김효빈(Cedars-Sinai Medical Center) | CellNeighborEX: 공간 전사체 데이터를 기반으로 세포 이웃에 따른 유전자 발현 차이 분석하기[Mol. Syst. Biol.] | 웨비나

학술웨비나 개최완료

CellNeighborEX: 공간 전사체 데이터를 기반으로 세포 이웃에 따른 유전자 발현 차이 분석하기[Mol. Syst. Biol.]

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2024년 01월 03일 (수) 오전 11시
김효빈(Cedars-Sinai Medical Center)

개요

							세포들은 다양한 방식으로 주변 미세환경을 감지하고 생물학적 신호를 전달합니다. 리간드와 수용체를 활용하는 방법 이외에도, 세포들은 간극 결합을 비롯한 다양한 채널을 통해 주변 세포들과 소통합니다. 그러나 현재까지 제시된 방법들은 이웃하는 세포들 간 상호작용과 그 영향을 탐구하는 데 제한이 있습니다. 이에 저희는 공간 전사체 데이터를 이용하여 세포 이웃에 따른 유전자 발현 차이를 효과적으로 살펴볼 수 있는 CellNeighborEX를 개발하였습니다. CellNeighborEX를 통해 쥐의 배아, 뇌, 간암을 비롯한 다양한 조직에서 세포가 이웃하는 세포 유형에 따라 다른 유전자들을 발현시키는 현상을 관찰하였습니다. 그리고 이러한 유전자들은 발생 또는 전이와 같은 중요한 생물학적 과정과 관련이 있다는 것을 발견하였습니다. 뿐만 아니라, 이웃하는 세포 유형에 따라 달라지는 유전자 발현 현상을 공간적 시각화를 통해서도 확인하였습니다. 세포 이웃에 따라 다르게 발현되는 유전자 집합은 리간드-수용체 발현으로는 발견하기 어려운 새로운 유전자, 즉 세포 간 상호작용에 기여하는 잠재적 유전자일 수 있다는 점에서 그 중요성을 찾을 수 있습니다.