안녕하세요. 현재 석사과정중인 학생입니다. 현재 진행하고 있는 연구가 새싹삼(새싹인삼)과 β-glucosidase 활성이 있는 유산균을 발효시켰을 때 고분자 진세노사이드에서 저분자 진세노사이드로 전환되는지를 확인하고 있습니다. 유산균의 β-glucosidase활성은 Esculin법으로 배지의 색 변화를 확인하였고, 조효소제를 제조하여 Ginsenoside Rb1의 전환을 확인하려고 하는데 조효소제 제조법에서 막히고 있습니다.. 여러 논문을 찾아보아도 대부분 비슷하게 서술되어 있어 막막합니다. 혹시 작은 도움이라도 주실 수 있으신 분 계시면 아주 작은 도움이라도 부탁드립니다. 감사합니다. 

안녕하세요, 궁금한게 생겨 문의드립니다.  다름이 아니라 공부를 하던 도중 애기장대에서 null mutant를 만드는 과정에서 T-DNA inserton을 통해 null mutant를 유기했다는 내용이 나왔는데, 제가 아는 지식으로는 식물체에 T-DNA가 삽입될때 random하게 chromosome에 삽입되어 mutant를 얻는 것으로 알고 있습니다.(공부가 부족하여 이 부분이 정확하지 않을 수 있습니다) 혹시 특정 gene의 기능을 knock-out시키기 위해서 T-DNA가 삽입될때 특정 gene에 targeting하여 삽입하도록 하는 기술이 있는지 여쭤보고자 문의 남깁니다 감사합니다.

고등학교 1학년 학생입니다. 나무를 관찰하다가 여름인데도 불구하고 꽃이 진 나무들은 가장자리부터 잎과 줄기가 붉게 변하는 것을 알게 되었습니다. 제가 관찰한 나무는 매화와 진달래입니다. 나무의 색소가 생존원리와 어떤 연관이 있어서 꽃이 진 후 잎과 줄기의 색이 변하는 것인지, 왜 가장자리부터 그런 변화가 생긴 것인지 궁금합니다.

‘사과 갈변 억제’를 주제로 실험을 하게 되었는데요. 그 과정에서 산성 물질이 효과가 있다는 글을 보고 반대로 “염기성 물질은 갈변을 촉진 시킬까?” 하는 의문점이 들어 수산화나트륨을 사용하여 실험을 진행 하였습니다. 사과에 용액을 묻힌 후 비닐랩에 올려두고 즉시/10분 뒤/24시간 뒤에 관찰했구요 사진처럼 사과가 빨갛게 변한 원인을 무엇으로 보는 게 맞을까요? 갈변이 되었다고 하기엔 애매해서요.

안녕하세요 오늘 arabidopsis floral dip 을 했는데, 실수로 5% sucrose를 만들어야 했는데, 0.5%로 만들었습니다. 디핑은 끝났고 아래 링크의 논문을 찾아보니까 0.5%~5%는 효율에 큰 차이가 없다고 하는데, 걱정이 돼서요ㅜㅜ https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1365-313x.1998.00343.x 경험자 분들의 조언 부탁드립니다.  

안녕하세요, 저는 실험이 초보인 대학원생입니다. 한가지 질문을 드릴려고 하는데요, TMHMM2.0 version 으로 transmembrane prediction을 했는데요, 피겨를 첨부해 드립니다. 이 피겨가 어떤것을 의미하는 지 궁금해서 고수님들께 여쭤보는 바 입니다. 그리고 만약에 저 피겨속 빨간색부분이 outside위로 넘어간다면 그것 또한 어떤것을 의미하는지 알고싶습니다. 답변 부탁드립니다. 감사합니다~~~

현재 실험실 생활중인 학생입니다.   최근 cloning을 하고 있는데 transformation을 해도 colony가 나오지 않아 고생중입니다. 간간히 colony가 떠도 gene specific primer와 vector specific primer로 PCR 해보면 대부분 아니구요. 한번은 gene이 삽입된 것으로 확인돼서 plasmid를 추출해서 gel loading으로 확인 했는데, plasmid size가 다르더군요...   제가 생각하기엔 ligation 단계에서 문제가 있는가 의심돼서, ligation product를 PCR로 확인해보려 합니다. 그런데 제가 AP 처리를 한 vector를 사용했는데, 이게 PCR시에 문제가 되진 않을까요?   AP 처리한 vector를 ligation 하면 중간에 nick이 생긴다고 알고 있어서 불안한 마음에 질문 드립니다.

fore ground selection에서 flanking marker사용이 중요하다고 하는데 왜 그런가요? 또 어떤 마커시스템이 가장 유리한지 알고 싶습니다.  

안녕하세요. yeast two hybrid 실험을 하고 있는 학부연구생 1년차입니다. 다름이 아니라 takara 시스템을 이용하는데, yeast two hybrid mating 하기 전에 autoactivation과 toxicity 검사를 진행하는데 toxicity 검사는 정상적으로 독성이 없음을 확인했는데 autoactivation 결과에서 SD(Trp-)/X/A 배지에서 콜로니가 뜨면 AUTOACTIVATION이 일어난다는 것인데, 제가 하고있는 유전자 3개다 콜로니가 떳습니다. 근데 이상한 점은 콜로니가 모두다 Yeast가 아니라 다른게 자란 것 같습니다. 이스트 냄새도 안나고하는데 이때 이 결과를 어떻게 받아드리면 될까요? autoactivation이 안일어났다고 봐도 되는건가요?   또 다일루션할때 SD(TRP-)/X/A media 배지로 희석했는데 SD(trp-)배지로 희석해야되나요?

안녕하세요 대학교에서 학부연구생으로 일하고있는 연구생입니다. 다름이 아니라 Yeast two hybrid를 진행할때 x-alpha-gal를 사용하는데 250mg 의 x-alpha-gal이 왔는데 이것을 20mg/ml로 DMF(dimethlyformide)로 희석해야하는데 몇 ml를 넣야하는지 계산좀 도와주세여 ㅜㅜ 제가계산한거는 12.5ml인데 아닌것 같아서요 ㅜㅜ

안녕하세요. 항상 질문 답변해주시는 여러 분들 감사드립니다. 제가 식물쪽에 대해 처음 공부하고 있는 중이라 모르는 점이 많은데 기본적인 질문일 수도 있어 양해부탁드립니다. 1. Protoplast에 transfection하는 경우 분화시키려는 경우 모두 callus상태를 거쳐 개체로 분화되나요? 2. 보통 plasmid를 transfection/transformation 하는 경우에 T-DNA repeat 사이의 component가 식물 DNA 상에 무작위로 들어가는 건가요? 또 어디선가 들은 바로는 T-DNA로 들어간 component가 genome에 박힌 형태도 있고 둥글게 형태를 이뤄서 세포 내에 떠다니기도 한다는데 제가 아는 내용이 맞나요? 3. Egg cell-specific promoter를 이용하는 경우 transformation이 잘 되었다면 개체상태에서는 발현을 하지 않고 T0에서 T1, T1에서 T2로 가는 순간에는 계속 발현을 한다고 생각하면 될까요? 꼭 모든 질문 답해주실 필요는 없고 아시는 내용이나 제가 알면 좋을 듯한 내용들도 같이 알려주시면 정말 감사하겠습니다. 답변 귀찮으시면 관련 논문이라도 알려주시면 정말 좋을 것 같아요. 감사합니다.

안녕하세요. 독일에서 석사논문 과정에 있습니다. Populus tremula, alba를 주재료로 실험 중입니다. 제 프로젝트 중에 Poplar sex master switch gene의 regulator를 프로모터 부분에서 확인하는 파트가 있습니다. 이걸 위해서 전체 유전자하나를 프로모터 포함해서 gDNA에서 PCR로 증폭(Phusion pol)하고 싶은데 거의 두달째 골치를 먹고 있습니다. 증폭이 너무 안되어서 gDNA의 GC 구성이 많아서 그런가 생각해봤는데 전체 gene의 32.67% 만 차지하고 있습니다. 제 생각엔 많은건 아닌거 같은데 많은거 인가요? 사용하는 프라이머의 GC가 너무 낮은거는 말이 되는게 for 45%, rev 55% GC가 함유되어 있습니다. GC를 더 많게 다시 프라이머를 짜야할까요? 1kb가 안되는 증폭은 두 프라이머 각각 잘되고 있습니다. (이때까지 amplification한 fragments 사진을 첨부했습니다. 색깔 막대기들이 성공한 애들이고 작게 회색으로 있는 네모들이 엑손들 입니다. 원하는 전체 Gene은 #3178+3176 입니다.) 이미 존재하는 fragment를 주형으로 사용한다는 생각은 미처하지 못하였고, Nested primer PCR은 최근에 사실상 처음들어 봤습니다. 이상적인 프라이머의 경우 GC가 얼마나 함유되있는게 좋은건가요? 저희는 보통 Primer3 웹사이트에서 디자인하기 때문에 제 스스로 결정한적은 아직 한번도 없습니다. 듣기로는 프라이머 첫, 끝 시퀀스는 G나 C로 하면 좋다는데 꼭 그래야하나요? P. tremula genome 경우는 이미 popgenie 웹사이트에 있기도 하고, 저희 연구소에서 Nature Plant에 등재한적이 있어서 그때 MiniOn sequencing으로 database를 만들었습니다. P. tremula genome 염기서열은 의심없이 바로 사용 할 수 있습니다. 여기까지 PCR을 만약에 해결했다면, pGEM-T Easy Vector로 클로닝하고 나중에 T-vector로 클로닝한다음 Poplar로 아그로 형질전환하는 아주 간단한 프로세스를 거치겠지만, 만약 그러지 못한다면...하고 고안해낸게 Gibson assembly였습니다. PCR을 한번에 성공 못시켰으니 이 gene을 앞, 뒤 두 파트로 나눠서 PCR한 다음, 그 둘을 이어부치는 실험을 하려고 합니다. 이때, backbone vector가 필요한데, 수퍼바이저 의견은 굳이 E. coli vector를 써야하나? 바로 아그로의 Binary T-vector로 가면 안되나 하는 것입니다. Thermofisher에 따르면 10kb 까지는 아무 vector나 괜찮다라고 해서...혹시 선배님들중에 Gibson assembly를 T-vector랑 해보신 분이 계신지 여쪄보고 싶었습니다. 주절주절 길었지만 잘 읽어주셔서 정말 감사합니다. 선배님들의 의견이 제 실험들에 정말 많은 도움이 되고 있습니다. 타지에서 실험하고 있지만 선배님들이 계셔서 정말 든든합니다! 다시 한 번 정말 감사합니다!!!

Poplar (P. tremula)를 갖고 실험하고 있습니다. Male tree에게 없는 gene을 Agrobacterium transformation으로 넣으려고 하는데, PCR로 전체 gene을 증폭하는게 쉽지않아 두파트로 나누어서 Gibson assembly를 하려합니다. 근데 Back-bone vector를 어떤걸로 해야할 지 잘 모르겠습니다. 인터넷에 있는 자료는 전부 commercial plasmid를 이용했는데, 저랑 수퍼바이저는 T-vector를 이용하고 싶습니다. 혹시 경험이 있거나 아이디어 있으면 공유할 수 있을까요? 감사합니다.

1. DH5a를 competent cell로 쓰는데 LB broth에 overnight culture한뒤에 다시 cell을 LB broth에 1%로 접종해서 2시간 배양한다고 합니다. 왜 굳이 2번 배양하는 것인가요?  2. 동결보존시에 10% glycerol을 넣는데 왜 하필 10%인가요? 3. competent cell에 vector를 넣어준뒤에 42도씨에서 1분 30초간 heat shock을 하는데 왜 하필 42도인가요?  4. heat shock을 하면 세포막의 인지질층에 틈이 벌어지고 vector가 세포내로 들어갈 수 있게 되고 다시 얼음에 넣어두면 인지질층이 닫히면서 안정화되는것이 아닌가요? 5. 원심분리시에 RPM과 시간은 어떻게 정하는 건가요? DH5a를 접종한 LB broth를 5000RPM/10min으로 원심분리하는데 이 RPM과 시간은 어떻게 정해지는 걸까요? 모르는 것이 너무 많네요ㅠㅠ 찾아봐도 원하는 답이 없어 이곳에 질문해 봅니다 도와주세요!

안녕하세요. 애기장대 변이체를 가지고 실험을 계획중인 석사과정 학생입니다. ABRC에서 대부분의 유전자의 변이체들을 판매하는 것을 확인했습니다. 그런데 보면 그중 대다수가 어떤 큰 프로젝트를 통해 T-DNA나 transposon insertion등으로 만들어진 개체들 같더라고요. 아마도 몇몇 라인들은 실제로 타겟 유전자가 재기능을 하지 못하는 지 확인되지 않았을 것이라는 생각이 들어서 믿고 구입할 수 있을지 염려가 됩니다. 같은 유전자의 여러 변이체 라인을 구입하면 좋겠지만 원하는 background품종에서 단일 유전자에 변이가 생긴 것은 구매의 폭이 상당히 좁은 경우가 많은 것 같아요.. ㅠㅠ. 혹시 다른 연구자들이 이런 자원센터에서 구입한 애기장대들에 대한 코멘트를 남기고 기록하는 곳이 있을까요? 아니면 다른 방법으로 목적 유전자가 재기능을 하지 못한다는 걸 알 수 있을까요??? 

식물 형질전환에 사용할 Agrobacterium  배양 시 선발제를 포함한 고체 YEP배지에 스트리킹하여 얻은 콜로니를 액체 YM배지에서 24시간 배양 후 사용하고 있는데요, 배양 후 24시간쯤 지나 OD값을 측정하였을때 OD600값이 0.4 후반대쯤으로 낮게 나오고 이후 정지기를 보이는듯 하여 질문드립니다. YEP배지에서 콜로니가 뜨는것을 보면 균 stock의 활력이 낮다는 생각이 들지는 않아 액체 YEP배지와 액체 YM 배지에 비슷한 크기의 콜로니를 취하여 24시간 배양하였고 액체 YEP배지에서 배양하였을 때 OD600값이 YM배양 현탁액보다 높게 나타났습니다. 1) YEP배지와 YM 배지의 차이점이 궁금합니다. 2) YEP배지에서 배양한 균이 같은 시간이 흘렀을때 이전 YM배지에서 배양하였을때보다(이번 실험 뿐만 아니라 이전의 실험들을 포함해서요!) 더 높은 OD값을 보였는데 균이 더 잘 생장할 수 있는 조건이 있나요? (추후 실험을 통해 몇번의 반복구를 확인해보려고 합니다. YEP배지에서 균이 더 잘 자란다면 어떤 이유가 있을까요?) 현재 Agrobacterium 균주는 GV3101을 사용하고 있으며, 28도씨의 암조건에서 진탕배양합니다! 감사합니다~