의 protein이 나올 것이고, Aa의 경우는 (α + β)만큼의 protein이 나올 것입니다. β의 경우 phenotype에 기여하는 바가 없다고 가정하면, AA는 Aa에 비교해서 2배의 α를 생산하니까, 더욱 ‘강력한’ phenotype이 나와야 하는 것 아닌가요? (예컨대 2배의 초파리 날개 크기, 2배 진한 눈 색깔 등등..) AA와 Aa의 phenotype이 같은 이유는 gene product의 양이 같아서 아닌가요? 혹시 AA에서 한쪽 allele을 억제하는 분자적 메커니즘이 있는지 궁금합니다. 만약 있다면 관련한 자료를 소개해주시면 더더욱 감사드리겠습니다. 감사합니다, 좋은 하루 되세요!
회원작성글 학서  |  2017.08.03
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