library prep 후 tapestation 결과 중에서 region molarity가 어떤 것을 의미하는건가요??

안녕하세요 BAC clone 구매에 관한 질문이 있어서 질문드립니다.  NCBI를 통해서 원하는 region을 포함하는 BAC clone을 확인하고 구매하고 사용하고 있었습니다.  현재까지는 보통 RP11-XXXX clone을 써모로부터 구매해서 사용하고 있었는데요 중간 중간 비어있는 부분이 있어서 CH17-Bac clone을 구매하고 싶은데..  어디서 구매해야할지 모르겠네요..  혹시 구매처를 아시는분 있다면 알려주실수 있으실까요? 감사합니다.   

cloning할때 쓰이는 DNA는 cDNA에서 PCR로 통해서 얻는다면.. tissue specific하게 mRNA exrpression이 다 다를텐데 아무 조직에서 cDNA library를 얻는건가요?  또...cDNA를 만들때 primer는 oligo dT와 random primer만 이용해서 만드나요? qRT-PCR template 만들때처럼..?

Comparison between indel frequencies at endogenous and integrated site 이해가 힘듭니다.. indel frequency는 어떤 것인지 이해가 가지만 endogenous site와 integrated stie의 차이를 잘 모르겠습니다.  

안녕하십니까  Tapestation에 대해 궁금한것이 있어 여쭤봅니다 ㅎㅎ 아래 사진은 Tapestation 찍고 난 후 결과입니다. 총 피크가 3개가 있는데(동그라미친 부분)  각각 무엇을 뜻하는지 알고싶습니다. 감사합니다.

4140ng/ml 를 5ng/microliter로 20microliter만드려면 얼마나 넣어야 하나요

안녕하세요, 저는 Addgene 에서 제공하는 3세대 lentivirus prep 서비스를 이용하려 합니다. 주문 진행 도중 대행사로부터 수입불가라고 안내를 받았는데요.  과거 싱가폴 포스닥할 때는 문제없이 들어왔었는데 우리나라에서는 통관 등의 문제로 힘들다고 하네요. 현재는 Addgene 사에 직접 접촉해 진행하려 하는데, 혹시 해외에서 국내로 직접 virus 수입을 경험하셨던 분들 계시면 주의해야 할 점들 등 조언 부탁드립니다. 감사합니다.

현재 미국에서 연구 중인데요, single cell RNA seq 및 sc STAC seq을 준비 중입니다. 연구비 등의 문제로 제가 있는 대학의 corelab에서 library prep까지 진행하고 만들어진 library를 한국에 이송해서 sequencing 을 하려고 합니다. 워낙 비싼 실험이다보니 미국 -> 한국으로 이송할때 sample 에 절대 문제가 발생해서는 안되겠습니다. library 만드는 것에만 수천만원이 들어가니까요. library는 비교적 안정적인 물질로 생각은 됩니다만, 이송 조건을 어떻게 해야할지요?  이송에 특별히 신경써야할 것이 있을지 고견을 여쭙고 싶습니다. 일단 FedEx를 이용할 것이고 아마도 미국 -> 한국 door-to-door 에 3일 정도 걸리지 않을까 합니다. 상온으로 보내기는 위험할까요? 혹은 드라이 아이스를 샘플 박스 주변에 둘러서 보내면 될까요? 아니면 아예 얼린 상태를 유지하도록 liquid nitrogen tank까지 써야할지요? 많은 고견 부탁드립니다. 미리 감사합니다.

안녕하세요. Mouse CRISPR k/o library를 찾고 있는데요. sgRNA+reporter vector로 구성된 library는 있는데, sgRNA+reporter+Cas9으로 구성된 1 vector system의 library를 찾지 못하겠습니다. 혹시 1 plasmid system으로 구성된 mouse k/o library 알고 계신 것이 있으신가요? 감사합니다.

안녕하세요. 대충 미궁의 늪 언저리에 서식하는 대학원생입니다. 제목 그대로, Vector Library를 만들기 위해서 cdna 양 말단에 특정 sequence(enzyme site)를 삽입하여 합성하려고 합니다. 3' 끝에는 oligo dT 끝에 원하는 sequence를 삽입하면 될 것 같은데, 5' 말단에 어떤 방법으로 넣을 수 있을지 조언을 구하고 싶습니다. 일단 고려하고 있는 방법은 Reverse transcriptase가 5' 말단에 다다랐을 때 ccc를 달아준다니까 adaptor-ggg (대문자로 안써지네요ㅜㅜ) oligomer를 사용하는 방법인데, 이게 적합한 방법인지, 만약 이렇게 한다면 저 oligomer를 oligo dT primer랑 RT랑 같은 step에서 넣어주면 되는건지도 헷갈립니다. 혹시 cdna 5' end에 adaptor 삽입에 대해 알고 계신 것이나 경험이 있으시다면 대충 조각이라도 던져주시면 감사하겠습니다.

Antibody를 screening 하기 위해서, pADL-20C vector에 nanobody 형태의 library를 제작하였습니다. CDR3 부분을 random하게 하여 12~23개의 amino acid가 존재하도록 하였으며, 이는 colony PCR을 통해서 insert가 존재하는것을 확인했습니다. 현재는 sequencing을 진행하고 있는데, 분석이 안되는 것이 13개정도 존재하고, 중간에 stop codon이 존재하는게 15개정도, 나머지는 서열 분석이 되는것으로 보입니다. (아직 sequencing 진행중입니다.) library size는 10^6 정도로 작지만, 실험을 익힐겸 panning을 진행하였으며, CM13 helper phage를 사용하여 진행하였습니다. 실험은 다른 랩실의 phage display를 하시는 분의 도움을 받아서 3 round까지 진행하였습니다.   phage ELISA (polyclonal ELISA)를 진행하였을 때 1-2 round에서보다 3 round에서 signal이 증가하는 것을 확인하였고, single colony로 풀어서 ELISA (monoclonal ELISA)를 하였을 때, 전부 (~200개 colony) background signal (흡광도 ~0.1)로 나타났습니다. ELISA에 문제가 있었는지 확인하기 위해 colony PCR을 진행해본 결과, random하게 pick한 400 개의 colony 중에서 3개에서만 colony PCR인 진행되었습니다. Vector prep을 하였을 때는 모두 vector는 존재하였지만, size나 sequencing을 하였을 때 insert가 전부 없던지, insert 포함 앞 뒤로 조금씩 비어있는 결과가 확인되었습니다.   이러한 현상으로 인하여 모든 실험이 멈춰져 있는 상태입니다.. 저와 같은 경험이 있으시거나, 원인 또는 해결 방안을 알고계시는 분이 계시면 답변 부탁드리겠습니다.

해마 CA1 , CA3 specific promoter를 찾고있습니다  혹시 추천해주실수있는 프로모터 있으면 알려주세요

Make Your Own “Mate & Plate™” Library System 제품을 사용하여 cDNA Library를 만드려 하는데 PCR까지는 결과가 잘 나오는데 CHROMA SPIN TE-400 column 이후 DNA의 농도가 너무 낮아 진행하지 못하고 있습니다. 기술 지원팀에도 문의해 보았는데 모르겠다하여 혹시 이 제품을 사용해서 cDNA Library를 제작하신분 있으신가요?

어떤 유전자가 특정 식물 계통에 교잡되어서 들어가면 발현이 억제됩니다. 여러가지 가능성을 생각해 보는데 우선 그 모계 계통에 repressor가 있어서 공통적으로 부/모 유전자형을 다 억제하는 것이 아닐까 의심하고 있습니다. 5' upstream 영역에 붙는 repressor를 확인하기 위해서 우선 yeast one hybrid 탐색을 해볼까 하는데, 요즘 이런 걸 서비스해주는 회사가 어디가 있는지 찾을 수가 없네요. 아시는 분 추천 부탁드립니다.  

방법이 제한효소처리하는 것이랑 기계적 물리적 인 처리하는 두가지가있는데 두개의 장단점이나 차이점이있나요? 또 물리적 기계적으로 처리했을때 양끝이 single strand 가되면 어떻게 처리하나요??

제작한 프라이머릉 사용했을때 왜 폴리뉴클레오타이드 카이네이즈를 사용해야하는지 알수잇을까요ㅠㅠ