구강상피세포를 kit로 추출해 1.2% agarose gel에 135v 20분 Dna농도를 뒤로 갈수록 많아지도록 내렸습니다. 로딩샘플을 만들면서도 확인하고 겔에 넣기 전에도 다시 확인하면서 로딩했는데 3번이나 결과가 이상합니다. Ratio 값이 1.9인 것과 1.8인 차이에 의해서 일어날 수 있는 일인가요? 5번째보다 6번째 well에 더 많은 양의 gDNA를 넣었는데 왜 5번째가 더 밝게 보일까요…

TE buffer가 salt가 더 낮으면서 EDTA가 들어가는걸로 알고 있는데 둘의 큰 차이가 어떤건지 알수있을까요? protocol에서 elution 또는 1xTE 보퍼를 넣으라고 하셔서요

gel purification과 일반 purification에 사용하는 kit 정보요.

토양샘플(흙)에서 total  DNA(bacteria, fungi) 추출 kit가 있을까요?

DNA prep 중입니다. Plasmid prep kit 구매시 S1 버퍼에 RNaseA 가 따로 오면 모두 S1에 넣고 사용하는데요. 어떤 시약업체는 출고때 RNaseA를 S1버퍼에 넣어 보내오던데요. RNase를 실험할때마다 100ug/ml 로 필요한 양만큼만 S1 버퍼에넣어서 쓰는게 옳은건지, 버퍼에 모두 넣는게 맞는지요?

안녕하세요   cloning을 진행중인 학생입니다.   제한효소 처리를 통해서 자르면 아래 처럼 선명하게 잘리고 양도 굉장히 많은데, gel extraction만 하면 수율이 굉장히 낮아집니다. 제가 사용하는 gel extraction kit 방법은 GM buffer를 넣고 50도에서 10분간 녹여준 다음 column에 넣고 13000rpm 1분 centri 이후 wash buffer 넣고 13000rpm 1분 centri 후 빈 column 한 번 더 13000rpm 1분 centri 하여 완전히 말려주기 빈 column에 elution buffer를 넣고 조금 기다렸다가 13000rpm 1분 centri 하는 것 입니다.   프로토콜 상에는 문제가 없는 것 같은데 혹 짐작 가는 원인이 있으신지 여쭙고 싶습니다.

아래 질문을 하고 low copy일 수도 있다고 했는데,  Plasmid를 midi prep (preparation)을 하게 되면 일반 vector의 경우 400-600 ug/mL 농도가 나와서  Cell Transfection 할 때에 잘 사용하고 있어요.  그런데 사이즈가 큰 lentiviral vector (0.8~12kb)가 들어간 E.coli에서 plasmid를 prep 할 때에,  Elution 용액을 70도로 데워서 elution을 해도 30~100 ug/mL 농도가 나와요. 가~~~~끔 농도가 높게 나오기도 하는데, 이게 case by case 같이 유독 그 vector가 농도가 들쭉날쭉해서,  혹시 lentiviral vector plasmid prep 할 떄에 주의사항이나, 방법적으로 알고 있어야 하는 것이 있는지 궁금합니다.  판매사에서는 high copy라고 하지만, 해당 브랜드에서 구매한 것이  대다수 뽑힐 때에 문제가 있는 것으로 보아,  copy수가 높지 않다고 가정하고,  혹시 plasmid가 low copy일 때는 plasmid prep 과정에서  high copy보다 키우는 양을 대략 몇 배 준비해야 할까요?   보통 midi prep 에서는 전날 50 mL media 에 seed culture 해서  37 도에서 over night으로 키웠어요. 양을 4~5배 늘리면 될까요?   

모두 DNA길이 자체는 같은데 세번째 레인만 전기영동된 거리가 다르게 나왔어요 시료의 재료별 농도가 다르긴 했으나 DNA는 길이가 같았는데 왜 이렇게 길이가 다른 것처럼 나왔을까요?

초보 대학원생입니다. whole genome sequencing을 하려고 식물로부터 dna를 추출하였습니다. 업체에 qc를 맡겼는데, rna 오염되었다는 보고서를 받았습니다. 전기영동 결과로 rna 오염을 확인할수 있나요? 어떻게 rna 오염을 확인하나요? rnase a 처리를 했는데 rna가 오염되었다고 해서 원인을 분석하고 있습니다ㅠㅠ  

Plasmid를 midi prep (preparation)을 하게 되면 일반 vector의 경우 400-600 ug/mL 농도가 나와서  Cell Transfection 할 때에 잘 사용하고 있어요.    그런데 사이즈가 큰 lentiviral vector (0.8~12kb)가 들어간 E.coli에서 plasmid를 prep 할 때에,  Elution 용액을 70도로 데워서 elution을 해도 30~100 ug/mL 농도가 나와요. 가~~~~끔 농도가 높게 나오기도 하는데, 이게 case by case 같이 유독  그 vector가 농도가 들쭉날쭉해서,    혹시 lentiviral vector plasmid prep 할 떄에 주의사항이나,  방법적으로 알고 있어야 하는 것이 있는지 궁금합니다.   

초보 대학원생입니다.   식물로부터 ctab방법으로 dna를 추출하였고, 전기영동 결과 dna가 깨졌습니다. 그리고 qc 결과 rna 오염이 있었습니다.   제 궁금증은 아래와 같습니다. 1.냉장 보관된 rnase a를 사용하기전에 반드시 vortexing을 해야 하나요? 저는 하지 않았습니다. 모든 시약은 사용 전에 vortexing을 해야하나요? 가라앉은게 안보이면 시약의 농도가 균일한걸로 알고있었는데, 제가 잘못 알고 있는걸까요?   2.10mg/ml rnase a를 제조하였습니다. 시그마에서 rnase a 가루를 구매하여, 가루를 물에 녹였고, rnase를 제거하기 위해 고온에 끓이기도 했습니다. 그런데  rnase나 dnase가 오염되게 rnase a를 만들었던것일까요???   3.rna의 존재가 dna를 깨지게 하는데 영향을 미칠수도 있는건가요??   4.제가 사용하는 식물 샘플이 다당류가 많은편이여서, dna 추출시 끈적거리고, 마지막에 elution시 물을 넣으면 젤리를 형성합니다. 이런경우 rnase a 가 영향을 못끼치는 부분이 있어서 rna 오염 될수도 잇을까요?     실험 결과가 노력한만큼 투자한만큼 나오지 않아서 너무 힘듭니다.

초보 대학원생입니다. 실험이 참 어려워서 조언을 구합니다!!   ctab으로 식물 dna를 추출하였는데 전기영동 결과 사진처럼 dna가 degradation 되었습니다.   1. dna가 degradation 되는 원인에는 무엇이 있나요? dna 추출 과정중에 dna분해 효소에 오염이 된걸까요?   2. 25, 26, 28, 29번은 rna 오염되었다는데 전기영동 결과를 어떻게 해석해야 알수있는건가요? 

안녕하세요? Purification 과정 중 사용하는 BST solution 관련 질문이 있어서 글을 올리게 되었습니다. BIONEER에서 PCR/GEL purification kit나 Mini-prep kit 같은 키트들에 보면 BST solution이 추가된것 같은데 이게 무슨 역할인지 궁금합니다. MSDS보면 EtOH랑 NaOH가 포함되어있고, sample을 column에 transfer하기 전에 미리 BST solution을 column에 뿌리고 센트리한 다음에 sample을 transfer합니다.  Mini-prep의 경우 Lysis buffer에 NaOH가 들어있어서 이것과 비슷한 역할 인가 했으나 Mini-prep말고 다른 여러가지 column을 사용하는 실험에는 다 BST solution 관련 언급이 되어 있어서 역할을 잘 모르겠습니다.. 알려주시면 감사하겠습니다!

DNeasy powersoil pro kit를 사용하여 soil DNA extraction을 진행하는데 일부 sample에서 dna가 아에 extraction이 되지 않습니다. 처음 뽑는 것이 아니라 여러번 100개 넘개 뽑아 봤어서 방법에도 문제가 없습니다. 물론 용액에도 문제가 없습니다. trobleshooting도 handbook에 있는건 다 해봤구요...   농도가 나노드랍으로 찍어보니 평균 1ng/ul가 나오더라구요 이정도는 여러개 뽑아서 농축할 수도 없는 농도라서 걱정이 큽니다...   조금 중요한 연구라서 착잡한 마음에 눈물도 납니다.. 혹시 의심되는 해결방안이 있을까 싶어서 문의드립니다. 아니면 혹시 pcr을 돌려서 ngs center에 전달해도 문제가 없을까요??

아직 초짜라 유전체 분리 실험에서 모르는점이 많은데 도움 주시면 정말 감사하겠습니다. 1. 유전체 분리 실험에서 DNA를 TE 버퍼에 보관하는 이유가 뭔가요 ??  안정적으로 보관할 수 있는건 아는데 그 정확한 이유가 궁금합니다. 또한 TE buffer 가 완충용액이 맞나요 ?    2. 분리된 DNA순도와 농도에 영향을 미치는 요인은 무엇인가요 ..?  이 실험에서 영향을 미치는 요인이 있을까요 ??     

혈액의 genomic DNA 추출 과정에서 protocol 중 0.1N NaOH를 첨가 후 3분간 65도에서 반응시키는 단계가 있는데   이때 0.1N NaOH의 역할이 뭔가요??   NaOH는 plasmis DNA 분리할 떄 dsDNA를 ssDNA로 분해시킨다고 알고 있는데.. Genomic DNA 추출시에도 사용하는건가요?   그리고 혈액에 NaOH를 넣고 잠시 반응시키면 검은색으로 변하는데 그 이유가 무엇인가요?