본 발표에서는 대한민국을 대표하는 주요 약용식물인 고려인삼을 대상으로 유전체 기반 육종 기술의 확립과 활용 방안을 소개한다. 고려인삼은 느린 성장 속도(세대 교체에 약 4년)와 적은 종자 생산량, 영양 번식의 어려움 등으로 연구에 많은 제약이 존재한다. 또한, 약 3.5 Gbp에 달하는 대형 유전체와 다수의 반복 서열로 인해 유전체 분석의 난이도가 높다. 이를 해결하고자 본 연구진은 인삼 최초의 유전자 지도를 완성하고, 이를 기반으로 고효율 유전자칩을 개발하였다. 유전자칩을 적용하여 인삼 품종, 육성계통, 산양삼 및 산삼을 포함한 1,500점 이상의 다양한 인삼 자원에 대한 유전 정보를 분석 및 축적하였다. 해당 유전 정보를 이용해 인삼 자원의 다양성을 파악하거나, 자원을 안정적으로 유지하는 데 유용하게 활용될 수 있다. 구축된 유전 정보 데이터베이스는 새로운 인삼 시료와의 비교 분석을 통해 유사 그룹 확인 및 독특한 차이점 탐지에 활용될 것이다. 이번 발표를 통해 고려인삼의 육종 기술 발전과 유전자원의 체계적 관리를 위한 새로운 방향성을 제시하고자 한다.