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 카테고리: 전체 > Plant Biology > Plant DNA RNA Isolation
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. 생물 농약
카테고리는 무시하고 봐주시면 감사하겠습니당 ㅠㅠ   생물 농약을 만드는 실험을 해보려고 하는데    생물 농약을 만들고 나서 얼마나 효과가 있는지 알아보는 방법을   잘 모르겠어요...   식물한테 뿌려도 큰 효과를 보기 힘들 것 같은데   벌레에게 직접 농약을 뿌려야 하나요?   벌레에게 농약을 뿌린다면 벌레가 죽는 시간을 측정해 효과를 알아보아야 하나요?   그 외에 다른 방법은 없을까요?
회원작성글 afffdfdee  |  07.29
Q. RT-PCR 전기영동 밴드
전기영동 하면 첨부파일처럼 시료와 negative control 밑에 밴드가 나와서 글을 쓰게 되었습니다. D.W 문제는 아닌게 다른거  같이 할때 DW 같이 쓰기 때문에 오염은 없다고 생각합니다. free water 로도 사용했는데 결과는 똑같이 나왔습니다.  primer dimer band? primer 문제일까요 ? F-ATGGACAAATCTGAATCAACCAGTGCT R-TCAGACTGGGAGCACTCCAGATGTGGG 10pmol 만들어서 사용하고 있습니다. annealing 55℃ 35cycles 입니다. 마커는 100bp입니다.
회원작성글 RT-PCR  |  06.21
Q. RNA 나노드랍
RNA 추출 후 RT-PCR을 하려고 RNA추출을 했는데 나노드랍 결과 해석 좀 부탁드립니다..!!!    제가 알기론 260/280은 핵산 내의 단백직의 농도로 단백질의 농도가 높으면 1.8 이하의 값이 나온다고 알고 있는데 260/230의 값은 어떤 걸 의미하는지 모르겠고 값이 너무 낮게 나온 것 같습니다. 0.87이 나왔습니다. 값이 낮게 나오면 오염이 됐다고 들었는데 washing 문제인지 알고 싶습니다.  나노드랍은 RNA 2ul로 진행하였습니다. 1. 260/280 제가 설명한 게 맞는지 2. 260/230 값이 어떤 걸 의미하는지, 왜 낮게 나왔는지 3. 농도 값이 93.1이 나왔는데 괜찮게 나왔는지 이렇게 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 브ㅡ브ㅡ릭  |  06.10
Q. 전기영동 결과 끌림 잡밴드 첨부파일
왼쪽이 실험한 결과인데 오른쪽 밴드처럼 나와야 한다고 합니다  밴드 끌림이랑 잡밴드가 너무 많은데 제가 알기론 loading양이 많거나 dna가 깨져서 나타난다고 알고 있는데 맞나요..?
회원작성글 브ㅡ브ㅡ릭  |  05.21
Q. 전기영동 결과 분석 좀 부탁드립니다. 첨부파일
오른쪽 전기영동 결과가 정상적이 결과이고 왼쪽이 실험 결과입니다. 왜 저렇게 나왔는지 쓰라고 하는데 이유를 전혀 모르겠어요,,, 실험은 plant gDNA prep 입니다..!
회원작성글 yang__jjj  |  05.19
Q. 단백질에서 아미노산 위치 표시해주는 프로그램
  사진처럼 전체 단백질에서 특정 아미노산을 다른 아미노산으로 바꿔서 실험을 하고 있는데 이것을 시각화할려고 한는데 어떤 프로그램이 있나 해서 문의 합니다. 단백질안에 특정 아미노산을 표현해주는 프로그램이 있을까요??
회원작성글 서eee  |  04.14
Q. 식물 DNA 추출 후 DNA 원액 보관
식물 잎에서 DNA 추출 후 Hydration까지 넣고 DNA원액을 4℃에 약 한달하고 10일 정도 더 보관을 했는데요...(냉장보관) 깜빡하고 -80℃에 냉동보관을 하지않았습니다. DNA가 상했을까요?? 다시 추출하는게 좋을까요??
회원작성글 윙깅  |  02.22
Q. 토마토에서 RNA를 뽑으려 하는데 seedling의 기준이 궁금합니다.
여러 논문을 읽다보면 EVM, MVM, LVM 등 여러가지 명칭이 있는 것을 볼 수 있었습니다. 이 내용들을 참고하여 필요한 위치의 샘플을 채취하여 RNA 발현량 체크를 하려고 하는데요. 저는 이번 실험에서 seedling 상태의 개체의 RNA 발현량도 확인해보려 하고 있습니다. 그런데 최대한 찾아보려 해도 발아 후 며칠 뒤의 식물체인지, 혹은 어느 정도 자랐을 때 인지 명확하게 나와있지 않아서 질문드려봅니다..     토마토에서 RNA를 뽑을 때 seedling 상태의 식물이 필요한데, 이 기간의 기준이 정확히 언제인가요? 기간이 명확하지 않다면 어느 정도 자랐을 때인가요? 답변 꼭 부탁드립니다 ㅠ.ㅠ
회원작성글 호또  |  01.21
Q. DNA 겔 전기영동 결과 질문합니다. 첨부파일
기초 실험 배우고 있는 학생입니다. 식물 DNA 추출 후 퀄리티체크 하기위해 전기영동을 하였습니다. 맨 왼쪽 것처럼 결과가 나와야 잘 나온 것이라고 하는데 대부분 오른쪽 4개처럼 나왔습니다. 이유가 뭘까요? DNA 추출이 잘 안된건지, 혹은 DNA 크기가 작아서 그런건지? DNA크기가 너무 작은게 원인이라면 왜 작은 것일까요..추출과정이나 혹은 SPIN DOWN 하는 동안 DNA가 파괴된 것일까요? 아니면 INVERTING 과정 중에 너무 많이 흔들어서 그런 것일까요. 사용한 효소 용액에 문제가 있다기엔 결과가 잘나온 것도 몇개 있긴해서.. 참고로 제가 겔에 분주할 때 많이 서투른 편이긴 합니다. mixture 만드는 것도 그렇고요. 이게 영향을 주었을까요? (열심히 해도 잘 안느네요ㅠ) 프로토콜이 있어야하면 말씀드리겠습니다.ㅠㅠ  
회원작성글 윙깅  |  2021.11.29
Q. 전기영동시 밴드 끌림의 원인이 주로 어떤 것이 있나요? 첨부파일
기초실험을 배우고 있습니다. 식물 DNA 추출 후 퀄리티 체크를 위해 전기영동을 해본 것인데, 밴드가 다 끌려서 나왔습니다. 마커는 제대로 된 것 보니까 겔이나 기계 문제는 아닙니다. DNA 추출과정에 문제가 있는 것 같긴한데. 혹은 MIXTURE 만들때 잘못 만든 것 같기도 하고요... 밴드가 끌리게 나왔다는 것은 DNA 추출이 잘 되지 않은 것인가요? 나노드랍 기기 이용하여 농도 측정 시 농도는 잘 나왔습니다..생각을 해봤는데 어떤 과정에 문제가 있던 것인지는 잘 모르겠습니다. 135V에서 20분 했습니다.
회원작성글 윙깅  |  2021.11.24
Q. 얼고 녹고 했던 식물 DNA추출 노하우 있으신 분 있나요
키트도 써보고 CTAB도 써봤는데 뽑고 사진찍고 나노드랍 해보면 희미하게 깨져서만 나오네요... 해외에서 들여오던 도중 잠깐 냉동고 전원이 나가서 녹았던 샘플 입니다. 지금은 냉동실에 잠들어있어요 비슷한 경험 있으신 분께서 관련하여 첨언해주셨으면 좋겠어서 질문 올립니다
회원작성글 아이씨 모르겠다고  |  2021.10.05
Q. nuclease 활성비교실험에서 ssDNA와 dsDNA를 비교하려고 합니다
nuclease 활성비교실험에서 ssDNA와 dsDNA를 비교하려고 합니다 논문에서 dsDNA를 90도에서 5분가열한 후 바로 gel을 내렸다고 나와있는데 이렇게 실험해도되는건가요?  온도가 내려가면 다시 dsDNA로되는건 아닌지 궁금합니다  ssDNA와 dsDNA를 구분하는 kit가 있는지도 궁금합니다
회원작성글 아보같도  |  2021.08.18
Q. High resolution melting 실험 실패
제가 지금 분자표지를 개발하여 마커를 실험하고 있는데 잘되던 마커가 갑자기 안되기 시작해서 뭐가 원인인지를 모르겠습니다. 우선 DNA의 상태를 확인해봤는데 상태는 괜찮았습니다. 프라이머도 다시 새로 받아서 새 TDW에 희석하여 사용을 하였습니다. HRM 칵테일은  TDW 1024 buffer 200 dNTP 100 primer-R 200 primer-F1 100 primer-F2 100 Taq 10 Syto9 50 입니다. PCR은 2step에 95도 10초 60도 30초에 39사이클입니다. 평소에도 같은 조건으로 실험을 진행했을 때 문제는 없었습니다. 교수님 말씀으로는 TDW 문제일거 같다고 하셔서 TDW도 새걸 썼는데 결과는 같았습니다.
회원작성글 식물분자  |  2021.06.02
Q. CTAB Extraction for Total Nucleic Acids (Plant)
안녕하세요..1개월째 CTAB Extraction for Total Nucleic Acids protocol로 종자 dna를 추출 중인 석사생입니다 ㅠㅠ.. 들어가는 buffer도 다시 다 만들어보고, 종자로도 해보고 잎으로도 해보고 하는데도 시간만 가고 순도는 잘 나오지 않네요...해당 프로토콜은 RNase를 쓰지않아, 260/280 값이 높게 나와여 하는데 오히려 너무 낮아 고통스럽습니다.. 혹시 종자 DNA를 검출해보신 분 있으신가요? 지금 제가 사용하는 프로토콜은 잎을 위한 것입니다...연구실에 해당 프로토콜의 시약들이 있어 웬만하면 이것들을 이용해 종자 DNA를 뽑아보려합니다.. Ctab buffer(250ml 기준): 5g PVP, 20.6g NaCl, 10ml EDTA(0.5M, PH8), 25ml(1M Tris,pH8) 증류수로 final volume, buffer 제조 후 autoclave하였습니다.. 1. 종자를 homogenizer에 간 후, ctab buffer 1.2ml와 2-mercaptoethanol 2.4ul를 넣고 65도에서 45분간 배양 (액체질소가 없어 얼리지 못했습니다.) 2. eppendorff tube로 옮긴 후 8,000rpm 5분 3. 650ul 상층액따서 1.5ml튜브로 옮긴 후, 동량의 Chloroform/isoamyl alcohol(24:1) 넣고 vortex 30초 4. 13,000rpm에서 10분 5. 500ul 상층액을 1.5ml튜브에 옮긴후, 350ul의 isopropanol 넣고 몇번 뒤집으며 섞기 6. 13,000rpm에서 10분 7. 상층액 버리고 500ul 70% EtOH 넣고 몇번 뒤집어 섞기 8. 13,000rpm에서 5분 9. 70% EtOH 버리고 dry 20분 10. 20mM Tris-Hcl pH8 100ul에  넣고 냉장실에서 15분 11. 피펫팅으로 풀어주고 -20도에서 저장   해당 프로토콜로 종자와 잎을 모두 진행해 본 결과, 종자는 작은 피펫팅에도 거품이 많고 끈적하며 260/280이 1.3 나왔습니다. 잎의경우 거품이 없으며 260/280이 2.4가 나왔습니다... Ctab method로 옥수수 종자 dna 추출에 대한 논문을 읽게 되었는데 순도가 1.7밑으면 단백질 오염, 2이상이면 RNA 오염인 것을 알게 되었습니다. 그렇다면, 종자가 잎에 비해 260/280 값이 낮은 것은 단백질 함량이 더 높아서, 잎에서 260/280 값이 높은 것은 단백질함량이 낮은데다 RNase처리를 하지않아서 일까요.. bric에서 종자는 2-mercaptoethanol를 1%~10% (현재 0.2%넣음) 넣으면 된다는 글을 읽었습니다.. 또한 buffer 역할에대한 protocol을 공부해보니 2-mercaptoethanol이 protein을 변성시킨다는 것을 알게되었습니다. 따라서 2-mer을 더 넣고 다시 진행해보려합니다... 다만 어떤점에서라도 조언을 구하고 싶습니다. 혹시 해주실 말씀 있으시다면 조언 부탁드립니다.... 읽어주셔서 감사합니다,,
회원작성글 석석석사  |  2021.03.15
Q. 핵산(DNA,RNA 모두 포함) 순도
안녕하세요, DNA 순도측정을 하려고 하는 석사생입니다..장비는 나노드랍이 없어, 스펙트로미터 흡광도를 보고 측정중입니다. 원래 종자 DNA 순도측정을 진행하였으나, 너무 낮게 나와 잎으로라도 시도해보고 있습니다. 그러다 제가 사용한 프로토콜이 핵산 추출법(DNA,RNA)임을 깨닫게 되었습니다..따라서 Rnase를 사용하지 않습니다. 그러나 현재 연구실에 Rnase가 없기 때문에 교수님께서 이 프로토콜로 진행한후, 향후 pcr이나 업체에 sequencing하여 dna만 보면 상관없다는 설명을 들었습니다. 다만 dna '순도'측정은 불가하지않을까 하여 질문드립니다.. 현재 진행 상황입니다. 종자 핵산 260/280=1.3, 230nm=0.3 , 잎의 핵산 260/280=2.4, 230nm=-0.1   1. 핵산 추출물로 순도측정에 의미가 있을까요... 2. 순도측정을 멈추고 전기영동을 해보는게 나을까요..   읽어주셔서 감사합니다. 오늘도 좋은 하루 보내세요..!        
회원작성글 석석석사  |  2021.03.15
Q. 아가로스겔 전기영동 결과 이상 질문합니다 첨부파일
pcr 전기영동 결과인데요 몇번을 해도 사진과 같은 결과가 나타납니다. 지금까지 이렇게 뜬적이 없는데 왜그러는지 혹시 알수 있을까요? 버퍼는 1X TAE용액 사용했어요
회원작성글 찝게  |  2021.02.15
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