TAPE-seq: Prime Editor를 직접 사용한 Genome-wide off-target 예측 방법 [Nat. Commun.]

학술웨비나 개최완료

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2023년 05월 30일 (화) 오후 02시
이정준(툴젠)
TAPE-seq is a cell-based method for predicting genome-wide off-target effects of prime editor

Nat. Commun., 2022 Dec 29;13(1):7975 | https://doi.org/10.1038/s41467-022-35743-y

개요

							 본 세미나에서는 직접 Prime Editor (PE)를 사용하여 genome-wide off-target 활동을 예측하는 툴이 아직 보고되지 않았다는 문제점을 해결하기 위해, TAgmentation of Prime Editor sequencing (TAPE-seq)이라는 세포 기반 assay의 개발 과정과 성능 테스트 검증 결과를 발표합니다. 다양한 버전의 PE를 사용하여 TAPE-seq 분석을 성공적으로 수행하고, 그 결과를 Cas9 nuclease나 nickase 활동 분석 기반의 두 가지 다른 off-target 예측 방법, GUIDE-seq와 Digenome-seq(nDigenome-seq)와 비교하였습니다. TAPE-seq은 다른 방법들에 비해 가장 낮은 miss rate와 가장 높은 receiver operating characteristic curve (ROC) area를 보여주었습니다. 또한 TAPE-seq는 다른 방법에서 누락된 유효한 off-target site를 발견하는 데 성공하였습니다.

프라임 에디터, 유전자 가위, 오프 타겟

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