qPCR 검정 결과 없이 순수하게 RNA seqeuncing 결과로만 논문이 작성된 경우가 있습니까? 그런 논문이 있으면 어떻게 구성되었는지 한번 보고 싶군요.

아가로스겔 전기영동을 진행하려고 하고  관찰하고자 하는 핵산의 크기는 100~200bp 사이 입니다. 전기영동 할때 주로 TAE / TBE Buffer 사용하는것 같덴데  크기가 작은 핵산은 TBE로 관찰하는걸로 알고 있습니다. 실험실에 0.5X TAE 버퍼 밖에 없는데 이렇게 작은 크기의 핵산을 관찰 할 수 있을까요??

안녕하세요. RNA를 추출했는데 조직량이 많아 DNA 컨탐이 되었습니다. qPCR을 돌리기 위해 DNase I처리를 하려고 하는데 protocol이 templeate가 DNA로 설정되어있습니다. RNA에 처리하려고 하는거면 1. nanodrop을 DNA로 다시 흡광도를 찍은다음 처리해야하나요? 2. RNA농도를 기준으로 처리하면되나요?   *추가정보 Zebra fish 의 whole body를 대상으로 추출했고 trizol의 양이 부족했습니다.(이부분은 다음부터 주의하겠습니다.)많은 양의 DNA가 컨탐되어 NRT값으로 qPCR을 돌려도 peak가 뜹니다.따라서 DNase I를 처리하고자 했습니다.  

안녕하세요! 여러분 중에 in situ mRNA hybridization on tissue slice를 하시는 분이 있는지 궁금합니다! 어떤 kit를 사용하고 probe는 어디서 구매하는지 궁금합니다. 그리고 평균 가격도요... ㅠㅠ 도와주실 수 있으면 감사하겠습니다.

0.3ug/ul를 5ug/7.25ul로 계산하려고 합니다. 계산 방법을 알려주세요 ㅠㅠ

안녕하세요 일전에 in vitro transcription 결과에 대해 여쭈어본적이 있습니다. 답이 따로 안 올라왔었는데 추가 실험을 진행한 뒤 다시 고견을 여쭈러 왔습니다. 저는 6.5knt mRNA를 합성하게 되었고 UTP는 더 나은 translation을 위하여 N1-Methylpseudouridine-5'-Triphosphate로 교체하여 진행하였습니다. LiCl precipitation 이후 size확인을 위해 sample을 95% Formamide, 18 mM EDTA, and 0.025% SDS, Xylene Cyanol, Bromophenol Blue 버퍼에 희석하여 70도에서 10분간 denaturation을 하여 2% agarose gel에 달렸습니다. 사진의 좌측이 결과구요 RNA ladder와 비교해봤을때 6.5knt가 대충 맞는 것 같습니다. 여러번 확인하는걸 좋아하는 터라 formaldehyde denaturing agarose gel에서도 달려보았는데 이번에는 6knt보다 아래에서 확인이 되더라구요. (사진의 가운데) 이상하게 생각해서 다르게 확인할 방법이 없나 하여 실험실에 있는 Reverse transcriptase master mix가 생각났습니다. master mix가 아니라 따로 되어있는 제품이면 oligo(dT) 만 이용하였을 텐데 oligo(dT)와 random hexamer가 섞여있는 제품이라 그냥 진행하였습니다. RNase H가 포함되어 있지 않은 제품이라 예상대로 major band는 6.5kb근처에서 나왔는데요. 제 궁금증은 왜 가장 정확하다고 생각되어지는 denaturing agarose gel에서의 결과만 다른 결과를 가르킬까요? 이후 transfection진행한 실험에서 제대로 working하는 것이 확인 되어서 중요한 상황은 아닙니다만 다음에 새로운 mRNA 합성을 하였을 때는 TBE-urea-PAGE를 진행하는 것이 가장 정확할까요? 항상 좋은 의견들 감사합니다.

안녕하세요 현재 LAMP PCR을 하고 있는데요 NEB사의 Bst 2.0 DNA Polymerase와  Bst 3.0 DNA Polymerase를 비교하여 실험해보니 2.0은 비교적 앞부분에서 증폭이 시작되는 반면 3.0은 뒷부분에서 증폭이 시작되는데요 2.0과 3.0 시약 조성에 어떤 차이가 있는 지 알 수 있을까요?  

안녕하세요 RNA-seq 분석을 진행하고 있는 대학원생입니다. 전사체 분석이 처음이고 분자 실험에 대해서는 초보라서 질문 드립니다. 실험 식물종은 콩이고, 현재 기관에 rna-seq을 맡기고 raw data를 받아 qc, trimming 후 referenece genome에 read들을 맵핑하려고 합니다. 그런데 STAR aligner를 이용하려고 하는데 referenece genome은 fasta file로 annotation genome file은 GTF file로 다운로드해서 사용하라고 하는데 ensembl에서 annotation genome의 GTF형식의 파일을 찾을 수 없고, FASTA와 GFF3 형식만 존재합니다. Tophat도 GTF 형식의 파일을 사용하라고 나와있어서 콩의 annotation genome의 GTF 파일을 어디서 찾아야하나요? phyzome에서도 찾아보려고 했지만 못찾았습니다.  도움 부탁드립니다!

지금 PCR 실험을 하고 있는 대학원생입니다 세포에서 Total RNA을 얻어서 cDNA 합성뒤에 GAPDH를 확인하는데 각기 다른 3개의 세포의 Pellet을 가지고 똑같이 Total RNA를 얻었는데 GAPDH가 한개만 나오고 두개에는 안나오고 있어요.  혹시 왜 그런지 알 수 있을까요?

밤 낮,  불찰주야 고생이 많으신 선생님분들,  저는 급작스레 hypoxia 실험을 진행하게 되어, 현재 실험중에 있는데  일정 miRNA가 HIF-2a 를 target하여 발현을 조절할 것이라는 주제를 가지고 실험 진행하고 있습니다.해당 데이터는 일정 miRNA를 Lipo를 이용해 transfection 했습니다. 왼쪽 레인부터 1,3 은 NC, 2,4 레인은 일정 miRNA.    다만, hypoxia 상태에서 계속해서 실험 진행중에 있는데  전번 HK-2 세포에서는 hypoxia시에 hif-1, 2 발현이 모두 잘 확인이 되었는데 동일한 조건으로 NRK-52e 세포를 가지고 실험을 진행해 보았을 때  hif-1, 2a의 발현에 대한 확인이 어려워 계속하여 난항을 겪고 있습니다.  1달 반이 넘도록 정확한 결과를 보기 힘드네요.. 이로인해 지금 과민성대장증후군으로 어려움을 겪고 있습니다.  hypoxia 챔버에서 재빠르게 꺼내어 5분내로 프렙 진행했고, wash 할 때와 차가운 pbs에 mg132 처리, ripa 버퍼에 protease inhibitor 모두 포함 하였습니다..  도저히 문제점이 무엇인지 모르겠습니다. 차라리 저의 실수가 있다면 고치면 되겠지만 도저히 모르겠습니다.. 제발 한번만 도와주세요 현명하신 선생님들.... 제발... 

이틀전 mRNA를 LNP로 formulation해서 Z sizer로 파티클 크기를 측정했을때 120 nm 정도가 나왔습니다. 그런데 오늘 동일샘플을 다시 재보았는데 103 nm 정도로 약 20nm나 감소하였습니다. 이것이 어떤 원인인지 잘 모르겠습니다. 무슨 수치를 믿어야할까요? 만든 직후의 샘플과 만들고 4도씨에서 2일 store한 샘플의 차이가 무엇일까요? 버퍼, 온도 등 조건들은 동일하게 세팅하여 측정해서 그 원인은 아닐것으로 추정됩니다 ㅠ

안녕하세요. RT PCR을 진행 중인데 product size를 알 수 있는 방법이 뭐가 있을까요?? sequence는 알고있는데 방법을 모르겠어요ㅠㅠ

안녕하세요 오랜만에 젤을 내렸는데 SYBR Gold (Cat. S11494) 구매하고 처음 녹이고 실험했을때는 깨끗하게 잘나왔는데요 두번째 실험부터 먼지는 아니고 미세한 점이 생겨서 정량에 문제가 생겼습니다. 같은 실험결과를 보이시는 분들도 있고  현재 0.4um 필터해도 나오는걸로 봐서 염색약문제 인거 같습니다. 비슷한 결과 나오신분들 조언 구합니다.    

저는 DEG를 탐색하여 log2fold change를 통해 걸러내고, 그 후 여러과정을 통해 후보유전자를 걸러내고있습니다. 이제 거의 최종적으로 FPKM을 보고 발현값이 낮은 값을 걸러내려고 하는데, 사진과같이 W30~M100까지 6가지의 항목전체가의 FPKM이 10이하일 경우 제거를할려고 합니다. 그렇게되면 사진과 같이 주황색으로 표시한것이 남게되는데, 이렇게 발현값이 낮은것을 주관적으로 걸러도 되는건지가 의문이 들어서 질문남깁니다. 논문쓰기에는 이전 선발 기준에 비해 뭔가 unscientific한 느낌이 들어서요ㅠㅠㅠ   답변주시면 감사하겠습니다!!    

RNA extracion을 하기위해 6well plate에 시딩을 하였습니다. 시간이 없어서 빨리빨리하려는 마음에 셀 수를 많이 시딩하였고 15시간만에 70~80% 차서 starvation을 하였습니다.  seeding후 24시간뒤에 starvation하는 것과 15시간뒤에 starvation하는 것에 차이가 있나요? 저희는 starvation은 12시간하고 treatment는 24시간합니다.

Primer foward 293ul를 넣으면100uM이 되는데 10p mol농도로 만들어 주려면 몇배를 희석해야하나요? 293ul넣은후 100uM이 되면 1000배희석후 100nM이되고 난 후 100배 희석후 10pM로 만들어 주어야하는건가요? 아님 제품이 25nmol에서 10pmol로 만들어주려면 ->25000/10해서 2500ul넣어주면 10pM이 되는건가요?