정재운(RIKEN R-CCS) | 분자동역학 프로그램 개발을 통한 세포 내 생명현상의 관찰 [Nat. Commun.] | 웨비나

학술웨비나 개최완료

분자동역학 프로그램 개발을 통한 세포 내 생명현상의 관찰 [Nat. Commun.]

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2024년 06월 17일 (월) 오전 10시
정재운(RIKEN R-CCS)

개요

							본 연구에서는 대규모 분자동역학 시뮬레이션을 가능하게 하는 프로그램 개발과 생체계의 응용을 다룬다. 아미노산을 하나의 입자로 취급하는 거친 모델은 분자역학 시뮬레이션을 통해 대규모 생명 현상을 분석하고 그 메커니즘을 이해하는 유용한 도구 중 하나이다. 그러나, 이러한 모델을 이용한 초병렬 계산을 수행하기 위해서는 계산 알고리즘의 대폭적인 개선이 필요하다. 본 연구에서는 동적 부하 분산을 수반하는 불균형 영역 분할 기법을 개발하여, 슈퍼컴퓨터 Fugaku 등에서 계산 효율을 크게 향상시키는 데 성공하였다. 이 계산기법을 CGDYN이라 명명하고, 이화학 연구소의 분자동역학 프로그램 GENESIS에 구현하였다. 또한, 프로그램의 시뮬레이션을 통해, 천연변성단백질로 구성된 응축체의 융합 과정을 관찰하여, 작은 응축체의 용해와 큰 응축체로의 재융합을 특징으로 하는 오스트발트 성장을 직접 관찰하는데 성공하였다.