웹-기반의 단일세포 RNA-seq 데이터 자동분석 서비스 SCODA를 이용한 종양/조직 미세환경 연구 [엠엘비아이랩]

기업기술웨비나 개최완료

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2024년 01월 29일 (월) 오후 02시
윤석현(단국대학교 전자전기공학부 교수, (주)엠엘비아이랩)

개요

							SCODA는 웹-기반의 자동화된 단일세포 RNA-seq 데이터 전용 분석 파이프라인으로 Cell-by-gene Count-matrix를 정해진 형태로 업로드하면 세포유형식별, 암세포 식별, 세포간 상호작용 분석, DEG 및 Gene Set Enrichment 분석결과를 자동으로 생성하고 사용자가 이를 다운 받아 시각화하고 상세 결과의 확인을 통해 생물학적으로 유의미한 결과를 도출할 수 있도록 개발한 서비스이다. SCODA는 in-vivo의 종양/조직 미세환경 연구에 높은 활용성을 가지며 사용자가 자체적으로 SCODA 결과에 대한 데이터 마이닝을 수행할 수 있도록 주피터 노트북 예제 코드가 제공된다. 본 발표에서는 공공의 유방암 데이터를 SCODA에 업로드하여 얻은 결과를 사용자들이 어떻게 시각화하고 데이터 마이닝을 수행할 수 있는지에 대해, 제공되는 주피터 노트북의 활용 사례를 통해 소개한다.

세미나 영상

개최 완료