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LocusMasterTE: 롱리드 시퀀싱 기술을 통합하여 숏-리드 시퀸싱에서 전이인자의 발현 정량을 개선합니다. [Genome Biol.]
- 2025년 05월 15일 (목) 오전 10시
- 이소정(University of Hong Kong)
- 발표 35분 / 토론, 질의응답 20분 / 한국어 발표
- PDF (162 KB)
개요
전이 인자 (TE)는 게놈 무결성을 방해하여 인간 질병에 영향을 미칠 수 있지만, 게놈 전체에서 이러한 서열의 반복적인 특성으로 인해 정량화가 어렵습니다. 저희는 전이 인자 발현 정량화의 정확도를 높이기 위해 롱리드 시퀸싱와 쇼트 리드 시퀸싱을 통합하는 방법을 개발하였습니다. LocusMasterTE는 롱 리드 시퀸싱 데이터의 백만 분율 전사체 값을 기댓값 최대화 알고리즘에 통합함으로써 다중 매핑된 읽기를 재할당하여 숏-리드 기반 TE 정량화의 정확성을 향상시킵니다. 시뮬레이션 및 인간 데이터 세트를 통해 LocusMasterTE의 정밀한 정량화를 확인하였고 이를 바탕으로 전이 인자의 기능에 대한 새로운 통찰력을 제공할 수 있습니다.
관련논문
Genome Biol., Mar 26 2025, 26 (1) 72 | https://doi.org/10.1186/s13059-025-03522-9
LocusMasterTE: integrating long-read RNA sequencing improves locus-specific quantification of transposable element expression
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