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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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Q. 같은 길이의 DNA인데 전기영동된 거리가 다른 이유는 뭘까요? 첨부파일
모두 DNA길이 자체는 같은데 세번째 레인만 전기영동된 거리가 다르게 나왔어요 시료의 재료별 농도가 다르긴 했으나 DNA는 길이가 같았는데 왜 이렇게 길이가 다른 것처럼 나왔을까요?
회원작성글 별이총총  |  10.06
Q. g DNA의 rna 오염 확인 방법
초보 대학원생입니다. whole genome sequencing을 하려고 식물로부터 dna를 추출하였습니다. 업체에 qc를 맡겼는데, rna 오염되었다는 보고서를 받았습니다. 전기영동 결과로 rna 오염을 확인할수 있나요? 어떻게 rna 오염을 확인하나요? rnase a 처리를 했는데 rna가 오염되었다고 해서 원인을 분석하고 있습니다ㅠㅠ  
회원작성글 오르골  |  10.04
Q. lentiviral vector plasmid prep 할 때 주의할 점 문의
Plasmid를 midi prep (preparation)을 하게 되면 일반 vector의 경우 400-600 ug/mL 농도가 나와서  Cell Transfection 할 때에 잘 사용하고 있어요.    그런데 사이즈가 큰 lentiviral vector (0.8~12kb)가 들어간 E.coli에서 plasmid를 prep 할 때에,  Elution 용액을 70도로 데워서 elution을 해도 30~100 ug/mL 농도가 나와요. 가~~~~끔 농도가 높게 나오기도 하는데, 이게 case by case 같이 유독  그 vector가 농도가 들쭉날쭉해서,    혹시 lentiviral vector plasmid prep 할 떄에 주의사항이나,  방법적으로 알고 있어야 하는 것이 있는지 궁금합니다.   
회원작성글 clickclick  |  10.04
Q. 추출한 dna의 rna 오염 문제(다당류가 많은 식물 샘플)
초보 대학원생입니다.   식물로부터 ctab방법으로 dna를 추출하였고, 전기영동 결과 dna가 깨졌습니다. 그리고 qc 결과 rna 오염이 있었습니다.   제 궁금증은 아래와 같습니다. 1.냉장 보관된 rnase a를 사용하기전에 반드시 vortexing을 해야 하나요? 저는 하지 않았습니다. 모든 시약은 사용 전에 vortexing을 해야하나요? 가라앉은게 안보이면 시약의 농도가 균일한걸로 알고있었는데, 제가 잘못 알고 있는걸까요?   2.10mg/ml rnase a를 제조하였습니다. 시그마에서 rnase a 가루를 구매하여, 가루를 물에 녹였고, rnase를 제거하기 위해 고온에 끓이기도 했습니다. 그런데  rnase나 dnase가 오염되게 rnase a를 만들었던것일까요???   3.rna의 존재가 dna를 깨지게 하는데 영향을 미칠수도 있는건가요??   4.제가 사용하는 식물 샘플이 다당류가 많은편이여서, dna 추출시 끈적거리고, 마지막에 elution시 물을 넣으면 젤리를 형성합니다. 이런경우 rnase a 가 영향을 못끼치는 부분이 있어서 rna 오염 될수도 잇을까요?     실험 결과가 노력한만큼 투자한만큼 나오지 않아서 너무 힘듭니다.
회원작성글 오르골  |  10.03
Q. 식물 dna 분해되는 이유 첨부파일
초보 대학원생입니다. 실험이 참 어려워서 조언을 구합니다!!   ctab으로 식물 dna를 추출하였는데 전기영동 결과 사진처럼 dna가 degradation 되었습니다.   1. dna가 degradation 되는 원인에는 무엇이 있나요? dna 추출 과정중에 dna분해 효소에 오염이 된걸까요?   2. 25, 26, 28, 29번은 rna 오염되었다는데 전기영동 결과를 어떻게 해석해야 알수있는건가요? 
회원작성글 오르골  |  10.03
Q. BIONEER BST solution 역할관련 질문드립니다.
안녕하세요? Purification 과정 중 사용하는 BST solution 관련 질문이 있어서 글을 올리게 되었습니다. BIONEER에서 PCR/GEL purification kit나 Mini-prep kit 같은 키트들에 보면 BST solution이 추가된것 같은데 이게 무슨 역할인지 궁금합니다. MSDS보면 EtOH랑 NaOH가 포함되어있고, sample을 column에 transfer하기 전에 미리 BST solution을 column에 뿌리고 센트리한 다음에 sample을 transfer합니다.  Mini-prep의 경우 Lysis buffer에 NaOH가 들어있어서 이것과 비슷한 역할 인가 했으나 Mini-prep말고 다른 여러가지 column을 사용하는 실험에는 다 BST solution 관련 언급이 되어 있어서 역할을 잘 모르겠습니다.. 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 Hms  |  09.28
Q. soil DNA extraction이 안됩니다...
DNeasy powersoil pro kit를 사용하여 soil DNA extraction을 진행하는데 일부 sample에서 dna가 아에 extraction이 되지 않습니다. 처음 뽑는 것이 아니라 여러번 100개 넘개 뽑아 봤어서 방법에도 문제가 없습니다. 물론 용액에도 문제가 없습니다. trobleshooting도 handbook에 있는건 다 해봤구요...   농도가 나노드랍으로 찍어보니 평균 1ng/ul가 나오더라구요 이정도는 여러개 뽑아서 농축할 수도 없는 농도라서 걱정이 큽니다...   조금 중요한 연구라서 착잡한 마음에 눈물도 납니다.. 혹시 의심되는 해결방안이 있을까 싶어서 문의드립니다. 아니면 혹시 pcr을 돌려서 ngs center에 전달해도 문제가 없을까요??
회원작성글 Seoki  |  09.24
Q. genomic DNA의 분리 실험에서
아직 초짜라 유전체 분리 실험에서 모르는점이 많은데 도움 주시면 정말 감사하겠습니다. 1. 유전체 분리 실험에서 DNA를 TE 버퍼에 보관하는 이유가 뭔가요 ??  안정적으로 보관할 수 있는건 아는데 그 정확한 이유가 궁금합니다. 또한 TE buffer 가 완충용액이 맞나요 ?    2. 분리된 DNA순도와 농도에 영향을 미치는 요인은 무엇인가요 ..?  이 실험에서 영향을 미치는 요인이 있을까요 ??     
회원작성글 vlsly  |  09.22
Q. DNA 추출 시 NaOH의 역할
혈액의 genomic DNA 추출 과정에서 protocol 중 0.1N NaOH를 첨가 후 3분간 65도에서 반응시키는 단계가 있는데   이때 0.1N NaOH의 역할이 뭔가요??   NaOH는 plasmis DNA 분리할 떄 dsDNA를 ssDNA로 분해시킨다고 알고 있는데.. Genomic DNA 추출시에도 사용하는건가요?   그리고 혈액에 NaOH를 넣고 잠시 반응시키면 검은색으로 변하는데 그 이유가 무엇인가요?  
회원작성글 KXXXDO  |  09.20
Q. Yeast Lysis
안녕하세요 언제나 BRIC을 통해 많이 배우고 있는 대학원생입니다.   C.albicans gDNA를 Kit 를 통해 추출하려고 합니다.  그런데, protocol에서 Lyticase나 Zymolase가 Lysis를 위해 필요하다고 하는데 저희 실험실에는 없어서요ㅠㅠ 혹시 대체 할 수 있는게 있을까요?   논문을 찾다보니 Lysozyme에 다른 계면활성제(Tween20,Tween80,SDS..?)를 더 하면 효모의 세포벽을 파괴할수있다고 하는데 더 찾아봐도 논문이 비공개 되어있는 것들이 많아서 찾기 어려워서요 ㅠ 혹시 경험으로 어느 정도로 넣으면 되는지 아시는분 있으실까요? 꼭 답변 부탁드려요 감사합니다.  
회원작성글 김두루마리  |  09.14
Q. 고등학생 dna extraction
안녕하세요. 생명공학과를 희망하는 고3입니다. column 방식을 공부하던 중 적은 수의 검체에 용이하다는 글을 봤습니다. 그러면 대용량 검체의 경우에는 어떤 원리, 방법을 통해 실험하나요? ( 내용이 다 영어여서 좀 어려웠는데  etbr-staining 과정으로 염색? chaotropic salt- 수소~ 억제.? bead방식- column같이 dna 분리 방법 중 하나 (영어로 구슬,,?) silica membrane- dna 분리시 사용되는 막 agarose gel- 전기영동 할때 판? 같은 크기 별로 구분가능한 거 정도로 이해했는데 정확하게 알수있는 강의나 자료 있을까요.. ㅜ)          
회원작성글 강민04  |  09.08
Q. mini prep media
지금까지 LB에다가 seed를 진행했었어 궁금하여 질문드립니다 plate에서 뜬 colony를 picking해서 seed를 할때 plate가 YPD일수도 TB일수도 LB일수도 있는데 mini prep을 위해 seed할때 media가 꼭 LB여야 하는건가요?
회원작성글 오도도도돕  |  09.06
Q. Maxi prep 관련해서 질문이 있습니다
animal cell에 transfection할 용도로 plasmid를 maxi-prep하려고 합니다. Q사의 kit를 사용해서 하는데요. 저희 실험실의 프로토콜은 plasmid가 들어있는 E.coli를 5ml LB broth에 8시간 키우고, 얘를 100ml LB broth에 모두 부어서 O/N으로 배양하여 prep을 진행합니다.   본론을 말씀드리면 E.coli stock을 바로 LB로 접종하여 maxi-prep을 하니까 수율이 너무 낮게 나옵니다... 이 문제는 CP cell에 TF하고 plate에 배양해서 colony를 따서 진행하면 해결되겠지만, 현재 제 경우에는 plasmid상의 이유로 plate에 배양이 어려워 바로 stock에서 seeding하는 방법밖에 없습니다 ㅠㅠ   그래서 한번에 E.coli를 최대한 많이 얻을 수 있는 방법을 찾고 있는데, 5ml LB에 seeding하여 배양하는 시간을 8시간에서 O/N로 늘린 뒤에 100ml LB로 배양하는 방법은 크게 도움이 안될까요? 다른 방법이 있으면 조언 좀 부탁드립니다.
회원작성글 가우미  |  09.02
Q. mini prep cell harvest
mini prep이 내가 원하는 plasmid DNA를 얻기위해 하는걸로 plasmid를 불리기위해 진행하는걸로 아는데 cloning 진행한 균주가 plate에 colony가 떠서 pick해서 seed를 진행할려고 하는데요 cell harvest 후 colony pcr을 진행하기 위해 cell을 mini prep으로 진행하여 plasmid를 확보후 진행해야되는건지 그냥 cell harvest 후 진행하는건지 알수있을까요?
회원작성글 오도도도돕  |  08.31
Q. 전기영동 gel에 증류수 사용
전기영동 실험에서 gel의 농도를 맞출 때 TAE buffer가 아닌 증류수로 맞추면 결과를 보기 어렵나요?
회원작성글 시원한쥬스  |  08.18
Q. DNA 전기영동하는데, gel이 자꾸 위에만 밝게 나오네..
DNA 전기영동하고 있습니다. Red safe사용하고 있고요, 기계도 최신버전으로 구매한지 얼마 되지 않았습니다. 3번을 해봤는데 아래같이 계속 위에 부분만 밝게 나오고, 막상 DNA부분은 너무 어둡게 detection되네요.. 도움 부탁드리겠습니다!
회원작성글 라뛔한  |  08.18
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