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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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Q. 시퀀싱 일치도 및 논문에 넣을 때 질문
세균 감염 시료 2개를 타켓 primer를 이용하여 PCR하였는데, 1개시료는 정상위치에 나왔고, 다른 시료는 정상위치에서 2개로 나뉘어진 밴드가 나왔습니다.  PCR이 제대로 된 것인지, 타켓세균인지 확인하고자 시퀀싱을 맡겨서 blast로 확인해 보니 일치도가 둘다 98%, 97% 이렇게 나오네요.  1. 일치도 97, 98%면 동일 세균이라 볼 수 있을까요?  2. blast 로 시퀀싱 확인할때, forward primer 결과와 reward primer 결과를 각각 따로 확인하는 방법 밖에 없나요? 이를 논문에 넣을 때는 둘 중 한 가지 결과만 넣으면 되는 것인지 궁금합니다.    시퀀싱 data를 처음 핸들링 하다보니 모르는 게 많습니다. 고수님들 가르쳐 주십시오.
회원작성글 스칼렛  |  08.02
Q. NGS sequencing 에서 read 수
선배님들 제가 sequencing을 맡겼는데요.   해당 업체에서 read가 3백만개라니 5백만개라니 1천만개라니 이런 이야기가 나오는데, 충분히 신뢰성있는 data를 얻기 위해서는 몇 개의 read수가 필요할까요?   저의 sequence의 길이는 약 100bp이며, 다양한 sequence들이 섞여있습니다.
회원작성글 와우내  |  07.25
Q. 코로나 스파이크 단백질 염기서열
코로나 바이러스(표준형)의 스파이크 단백질의 염기서열에 대해 알고싶은데 어디에서 구할 수 있나요? 아무리 찾아도 안 나와서요
회원작성글 시원한쥬스  |  07.22
Q. Human genome sequencing 관련 질문합니다.
시퀀싱에 대해 관심을 가지고 공부를 해보던 중 궁금한 점이 있어 질문을 드립니다. Whole Genome Sequencing으로 약 3 Gb에 달하는 인간의 유전자도 분석해주고 있다고 알고 있습니다. 이 때 생식세포가 아닌 체세포에서는 염색체가 diploid로 존재하며 총 6 Gb의 genome이 있고, 한 유전자에 대해 쌍으로 대립유전자가 존재할텐데, sequencing 결과는 어떻게 3 Gb의 haploid 형태(?)로 나오는 것일까요? 지식이 부족하여 검색해도 잘 찾지 못하겠습니다. 고견 부탁드립니다. 감사합니다.
회원작성글 deepce  |  07.13
Q. MEGA11 분석 범주
안녕하세요 몇 가지 샘플에서 WES(whole exome seq.)을 하여 비교 분석한 뒤 한 가지 샘플에만 있는 exon 을 찾고자 하는데 MEGA11으로도 가능한 분석인가요??
회원작성글 별헤는밥  |  07.06
Q. specific exon analyze
몇 가지 샘플에서 exon을 시퀀싱해서 한 가지 샘플에서만 존재하는 exon을 찾고자하는데 시퀀싱 이후 어떤 비교 분석 또는 프로그램을 해야할까요? 처음 접하는 분야라서 아는 것이 많이 없습니다ㅠㅠ 말씀하시기 편하신대로 설명주시면 관련 내용 따로 공부하면서라고 이해하도록 하겠습니다.ㅠㅠ
회원작성글 별헤는밥  |  07.05
Q. NGS 비교분석(WES) 고수님들 도와주세요ㅠ
Whole exome seq.을 하여 샘플 간의 서로 다른 exon이 있는지 비교분석하려 합니다. 마크로젠에 문의해보니 기본 분석으로 snp, indel에 대한 정보를 받을 수 있고 부가세를 더 내서 목적에 맞게 비교분석이 가능하다는데 혹시 기본분석으로 파일을 받고 프로그램으로 비교 분석이 가능한가요? 혹시 기본분석된 파일이 아닌 Raw data(PASTA Q파일)을 받아서 해야하나요? NGS에 대해 아는것이 너무 없고 처음 다뤄보는 작업이라 도움이 필요합니다ㅠㅠ 감사합니다.
회원작성글 별헤는밥  |  07.04
Q. sequencing 결과해석 관련
  Sanger sequencing 결과고 geneious 사용중입니다.   파란색 바탕이 quality입니다.   1306bp 쪽을 보면 quality는 낮음에도 불구하고 Peak는 잘 나온것을 볼 수 있는데,   왜 이런 결과가 나온것인지 궁금하고 저대로 서열정보를 써도 될까요..
회원작성글 wwwqqww  |  06.25
Q. DNA barcode 실험을 하는데 BLAST search 과정에서 궁금하게 있습니다. 고수님들 알려주세요ㅠㅠ 첨부파일
현재 곤충을 가지고 DNA barcode 실험을 통해 종을 동정하고 있는데, 그 과정에서 NCBI와 BOLD systems를 가지고 BLAST search를 진행하는데 궁금한게 많습니다. 1. NCBI에서 BLAST search를 진행했을 때 맨 위 항목이 제일 유사하게 나온 결과라고 배웠는데 그렇게 보는게 맞나요? 아니면 여러 값(Max score, Total score, Query coverage, E value, Max ident) 중에 어떤 값을 우선으로 두고 결과를 봐야하나요? (처음엔 Max score가 높은순으로 나옴) 2. NCBI BLAST에서 per.ident가 해당 서열과의 유사도고 이게 높을수록 유사한 종이라고 판단했었는데, BLAST 시 per.ident가 높은게 낮게 배치됩니다. 이럴 경우 뭐가 더 유사한 종이라고 판별해야하나요? (사진 첨부)  3. BOLD에서는 원래 생각했던 종과 100% 또는 거의 100% 일치율로 제일 위에 나오는데 NCBI에서는 나오지 않는 이유는 무엇인가요? 4. 3번의 경우처럼 서로 결과가 다른 경우 뭘 우선으로 봐야하고, 한쪽에 100%가 나왔으면 그 종으로 판단해도 괜찮을까요?
회원작성글 KJS1  |  06.22
Q. sequencing depth (coverge)를 알수 있는 방법이 ngs 밖에 없나요?
안녕하세요. 바이러스 배양액에서 특정 위치의 염기 빈도를 확인해야 하는데요 .. NGS시에 sequencing depth를 확인해야 되나 싶지만.. 현재 ngs까지 할 수 있는 상황은 아닙니다..  일반적으로 NGS외에 특정 염기의 빈도를 확인할 수 있는 다른 방법이 있나요? 단순하게 클로닝 후에 콜로니 여러개를 따서 각각 시퀀싱 해볼까도 생각했지만; 통계적으로 유의미한 숫자를 얻기에는 너무 비효율적인 것 같구요.. 고견 부탁드립니다.  
회원작성글 멜롯  |  06.22
Q. 시퀀싱 결과 해석을 어떻게 해야 하나요? 첨부파일
학교에서 연구를 수행하고 있는 학생입니다. 맥문동이라는 식물을 사용하는데 맥문동이 다양한 종류가 있다고 해서 정확히 어떤 것인지 알기 위해 DNA를 뽑았고, 나노드롭도 해보고 PCR까지 해서 시퀀싱을 보냈습니다. 결과가 왔는데 이 결과지를 가지고 어떻게 해석해야 하는지, 어떻게 해야 이 식물이 어떤 종인지를 알 수 있는지를 아예 모르겠습니다.. 인터넷에 찾아보고 해도 잘 모르겠어서 질문 드립니다.  첨부파일로 받은 결과지 첨부합니다. 친절한 설명 해주시면 정말 감사히 받겠습니다..
회원작성글 8179707  |  06.12
Q. Histone H3 maker의 위치? (NCBI)
  안녕하세요. NCBI에 등록하는것 부터 배우고 있는 학생입니다. 고둥류의 CO1 과 Histone H3 를 등록완료 후 세부적인 부분 수정중에 있습니다. CO1 은 미토콘드리아인걸 알겠는데 Histone H3 는 어디인지 찾아봐도 잘 모르겠습니다. nucleosome 에 존재하고 미토콘드리아에서도 발견된다는 정보를 봤어요. 동일 종에서 다른 사람이 등록한 정보는 Mitochondrion Histone H3 라고 되어있어서 그대로 따라하긴 했습니다. 지정을 하지않고 Genomic 으로 해야할지 선행 연구를 따라 Mitochondrion 으로 해야할지 모르겠네요. 도움 부탁드립니다!   아래는 NCBI Location 가이드 전문입니다.     ------------------------------------------------------------------ Organelle/Location Information The default Location for all sequences is 'Genomic'. If the sequence is not genomic, select the alternative organelle/location from the pull-down list. The following is a description of the choices in this list: Apicoplast: a reduced plastid characteristic of apicomplexans (e.g., Plasmodium). NOTE: apicoplast should be applied ONLY to members of the Apicomplexa. Chloroplast: a chlorophyllous plastid. Chromoplast: a non-chlorophyllous, pigmented plastid, found in fruits and flowers. Cyanelle: a specialized type of plastid found exclusively in glaucocystophytes (e.g., Cyanophora). NOTE: cyanelle should be applied ONLY to members of the Glaucocystophyceae Extrachromosomal: other extrachromosomal elements not listed here, such as a B chromosome or an F factor. Leucoplast: a plastid lacking pigments of any type. Kinetoplast: a specialized type of mitochondrion found exclusively in Kinetoplastida (e.g., Leishmania). NOTE: kinetoplast should be applied ONLY to members of the Kinetoplastida (trypanosomes and bodonids). Macronuclear: a specialized type of nucleus found exclusively in the ciliated protists (e.g., Tetrahymena). NOTE: macronucleus should be applied ONLY to members of the Ciliophora. Mitochondrion: a semi-autonomous, self-reproducing organelle that occurs in the cytoplasm of most eukaryotic cells. Nucleomorph: a reduced nuclear remnant found in Chlorarachniophyceae (e.g., Chlorarachnion) and Cryptophyta (e.g, Cryptomonas). NOTE: nucleomorph should be applied ONLY to members of the Chlorarachniophyceae or Cryptophyta. Plastid: any of a class of double membrane-bound, light-harvesting organelles (or derived from same). NOTE: plastid should be used ONLY when a more precise term, e.g., chloroplast, is not applicable. Proplastid: an immature plastid. Proviral: a virus that is integrated into a host cell chromosome. -----------------------------------------------------        
회원작성글 Jo Coral  |  06.08
Q. .
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회원작성글 취업하고싶다  |  06.07
Q. 전사개시점(+1)에서 왜 ATG로 시작하지 않을까요?
+1은 TSS로 전사개시점으로 알고있는데, ATG로 시작하는게 맞지 않나요? 왜 AAC나 AAT로 시작되는것도 있는지 궁금합니다.   전사개시점이라고 해서 무조건 ATG로 시작되는게 아닌가요?ㅜㅜ 이제 막 분자생물학 배우고 있어서 잘 모르겠습니다.   알려주시면 감사하겠습니다.ㅠㅠ
회원작성글 그갸갹  |  06.01
Q. Sequence 찾는 법
안녕하세요 바이오쪽에서 처음 일하게 되어서 이것저것 모르는게 많습니다. IDT회사 sequence 를 워드파일로 전달해달라는게 무슨말인지 모르겠어요. 저는 바이오니아는 Oligomer bp가 너무 짧게 제작되서 IDT 회사에 들어가서 원하는 bp 만큼 제작이 되는지 알아보고 견적서를 전달드렸는데요..   IDT 회사 sequence를 워드파일로 전달 해 달라는것은 무슨 정보를 말씀하시느 걸까요..?  
회원작성글 초초초초초보  |  05.26
Q. sequence 분석 시에 양 말단의 peak가 지저분해지는 이유가 무엇인가요?
DNA sample을 sequencing을 보내면 양 쪽 말단에 15~40bp정도 peak가 지저분하게 나타나는 이유가 궁금합니다. 구글에 검색해보면 primer binding 때문이라고 되어있는데 이해가 되지 않아서 여기에 질문 남겨봅니당
회원작성글 애월  |  05.17
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