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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Southern Blot Analysis
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. proteinase K 오염?
안녕하세요.   혹시 proteinase K 에 contamination이 되면, 이후 실험에 중대한 문제가 생길 수도 있을까요?   실험하다 시약뚜껑을 땅에 떨어뜨려서 .. 70% 에탄올로 깨끗이 닦아놓긴 했는데..
회원작성글 김아무개석사과정  |  01.13
Q. Western blot 희석이 덜 되었다는건 희석액을 잘못넣은 건가요?
Western Blot 를 했는데 결과가 문제 생겼어요..근데 그 이유희석 덜 된것같다고 하는데 1항체와 2차항체를 붙일때 희석액 부피를 잘못 넣어서 문제가 생긴 걸까요ㅜ...?결국은 피펫팅을 잘해야하는 해결 되는 걸까요...? 도와주세요ㅠㅜㅠ실패하면 안되는데 자꾸3번이나 실패를해서ㅠㅠ
회원작성글 639  |  2021.05.11
Q. 전기영동 실험결과가 이상합니다. 첨부파일
이론상 음전하를 띄는 DNA는 양전극으로 이동해야 하는데 저희가 사용한 샘플 중 하나가 반대로 이동합니다. 실험에 오류가 있는 건가요? 아니면 샘플이 잘 못된 것일까요?
회원작성글 정채윤  |  2020.12.29
Q. 서던블랏 셋업해야하는데 r*che DIG 제품 아시는분?
engineering된 gDNA의 insertion 위치 확인을 위해 서던블랏을 해야하는데 안해봐가지고... 잘 모르겠습니다~ DIG 제품을 찾아보니 r*che에서도 I, II 등 여러개고 제품이 어떻게 다른건지 회사에 전화를 해봤는데 잘 모르는 분이 받으셔서... 상담 불가 ㅠ 동위원소 안쓰려고 대체 찾고 있는데 뭘 써야 하는지 모르겠습니다.
회원작성글 BDan  |  2020.01.06
Q. DNA gel 을 내린후 밴드가 안보입니다. 첨부파일
1~4 lane은 pcr을 한 sample입니다.   5 lane은 DNA를 제한효소로 절단후 내린 Sample이고   6번째 lane은 그냥 DNA를 buffer에 희석한후 내린 sample입니다.   질문1. 우선 band가 하나도 안나오는데 이유가 무엇일까요?   질문2. DNA를 단순 dw에 희석해서 내려도 band가 보이나요?     개인 적으로 loading dye에 문제가있는 것 같은데  DNA 10ul + 6x loading dye 1ul 를 섞어준후 gel에 내려주었습니다.    
회원작성글 틉..  |  2020.01.02
Q. gram positive균 genomic dna prep
gram positive균이어서 genomic dna prep을 하는데요비슷한 균 4개를 동시에 프렙하는데 나머지는 다 되는데 이상하게 한 균만 똑같이 해도 지노믹 dna는 잘 안뽑히고 플라스미드가 나오네요ㅠㅠ 프로토콜대로 하는데..뭐가 문제일까요
회원작성글 하뿌웅  |  2018.11.22
Q. 플라스미드 dna 추출 후 전기영동결과 해석 첨부파일
전기영동을 처음 해보아서 결과해석하는 방법을 잘모르겠어서 질문남깁니다. Band를 확인할때 band크기가 두껍고 얇은데, 레더랑 비교해서 크기를 확인할때 걸린 위치를 밴드윗부분을 기준으로 하나요 아래부분을 기준으로 크기를 측정하나요? 생각해보았을때 아래부분을 기준으로 해야 걸려서 더이상 못내려온것이니 내려온부분을 크기로 볼수있을 것같기는 합니다. 또 plasmid dna extraction과 total dna extraction의 목적이 다른건가요? 실험방법은 비슷한것같은데 차이가 무엇인지 궁금합니다
회원작성글 Beliver  |  2018.10.11
Q. 사진상의 겔로딩으로 유추할 수 있는 결과에 대해 여쭤봅니다.. 첨부파일
  안녕하세요? 이제 막 분자생물학 쪽으로 공부를 시작한 대학생입니다.겔 로딩 된 것을 보고 어떠한 것들을 유추 할 수 있는지 여쭤볼 곳이 없어서 이렇게 선배님들께 여쭤봅니다.아직 기초가 많이 모자라서 자세히 알고 싶습니다만ㅠㅠ 혼자 공부하기엔 어려워서요2번 F와 4번M2, 5F 에서 두꺼운것은 많이 해당 유전자가 많이 발현되었다는것을 의미하는건가요?알려주시면 정말 감사드리겠습니다.ㅠㅠ
회원작성글 아직은대학생  |  2017.08.08
Q. hybridization bottle을 hybridization chamber 대신 사용해도 되나요?
마이크로어레이를 해야 하는데 시중에 파는 hybridization chamber가 단종된 상태입니다. (슬라이드에 붙이는 것 말고 humidify용으로 슬라이드 보관하는 용도로 쓰는 것 말하는겁니다) 아침부터 근 5년 이내에 나온 논문들 찾아서 거기서는 어느 회사의 어떤 제품을 썼는지 찾아봤는데, 거기서도 품절된 게 있어서요.. 그래서 대체할 게 없나 찾다가 hybridization bottle을 발견했는데, 당최 어떻게 쓰는 건지 나오질 않습니다. 마이크로어레이를 슬라이드 글래스에서 진행하는데, humidify chamber(hybridization chamber) 대신에 반응시킬 때 여기에 슬라이드를 넣어도 괜찮을까요?
회원작성글 국내산라이츄  |  2017.03.06
Q. DNA microarray시 Oligonucleotide probe...
이번에 microarray를 시작하게 됐는데 프로브와 타겟이 전부 oligonucleotide입니다. labeling하는 방법은 전부 cDNA 기반이고, labeling kit를 찾긴 했는데 modified라고만 나오지 어떻게 modified된 oligonucleotide를 주문해야 하는지는 나오지도 않고요... 혹시 oligonucleotide를 주문하면서 5'나 3' 말단에 형광 물질을 붙여도 괜찮을까요?
회원작성글 국내산라이츄  |  2017.02.27
Q. southern blot시 일반 DNA Marker의 detection 문제
제목과 같이 일반적으로 사용하는 DNA marjker가 southern 결과에서 항상 detection 되어 나옵니다. probe는 roche사의 PCR lable kit를 사용하여 950bp probe를 제작하여 사용하였습니다.PCR후 따로 purification은 하지 않고 사용하였습니다. gel runing 하고 RedSafe Nucleic Acid Staining Solution (intron)으로 stain 하여 사진 찍고이하 transfer , prehybridization, hybridization, wash, detection 과정을 수행하였습니다. probe의 농도를 낮게하면 흐릿하게 나타나기는 합니다. 원인을 혹시 아시면 답변 부탁드립니다.
윤상훈  |  2017.01.25
Q. genomic DNA digestion
Tree genomic DNA 를 restriction enzyme 사용하여 digestion 하려고 하는데요,incubation 시간을 늘려도, enzyme 종류나 사용양을 늘려도, gDNA 양을 줄여봐도... 잘리지가 않고 위쪽에 strong single band만 나옵니다.Arabidopsis gDNA를 control로 사용하여 enzyme과 reaction에 문제가 없음도 확인했습니다.다만 tree DNA라는 차이뿐인데요, DNA extraction은 CTAB방법으로 했습니다.왜 genomic DNA가 잘리지 않는지, 의심가는 부분이나 제안해주실 것 있으시면 부탁드립니다.감사합니다.
회원작성글 세븐일레븐  |  2016.10.21
Q. southern blot결과 밴드 양상에 대해 질문드립니다!
서로 다른 5개체를 southern blot 했는데 모든 line에서 같은 밴드 양상이 나타났어요.제가 알고 있기로는 다른 개체라면 밴드 양상이 다르게 나타나야하는데..그럼 이 5개체는 다 같은 개체인건가요?다른 논문을 찾아봤을 때 밴드 양상이 같은데 다른 개체라고 하더라구요?근데 그에 대한 이유가 나와있지 않아서..너무 당연한거라 이유가 없는건지 ㅠㅠ도와주세요 !
회원작성글 스스  |  2016.07.29
Q. genomic DNA 전기영동 후 끌림현상. 첨부파일
안녕하세요?이번에 southern blot을 하기 위하여 genomic DNA를 extraction한 후 전기영동으로 genomic DNA를 확인한 결과 사진처럼 smear와 함께 band도 보이는 현상이 나타났습니다.sample의 genomic DNA size가 10kp이상되는 큰 size입니다.따라서 marker의 위쪽으로 해서 보여야 하는데 전혀 그렇지 않네요.marker는 1kp를 사용하였고 gel은 0.8%이고 100volt에 20min으로 gel을 내려주었습니다.DNA가 모두 fragment된 것인지.. RNase를 처리 해주면 좋을지... 전기영동 조건을 바꿔주면 좋을지.. 도무지 감이 잡히지 않아서 질문을 하게 되었습니다.
회원작성글 ss2k0335  |  2016.06.11
Q. Southern blot 처음 시작단계입니다.
현재 서던블롯을 막 시작하게됬는데요.어떤식으로 진행되는지만 알지 디테일한 부분을 모르고있습니다.gDNA를 enzyme cut 하려고하는단계에서10ug을 자르려고 합니다그런데 DNA농도가 70~80ng 인데 10ug으로 맞추려면대략 100ul 이상이 필요한데 맞나요;;? 100ul를 자르고 영동내리나요?;아니면 다른방법이있는지 궁금합니다 고수님들
핵초보  |  2016.03.22
Q. hybridization에서 filter에 핵산이 bound 되는 분자적 원리 생각해 보신 분 있나요?
blotting 과정에서요,추정상으로 na(핵산)는  filter에 hydrophobic interaction으로 attach되고만약 charged filter라면 ionic strength로 강화되는데여기까진 어쨋든 weak한 수준인 것 같고...covalent bond까지 형성되는 UV linking을 보면추정상으로 na의 thymine과 filter의 amine 그룹이 covalent 하게 bond 한다고 하는 것 같은데...그러면 이 부분을 분자적 관점에서 보면na의 backbone 부분만이 free할 뿐 base side는 전부 filter로 oriented 되어 있기 때문에subsequent hybridization이 더이상 불가능 하지 않나요?제가 실제로는 hybridization을 해보지 않았기 때문에free thymine도 sufficient 하기 때문에 na가 상당히 free하게 있다라고 가정을 해보면uv linking이나 baking(baking도 covalent bond 형성이 맞다면) 시간을 훨씬 올리면free했던 na도 전부 bound 되므로 hybrid detection이 거의 불가능해 질 것 같은데해 보신분 있을까요??
회원작성글 생명과학짱짱맨  |  2015.09.29
Q. southern에서 membrane을 film에 옮기는 과정
멤브레인을 제작후에casset 에서 필름과 membrane을 37도 incubator에서 2시간 이상 반응해주고developer 와 fixer 로 현상을 하고있는중인데몇분씩 해야할지 잘모르겠네요.... 필름 타기 직전까지라던데.... 감이 안잡힙니다.보통 몇분씩 하시는지 알수있나요?
회원작성글 리스필  |  2015.09.07
Q. SDS PAGE
단백질 염색할때 쓰이는 용액으로 coomassie blue를 쓰는데 이 용액을 쓰는 이유는 무엇입니까?
지미경  |  2015.04.12
Q. cre loxp 실험 간단하게 질문좀 드릴게요 첨부파일
안녕하세요학부생입니다(가)쥐: exon1-loxp-exon2-loxp-exon3/ exon1-loxp-exon2-loxp-exon3(나)쥐: exon1-exon2-exon3/ exon1-exon2(망가짐)-exon3 + 알부민프로모터,cre1. cre loxp실험이 특정 조직에서 유전자 파괴를 알아보고자 할때 쓰이는 걸로 알고 있습니다이 실험에선 exon2 양 옆에 loxp를 삽입했으므로 exon2를 파괴시키고자 하는 거 같아서위 처럼 (가),(나) 생쥐의 유전자를 써보았는데 저렇게 하는게 맞을까요?2. F1쥐는 exon1-loxp-exon2-loxp-exon3/exon1-exon2(망가짐)-exon3 + 알부민프로모터,cre갖는 게 맞나요??3. F1생쥐의 일반조직 (알부민프로모터 발현 X) exon1 부위를 탐침시(노던블랏팅) 밴드가 2종류가 나온다고 생각하는데 맞을까요? exon1-loxp-exon2-loxp-exon3 ->1개exon1-exon2(망가짐)-exon3  ->1개 , loxp 때문에 길이 차이가 날거 같아서요감사합니다
학부생  |  2015.03.27
Q. GFP 소포체쪽 Transfection결과입니다. 궁금한점이... 첨부파일
소포체 쪽 단백질에 GFP단 플라스미드DNA를 트랜스팩션 한 결과입니다.샘플당 DNA는 806ng썻고, lipofectamine2000은 4ul정도 썻습니다.1. FACS까지는 안할거고 다른 방법이 없는것같아서.. 눈으로 봐서 EFFICIENCY를 봐야하는데,,   대충 어느정도 나올까요? 혹시 EFFICIENCY계산을 위해 CONTROL WELL을 만들어야한다면 어떻게 효율계산에 이용할 수 있는지요?ㅠㅠ2. 사진 보시면 초록빛이 반짝하는 부분과 희미한 부분이 있는데 차이가 무엇인지.. 구역 나눠서 세보려고 해도 진한 초록빛만 세어야하는지, 희미한 것도 전부 다 세야 하는지 판단이 안됩니다.ㅠ도와주세요 ㅠㅠ사진은 각각, 첫 번째가 24well에 10만개이고, 두번째는 20만개입니다.       
늪새바람  |  2015.02.01
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