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[우당탕탕 석사 적응기] 석사 1학기 - 새로운 환경, 그리고 후회
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 카테고리: 전체 > Cell Biology > Cell lysis/Apoptosis
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Q. Qrt PCR시 처리시간 설정 도움 부탁드립니다
물론 cell과 drug마다 다른 것은 알지만, 일반적으로 1h와 3h의 차이가 유의미하다고 보아도 될지 궁금합니다. Ht29 colon cancer cell에 H2O2를 처리하여 oxidative stress 관련 인자들을 보고자 하는데, 해당 cell에 h2o2를 처리하여 해당 cytokine을 western을 통해 본 실험은 있으나 mrna level에서 본 논문은 찾지 못했습니다 논문 참고 시, 타 cell에 h2o2 처리 시엔 1h 혹은 24h 뒤 확인하였고, 저와 같은 cell에 다른 물질을 처리하였을 땐 해당 인자를 12~48h에 보더라구요 1,2 fold 수준이라 실험 상 오차일 수도 있겠으나, 3h 및 24h에서 확인하였을 때는 유의미한 결과가 없었습니다 마지막으로 조건을 달리해서 보고 싶은데, 1h에서 확인하는 것은 무의미할까요..? 12 혹은 48h에서 처리하는 것이 맞을지.. 고민이 됩니다 도움 부탁드려요
회원작성글 Jdjdidde  |  09.25
Q. Autophagy는 질병에 있어서 좋은건가요 나쁜건가요?
안녕하세요 너무 기초적인 질문일수도 있기는 한데 실험을 하다가 헷갈려서 질문드립니다 ㅠ 저는 어떤 toxic한 물질을 처리하고 치료제를 주었을 때 autophagy가 증가함으로써 toxic 물질이 감소하고 치료효과를 보인다 라는 가설을 가지고 실험을 하고 있습니다 그런데 어떤 논문에서는 질병에서 autophagy가 증가하는 양상을 보이므로 치료제를 써서 autophagy를 억제시킨다 라고 이야기를 하더라구요 그래서 이autophagy를 어떻게 해석해야 하는지 궁금합니다 .. 저는 실험에서 autophagy 마커로 lc3를 보구요 치료제에 의해 Toxic 물질이 감소한 것을 western으로 확인한 후 lc3를 보았을 때 증가할 것이라는 예상결과를 가지고 실험하고 있습니다 . 다른 논문을 공부하다가 거기서는 또 lc3가 감소한게 좋은 것이라고 하길래 이해가 안가서 질문 드립니다 .... 답변 부탁드립니다
회원작성글 2밍  |  09.25
Q. ihc염색시 보이는 그림 질문 첨부파일
안녕하세요 논문공부를하고있는 학부생입니다  다름아니라 d,e,f그림을 보려고 하는데  실험은 종양조직을 가지고 세포사멸에대해 분석한건데 ihc그림에서 d에서 rb가 인산화 덜된것은 관찰이 되어서 e그래프에 저렇게 나온게 이해가 되는데  d그림에서 p-ampk가 분명 육안으로 4-oht, rg2를처리하면 줄어든것처럼 보이는데 그래프에서는 늘어났다고 보여서 제가 보는법이 틀렸나 질문드립니다. 
회원작성글 쿠키크림  |  09.22
Q. annecxin v apoptosis assay 첨부파일
안녕하세요  annecxin v를 이용한 apoptosis assay에서요 flowcytometry를 진행한다음 그래프에서 기준선을 잇는게 임의로 지정하는건지 궁금합니다. 사진의 빨간색 박스로 되어있는부분이 기준선입니다. 지금 annecxin v의 기준선은 10^4에 되어있는데요 다른 논문의 결과를 보면 10으로 되어있어서요...
회원작성글 까오낫  |  09.19
Q. HT22 cell에서 Glutamate 세포 사멸 유도 질문!
안녕하세요. 이제 석사 2학기 되는 대학원생입니다. 작년부터 올해까지 HT22 세포에 Glutamate로 세포 독성을 유도하고 있는데 계속 잘 안풀려서 여기에 질문 드립니다.   상황을 간략하게 설명드리면, glutamate는 sigma Cat.no 46912 제품을 사용하고 있습니다. HT22cell (LM001-05배지 사용)로 96-well, 60mm 모두 유도 해보았고, 여러 시도끝에 10mM이라는 농도도 잡았습니다. (처리할때는 serum free에 녹여서 10배 높은 농도로 처리합니다. (ex) final : 10mM이면, Treat : 100mM))   하지만 늘 Glutamate를 새로 만들고, 만드는 방식도 Glutamate양과 분자량 비율대로 계산해서 녹이고, 필터하고, 처리하는 방식인데 어떤날은 세포를 50% 죽이고, 어떤날은 10%도 안죽이고.... 하....   실험실 선배님들과도 이야기를 해보았지만 도저히 이유를 모르겠어서 올려봅니다. 혹시 제가 못보는 부분이 있다면 가르침 부탁드립니다...   긴 글 읽어주셔서 감사합니다!!   질문 요약 1. Glutamate의 HT22cell 사멸유도에서 주의해야할 점이 있나요? 2. 늘 같은 방식으로 Glutamate를 만들고 처리해도 유도되는 cell death의 %가 다른걸까요..?
회원작성글 두둘기  |  09.07
Q. Flow cytometry 관련 궁금한 점이 있습니다!
Apoptosis 유도 효과를 보기 위하여 Annexin V5/ PI staining을 진행하려고 합니다.  일단 샘플은 총 3개이고,  보정을 하기 위해 Non-staining, PI staining, Annexin V staining 을 따로 준비하고 PI + Annexin staining을 처리한 control, 물질 처리군 2개를 준비하였습니다.  Non, PI staining의 gain값 세팅 후에 Annexin V gain값 세팅 중 PI값을 좀 낮추고 PI + Annexin staining (control, 물질처리군 2개)은 무조건 gain값이 일정한 상태에서 찍는게 맞는거죠? 
회원작성글 카스테랑  |  08.25
Q. HEK293 cell 100pi dish에 배양 후 lysis했을 때 얻어지는 protein 양
안녕하세요 제가 분석화학 전공이라 세포를 키우는 쪽에 대해서는 잘 알지를 못하는데 HEK293 cell로부터 protein을 뽑아낸 후 digestion을 해야하는 상황입니다. 혹시 100 pi dish에 배양했을 때 lysis 후 대략 어느 정도의 protein이 얻어질까요..?   ㅜㅜㅜ 답변 주시면 정말 감사하겠습니다
회원작성글 요옹요옹  |  08.23
Q. Bcl-w
안녕하세요, Bcl-family에 대해 연구하고 있는 학생 입니다. ABT-263을 가지고 실험 중인데요 왜 Bcl-w는 사람들이 잘 연구하지 않을 까요,,? Bcl-2 and Bcl-xL은 많이 알려져 있는데 그만큼 Bcl-w는 많이 없습니다. 특이점이 있나요,,? 혹시 anti-apoptotic에 대해 연구중인 분들 답변해주시면 정말 감사하겠습니다.
회원작성글 나다니95  |  08.01
Q. u0126처리시 ROS 증가? 감소? 의문입니다. 첨부파일
안녕하십니까 1. U0126은 항산화 물질로 작용한다고 알고있었습니다. 하지만 밑에 논문에서 가져온 자료를 보면 U0126을 처리한 군에서 형광 세기가 강하게 나온걸로 보아 ROS가 대조군에비해 증가한걸 알수있는데요.. 그림 자료는 MCF7세포에 처리한 상황입니다.. U0126이 왜 이런 결과를 나타낸건지 알려주시면 감사하겠습니다.   2.그리고 NAC(N-acetyl cystein)과 U0126, LY294002를 처리시 ROS가 증가된다면 그 작용기전을 알려주시면 감사하겠습니다.   논문:Ginsenoside-Rg2 affects cell growth via regulating ROS-mediated AMPK activation and cell cycle in MCF-7 cells 
회원작성글 까오낫  |  07.25
Q. western blot 실험
한달차 학부연구생입니다. HCT116 Cell 에서 물질처리에 의한 Apoptosis에 대한 Western blot 실험을 진행하였습니다. P53, MDM2를 확인하였고 P53에선 변화가없었으며 MDM2에선 물질처리에 의해 감소하였습니다.  Control을 확인하였으나 과도한 Stripping으로 제대로 확인이 불가하였습니다. 그래서 P-P53(S15)와 P14ARF를 확인하였고 P-P53은 물질처리에 의해 감소하였다고 보이며 P14ARF는 원인은 모르나 밴드가 detection되지않아  Control을 찍어볼 예정입니다.    gene들이 제가 생각하던 것과 다르게 나타나서 너무 당황스럽습니다. Control을 제대로 확인할 수 없으니 실험을 다시 진행하는것이 맞는것인가요?
회원작성글 OPQ  |  07.23
Q. Primary chicken 근육줄기세포(Muscle stem cell) 상태 좀 봐주실 분 계신가요? 첨부파일
안녕하세요,   Primary chicken의 뒷다리 살에서 Isolation 후 preplating을 거쳐서 근육줄기세포를 획득한 후, 세포증식 및 세포분화 실험을 하고 있는 연구원입니다.   제가 알기로 해당 cell은 쭉쭉 길게 뻗는 cell shape이 이상적이라고 하는데, 제가 키우는 cell은 조금 잘려져 있는 모양이어서, 주위에 도움을 요청해보니 apoptosis 혹은 necrosis가 많이 일어났으며, 이는 세포 배양 시 오염 발생으로 인한 것으로 추정된다고 조언받았습니다. p/s. 세포배양액 : Ham'sF10 media + 20% FBS + 1% penicillin/streptomycin + 5 ng/ml FGF2 (성장인자)   1) 이러한 상태가 apoptosis/necrosis가 맞나요? 2) 사용 시약들은 all fresh하게 사용했으며, 실험시 늘 라텍스장갑과 알코올 소독을 습관화하고 있습니다. 그렇다면 인큐베이터 내부 오염이 가장 크게 생각되는 게 맞을까요?   전문가분들이 세포 상태를 봐주시면 크나큰 영광이겠습니다.   감사합니다.
회원작성글 하우아이  |  07.22
Q. elution buffer pH변화
안녕하세요, 단백질 정제하는 석사 1학기입니다. 제가 elution buffer 조성을 바꿨더니 sample buffer가 노란색이 되며 산성을 띄는것 같습니다. 기존 elution buffer 조성은 20mM Tris(pH 7.5), 150mM NaCl, 5mM MgCl2, 0.5mM DTT, 300mM Imidazole에서 20mM Tris(pH 7.0), 150mM KCl, 10mM MgCl2, 0.5mM DTT, 5% Glycerol, 300mM Imidazole로 바꿨습니다. 현재 하루 지난 elution buffer가 완전 갈색으로 바뀌었는데, 어떤 화학반응이 일어났는지 자문좀 구할 수 있을까요?ㅠㅠ Imidazole과 DTT와의 반응인건지, MgCl2와의 반응인건지 잘 모르겠습니다...
회원작성글 동성애는후천성  |  07.22
Q. LDH assay를 진행하려고 합니다
LDH assay를 진행하려고 합니다 (THERMO 제품으로)   처음해보는 실험인데, 이게 색깔의 변화를 보고 흡광도를 재는 실험이더라고요   제가 96well plate에서 키워서 진행을 하려고 하는데,   이럴경우 그러면 메디아의 색상이 중요한것 같아서    페놀레드를 뺀 메디아를 사용하는 것이 맞는지 문의 드립니다.   그리고 High Glucose, Sodium Pyruvate, L-Glutamine, Phenol Red가 원래 사용하는 메디아의 메인 조성입니다.   여기서 Phenol Red를 빼면 High Glucose, HEPES, L-Glutamine 구성으로 된 메디아 밖에 없는데 셀에 특별한 영향을 줄까요?  
회원작성글 호랑이라  |  07.20
Q. 암 관련 연구중인데 세포주 분양이 가능한지....
세포주 분양이 혹시 가능하신 실험실이 계신지... 계시면 혹시 세포주 분양을 해주실 수 있는지.. 알고 싶습니다.  breast cancer cell line, BT474, MCF-10A, BT-549 이중 한개라도 상관없으니 분양 가능하신 분은 답변 부탁드립니다. 
회원작성글 dental pha..  |  07.18
Q. active motif nuclear extraction kit
안녕하세요. 만들어 쓰는 버퍼로는 세포질-핵 분리가 잘 되지 않아 active motif 사의 핵 추출 키트를 주문했는데요, 이 키트 효율 괜찮나요? 예전에 다른 회사의 키트를 써봤을 때는 아예 분리가 안 되어서 이 회사 것도 분리가 잘 되지 않을까봐 걱정입니다.. 참고로 western blot으로 NF-kB 보고 있습니다.
회원작성글 <^^>  |  07.11
Q. desalting yield
desalting yield가 100% 넘어가는 원인에는 어떤게 있나요?
회원작성글 도리도리곰도리  |  07.11
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