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BioLab 신동혁 교수
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 카테고리: 전체 > Omics > Genomics
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Q. 여러 카피의 plasmid에서 발현된 transcription level을 각각 측정하는 방법이 있을까요?
Lentivirus나 plasmid 여러 카피를 genome에 integration 한 후에 각 카피에서 발현되는 transcription level을 따로 측정할 방법이 있을까요? 예를 들어서 plasmid 하나는 euchromatin에 integration 되어 있고, 다른 카피는 heterochromatin에 integration되어 있을 때 euchromatin에 integration되어 있는 plasmid에서 expression이 상대적으로 높을거라고 예상할 수 있는데 RNA-seq 등으로 이걸 측정할 수 있는 방법이 있을지 궁금합니다. 대략적으로 생각해보면 5UTR 이나 3UTR에 barcode를 달아서 plasmid libary를 transfection하면 될 것 같은데 자세한 method나 관련된 논문을 아시는 분이 계시면 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 emilo  |  11.23
Q. 다들 실험하실 때나 샘플 정리할 때 맨손으로 하시나요?
연구실험 했던 랩에서는 항상 니트릴 장갑끼고 시료 정리하고, pcr 기계나 centrifuge, vortex 같은 기기 만질 때도 맨손으로 못하게 했어서 의문이 들어 여쭈어 봅니다. 다른 랩도 다 이러는진 모르겠는데 저희 랩에서는 겔 내릴 때도 맨손으로 하고, 시료 정리나 ep-tube 열어볼 때도 마스크 안끼고 말하고 맨손으로 만지고, 그러다가 손가락이 실수로 tube 속으로 들어가기도 하고 그러는 것 같은데 이게 정상인가요? 선배한테 이건 좀 아니지 않냐고 했더니 오히려 제가 결벽증인 것처럼 몰아가는데 무슨 개인과제나 최적화 하는 것도 아니고 타교랑 연계하는 과제거나 기업체랑 엮여있는데 참 갑갑하네요..
회원작성글 초보인턴  |  11.03
Q. Seq이 비용이 너무 비싸잖아요.
그냥 마냥 기본적인 질문인데요. 그러면 그냥 내가 예상하는 병명에 대해서 target을 정해놓고 qPCR을 해서 알아보는 방법은 어떤가요? 굳이 NGS를 해서 전체 데이터를 확인하고 실험을 진행하는게 맞는건가요? 비용이 넘 비싸서 저렴하게 할 수 있는 방법이 없는지 궁금해요.  
회원작성글 hihithere  |  10.29
Q. Single Cell RNA-Seq의 validation 질문
Bulk RNA-seq의 경우, DEG 분석후 candidate gene에 대해서  Real-time PCR로 validation을 하는 것으로 알고 있습니다.    그러면,  Single Cell RNA-Seq의 경우에도, validation 이 필수 적인가요? 답변 부탁합니다.
회원작성글 궁궁궁굼  |  10.25
Q. BioCyc (MetaCyc) 구독 고민중입니다.
E.coli가 아닌 다른  세균의 expression을 보려고 하는데, 구독 비용이 부담스러워서 고민중입니다.  1. BioCyc 대신 KEGG 를 사용하는 건 어떻게 생각하시나요? 2. A라는 pathway에 대한 정보를 알고자 할 때, 논문검색을 통해 찿는 것과 BioCyc에서 찾은 후 출처로 사용한 논문을 읽는 것 중 어떤 것이 더 효율적인가요? 3. 업데이트는 잘 되는 편인가요? 4. 구독 비용이 좀 되어서.. 저 또는 저희 실험실에서 구매하긴 좀 부담스러운데,  EcoCyc 을 사용하는 다른 lab이랑 Metabolomics 연구하는 lab이 있어서... 그 방 사람들에게 영업하고, 제가 다니는 대학 도서관에서 부담하는 방식으로 해 보려 하는데 괜찮을까요..? 5. BioCyc보다 저렴한 대체제가 있을까요..? 일단 KEGG 생각해보고 있는데 인터페이스가 초보자에게 친절하진 않은거같아서..
회원작성글 창의적인사람  |  04.13
Q. WGS sequencing 질문
안녕하세요  저희가 WGS로 sequencing을 진행하는데요 궁금한 것이 있어 여쭤봅니다. 같은 sample인데 생산날짜가 다른 Library로 sequencing을 진행 했을때,  sequencing후의 데이터 분석시 문제점이나 차이점 등을 알고 싶습니다.   답변해주시면 많은 도움이 될 것 같습니다 :) 감사합니다.
회원작성글 dlkdakl;d  |  01.13
Q. peptide로 homology search 할 수 있는 방법이 있는지 궁금합니다.
BLAST 같은 경우는 Protein sequence로 homology search를 진행하여 결과를 주는 것으로 이해를 했는데, 혹시 peptide를 통해서 homology search 결과를 보여줄 수 있는 tool이나 방법이 있는지 알고 싶습니다!
회원작성글 sammss  |  2021.09.07
Q. 인종별 유전자변이 데이터베이스
인종별로 유전자변이를 확인하고 싶은데요, 어느 데이터베이스를 보는 것이 좋을지 궁금합니다.
회원작성글 JoA04  |  2021.08.07
Q. PCR 온도 30도로 해도 괜찮을까요?
생물은 저서생물기반으로 하고있는데 쓰고있는 primer의 Tm값은 50-55도 입니다. PCR을 하는데 낮은 온도로 하니까 오히려 잘나오더라구요. 40도까지해습니다. 랩 선배나 PCR글을 자주보면 40-60도사이에서 고르라고 하는데 혹시 더 낮은 온도로 하면 잘나오지 않을까요? 한 30도로 해보신분있을까요?
회원작성글 아라온  |  2021.08.03
Q. 유전자 발현에 대해 궁금합니다
'유전자 발현'이라는 용어는 조직, 기관에 따라 세포의 기능을 달리 하는 관점에서의 발현과 억제를 나타내나요? 유전자가 존재하지만 진화하면서 불활성화되어 휴면상태에 있는 유전자를 활성화하는 것도 유전자 발현이라고 표현하는지 궁금합니다 생명 쪽 지식이 많이 부족한 고등학생이라 잘 구분이 안가서 여쭤봅니다 ㅠㅠ +) 다른 종과 공동 조상이었을 시기에는 특정 유전자가 존재하다가, 진화 과정에서 그 유전자 발현이 억제되어 현재에는 불활성화되어 있다면, 이를 후성 유전의 사례라고 볼 수 있나요? (제가 이해하고 있는게 맞는지 궁금해서요!!)
회원작성글 애옾  |  2021.04.18
Q. DEG 선별후에 validation에 관해서 궁금한게 있습니다.
안녕하세요 RNA-Seq 후에 DEG들을 선별하였고 그중에서 특정 gene들의 발현 양상을 조직과 뇨에서 검증을 해야되어 western blot을 수행하였습니다. 결과는 예상했던것처럼 잘 나왔는데...  후보군은 mRNA 레벨에서 정해놓고 검증은 왜 protein level로 했냐고 하는데 이 부분이 논문 submit시 지적사항이 될수 있을까요>        
회원작성글 도도Do  |  2020.11.04
Q. RNA-seq 등의 NGS 분석을 할 때 어떤 업체를 주로 사용하시나요?
안녕하세요 연구실에서 RNA-seq을 의뢰하려고 합니다. (제가 일하고 있는 연구실이 원래 omics 연구를 하던 방이 아니어서 연구실에서 처음으로 RNA-seq을 진행합니다.)   Sequencing을 하는 업체가 워낙에 많다보니 실험실 내부에서 업체 선정에 시간이 걸리고 있는데, 혹시 연구자분들께서는 NGS를 진행할 때 어떤 업체를 이용하시나요?
회원작성글 BlackSmile  |  2020.06.25
Q. 혹시 국내에 flow cytometry 서비스 하는 곳이 있나요?
Genome size를 예측하고 싶어서 만들어보려고하는데요.  혹시 국내에 flow cytometry 서비스 하는 곳이 있나요? kmer frequency와 같이 데이터를 만들어보려고합니다. 
회원작성글 꾸울  |  2020.04.28
Q. pcr tube centrifuge 첨부파일
저 혹시 랩 이전 하시는 분들 중에서 저 구형 PCR tube centrifuge 버리시는 분 계신가요? 정 중앙에 pcr tube 꽂는 랙만 구했으면 하는데 버전이 예전것이라 단종 되었다네요.. 버리시는 분 연락 주셨으면 합니다...ㅠ.ㅠ....... 감사합니다. 010-6664-3338
회원작성글 katherine  |  2020.03.16
Q. 왜 5' 시작점이죠?
전사 시작이 5'에서 3'으로 종결되는데... 왜하필 5' 이죠? 작은 숫자 3'으로 시작하면 외우기도 편할텐데... 이유라도 있나요?
회원작성글 뿌뿌  |  2020.01.14
Q. 한 유전자가 여러 염색체에 존재하나요?
NCBI에서 유전자를 검색했는데 chr1~chr4 까지 검색됩니다. 몇개는 유전자 이름에 like 라고 되어있고...없는것도 있고... 그중에서도 complement 라고 되어있고 없는것도 있습니다. 유전자에 like 없고 complement라고 되어있는 것이 하나만 존재합니다. 어떤 유전자를 보고 결정해야되는지 모르겠습니다.
회원작성글 뿌뿌  |  2019.12.06
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