scHumanNet : Network analysis to prioritize cell type specific Hub genes via Single Cell Network Biology [Nucleic Acids Res.]

학술웨비나 개최완료

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2023년 04월 05일 (수) 오후 02시
차준하(연세대학교)
scHumanNet: a single-cell network analysis platform for the study of cell-type specificity of disease genes

Nucleic Acids Res., 2022 Nov 9;gkac1042 | https://doi.org/10.1093/nar/gkac1042

개요

							단일 세포 생물학의 주요 과제는 정밀 의학을 크게 향상시킬 수 있는 세포 유형별 유전자 기능을 식별하는 것입니다.Differntially Expressed Gene 분석은 일반적으로 사용되는 방법이지만 유전자의 기능을 세포 타입과 연관시키는 보완적인 방법이 필요합니다. 이 연구에서 우리는 인간의 유전자 기능 전반에 걸친 세포 이질성을 해결하기 위한 단일 세포 네트워크 분석 플랫폼인 scHumanNet (https://github.com/netbiolab/scHumanNet)에 대해 설명합니다. Referemce Interactome HumanNet을 토대로한 세포 유형별 유전자 네트워크(Cell type specific gene newtwork, CGN) scHumanNet은 단일 세포 전사체 데이터에 대해 기존 방법으로 구축된 CGN보다 세포 컨텍스트에 더 높은 기능적 관련성을 나타냈습니다. 세포 유형에 걸친 네트워크 조밀성에 기초한 유전자 시그니처의 세포 deconvoution은 T 세포와 관련된 유방암 예후 마커를 드러냈습니다. scHumanNet은 또한 CGN 중심성을 사용하여 특정 세포 유형과 관련된 유전자의 우선순위를 정하고 질병과 건강한 상태 사이의 CGN의 차등 허브성을 식별할 수 있습니다. 유방암 예후유전자인 GITR의 T세포 특이적 기능적 효과와 억제신경세포에 특이적인 자폐스펙트럼장애 유전자의 기능적 결함을 밝혀 scHumanNet의 유용성을 입증하였습니다. 이러한 결과는 scHumanNet이 인간 질병 유전자 전반에 걸친 세포 유형 특이성에 대한 이해를 향상시킬 것임을 시사합니다.

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